BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg494855
Length=1760
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G48030.1 | Symbols: GFA2 | gametophytic factor 2 | chr5:1946... 2780 0.0
> AT5G48030.1 | Symbols: GFA2 | gametophytic factor 2 | chr5:19466011-19469902
REVERSE LENGTH=1807
Length=1807
Score = 2780 bits (1505), Expect = 0.0
Identities = 1686/1769 (95%), Gaps = 29/1769 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTTCTACACAGTTCTGCAGCAACAAAACAGGGTTTTTGCTAGGGTTTTAACTTTGGCTG 60
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2 TCTTCTACACAGTTCTGAAGCAACAAAACAGGGTTTTGGCTAGGGTTTTAACTTTGGCTG 61
Query 61 CTCTGTCTCAATCTCTGGAGACTTAAACCCACTTACTA-AATCTCCAT-TGAATTTGGGT 118
||||||||||||| || |||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||| ||
Sbjct 62 CTCTGTCTCAATCCCTCGAGACTTAAACCCACTTAGTACAATCTCCATAT-AATTTGAGT 120
Query 119 AGAAGCTTAAAGATCGAAGCTTGAAAAAGCCTCGAGTAAAAATGGTCCCTTCCAATGGCG 178
|||| || ||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGAACCTAAAAGATCGAAGCTTG----A-----G-G--AAAATGGTCCCTTCCAATGGCG 168
Query 179 CAAAGGTTCTTCGCTTGTTGACTCGTCGATGTCTCTCTTCATCGCTTCTTCAAGATTTAG 238
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 169 CAAAGGTTCTTCGCTTGTTGAGTCGTCGATGTCTCTCTTCATCGCTTATTCAAGATTTAG 228
Query 239 GCAATCAGAAACTGAGAGGAGTATGTATTGGGAGTTATAGGAGATTGAATACAG-GTGTT 297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 229 CCAATCAGAAACTGAGAGGAGTATGTATTGGGAGTTATAGGAGATTGAATAC-GAGTGTT 287
Query 298 GGCAATCATGCCAAGGTTCTTGGAGATTACGCTTCAAAATCTGGACATGATCGGAAATGG 357
||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 288 GGCAATCATGCTAACGTGATTGGAGATTACGCTTCAAAATCTGGACATGATCGGAAATGG 347
Query 358 ATCAACTTTGGAGCTTTTAATACTAATTTTGGTTCAACAAGGTCATTTCATGGAACAGGT 417
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 348 ATCAACTTTGGAGGTTTTAATACTAATTTTGGTTCTACAAGGTCTTTTCATGGAACAGGT 407
Query 418 TCGTCGTTTATGTCTGCTAAGGACTACTATAGTATTCTTGGAGTGAGTAAGAATGCACCA 477
|| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 408 TCTTCGTTTATGTCTGCTAAGGACTACTATAGTGTTCTTGGAGTGAGTAAGAATGCTCAA 467
Query 478 GAAGGTGAAATCAAGAAGGCTTATTATGGGCTAGCTAAGAAACTCCATCCTGATATGAAT 537
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 468 GAAGGTGAAATCAAGAAGGCTTATTATGGGCTTGCTAAGAAACTCCATCCTGATATGAAT 527
Query 538 AAAGATGACCCAGAAGCTGAGAAGAAGTTCCAGGAGGTCTCAAAAGCATATGAAATTTTG 597
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 AAAGATGATCCAGAAGCTGAGACGAAGTTCCAGGAAGTCTCAAAAGCATATGAAATTTTG 587
Query 598 AAAGATAAGGAGAAGCGTGACCTTTATGACCAGGTTGGTCATGAAGCATTTGAGCAAAAT 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 AAAGATAAGGAGAAGCGTGACCTTTATGACCAGGTTGGTCATGAAGCATTTGAGCAAAAT 647
Query 658 GCTAGTGGTGGGTTTCCAAATGATCAAGGCTTC---ggtggtggtggtggtgggtTTAAC 714
||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 648 GCTAGTGGTGGATTTCCAAATGATCAAGGCTTCGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGGTTTAAC 707
Query 715 CCATTTGATATCTTTGGGAGCTTCAATGGCGATATTTTCAACATGTACCGGCAAGATATT 774
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 708 CCATTTGATATCTTTGGGAGCTTCAATGGCGATATTTTTAACATGTACCGGCAAGATATT 767
Query 775 GGAGGTCAAGATGTCAAGGTTATGCTTGATCTTTCTTTCATGGAAGCTGTTCAAGGATGC 834
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 768 GGAGGTCAAGATGTCAAGGTTTTGCTTGATCTTTCTTTCATGGAAGCTGTTCAAGGATGC 827
Query 835 TCCAAAACTGTGACTTTTCAAACCGAGGTGGCTTGTAATACTTGTGGTGGACATGGTGTT 894
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 828 TCCAAAACTGTGACTTTTCAAACCGAGATGGCTTGTAATACTTGTGGTGGACAAGGTGTT 887
Query 895 CCTCCTGGTACCAAACGAGAGAAATGCAAAGCCTGTAATGGCTCTGGGATGACATCAATG 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 888 CCTCCTGGTACCAAACGAGAGAAATGCAAAGCCTGTAATGGCTCTGGGATGACCTCACTG 947
Query 955 AGAAGGGGTATGTTAAGCATCCAAACGACTTGCCAGAAGTGTGGTGGAGCTGGTCAAACG 1014
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 948 AGGAGGGGTATGTTAAGCATCCAAACAACTTGCCAGAAGTGTGGTGGAGCTGGTCAAACG 1007
Query 1015 TTCTCAAGTATTTGCAAATCCTGTAGAGGGGCTAGAGTTGTTCGAGGACAGAAGTCAGTG 1074
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1008 TTCTCAAGTATTTGCAAATCCTGTAGAGGGGCTAGAGTGGTTCGAGGACAGAAGTCAGTG 1067
Query 1075 AAAGTCAATATCGATCCAGGGGTTGACAATAGTGATATATTAAAGGTGGCAAGGGTGGGT 1134
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068 AAAGTCACTATTGATCCAGGGGTTGACAATAGTGATACATTAAAGGTGGCAAGGGTGGGT 1127
Query 1135 GGGGCTGATCCTGAAGGTGACCAGCCTGGAGATCTTTATGTTACTCTCAAGGTTCGTGAA 1194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 GGGGCTGATCCTGAAGGTGACCAGCCTGGAGATCTTTATGTTACTCTCAAGGTTCGTGAA 1187
Query 1195 GATCCTGTGTTCCGCAGAGAAGGATCAGATATTCATGTGGATGCGGTTCTCAGTGTTACC 1254
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1188 GATCCTGTGTTCCGCAGAGAAGGATCGGATATTCATGTGGACGCGGTTCTCAGTGTTACC 1247
Query 1255 CAGGCCATTCTTGGAGGAACCATTCAAGTTCCAACCCTCACCGGTGATGTTGTCGTGAAG 1314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1248 CAGGCCATTCTTGGAGGAACCATTCAAGTTCCAACCCTCACTGGTGATGTTGTCGTGAAG 1307
Query 1315 GTCCGTCCTGGAACCCAACCTGGTCACAAAGTAGTGCTAAGAAATAAAGGTATTAGAGCA 1374
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1308 GTCCGTCCTGGAACCCAACCTGGTCACAAAGTAGTGCTAAGAAATAAAGGAATTAGAGCA 1367
Query 1375 AGAAAGTCGACTAGATTTGGGGATCAATATGTGCATTTCAACGTCAGCATCCCTGCAAAT 1434
||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1368 AGAAAGTCGACTAAATTTGGGGATCAGTATGTGCATTTCAACGTCAGCATCCCTGCAAAT 1427
Query 1435 ATAACGCAGAGACAGCGTGAACTGCTTGAGGAATTTAGTAAAGCAGAACAAGGTGAATAC 1494
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1428 ATAACGCAGAGACAGCGTGAACTGCTTGAGGAATTTAGTAAAGCAGAACAAGGTGAATAC 1487
Query 1495 GAGCAGCGCACAGCATCTGGATCTTCCCAGTGAAAACTGCAAATGCTTCTATAAGCTTAA 1554
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1488 GAGCAGCGCACAGCAACTGGATCTTCCCAGTGAAAAATGCAAATGCTGCTATAAGCCTAA 1547
Query 1555 AATGCTATTGTTGTGGCTGTATCAATGGATATATA-TCAATCAGACAATGATTGAGATTA 1613
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1548 AAAGCTATTGTTGTGGCTGTATCAATGGATATATAATCAATCAGACAATGATTGAGATTA 1607
Query 1614 TATTGCGTAGGATTAGTG-AGAGTATTGTCTGGGTTTTACTTTTAACTAATTCTACAATG 1672
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1608 TATTGCGTAGGATTAGTGGAGAGTATTGTCTGGGTTTTACTTTTAACTAATTCTACAATG 1667
Query 1673 CTAGAAAGATAAAAAGAAGGCAAAGCATGTGCTGTGCTGTTATTGCCTTCTGAAAGTTAT 1732
||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1668 CTACAA-GATAAAAAGAAGGAAAAGC-----CTGTGCTGTTATTGCCTTCTCAAAGTTAT 1721
Query 1733 AGAACTTATGATACGGTTCAtt-tttttt 1760
||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1722 AGAACTTTTGATACGGTTCATTCTTTTTT 1750
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87047745030
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5