BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg494787
Length=2554
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G42480.1 | Symbols: ARC6 | Chaperone DnaJ-domain superfamily... 3868 0.0
> AT5G42480.1 | Symbols: ARC6 | Chaperone DnaJ-domain superfamily
protein | chr5:16985182-16988440 FORWARD LENGTH=2627
Length=2627
Score = 3868 bits (2094), Expect = 0.0
Identities = 2376/2512 (95%), Gaps = 19/2512 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 54 CTCCTATGGAATCTCTGAGTCACGTCGGCATTGGTCTCTTCCCGTTCCAATTATGCCGAC 113
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 109 CTCCCATGGAAGCTCTGAGTCACGTCGGCATTGGTCTCTCCCCATTCCAATTATGCCGA- 167
Query 114 TT-CCACCGGCGACGACAAAGCTCCGACGTAGCCACAACACCTCCACTACGATCTGCTCC 172
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||
Sbjct 168 TTACCACCGGCGACGACAAAGCTCCGACGTAGCCACAACACCTCTACAACTATCTGCTCC 227
Query 173 GCCAGCAAATGGGCCGACCGTCTTCTCTCCGACTTCAATTTcacctccgattcctcctcc 232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 228 GCCAGCAAATGGGCCGACCGTCTTCTCTCCGACTTCAATTTCACCTCCGATTCCTCCTCC 287
Query 233 tcctccttcgccaccg------ccaccgccactctcgtctctccaccaccgTCTATCGAT 286
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||
Sbjct 288 TCCTCCTTCGCCACCGCCACCACCACCGCCACTCTCGTCTCTCCGCCACCATCTATTGAT 347
Query 287 CGCCCCGAACGCCACATTCCCATTCCCATTGATTTCTACCATGTATTAGGAGCTCAGACG 346
|| |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 348 CGTCCCGAACGCCACGTCCCCATCCCCATTGATTTCTACCAGGTATTAGGAGCTCAAACA 407
Query 347 CATTTCTTAACTGATGGAATCAGAAGAGCATTCGAAGCTAGGGTTTCGAAACCGCCGCAA 406
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 408 CATTTCTTAACCGATGGAATCAGAAGAGCATTCGAAGCTAGGGTTTCGAAACCGCCGCAA 467
Query 407 TTCGGGTTT-AGCGACGATGCTTTGATCAGCCGGAGACAGATTCTTCAAGCTGCTTGTGA 465
||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 468 TTC-GGTTTCAGCGACGACGCTTTAATCAGCCGGAGACAGATTCTTCAAGCTGCTTGCGA 526
Query 466 AACTCTGTCGAATCCTCGGTCTAGAAGAGAGTACAATGAAGGTCTTCTTGATGATGAGGA 525
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 527 AACTCTGTCTAATCCTCGGTCTAGAAGAGAGTACAATGAAGGTCTTCTTGATGATGAAGA 586
Query 526 AGCTACAGTCATCACTGATGTTCCTTGGGAAAAGGTTCCTGGTGCTCTCTGTGTATTGCA 585
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 587 AGCTACAGTCATCACTGATGTTCCTTGGGATAAGGTTCCTGGTGCTCTCTGTGTATTGCA 646
Query 586 AGAAGCTGGTGAGACTGAGGTTGTTCTTCGGGTTGGAGAAGCTCTGCTTAAGGAGAGGTT 645
||||| ||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 647 AGAAGGTGGTGAGACTGAGATAGTTCTTCGGGTTGGTGAGGCTCTGCTTAAGGAGAGGTT 706
Query 646 GCCTAAGTCGTTTAAGCAGGATGTTGTTTTAGTTATGGCGCTTGCGTTTCTCGATATCTC 705
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 707 GCCTAAGTCGTTTAAGCAAGATGTGGTTTTAGTTATGGCGCTTGCGTTTCTCGATGTCTC 766
Query 706 GAGGGATGCTATGGCTTTGGATCCACCTGATTTTATTACTGGTTATGAGTTTGTTGAGGA 765
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 767 GAGGGATGCTATGGCATTGGATCCACCTGATTTTATAACTGGTTATGAGTTTGTTGAGGA 826
Query 766 AGCTTTGAAGCTTTTGCAGGAAGAAGGAGCAAGCAGCCTTGCACCAGATTTACGTGCACA 825
||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 827 AGCTTTGAAGCTTTTACAGGAGGAAGGAGCAAGTAGCCTTGCACCGGATTTACGTGCACA 886
Query 826 AATTGATGAGACTTTGGAAGAGATCACTCCGCGTTATGTTTTGGAGCTTCTTGGCTTACC 885
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 887 AATTGATGAGACTTTGGAAGAGATCACTCCGCGTTATGTCTTGGAGCTACTTGGCTTACC 946
Query 886 GCTTGGTGATGATTACGCAGCGAAAAGACTAAATGGTTTAAGCGGTGTGCGAAATATTTT 945
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 947 GCTTGGTGATGATTACGCTGCGAAAAGACTAAATGGTTTAAGCGGTGTGCGGAATATTTT 1006
Query 946 ATGGTCTGTTGGAGGAGGTGGAGCATCAGCTCTTGTTGGGGGTTTGACCCGAGAAAAATT 1005
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||
Sbjct 1007 GTGGTCTGTTGGAGGAGGTGGAGCATCAGCTCTTGTTGGGGGTTTGACCCGTGAGAAGTT 1066
Query 1006 TATGAATGAGGCGTTTTTACGAATGACAGCTGCTGAGCAGGTTGATCTTTTTGTAGCTAC 1065
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 TATGAATGAGGCGTTTTTACGAATGACAGCTGCTGAGCAGGTTGATCTTTTTGTAGCTAC 1126
Query 1066 GCCC-AGCAATATTCCAGCAGAGTCATTTGAAGTTTACGAAGTTGCACTTGCGCTTGTGG 1124
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1127 -CCCAAGCAATATTCCAGCAGAGTCATTTGAAGTTTACGAAGTTGCACTTGCTCTTGTGG 1185
Query 1125 CTCAGGCTTTTATTGGTAAGAAGCCACATCTTTTACAGGATGCTGATAAGCAATTTCAGC 1184
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1186 CTCAAGCTTTTATTGGTAAGAAGCCACACCTTTTACAGGATGCTGATAAGCAATTCCAGC 1245
Query 1185 AACTTCAGCAGGCTAAAGTAATGGCTATGGAGATTCCTGCGATGTTGTATGATACACGGA 1244
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246 AACTTCAGCAGGCTAAGGTAATGGCTATGGAGATTCCTGCGATGTTGTATGATACACGGA 1305
Query 1245 ATAATTGGGAGATAGACTTTGGTCTGGAAAGGGGACTCTGTGCGCTGCTTATAGGCAAAG 1304
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1306 ATAATTGGGAGATAGACTTCGGTCTAGAAAGGGGACTCTGTGCACTGCTTATAGGCAAAG 1365
Query 1305 TTGATGAATGCCGTACGTGGTTGGGCTTAGACAGTGAGGATTCACAATATAGGAATCCAG 1364
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366 TTGATGAATGCCGTATGTGGTTGGGCTTAGACAGTGAGGATTCACAATATAGGAATCCAG 1425
Query 1365 CTATTGTGGAGTTTGTCTTGGAGAATTCAAATCGTGATGACAATGATGATCTCCCTGGAC 1424
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426 CTATTGTGGAGTTTGTTTTGGAGAATTCAAATCGTGATGACAATGATGATCTCCCTGGAC 1485
Query 1425 TATGCAAATTGTTGGAAACCTGGTTGGCAGGGGTTGTCTTTCCTAGGTTCAGAGACACCA 1484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1486 TATGCAAATTGTTGGAAACCTGGTTGGCAGGGGTTGTCTTTCCTAGGTTCAGAGACACCA 1545
Query 1485 AAGATAACAATTTTAAACTTGGGGACTATTATGATGATCCCATGGTTTTGAGTTACTTGG 1544
||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1546 AAGATAAAAAATTTAAACTCGGGGACTACTATGATGATCCTATGGTTTTGAGTTACTTGG 1605
Query 1545 AAAGAGTGGAGGTAGTTCAGGGTTCTCCTTTAGCTGCTGCTGCTGCCATGGCAAGGATTG 1604
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1606 AAAGAGTGGAGGTAGTTCAGGGTTCTCCTTTAGCTGCTGCTGCAGCTATGGCAAGGATTG 1665
Query 1605 GAGCCGAGCATGTGAAGGCTAGTGCTATGCAGGCACTGCAGAAAGTTTTTCCTTCTCGCT 1664
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1666 GAGCCGAGCATGTGAAAGCTAGTGCTATGCAGGCACTGCAGAAAGTTTTTCCTTCCCGCT 1725
Query 1665 ATGCAGATAGAACCTCAGCTGAACCCAAGGATGCGCAAGAGACGGTGCTTAGAGTAGATC 1724
|| ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||
Sbjct 1726 ATACAGATAGAAACTCGGCTGAACCCAAGGATGTGCAAGAGACAGTGTTTAGTGTAGATC 1785
Query 1725 ATGTTGGTAACAACGTAGGCCATGATGGTGAGCCTGCCGTCTTTAATGCAGAAGCTGAAA 1784
|||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1786 CTGTTGGTAACAATGTAGGCCGTGATGGTGAGCCTGGTGTCTTTATTGCAGAAGCTGTAA 1845
Query 1785 GACCCTCTGAGAACTTTGATACTAATGATTATGCAATTCGAGCTGGGGTCTCAAAGAGTA 1844
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1846 GACCCTCTGAAAACTTTGAAACTAATGATTATGCAATTCGAGCTGGGGTCTCAGAGAGTA 1905
Query 1845 GCGTTGATGCAATTAATGTT-AACATGTCCGTTGCTGATATGTTAAAGGAGGCAAGTGTG 1903
||||||||| || || |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906 GCGTTGATGAAACTACTGTTGAA-ATGTCCGTTGCTGATATGTTAAAGGAGGCAAGTGTG 1964
Query 1904 AAGATCCTAGCTGCTGGTGTGGCTATTGGAATGATTTCGCTGTTTAGCCAGAAATATTTG 1963
||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||
Sbjct 1965 AAGATCCTAGCTGCTGGTGTGGCAATTGGACTGATTTCACTGTTCAGCCAGAAGTATTTT 2024
Query 1964 CCTCTCAAAAGCAGCTCATCTTTTCAACGCAAGGATATGGCTTCTTCTATGGAATCTGAC 2023
| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2025 C-T-T-AAAAGCAGCTCATCTTTTCAACGCAAGGATATGGTTTCTTCTATGGAATCTGAT 2081
Query 2024 ATTGCTACCATAGGGTCAGTGAGACCTGATGATTCAGAAGCACTTCCCAGAATGGATGCT 2083
| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2082 GTCGCTACCATAGGGTCAGTCAGAGCTGACGATTCAGAAGCACTTCCCAGAATGGATGCT 2141
Query 2084 AGGACTGCAGAGAGTATAGTATCCAAATGGCAGAAGATCAAGTCTCAGGCTTTTGGGCAT 2143
||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2142 AGGACTGCAGAGAATATAGTATCCAAGTGGCAGAAGATTAAGTCTCTGGCTTTTGGGCCT 2201
Query 2144 GATCACCGCATAGAAATGCTACCAGAGGTTTTGGATGGGCGAATGCTGAAGATTTGGACT 2203
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2202 GATCACCGCATAGAAATGTTACCAGAGGTTTTGGATGGGCGAATGCTGAAGATTTGGACT 2261
Query 2204 GACAGAGCAG-TGGAAACTGCGCAGCTTGGGCTGGTTTATGATTATACACTGTTGAAACT 2262
|||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2262 GACAGAGCAGCTG-AAACTGCGCAGCTTGGGTTGGTTTATGATTATACACTGTTGAAACT 2320
Query 2263 ATCAGTTGACAGTGTGACAGTCTCAGCAGATGGAACCCGTGCTCTGGTGGAAGCAACTCT 2322
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2321 ATCTGTTGACAGTGTGACAGTCTCAGCAGATGGAACCCGTGCTCTGGTGGAAGCAACTCT 2380
Query 2323 GGAGGAGTCTGCTTGTCTATCTGATTTGGTTCATCCAGAAAACAATGCTACAGATGTTAG 2382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2381 GGAGGAGTCTGCTTGTCTATCTGATTTGGTTCATCCAGAAAACAATGCTACTGATGTCAG 2440
Query 2383 AACCTACACAACAAGATACGAAGTCTTCTGGTCCAAGTCAGGGTGGAAAATCACTGAGGG 2442
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2441 AACCTACACAACAAGATACGAAGTTTTCTGGTCCAAGTCAGGGTGGAAAATCACTGAAGG 2500
Query 2443 ATCTGTTCTTGCATCATAATATGCTCATATGTAGCATACCTGAGCTTGCGAAATTCTCTT 2502
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 2501 CTCTGTTCTTGCATCATAATATACTCATATGTAGCATGTCTGAGCTTGCGAGATTCTCTT 2560
Query 2503 TGTTTTGTAAATTCTCTCTCTAAGTTAGTGTTTATAAACGAACACAAATAAA 2554
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 2561 TGTTTTGTAAATTCTCTCTCTAAGTTAGTGTTTATAAATGAACACAAAAAAA 2612
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126771864961
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5