BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg495042
Length=2755
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G49830.2 | Symbols: EXO84B | exocyst complex component 84B |... 3771 0.0
> AT5G49830.2 | Symbols: EXO84B | exocyst complex component 84B
| chr5:20250486-20255039 REVERSE LENGTH=3035
Length=3035
Score = 3771 bits (2042), Expect = 0.0
Identities = 2232/2325 (96%), Gaps = 8/2325 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 365 GATATAAAGCAGTTATGCTCCTATCTATTGGATTTGAAGAGAGCTTCTGCTGAAGAAATG 424
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 601 GATATAAAGCAGTTATGCTCGTATCTATTGGATTTGAAGAGAGCATCTGCTGAAGAAATG 660
Query 425 CGGCGAAGTGTTTATGCTAATTATCCAGCCTTTATACGCACATCAAAAGAGATATCAGAT 484
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 661 CGGCGAAGTGTTTATGCTAATTATCCAGCCTTTATACGCACATCTAAAGAGATATCAGAT 720
Query 485 CTGGAGGGGGAGCTATCATCTATCAGAAATCTTCTCTCCACTCAGGCCACTCTAATTCAT 544
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 721 CTTGAGGGGGAGCTATCATCTATCAGAAATCTTCTCTCCACTCAGGCGACTCTAATCCAT 780
Query 545 GGTTTAGCAGATGGAGTTAACATTGATGACGATAAAGTTTCTGATGAATCTCTTGCAAAT 604
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 781 GGCTTAGCAGATGGAGTTAACATTGATGACGATAAAGTTTCTGATGAATCTCTTGCGAAT 840
Query 605 GGTTTATTGAAGTTTGAGGACAACGACCTCTCTGATCTGGAGAAATGGGCTACGGAGTTT 664
||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 841 GGTTTATTGAATTTTGAGGACAACGGCCTCTCTGATCTGGAGAAATGGGCTACGGAATTT 900
Query 665 CCTGACCACCTTGATACTTTATTAGCTGAAAGAAGGGTAGATGAAGCTCTGGCAGCTTTT 724
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CCTGACCACCTTGATGCTTTATTAGCTGAAAGAAGGGTGGATGAAGCTCTGGCAGCTTTT 960
Query 725 GATGAGGGAGAAATTTTAATGTCTCAAGCAAACGAAAAGCACACTTTAGGCTCTTCTGTA 784
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 961 GATGAGGGAGAAATTTTAGTATCTCAAGCAAACGAAAAGCATACTTTAAGCTCTTCTGTA 1020
Query 785 CTTTCATCCCTTCAGTTTGCTATTGCCGAACGCAAGCAAAAATTGGCTGACCAACTTGCC 844
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1021 CTTTCATCTCTTCAGTTTGCTATTGCCGAACGCAAGCAAAAATTAGCTGACCAACTTGCC 1080
Query 845 AAAGCTGCTTGTCAACCTTCAACTCGAGGTGGGGAACTTCGGTCAGCAATAGCAGCTCTC 904
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1081 AAGGCTGCTTGTCAACCTTCAACTCGAGGTGGGGAACTTCGGTCAGCCATAGCAGCTCTC 1140
Query 905 AAAAGGCTTGGCGATGGTCCTCGAGCCCATACTGTACTTCTTGATGCCCATTTCCAGAGA 964
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AAAAGGCTTGGCGATGGTCCTCGAGCCCATACTGTACTTCTTGATGCCCATTTCCAGAGA 1200
Query 965 TATCAATACAACATGCAAAGTCTTCGTCCTTCTAGCACCTCATATGGAGGGGCGTACACT 1024
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TATCAATACAACATGCAAAGTCTTCGTCCTTCTAGCACCTCATATGGAGGGGCGTACACT 1260
Query 1025 GCTGCACTTTCTCAGCTTGTGTTTTCAGCTATCTCTCAAGCTTCTAGTGATTCATTGGGA 1084
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1261 GCTGCACTTTCTCAGCTTGTGTTCTCAGCTATCTCTCAAGCTTCTAGTGACTCATTGGGA 1320
Query 1085 ATCTTTGGGAAAGAGCCAGCATATAGTTCTGAGCTCGTGACTTGGGCTACTAAGCAAACA 1144
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 ATCTTTGGGAAAGAGCCAGCATATAGTTCTGAACTTGTGACTTGGGCTACTAAGCAAACA 1380
Query 1145 GAGGCGTTTTCCCTTCTTGTTAAAAGGCATGCATTAGCTTCTTCTGCAGCAGCGGGAGGA 1204
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GAGGCGTTTTCCCTTCTTGTTAAAAGGCATGCATTAGCTTCTTCTGCAGCAGCGGGAGGA 1440
Query 1205 CTAAGAGCTGCTGCAGAGTGTGCACAGATAGCTCTTGGGCATTGTTCTTTGTTGGAAGCT 1264
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 CTAAGAGCTGCCGCAGAGTGTGCACAGATAGCTCTTGGGCATTGTTCTTTGTTGGAAGCT 1500
Query 1265 CGTGGTTTGTCCCTCTGCCCAGTGCTTTTAAAGCACTTTAAGCCTATCGTGGAACAGGCA 1324
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1501 CGTGGTTTGTCCCTTTGCCCAGTGCTTTTAAAGCACTTTAAGCCTATTGTGGAACAGGCA 1560
Query 1325 TTGGAGGCAAATCTGAAGCGAATTGAAGAAAACACTGCAGCTATGGCTGCTGCAGATGAT 1384
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 TTGGAGGCAAATCTTAAGCGAATTGAAGAAAACACTGCAGCTATGGCTGCTGCAGATGAT 1620
Query 1385 TGGGTGCTGACATGTCCTCCTGCTGGTAGTCGTCATGCTAGTACAGCATTTCAGAATAAG 1444
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 TGGGTACTGACAAGTCCTCCTGCTGGTAGTCGTCATGCTAGTACAGCATTTCAGAATAAG 1680
Query 1445 CTTACATCCAGTGCCCACTGCTTTAATCTCATGGTCCAGGACTTCTTTGAGGACGTAGGA 1504
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 CTTACATCCAGTGCCCACCGGTTTAATCTCATGGTCCAGGACTTCTTTGAGGACGTAGGA 1740
Query 1505 CCTCTTCTAAGTATGCAATTGGGAAGTAAAGCTCTGGAAGGTCTGTTTCGGGTGTTTAAC 1564
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 CCTCTGCTAAGTATGCAATTGGGAAGTAAAGCTCTGGAAGGTCTGTTTCGGGTGTTTAAC 1800
Query 1565 TCATATGTAGATGTGCTGATAAGAGCACTTCCGGGTTC---AGAAGAAGAAGATGCAAAT 1621
|||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 1801 TCATATGTAGATGTGCTGGTAAGAGCACTTCCTGGTTCGATAGAAGAAGAAGATCCAAAT 1860
Query 1622 TTTGAAGGTTCGTGTAATAAGATTGTCCAATTAGCTGAGACTGAGGCAAATCAACTTGCA 1681
|||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1861 TTTGAAAGTTCATGTAATAAGATTGTCCAAATGGCTGAGACGGAGGCAAACCAACTTGCA 1920
Query 1682 CTACTCGCAAATGCATCATTGCTAGCAGATGAATTACTTCCACGTGCTGCCATGAAACTC 1741
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 TTACTCGCAAATGCATCATTGCTAGCGGATGAATTACTTCCACGTGCTGCCATGAAACTC 1980
Query 1742 TCTCTTGATCAGAGTGGTCACAGGACAGACGACCTAAGGAGACCTTTGGACAGACAAAAT 1801
||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 TCTCTTGATCAGACTGGTCAGAGGACAGACGACCTAAGGAGACCTTTGGACAGACAAAAT 2040
Query 1802 CGTAATCCTGAACAACGAGAATGGAAGAGGCGTTTACTTAGTACTGTTGACAAGTTAAAA 1861
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 CGTAATCCTGAACAACGAGAATGGAAGAGGCGTTTACTTAGTACTGTTGACAAGTTAAAA 2100
Query 1862 GATGCGTTTTGTCGCCAGCATGCCTTGGATCTCATTTTTACCGAGGAAGGAGATAGCCAT 1921
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2101 GATGCGTTTTGTCGCCAGCATGCCTTGGATCTCATTTTTACTGAGGAAGGAGATAGCCAT 2160
Query 1922 CTGACTGCGGATATGTACATAAACATAGATGGAAATGGCGAAGATGTGGACTGCTTTCCA 1981
||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 2161 CTGTCTGCGGATATGTACGTAAACATAGATGAAAATGGCGAGGATGTGGACTTCTTTCCA 2220
Query 1982 TCTCTGATATTCCAGGAACTTTTTGCCAAACTTAACAGGATGGCAAGTCTAGCAGCAGAT 2041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 TCTCTGATATTCCAGGAACTTTTTGCCAAACTTAACAGGATGGCAAGTCTAGCAGCAGAT 2280
Query 2042 ATGTTTGTAGGAAGAGAAAGATTTGCCACATCTTTGCTGATGCGATTAACAGAGACGGTG 2101
||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2281 ATGTTTGTAGGAAGAGAAAGATTCGCCATATCTTTGTTGATGCGATTAACAGAGACTGTG 2340
Query 2102 ATCTTATGGCTTTCCGGAGACCAGAGCTTTTGGGATGACATTGAGGAAGGTCCTAGACCT 2161
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2341 ATCTTATGGCTTTCTGGAGACCAGAGCTTTTGGGATGACATTGAGGAAGGTCCTCGACCT 2400
Query 2162 TTGGGACCTCTTGGCCTACGGCAGCTGTATTTGGACATGAAGTTTGTCATATGCTTTGCA 2221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 TTGGGACCTCTTGGCCTACGGCAGCTGTATTTGGACATGAAGTTTGTCATATGCTTTGCA 2460
Query 2222 TCCCAAGGGCGCTACCTATCAAGGAATTTGCACAGGGGCACTAATGAGATAATATCTAAA 2281
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 TCCCAAGGTCGCTACCTATCGAGGAATTTGCACAGGGGAACTAATGAGATAATATCTAAA 2520
Query 2282 GCCTTAGCAGCTTTCACTGCAACTGGGATGGATCCATATAGTGAGCTGCCAGAAGACGAT 2341
||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2521 GCCTTAGCAGCTTTCACCGCAACAGGGATAGATCCATATAGTGAGCTGCCAGAAGACGAT 2580
Query 2342 TGGTTCAACGACATATGTGTGGATGCGATGGAAAGATTGAGTGGTAAGACAAAGGGAAAC 2401
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 2581 TGGTTCAATGACATATGTGTGGATGCGATGGAAAGATTGAGTGGCAAGACAAAGGGCAAC 2640
Query 2402 AACGGGGATGTCCACAGTCCGACTGCTTCAGTGTCAGCTCAGTCTGTTTCATCAGCGAGA 2461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2641 AACGGGGATGTCCACAGTCCGACTGCTTCAGTGTCAGCTCAGTCTGTTTCATCAGCGAGA 2700
Query 2462 TCGCATGGCAGCTACTGAA-CCAAACCCATCTTACATTTGTAAAGAAGGTGAGTGGTTAA 2520
|| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||
Sbjct 2701 TCTCATGGCAGCTATTGAAACCAAACCCATCTTACATTTGTTAAGAAGGTGAATGGTCAA 2760
Query 2521 TAGCTTT-GATCTTCTCTTCTCAGCTCTGCTTTTCAAAAAGCCTTGTATTTTGTAGAGTC 2579
|| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2761 TAACTTTTGATCTTCTCTTTTCAGCTCTGCTTTTCCAAAAGCTTTCTATTTTGTAGAGTC 2820
Query 2580 TCGAATTGTTGATGAGATGATTTTGGGGGTTGTGTAAATGTGGTTGAGTTGATATGTTTG 2639
|| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 2821 TCCAGTTGTTGATGAGATGATTTTGGGGGC-GTGTAAATGTTGTTGAGTTGACATGTTTG 2879
Query 2640 TTTTCTTTTATTGGTCCTCTCT-T-TCTCAATGGATACATTCTTT 2682
||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||
Sbjct 2880 TTTTCTTGTATTGGTCCTCTCTCTCTCTCAATGGATGCATTCTTT 2924
Score = 521 bits (282), Expect = 1e-146
Identities = 347/376 (92%), Gaps = 14/376 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 TTTGTTTTAGCAGACGAAAAAGCCAAGCTTCCGTCGTTGGCTAAATCGCTCTGGTTACCA 61
||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 44 TTTGTTTAAGCAGACGAAAAAGCCAAGCTACCGTCGTTGGCTAAATCGCTCTGGTTGCCA 103
Query 62 ACTCGATCATCATCTTCTACCCACCGCCACTTTCTCAATCTGCTCTCC-TCTCTAGGAGC 120
|||||||||||||||||| | | | |||||||||| ||||||||||| | |||||||||
Sbjct 104 ACTCGATCATCATCTTCT-TCTA-C-CCACTTTCTCTATCTGCTCTCCGTATCTAGGAGC 160
Query 121 TTCCTCAGATCTGTGCTTAATTCTCCGGTAACATT-CCGGCATCACTGGGATTGCTGATC 179
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 161 TCCCTCAGATCTGTGCTTAATTCTCCGGTAACATTACCGGCATCACTGGGATTGCTGATC 220
Query 180 TCGAACCGCTGTGAAATTTTAGGTTTTCTCTGAGAAG---------TTTAACGATGGCGG 230
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 221 TGGAACCGCTGTGAAATTTTAGGTTTTCTCTGAGAAGACAGGCAAGTTTAACGATGGCGG 280
Query 231 CGAAGACGGCCAGATCAAAAGCAACACCGACGAAAGAAAATGGTGCCAGAGTCGAGGAAG 290
|||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 281 CGAAGACGGCCAGATCAAAAGCTACGCCGACGAAGGAAAATGGTGTCAGAGTCGAGGAAG 340
Query 291 GCTTGAGTCTATTCAAGTCTGATAAGTTCGATGCTGATGCTTATGTGCAATCCAAATGTT 350
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 341 GATTGAGTCTGTTCAAGTCTGATAAGTTCGATGCTGATGCTTATGTGCAATCCAAATGTT 400
Query 351 CTATCAACGAGAAGGA 366
||||||||||||||||
Sbjct 401 CTATCAACGAGAAGGA 416
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 136855420504
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5