BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg495045
Length=2764
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G49890.1 | Symbols: CLC-C, ATCLC-C | chloride channel C | ch... 4191 0.0
> AT5G49890.1 | Symbols: CLC-C, ATCLC-C | chloride channel C |
chr5:20288119-20292350 REVERSE LENGTH=2836
Length=2836
Score = 4191 bits (2269), Expect = 0.0
Identities = 2512/2627 (96%), Gaps = 26/2627 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 159 GTGGA-GA-AGATGGATGATC-GTAGCGAAGAAGA-C--CATGATATTGAGGTTGAAGGA 212
||||| || |||||||||||| | | ||||| ||| | |||||||| ||||||||||||
Sbjct 197 GTGGAGGAGAGATGGATGATCGGCA-CGAAGGAGACCATCATGATATAGAGGTTGAAGGA 255
Query 213 GGAGCTTTTCAAGGTTACGAGAGGAAGATATCTGGGATTCTAGATGATGGATCTGTCGGA 272
|||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 256 GGAGCTTTACATGGTTTCGAGAGGAAGATATCTGGGATTCTAGACGATGGATCTGTCGGA 315
Query 273 TTTCGACAGCCTCTTCTCGCTAGGAATCGAAAGAACACAACTTCGCAGATCGCTATTGTC 332
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 316 TTTCGACAGCCTCTTCTCGCTAGGAATCGAAAGAACACAACTTCTCAGATCGCTATTGTC 375
Query 333 GGAGCTAATTCTTGTCCCATCGAAAGCCTTGATTACGAGATCTTTGAGAATGATTTTTTC 392
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 376 GGAGCTAATACTTGTCCCATCGAAAGCCTTGATTACGAGATCTTCGAAAATGATTTTTTC 435
Query 393 AAGCAAGACTGGAGGTCTAGGAAGAAGATTGAGATACTTCAGTATACGTTTCTTAAATGG 452
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 436 AAGCAAGACTGGAGGTCTAGGAAGAAGATTGAGATACTTCAGTATACGTTTCTCAAATGG 495
Query 453 GCGCTTGCTTTTCTTATTGGTTTAGCCACTGGGCTTGTTGGCTTTTTGAATAATCTTGGT 512
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 496 GCGCTTGCTTTTCTTATTGGTTTAGCTACTGGACTTGTTGGCTTTTTGAATAACCTTGGT 555
Query 513 GTTGAGAATATTGCTGGATTCAAACTCTTGCTCATTGGTTATCTCATGGC-CAAGGAAAA 571
||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||
Sbjct 556 GTTGAGAATATAGCTGGATTTAAACTCTTGCTCATCGGTAATCTCAT-GCTCAAGGAAAA 614
Query 572 ATATTTTCAGGCATTTTTTGCATTTGCTGGTTGTAACTTAATTTTGGCAACTGCTGCTGC 631
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 615 ATATTTCCAGGCATTTTTTGCATTTGCTGGTTGTAACTTAATTTTGGCAACTGCTGCTGC 674
Query 632 TTCACTCTGTGCTTTTATTGCTCCGGCGGCGGCAGGATCTGGCATACCTGAGGTTAAAGC 691
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 675 TTCACTCTGTGCTTTTATTGCTCCTGCGGCGGCAGGATCTGGCATACCTGAGGTTAAAGC 734
Query 692 ATATCTCAATGGGATAGATGCTTATTCAATATTAGCTCCGAGCACCCTCTTTGTTAAGAT 751
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 735 ATATCTCAATGGTATAGATGCTTATTCAATATTAGCTCCAAGCACCCTCTTTGTTAAGAT 794
Query 752 CTTTGGCTCTATATTTGGAGTTGCTGCCGGATTTGTAGTCGGGAAAGAAGGGCCTATGGT 811
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 795 CTTTGGCTCTATATTTGGAGTTGCTGCCGGATTTGTAGTTGGAAAAGAAGGGCCTATGGT 854
Query 812 TCATACTGGTGCTTGCATTGCTAATTTACTTGGACAAGGTGGATCCAAAAAGTATCGGTT 871
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 855 TCATACTGGTGCTTGCATTGCTAATTTACTTGGACAAGGTGGTTCCAAAAAGTACCGGTT 914
Query 872 GACTTGGAAGTGGCTCAGATTCTTCAAAAACGATAGAGACAGAAGAGACCTGATCACTTG 931
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 915 GACTTGGAAGTGGCTCAGATTCTTCAAAAACGATAGAGACAGAAGAGACCTGATCACTTG 974
Query 932 CGGGGCTGCTGCTGGTGTAGCAGCTGCCTTCCGTGCTCCAGTTGGGGGAGTGCTTTTCGC 991
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 975 CGGGGCTGCTGCTGGTGTAGCAGCTGCCTTCCGTGCTCCAGTTGGAGGAGTGCTTTTCGC 1034
Query 992 CCTTGAAGAAGCTGCTTCATGGTGGAGGAATGCCCTTCTTTGGAGGACGTTCTTCACTAC 1051
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1035 CCTTGAAGAAGCTGCTTCATGGTGGAGGAATGCCCTTCTCTGGAGGACATTCTTCACTAC 1094
Query 1052 CGCAGTTGTAGCAGTGGTCTTACGAAGTTTGATTGAGTTCTGTCGATCTGGGAGATGTGG 1111
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1095 CGCAGTTGTAGCAGTGGTCTTACGAAGTTTGATTGAGTTCTGTCGCTCTGGGAGATGTGG 1154
Query 1112 ACTGTTTGGGAAAGGAGGTCTCATCATGTTTGATGTAAACTCGGGACCAGTGCTTTATAG 1171
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1155 ACTGTTTGGGAAAGGAGGTCTCATCATGTTTGATGTAAACTCGGGACCAGTGCTATATAG 1214
Query 1172 CACTCCAGATTTGCTAGCAATAGTATTCCTTGGAGTTGTTGGTGGTGTGCTTGGAAGCCT 1231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1215 CACTCCAGATTTGCTAGCAATAGTATTCCTTGGAGTTATTGGTGGTGTGCTTGGAAGCCT 1274
Query 1232 TTACAACTACCTTGTGGACAAAGTCCTCAGGACATATAGCATGATAAACGAGAAAGGTCC 1291
|||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1275 TTACAACTACCTTGTGGACAAAGTCCTCCGCACATATAGCATTATAAACGAGAAAGGTCC 1334
Query 1292 AAGATTTAAAATTATGCTTGTTATGGCAGTTTCCATTTTGAGCTCGTGTTGCGCATTTGG 1351
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1335 GAGATTTAAAATTATGCTTGTAATGGCAGTTTCCATTTTGAGCTCGTGTTGCGCATTTGG 1394
Query 1352 TCTCCCATGGCTTTCACAGTGTACTCCATGTCCGACTGGCATAGAGGAGGGCAAGTGCCC 1411
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1395 TCTCCCATGGCTTTCACAGTGTACTCCATGTCCTATTGGCATAGAGGAGGGAAAGTGCCC 1454
Query 1412 AAATGTAGGTAGATCCAGCATCTATAAGAGTTTCCAGTGTCCTCCAAACCATTACAATGA 1471
| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1455 TAGTGTAGGTCGATCCAGCATCTATAAGAGTTTCCAGTGTCCTCCAAACCATTACAATGA 1514
Query 1472 CCTTTCCTCCCTACTTCTCAACACCAATGATGATGCAATCCGAAATCTTTTCACATCCAG 1531
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1515 CCTTTCCTCCCTACTTCTCAACACCAATGATGATGCAATCCGTAATCTTTTCACATCCAG 1574
Query 1532 ATCTGAAAATGAGTTCCATATCTCCACCCTTGCCATCTTCTTTGTGGCAGTATACTTCCT 1591
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| |||
Sbjct 1575 ATCTGAAAATGAATTCCATATCTCTACCCTTGCCATCTTCTTTGTCGCAGTGTACTGCCT 1634
Query 1592 TGGCATCATAACATACGGCATAGCCATACCCTCTGGGCTTTTCATACCCGTCATTCTTGC 1651
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1635 TGGCATCATAACATACGGCATAGCCATACCCTCTGGGCTTTTCATTCCTGTCATTCTTGC 1694
Query 1652 TGGAGCCTCTTATGGACGTCTAGTGGGTAGACTGCTGGGTCCAGTATCTCAGCTTGATGT 1711
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1695 TGGAGCCTCTTATGGACGACTAGTGGGTAGACTGCTGGGTCCAGTATCTCAGCTTGATGT 1754
Query 1712 AGGTCTGTTTTCTCTGCTTGGAGCTGCTTCATTCCTTGGAGGCACAATGAGAATGACGGT 1771
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1755 AGGTCTGTTTTCTCTGCTCGGAGCTGCTTCCTTCCTTGGAGGCACAATGAGAATGACGGT 1814
Query 1772 CTCTCTATGTGTTATACTGCTCGAACTTACAAATAATCTCCTAATGCTGCCACTGGTGAT 1831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1815 CTCTCTATGTGTTATACTGCTCGAACTTACAAATAATCTCCTAATGCTGCCACTGGTGAT 1874
Query 1832 GCTTGTACTCCTAATCTCAAAAACGGTTGCAGATTGTTTCAACAGGGGGGTCTATGACCA 1891
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1875 GCTTGTACTCCTTATATCAAAAACGGTTGCAGATTGTTTCAACAGGGGGGTCTATGACCA 1934
Query 1892 GATTGTAACAATGAAAGGATTGCCTTACATGGAAGACCATGCAGAGCCGTACATGCGCAA 1951
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1935 GATTGTAACAATGAAAGGACTGCCTTACATGGAAGACCATGCAGAGCCGTACATGCGCAA 1994
Query 1952 TTTGGTTGCAAAGGACGTAGTTTCTGGAGCTTTGATATCCTTTTCGAGAGTTGAAAAGGT 2011
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1995 TTTGGTTGCAAAGGACGTAGTTTCTGGAGCTTTGATATCCTTTTCGAGAGTTGAAAAGGT 2054
Query 2012 TGGGGTAATATGGCAGGCTTTGAAGATGACAAGACATAATGGTTTCCCTGTAATTGATGA 2071
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2055 TGGGGTAATATGGCAGGCTTTAAAAATGACAAGACATAATGGTTTCCCTGTAATTGATGA 2114
Query 2072 GCCACCTTTCACAGAAGCTTCTGAGTTATGTGGGATTGCCTTGAGATCCCATCTCCTTGT 2131
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2115 GCCACCTTTCACAGAAGCTTCTGAGCTATGTGGGATTGCCTTGAGATCTCATCTCCTTGT 2174
Query 2132 GCTTCTCCAAGGGAAGAGATTTTCGAAGCAGAGAACAACTTTTGGTTCCCAAATTTTGAG 2191
||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 2175 GCTTCTCCAAGGGAAGAAATTCTCGAAGCAGAGAACAACTTTTGGTTCACAAATTCTGAG 2234
Query 2192 AAGTTGCAAAGCCCGTGACTTTGGCAAAGCAGGATTAGGCAAGGGACTCAAGATTGAAGA 2251
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2235 AAGTTGCAAAGCCCGTGACTTTGGTAAAGCAGGGTTAGGTAAGGGGCTCAAGATTGAAGA 2294
Query 2252 TTTGGATCTAAGTGATGAGGAGATGGAGATGTATGTTGATCTCCATCCCATCACCAACAC 2311
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2295 TTTGGATCTAAGTGAGGAGGAGATGGAGATGTATGTTGATCTCCATCCCATCACTAACAC 2354
Query 2312 ATCTCCTTACACTGTGCTTGAGACTCTGTCTCTAGCTAAAGCGGCTATTCTTTTCCGGCA 2371
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2355 ATCTCCTTACACTGTGCTTGAGACTCTGTCTCTAGCTAAGGCGGCTATTCTTTTCCGGCA 2414
Query 2372 ACTTGGCCTTCGCCACTTGTGTGTGGTGCCTAAAACACCAGGGAGACCGCCTATTGTTGG 2431
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2415 ACTTGGTCTTCGCCACTTGTGTGTGGTGCCTAAAACACCAGGGAGACCGCCTATTGTTGG 2474
Query 2432 AATATTGACAAGGCATGATTTCATGCCGGAACATGTACTGGGACTCTACCCTCACATTGA 2491
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2475 AATACTGACAAGGCATGATTTCATGCCGGAACATGTCCTGGGACTCTACCCTCACATTGA 2534
Query 2492 TCCCCTCAAGTGAATACGGTGATAAAGAATGGAGATACAAGTCCCTTGAGAGTTCTCTAT 2551
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| | | ||||||||||||
Sbjct 2535 TCCCCTCAAGTGAATAAGGTAATAAAGAATGGAGAAACAAGTACGT-GAGAGTTCTCTA- 2592
Query 2552 AAAGATCTACGATGTAATAATATGTGAATATaaaaaaaTTAAAAGCCCAGATGACCAATG 2611
|| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2593 AA-GATCTACAATGTAATAATATGTGAATATCAAAAAATTAAAAGCCCAGATGACCAATG 2651
Query 2612 TCACTTAGGCATTTATTTCAATTATTCGTTGAGATTGATTATGGAAAAGCAGGGGAAGGA 2671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2652 TCACTTAGGCATTTATTTCAATTATTCGTTGAGATTGATTATGGAAAAGCAGGGGAAGGA 2711
Query 2672 TGATTGTGTAATGTGGTGATACAAGtttttttttttt---t---ggtttt-------tt- 2717
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||
Sbjct 2712 TGATTGTGTAATGAGGTGATACAAGTTTTTTTTTTTTGGGTTTTGGTTTTCACAACATTT 2771
Query 2718 ATTCaaaacaaaaaataaaaaCTAAACATGTATTTTTGTTACAAGTC 2764
||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||| |||||
Sbjct 2772 ATTCAAAACAATAAATAAAAACTAAACATGTAATTATATTATAAGTC 2818
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 137306922991
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5