BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg495040
Length=3368
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G49810.1 | Symbols: MMT | methionine S-methyltransferase | c... 5557 0.0
> AT5G49810.1 | Symbols: MMT | methionine S-methyltransferase |
chr5:20239343-20246380 FORWARD LENGTH=3625
Length=3625
Score = 5557 bits (3009), Expect = 0.0
Identities = 3254/3374 (96%), Gaps = 10/3374 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTTCTTCTCTACTACTACAATCACTTGTTGACGATAAATGGCGGA-C-CT-CTCTGTCG 57
|||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| | || ||||||||
Sbjct 39 TTTTCTTCTCTATTACTGCAATCACTTGTTCACGAT-AATGGCGGACCTCTCCTCTGTCG 97
Query 58 ACGACTTCCTGAACCAGTGCAAACAATCCGGCGACGCAGCTTATGGCGCCTTGCGATCGG 117
| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 98 ATGAGTTCCTGAATCAGTGCAAACAATCCGGCGACGCAGCTTATGGCGCCTTGCGATCGG 157
Query 118 TCTTGGAACGGCTTGAGGATCCGAATACTCGATCTAAGGCTCGGATCTTCTTGTCTGACA 177
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 158 TCTTGGAGCGGCTCGAGGATCCGAATACTCGATCTAAGGCTCGGATCTTCTTGTCTGACA 217
Query 178 TCTACAAACGCGTCGGATCCTCCGAGACGTCTCTCCAAACCTACCATTTCCATATCCAGG 237
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 218 TCTACAAACGCGTCGGATCTTCTGAGACGTCTCTCCAAACCTACCATTTTCATATCCAGG 277
Query 238 ACATTTATCTCGATCAATACGAAGGCTTTCAGTCAAGGAAAAAATTAACCATGATGGTCA 297
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 278 ACATCTATCTCGATCAATACGAAGGCTTTCAGTCCAGGAAAAAGTTAACCATGATGGTCA 337
Query 298 TTCCTAGTATTTTTATTCCAGAAGACTGGTCATTCACATTTTATGAAGGACTTAATAGAC 357
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 338 TTCCTAGTATTTTTATTCCAGAAGACTGGTCATTTACATTTTATGAAGGACTTAACAGAC 397
Query 358 ATCCTGACACCATCTTTAAGGATAAGACTGTTTCTGAACTTGGATGTGGGAATGGATGGA 417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 398 ATCCTGACACCATCTTTAAGGATAAGACTGTTTCTGAACTTGGCTGTGGGAATGGATGGA 457
Query 418 TATCTATAGCCATAGCTGCTAAGTGGTTGCCTTCAAAGGTATATGGGCTTGATATTAATC 477
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 458 TATCAATAGCCATTGCTGCTAAGTGGTTGCCTTCAAAGGTATATGGGCTTGATATTAATC 517
Query 478 CTAGAGCTGTGAAAATTTCTTGGATAAATTTGTACCTAAACGCGCTTGATGATAATGGGG 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 518 CTAGAGCTGTGAAAATTTCTTGGATAAATTTGTACCTAAACGCTCTTGATGATAATGGCG 577
Query 538 AACCAGTCTATGACGACGAGAAGAAAACTTTATTGGACAGAGTGGAATTCTATGAATCTG 597
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 578 AACCAGTCTATGACGAAGAGAAGAAAACTTTATTGGACAGAGTGGAATTCTATGAATCTG 637
Query 598 ATTTGCTTGGTTATTGTAGAGATAATAAAATTCAGCTAGAGAGAATTGTAGGATGCATAC 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 638 ATTTGCTTGGTTATTGTAGAGATAATAAAATTCAGTTAGAAAGAATTGTAGGATGCATAC 697
Query 658 CTCAGATTCTTAATCCAAACCCAGAAGCAATGTCTAAGCTGATAACAGAAAATGCAAGTG 717
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 698 CTCAGATTCTTAATCCAAACCCAGAAGCTATGTCTAAGCTGATCACAGAAAATGCAAGTG 757
Query 718 AGGAATTTCTCCATTCGCTGAGTAACTATTGTGCCCTTCAGGGTTTTGTTGAAGATCAGT 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 758 AGGAATTTCTCCATTCGCTGAGTAACTATTGTGCCCTTCAGGGTTTTGTTGAAGATCAGT 817
Query 778 TTGGCTTAGGTTTGATTGCCAGAGCGGTCGAAGAAGGAATATCTGTCATCAAACCTGCAG 837
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 818 TTGGCTTAGGTTTGATTGCCAGAGCAGTTGAAGAAGGAATATCTGTCATCAAACCTGCAG 877
Query 838 GGATTATGATATTCAACATGGGTGGTCGTCCTGGACAAGGTGTCTGTAGACGCTTGTTTG 897
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 878 GGATTATGATATTTAACATGGGTGGTCGTCCTGGGCAAGGTGTCTGTAGACGCTTGTTTG 937
Query 898 AGCGGCGAGGAGTCCGTGTTACACAGATGTGGCAGACTAAAATACTTCAGGCTGCAGATA 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 938 AGCGGCGAGGAGTCCGTGTTACACAGATGTGGCAGACTAAAATACTTCAGGCTGCAGATA 997
Query 958 CCGATATCTCGGCATTAGTTGAAATTGAGAGGAGCAGCCCTCATCGTTTTGAGTTTTTTA 1017
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 998 CTGATATCTCAGCATTAGTTGAAATTGAGAGGAGCAGCCCTCATCGTTTTGAGTTCTTTA 1057
Query 1018 TGGGACTTTCTGGAGACCAACCAATTTGTGCTCGAACAGCATGGGCCTATGGGAAGGCTG 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1058 TGGGACTTTCTGGAGACCAACCAATTTGTGCTCGAACAGCATGGGCCTATGGGAAGGCTG 1117
Query 1078 GTGGACGAATCTCCCATGCTTTATCGGTTTATAGTTGTCAGATTCGCCAACCAAATCAGG 1137
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1118 GTGGCCGAATCTCCCATGCTTTATCGGTTTATAGTTGTCAGATTCGCCAACCAAATCTGG 1177
Query 1138 TTAAGATAATCTTTGACTTCTTGAAAAATGGATTCCAAGAAATCAGTAATTCACTGGATT 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1178 TTAAGATAATCTTTGACTTCTTGAAAAATGGATTCCAAGAAATCAGTAATTCACTGGATT 1237
Query 1198 TATCTTTCGAAGATGAAACTGTTGCTGATGAGAAAATTCCATTCCTAGCCTATCTTGCTA 1257
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1238 TATCTTTTGAAGATGAAACTGTTGCTGATGAGAAGATTCCATTCCTAGCCTATCTTGCTA 1297
Query 1258 GTGTCTTGAAAAATAGCTCCTATTTCCCGTTTGAACCTCCAGCTGGCAGCAAAAGATTCT 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1298 GTGTCTTGAAAAATAGCTCCTATTTCCCGTTTGAACCTCCAGCTGGCAGCAAAAGATTCT 1357
Query 1318 GCAGTCTAATTGCAGGCTTTATGAGGACATACCACCGTATTCCAATTAATCAGGATAACA 1377
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1358 GCAGTCTAATTGCAGGCTTTATGAGGACATACCACCGTATACCAATTAATCAGGATAACA 1417
Query 1378 TTGTCGTGTTTCCATCAAGGGCTGTGGCAATCGAGAGTGCATTTCGGTTATTCTCACCTC 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1418 TTGTCGTGTTTCCATCAAGGGCTGTGGCAATCGAGAGTGCATTTCGTTTATTCTCTCCTC 1477
Query 1438 GACTTGCAATTGTTGATGAGCATTTAACTCGACAACTTCCGAGGAGCTGGCTAACCTCTT 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1478 GACTTGCAATTGTTGATGAGCATTTAACTCGACAACTTCCGAGGAGCTGGCTAACCTCTT 1537
Query 1498 TAGCCATTGAGAACACTAGCATGGAGAAATCAGATGATCAAATCACAGTCATTGAATCCC 1557
||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1538 TAGCCATTGAGGACACTAGCATGGATAAATCAGATGATCAAATCACAGTCATCGAATCCC 1597
Query 1558 CACACCAATCTGATCTGATGATAGAACTCATTAAGAAACTAAAGCCACAGGTGGTGATTA 1617
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1598 CGCACCAATCTGATCTGATGATAGAACTCATTAAGAAACTAAAGCCACAGGTGGTGGTTA 1657
Query 1618 CTGGAATGGCTCCATTTGAGGTCATTACCAGTTCATCGTTTTTGCACCTGTTGGAAGTGA 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1658 CTGGAATGGCTCCATTTGAGGTCATTACCAGTTCATCGTTTTTGCACCTTTTGGAAGTGA 1717
Query 1678 CGAGAGAAATCGGATGTCGACTTTTCTTGGATATATCTGATCACTTTGAGTTGTCTAGCC 1737
| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1718 CAAAAGAAATTGGATGTCGACTTTTCTTGGATATATCTGATCACTTTGAGTTGTCTAGCC 1777
Query 1738 TCCCTGCATCCAATGGGGTACTAAAATATCTCGCTGAAAATCAACTACCTGCTCATGTAG 1797
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 1778 TTCCTGCATCCAATGGGGTACTAAAATATCTCGCTGAAAATCAACTACCTTCTCATGCAG 1837
Query 1798 CAATTATCTGCGGTCTGGTAAAGAATAAGGTCTATTCAGATTTAGAAGTAGCCTTTGTCA 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1838 CAATTATCTGCGGTCTGGTAAAGAATAAGGTCTATTCGGATTTAGAAGTAGCCTTTGTCA 1897
Query 1858 TTACAGAAGTGGATGCCATTGCTAAGGCCCTGTCCAAAACTGTGGAAGTCTTAGAAGGTC 1917
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1898 TTACAGAAGTGGATGCCATTGCTAAAGCCCTGTCCAAAACTGTGGAAGTCTTAGAAGGTC 1957
Query 1918 ATACTGCTATTATCAGTCAATACTACTATGGTTGCCTTTTCCATGAGCTTTTGGCTTTCC 1977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1958 ATACTGCTATTATCAGTCAATACTACTATGGTTGCCTTTTCCATGAGCTTTTGGCTTTCC 2017
Query 1978 AGCTTGCTGATCGCCATGCCCCGGCTGAGAGGGAAAGTGAGAAGGCAAAGTCTGAAGAGA 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2018 AGCTTGCTGATCGCCATGCCCCGGCTGAGAGGGAAAGTGAGAAAGCAAAGTCTGAAGAGA 2077
Query 2038 TCATTGGATTTTCAAGCTCAGCCGTCTCTATTCTAAAAGATGCTGAGCTTTCAGTCACTG 2097
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2078 TCATTGGATTTTCAAGCTCAGCAGTCTCTATTCTAAAAGATGCTGAGCTTTCAGTCACTG 2137
Query 2098 AGATTGACGAAACTTCTCTAATACACATGGATGTGGATCAAAGTTTCTTGCCAATTCCAC 2157
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2138 AGATTGACGAAACTTCTCTAATCCACATGGATGTTGATCAAAGTTTCTTGCAAATTCCAC 2197
Query 2158 AATCTGTTAAGGCTGCAATCTTTGAAAGTTTTGTGAGGCAGAACATATCTGAAGCGGAAG 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2198 AATCTGTTAAGGCTGCAATCTTTGAAAGTTTTGTGAGGCAGAACATATCTGAAGCGGAAG 2257
Query 2218 TTGATATCAACCCAAGTATTAAGCAGTTTGTGTGGAGTAATTATGGGTTTCCAACCAAAA 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2258 TTGATATCAACCCAAGTATTAAGCAGTTTGTGTGGAGTAATTATGGGTTTCCAACCAAAA 2317
Query 2278 GCAGCACAGGCTTTGTATATGCTGATGGCTCACTAGCACTATTCAATAAGCTGGTCATTT 2337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2318 GCAGCACAGGCTTTGTATATGCTGATGGCTCACTAGCACTATTCAATAAACTGGTAATTT 2377
Query 2338 GCTGTGCTCAAGAAGGTGGAACACTCTGTTTACCTGCTGGCACAAATGGGAATTATGTTG 2397
| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 2378 GTTGTGCTCAAGAAGGTGGAACGCTTTGTTTACCTGCTGGTACAAATGGAAATTATGTTG 2437
Query 2398 CTGCTGCCAAATTTTTAAAAGCTAATGTTGTGAATATCCCTACTGAGTCTAGTGATGGCT 2457
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2438 CTGCTGCCAAATTTTTAAAAGCTAATGTCGTGAATATCCCTACCGAGTCTAGTGATGGCT 2497
Query 2458 TTAAGCTGACGGAAAAGACTTTAACGAATGCACTCGAGACTGTGAAGAAGCCATGGGTTT 2517
|||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 2498 TTAAGCTGACAGAAAAGACTCTAACGAAAGCACTCGAGTCTGTGAAGAAGCCGTGGGTTT 2557
Query 2518 GTATATCTGGACCAACAGTTAGCCCTACGGGCTTGGTGTACAGCAATGAGGAGATGGATA 2577
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2558 GTATATCTGGACCAACGGTTAGCCCTACAGGCTTGGTGTACAGCAATGAGGAGATGGATA 2617
Query 2578 TACTATTGTCTAGTTGTGCTAAGTTTGGAGCAAAGGTCATCATCGATACTTCATTCTCGG 2637
|||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2618 TACTGTTGTCTACTTGTGCTAAGTTTGGAGCAAAGGTCATCATCGATACTTCATTCTCGG 2677
Query 2638 GATTAGAATACAGTCCAACTAGCTGGGATTTGAAGAGCGCTTTGTC-AAGATTGGGTTCA 2696
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| || || || |||
Sbjct 2678 GATTAGAATACAGTGCAACTAGCTGGGATTTGAAGAACGCTTTGTCGAAAAT-GGATTCT 2736
Query 2697 TCCTTGTCAGTTTCGCTGCTTGGATGTCTCTCTTTGAATTTGCTCAGTGGAGCTATTAAA 2756
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2737 TCCTTATCAGTTTCGCTGCTTGGATGTCTCTCTTTGAATTTGCTCAGTGGAGCTATTAAA 2796
Query 2757 CTTGGGTTTCTAGTTTTGGATCAGTCTCTCATCGATGCCTTCCATACCCTCCCAGGCCTG 2816
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2797 CTCGGGTTTCTAGTTTTGGATCAGTCTCTCATCGATGCCTTCCATACCCTCCCAGGCCTG 2856
Query 2817 AGCAAACCGCACAGCACTGTGAAATATGCCGCTAAGAAAATGTTGGCTCTGAAAGAAGAG 2876
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 2857 AGCAAACCGCACAGCACTGTGAAATATGCCGCTAAGAAAATGTTGGCTTTGAAGGAAGAG 2916
Query 2877 AAAGCAAGTGACTTTCTGGATGCCGTTTCTGAAACCATTAAAACGTTGGAGGGCAGATCT 2936
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2917 AAAGCAAGTGACTTTCTGGATGCCGTTTCTGAAACCATTAAAACCTTGGAAGGCAGATCC 2976
Query 2937 A-AGCGCTTAAAAGAGGTACTAGAGAACTCTGGTTGGGAGGTTATCCAACCTTCAGCTGG 2995
| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2977 AGA-CGCTTAAAAGAGGTACTACAGAACTCTGGTTGGGAGGTTATCCAACCCTCAGCTGG 3035
Query 2996 AATCTCAATGGTGGCAAAGCCAAAAGCTTATCTCAACAAAACAGTAAAGCTGAAAGCAGG 3055
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3036 AATCTCAATGGTGGCAAAGCCAAAAGCTTATCTCAACAAAAAAGTAAAGCTGAAAGCAGG 3095
Query 3056 AAAAGGACAGGAAGTCGTTGAGCTTACGGATTCAAATATGAGGGACGTGTTCCTCAGCCA 3115
| | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3096 AGATGGACAGGAAATCGTCGAGCTTACGGATTCAAATATGAGGGATGTGTTCCTCAGCCA 3155
Query 3116 TACCGGTGTTTGCTTAAACAGCGGTTCCTGGACCGGAATTCCTGGTTACTGCCGCTTTTC 3175
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 3156 TACCGGTGTTTGCTTAAACAGCGGTTCCTGGACTGGAATCCCTGGTTACTGCCGGTTTTC 3215
Query 3176 ATTTGCATTGGAGGATAGTGAGTTCGACAAGGCTATTGAATCAATAGCACAGTTTAAAAG 3235
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 3216 ATTTGCATTGGAAGATAGTGAGTTTGACAAGGCTATTGAATCGATAGCTCAGTTTAAAAG 3275
Query 3236 CGTCCTTGCTAATTGAAACGTGCCACTTTCATTTACGGTGTCATCAACTTGAACTAAAGT 3295
|||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3276 CGTCCTTGCTAACTGAAACGTGCCAGTTTCATTTACGATGTCATCAACTTGAACTAAAGG 3335
Query 3296 GCATTGTGCATTGCTGGTTCTGAGACTTAACACTTCGCTCTACTTCTGCGTTTCCTT-GT 3354
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||
Sbjct 3336 GCATTGTGCATTGCTGGTTCTGAGACTTAACACGTCGCTCTTCTTCTGCGTT-CCTTTGT 3394
Query 3355 TCTGTTGTTTCTAA 3368
||||||||||||||
Sbjct 3395 TCTGTTGTTTCTAA 3408
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 167607756563
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5