BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg494802
Length=2398
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G42310.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR-like) s... 3579 0.0
> AT5G42310.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR-like)
superfamily protein | chr5:16915783-16918569 FORWARD LENGTH=2538
Length=2538
Score = 3579 bits (1938), Expect = 0.0
Identities = 2257/2409 (94%), Gaps = 30/2409 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAGAAGAAGAAGACTATGCTTCTCTTGCAACAACCTCCACTGGTTTCATCTCGATTTCAC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||
Sbjct 63 AAGAAGAAGAAGACTATGCTTCTCTTGCAACAACCACCACTGGTTTCAACTAGATTTCAC 122
Query 61 TCTCTCTACTTCCTCACTcaccaccaccaccaccaccaccaccaccgcttcttccaacca 120
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 TCTCTCTACTTCCTCACT------CACCACCACCACCACCACCACCGCTTCTTCCAACCA 176
Query 121 ccaatctctgctttctctgcaaccacctctgcttCATTACCTTCACCA--T-CATCTCCG 177
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||| |
Sbjct 177 CCAATCTCAGCTTTCTCTGCAACAACCTCTGCTTCTTTACCTTCACCATCTCCATCTTCT 236
Query 178 TCTTCTTCTTACTTCTCCTCATGGAATGGTTTAGATAC-AA--ACGAAGAAGACGATGAA 234
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| |||||
Sbjct 237 TCTTCTTCTTACTTCTCCTCATGGAATGGTTTAGATACAAATGAAGAAGAAGACAATGAA 296
Query 235 TTCTCCTCCGAGGTTCACCGTCGCTACGACTTCTCTCCACTTCTAAAATTCCTCTCAAGA 294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 297 TTCTCCTCCGAGGTTCACCGTCGCTACGACTTCTCTCCACTCCTAAAATTCCTCTCAAGA 356
Query 295 TTCGGACCAGTCGAGTTAGTTTTAGATTCAGAATCGGAATCGGAATCGGAAGCTTCACCG 354
||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 357 TTCGGACCAGTCGAGTTAGCTCTAGA-T-----TCGGAATCGGAATCAGAAGCTTCACCG 410
Query 355 GAATCGCTTAATCCGGTGGAGTTCGAGCTCGTCGAGTCATACAGAGCAGTACCAGCACCA 414
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 411 GAATCGCTTAATCCGGTAGAGTTCGATCTCGTCGAGTCATACAGAGCAGTACCAGCACCA 470
Query 415 TATTGGCACTCAT-TGATAAAATCTTTATGTTCGTCAACATCATCTCTTGGTTTAGCTTA 473
|| |||||||| | |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 471 TACTGGCACTC-TCTGATAAAATCGTTAACCTCATCAACATCATCTCTTGGTTTAGCTTA 529
Query 474 CGCTGTAGTGTCATGGCTACAAAAACATAACCTCTGTTTCTCCTATGAGCTTCTCTATTC 533
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||
Sbjct 530 CGCTGTAGTGTCATGGCTACAAAAACATAACCTCTGTTTCTCCTACGAGCTTCTTTACTC 589
Query 534 GATTCTCATTCACGCGCTTGGCCGTTCGGAGAAGCTTTACGAGGCGTTTCTTCTTTCTCA 593
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 590 GATTCTCATCCACGCGCTTGGCCGTTCCGAGAAGCTTTACGAGGCGTTTCTTCTCTCTCA 649
Query 594 GAAACAAACGTTAACACCATTGACATACAATGCCTTGATTGGTGCTTGTGCTCGGAACAA 653
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 650 GAAACAAACGTTAACACCATTGACATACAATGCCTTGATTGGTGCTTGTGCTCGGAACAA 709
Query 654 TGATATCGAAAAAGCGCTTAATTTGATCTCTAGGATGCGTCAAGACGGTTACCAATCCGA 713
|||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 710 CGATATCGAAAAAGCTCTTAATTTGATCGCTAAGATGCGTCAAGACGGTTATCAATCCGA 769
Query 714 TTTCGTTAACTATAGCTTGGTTATTCAGTCGTTGACTCGTTGCAATAAGATTGATTCAGT 773
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 770 TTTTGTTAACTATAGTTTGGTTATTCAGTCGTTGACTCGTAGCAATAAGATTGATTCTGT 829
Query 774 TATGTTGCAGAGATTGTATAAAGAGATTGAAAGAGATAAGCTTGAGCTTGATGTGCAGTT 833
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 830 TATGTTGTTGAGATTGTATAAAGAGATTGAAAGAGATAAGCTTGAGCTTGATGTGCAGTT 889
Query 834 AGTTAATGATATTATTATGGGTTTTGCTAAATCTGGTGACCCTTCTCGGGCTTTGCAGCT 893
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 890 AGTTAATGATATTATTATGGGTTTTGCTAAGTCTGGTGATCCTTCTAAGGCTTTGCAGCT 949
Query 894 TCTTGGTATGGCTCAAGCGACGGGTTTGAGTGCGAAAACTGCTACTCTTGTTTCGATTAT 953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 950 TCTTGGTATGGCTCAAGCGACGGGTTTGAGTGCGAAAACCGCTACTCTTGTATCGATTAT 1009
Query 954 TTCGGCGTTGGCGAATTCGGGGAGGACTTTGGAGGCTGAAGCTTTGTTTGAGGAGTTGAG 1013
|| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1010 CTCTGCGTTGGCGGATTCAGGGAGGACTTTGGAGGCTGAAGCTTTGTTTGAGGAGTTGAG 1069
Query 1014 ACAGAGTGGGATTAAGCCTAGAACGAAAGCTTATAATGCGTTGCTTAAAGGGTATGTGAA 1073
|||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1070 ACAGAGTGGGATTAAGCCTAGAACGAGAGCTTACAATGCGTTGCTTAAAGGGTATGTGAA 1129
Query 1074 GACGGGTCCTTTGAAAGATGCGGAGTCGATGGTTTCGGAGATGGAGAAGAGAGGTGTTTC 1133
|||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1130 GACGGGTCCTTTGAAAGACGCAGAGTCAATGGTTTCTGAGATGGAGAAGCGAGGTGTTTC 1189
Query 1134 GCCTGATGAACATACGTATAGTCTGCTTATTGATGCGTATGTGAATGCCGGTAGATGGGA 1193
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1190 GCCTGATGAACATACGTATAGTCTGCTTATCGATGCGTATGTTAATGCAGGTAGATGGGA 1249
Query 1194 AAGCGCGAGAATTGTGTTGAAAGAGATGGAAGCTGGTGATGTACAGCCTAATTCTTTTGT 1253
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250 AAGTGCGAGAATTGTGTTGAAAGAGATGGAAGCTGGTGATGTACAGCCTAATTCTTTTGT 1309
Query 1254 TTTCAGCAGACTCTTAGCTGGTTATCGCGATAGAGGTGAGTGGCAAAAGACATTTCAAGT 1313
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1310 TTTCAGTAGACTCTTAGCTGGTTTTCGCGATAGAGGTGAATGGCAGAAGACATTTCAAGT 1369
Query 1314 TCTCAAGGAGATGAAGAGTATCGGGGTTAAGCCCGATAGACAGTTTTACAACGTGGTGAT 1373
||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1370 TCTTAAAGAGATGAAGAGTATCGGTGTTAAGCCCGATAGACAGTTTTATAACGTGGTGAT 1429
Query 1374 CGATACATTTGGGAAGTTTAATTGTCTTGATCATGCGATGACGACTTTTGATAGAATGTT 1433
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1430 CGATACCTTTGGGAAGTTTAATTGTCTTGATCATGCCATGACGACTTTCGATAGAATGTT 1489
Query 1434 AAGCGAGGGGATTGAACCCGATAGGGTGACTTGGAATACGCTTATCGATTGCCATTGTAA 1493
|||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1490 AAGCGAAGGTATTGAACCAGATAGGGTGACTTGGAATACGCTTATTGATTGTCATTGTAA 1549
Query 1494 GCATGGTCGGCATATAGTAGCAGAAGAGATGTTTGAGGCAATGGAGAGGCG-GGGCTGCT 1552
||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| || |
Sbjct 1550 GCATGGTCGGCATATCGTAGCGGAAGAGATGTTCGAGGCGATGGAGAGGCGAGGG-TGTT 1608
Query 1553 TGCCTTGTGCTACAACTTATAACATCATGATAAATAGTTATGGAGATCAAGAAAGATGGG 1612
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1609 TGCCTTGTGCTACAACTTATAACATTATGATCAATAGTTATGGTGATCAAGAAAGATGGG 1668
Query 1613 ATGATATGAAAAGATTGTTGGGAAAGATGAAGAGCCAAGGTATACTTCCTAACGTCGTGA 1672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||
Sbjct 1669 ATGATATGAAAAGATTGTTGGGAAAGATGAAGAGCCAAGGTATCCTGCCTAATGTTGTGA 1728
Query 1673 CACACACAACACTTGTTGACGTGTATGGCAAATCCGGTAGGTTCAATGATGCGATAGAGT 1732
||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1729 CACACACTACACTTGTCGACGTTTATGGCAAATCGGGTAGGTTTAATGATGCGATAGAGT 1788
Query 1733 GCTTGGAAGAGATGAAGTCAGTTGGGCTGAAACCATCATCGACCATGTACAATGCCCTCA 1792
||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1789 GCTTGGAAGAGATGAAGTCGGTTGGGTTGAAACCATCATCGACCATGTACAATGCCCTCA 1848
Query 1793 TCAACGCCTATGCACAAAGGGGTTTATCGGAACAAGCTGTGAATGCATTTAGAGTAATGA 1852
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1849 TCAATGCATATGCACAAAGGGGTTTATCGGAACAAGCTGTGAATGCATTTAGAGTGATGA 1908
Query 1853 CATCAGATGGACTAAAGCCGAGTTTATTGGCTCTCAATTCCCTCATCAATGCCTTTGGTG 1912
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1909 CATCGGATGGACTAAAGCCGAGTTTATTGGCTCTCAATTCGCTCATCAATGCCTTTGGTG 1968
Query 1913 AGGATAGAAGAGACGCTGAAGCTTTTGCCGTGTTACAGTACATGAAAGAAAACGGCGTAA 1972
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1969 AGGATAGAAGAGACGCTGAAGCCTTTGCCGTGTTACAGTACATGAAAGAAAATGGCGTAA 2028
Query 1973 AACCAGACGTGGTCACATACACAACACTCATGAAAGCTCTCATTCGTGTTGATAAGTTCC 2032
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2029 AACCAGACGTGGTCACTTACACAACACTCATGAAAGCTCTCATTCGTGTTGATAAGTTTC 2088
Query 2033 AGAAGGTACCGGGTGTTTACGAGGAGATGATCATGTCAGGATGCAAACCAGATAGAAAAG 2092
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2089 AGAAGGTACCGGTTGTTTACGAGGAGATGATCATGTCAGGATGCAAACCAGATAGAAAAG 2148
Query 2093 CTAGATCCATGTTACGGTCAGCTCTAAGATACATGAAGCAGACGTTAAGAGCCTCATAGA 2152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2149 CTAGATCCATGTTACGGTCAGCTCTAAGATACATGAAGCAGACGTTAAGAGCCTCATAGA 2208
Query 2153 AACATAGGAGAA-CAATGCTACGGTTTTATCTCGAGCTCAAGTGATCAAATTTTTCTCGA 2211
|||||||| ||| |||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 2209 AACATAGG-GAAACAATGCAAAGGTTTTATCTTGAGCTAAAGTGATCAAATATTTCTCGA 2267
Query 2212 GCTTATGATAGCATCTCACAAGCTCAGGACAGATATGTAACACAAACCACAGTACCACAC 2271
|||| ||||| | |||| |||||||||||| ||||||||| || | | ||| |||||||
Sbjct 2268 GCTTCTGATATCGTCTCGCAAGCTCAGGACCGATATGTAA-ACGA-C-ACAA-ACCACAC 2323
Query 2272 ATTACAAGAGGAAGTCTTTCATACAAATCCTCACATTCT--GTCTATGTAAAGATTCAAC 2329
|| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2324 ATCACAAGAGGAAGTCTTTCATACAAATCCGCACATTCTCTGTCTATGTAAAGATTCAAC 2383
Query 2330 CTGTACAAATATATAACTGTGTTGACCAAATTGGATCCGGCTACTGTCTGTACTACAGAG 2389
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2384 CTGTACAAATATATAAGTGTGTTGACCAAATTGGATACGGTTACTGTCTGTACTACAGAG 2443
Query 2390 ATCATGTAG 2398
|||||||||
Sbjct 2444 ATCATGTAG 2452
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119075692740
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5