BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg495103
Length=2411
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G50380.1 | Symbols: ATEXO70F1, EXO70F1 | exocyst subunit exo... 3899 0.0
> AT5G50380.1 | Symbols: ATEXO70F1, EXO70F1 | exocyst subunit exo70
family protein F1 | chr5:20516112-20518573 REVERSE LENGTH=2462
Length=2462
Score = 3899 bits (2111), Expect = 0.0
Identities = 2324/2425 (96%), Gaps = 21/2425 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTTCTTCTTCAATTCAATCTCTCACAAG-TTTGATCTCTAAATCTCACAACACGATCCA 59
|||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 15 TCTTCTTCTTCAATTCAATCTCTCTCAAGTTTTGATCTCTAAATCTCACAACACGATCCA 74
Query 60 TGTCTTCATCTTTCTGATTCACCTTCCTCTCAATTTTGtttttttCCCCTTTTC-AATTT 118
|||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||| |||||
Sbjct 75 TGTCTTCATCTTTCTGATTCACCTACCTCTCTATTTTG-ATTTTT-CCCTTTTCGAATTT 132
Query 119 CTCCATAGATGGCCGCAACAACAACCACGGCGGCGAGTATCAA---C---GCCGGAGGTG 172
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 133 CTCCATAGATGGCCGCAACAACAACCACGGCGGCGAGTATCAACGCCGAAGCCGGAGGTG 192
Query 173 GTGGT---GGAGGTGAAGACCGTGTTCTCGCGACGGCGCAACAGATCGTGAAAAGCCTCA 229
||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 193 GTGGTGGGGGAGCTGAAGACCGTGTTCTCGCTACGGCGCAACAGATCATGAAAAGCCTCA 252
Query 230 ACACACCAAAAGAGGTTCGTGAAGATATGTTACTTATCTTCTCCAGTTTCGACAACCGTT 289
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||
Sbjct 253 ACACACCAAAAGAGGTTCGTGAAGATATGTTACTTATCTTCTCAAGCTTCGATAACCGTT 312
Query 290 TATCGAATATCAAAACTGCGATGACGAATCAGGAAGAGGATCAAAACGACGCTCTTGTGG 349
|||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 313 TATCAAATATCAAAACCGCGATGACGAACCAGGAAGAGAATCAAAACGACGCTCTTGTGG 372
Query 350 CGCGTTTAGAGGCTGCAGAATCGGTTATTCATCGTTGGGATGGTGGTAACGATTCTTCTC 409
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 373 CGCGTTTAGAGGCTGCAGAATCGGTTATTCATCGGTGGGATGGTGGTAATGATTCTTCTC 432
Query 410 GTCACTCGTCTTCGTCTTCTGGTAACTATCGTTCCTCTTCGTTTTCTCTTTCCTTCGATG 469
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 433 GTCACTCGTCTTCGTCTTCTGGTAACTATCGTTCCTCTTCGTTTTCTCTTTCGTTTGATG 492
Query 470 AATCTCCGGAGGAAGCTACGGAGTTTCTTTCAGCTGTTGATGAGATTATCTCTTTGCTTG 529
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 493 AATCTCCGGAGGAAGCTACCGAGTTTCTTTCAGCTGTTGATGAGATTATCTCTTTGCTTG 552
Query 530 AGGATCTTTCGTCGGAGAATAAGCCTGATATGGTGGATAGAGCTGATAGTGCTTTGCAGA 589
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 553 AGGATCTTTCGTCTGAGAATAAGCCTGATATGGTGGATAGAGCTGATAGTGCTTTGCAGA 612
Query 590 TGGCTATGTCTCAGCTTGAAGATGAATTTAGACGGATTTTGATTCGTAACACTGTTCCTT 649
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 613 TGGCTATGTCTCAGCTTGAAGATGAATTTAGACGGATTTTGATTCGTAACACTGTTCCTT 672
Query 650 TAGATGCGGAACGACTCTATGGCTCGATGCGGCGTGTTTCATTGTCCTTTGCTGATGGCG 709
|||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 673 TAGACGCTGAGCGACTCTATGGCTCGATGCGGCGTGTTTCGTTGTCCTTTGCTGATGGTG 732
Query 710 ACGTGGTTGAGGATTTTGAGAATTTTGGATTGGTTGCTGATGGAGATGGTAGTGGGAGTA 769
| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 733 ATGTTGTTGAGGATTTTGAGAATTTTGGTTTGGTTGCTGATGGAGATGGTAGTGGGAGTA 792
Query 770 GGAGGAGGTTGTTTCATGAGAGGGGAGGGAGTATAGGGTGTGATCTTTGGGTTGATTTGA 829
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 793 GGAGGAGGTTGTTTCATGAGAGAGGAGGGAGTATAGGGTGTGATCTTTGGGTTGATTTGA 852
Query 830 TTAATCCGACTGCTGTTGAAGATTTGAAGGAGATTGCGGAGCGGATGATTCGCGCTGGTT 889
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 853 TTAATCCAACTGCTGTTGAAGATTTGAAGGAGATTGCAGAGCGGATGATTCGCGCTGGTT 912
Query 890 ATGAGAAGGAGTGTGTTCAGGTTTATAGTACGGTGAGGCGTGATGCTTTGGATGAATGTT 949
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 913 ATGAGAAGGAGTGTGTTCAGGTTTATAGTTCGGTTAGGCGTGATGCTTTGGATGATTGTT 972
Query 950 TGATGATTCTTGGTGTTGAGAAGCTGAGTATAGAAGAAGTGCAGAAGATTGATTGGAAGT 1009
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 973 TGATGATTCTTGGTGTTGAGAAGCTGAGTATAGAAGAAGTTCAGAAGATTGATTGGAAGT 1032
Query 1010 CTATGGATGAGAAGATGAAGAAGTGGATTCAAGCGGTGAAGATTACTGTTAGGGTTCTTC 1069
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1033 CTATGGATGAGAAGATGAAGAAGTGGATTCAAGCTGTGAAGATTACTGTTAGGGTTCTTC 1092
Query 1070 TGGTTGGTGAGAAAAAGATATGTGATGAGATCTTTAGCAGTTCGGAGTCTAGTAAAGAAG 1129
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1093 TTGTTGGTGAGAAAAAGATATGTGATGAGATCTTTAGCAGTTCGGAGTCGAGTAAAGAGG 1152
Query 1130 TCTGCTTTAACGAGACAACTAAAAGCTGTGTGATGCAGATGTTGAATTTTGGAGAGGCTG 1189
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 1153 TTTGCTTTAACGAGACAACTAAAAGCTGTGTGATGCAGTTGTTGAATTTCGGAGAGGCTG 1212
Query 1190 TGGCGATTGGTAGAAGATCATCAGAGAAGTTGTTCAGGATTCTGGATATGTATGACGCGT 1249
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1213 TGGCGATTGGTAGAAGATCATCAGAGAAGTTGTTTAGGATTCTGGACATGTATGATGCGT 1272
Query 1250 TGGCTAATGTGTTGCAGACTTTAGAGGTGATGGTCACTGACTGCTTTGTGTGTAATGAGA 1309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1273 TGGCTAATGTGTTGCAGACTTTAGAGGTGATGGTCACTGACTGTTTTGTGTGTAATGAGA 1332
Query 1310 CCAAGGGGGTGTTGGAAGCACTGGGTGATGCTGCGAGGGGGACTTTTGTTGAGTTTGAGA 1369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 CCAAGGGGGTGTTGGAAGCACTGGGTGATGCTGCGAGGGGGACTTTTGTTGAGTTTGAGA 1392
Query 1370 ATAATGTTCGGAATGAGACATCAAAGAGACCGACGACAAATGGTGAGGTTCATCCAATGA 1429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1393 ATAATGTTCGGAATGAGACATCAAAGAGACCGACGACAAATGGTGAGGTTCATCCAATGA 1452
Query 1430 TACGTTATGTGATGAATTACATGAAATTGATTGTGGATTATGCAGCT-ACCTTAGATTCT 1488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| ||||
Sbjct 1453 TACGTTATGTGATGAATTACATGAAATTGATTGTGGATTATGCGG-TGACCTTAAATTCG 1511
Query 1489 CTTCTGGAGAATGATGAGTTAAATGGCTTATCTGGGGATGATAGTACAGAGGAGATGTCT 1548
|||||||||| | |||||| || |||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1512 CTTCTGGAGAGTAATGAGTCAAGTGGCGTATCTGGTGATGATAGTACAGAAGAGATGTCT 1571
Query 1549 CCTCTTGC-AAAACGAATATTGGGGTTGATTACGTCCTTGGAATCAAATCTTGAAGAGAA 1607
|||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1572 CCTCTTGCGAAAA-GAATATTGGGGTTGATTACGTCGTTGGAATCAAATCTTGAAGATAA 1630
Query 1608 ATCAAAGTTGTATGAAGATGGTGGGCTGCAACATGTGTTCATGATGAACAACATTTACTA 1667
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1631 ATCAAAGTTGTATGAAGATGGTGGGCTGCAACATGTGTTCATGATGAACAACATTTACTA 1690
Query 1668 CATAGTTCAGAAGGTGAAGGATTCTGAGCTGGGTAAACTCTTGGGTGATGATTGGGTTAG 1727
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1691 CATAGTTCAGAAGGTGAAGGATTCTGAGCTTGGTAAACTCTTGGGTGATGATTGGGTTAG 1750
Query 1728 AAAACGAAGAGGGCAGATTCGTCAATATGCTACCGGTTACCTCAGGGCTTCCTGGAGCAG 1787
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1751 AAAACGAAGAGGGCAGATACGTCAATATGCTACCGGTTACCTCAGGGCTTCCTGGAGCAG 1810
Query 1788 GGTGTTATCTGCTTTGAGGGACGAAAGTATGGGTGGAAGTTCAAGTGGTAGCCCGAGTTA 1847
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1811 GGTGCTATCTGCTTTGAGGGACGAAAGTATGGGTGGAAGTTCAAGTGGTAGTCCGAGTTA 1870
Query 1848 TGGACAAAGAAGCAACAATTCTTCCAAGATGGCCTTAAAAGAGAGATTCAGAGGTTTTAA 1907
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1871 TGGACAAAGAAGCAACAATTCTTCCAAGATGGCGTTAAAAGAGAGATTCAGAGGTTTTAA 1930
Query 1908 TGCCAGCTTTGAAGAGTTATACAGGCTTCAAACGGCTTGGAAAGTCCCGGATCCTCAACT 1967
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1931 TGCCAGCTTTGAAGAGTTATACAGGCTGCAAACGGCTTGGAAGGTCCCGGATCCTCAACT 1990
Query 1968 TCGTGAAGAATTGAGAATATCTATATCAGAGAAAGTAATCCCGGCTTACCGGGCTTTCTT 2027
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1991 TCGTGAAGAACTGAGAATATCTATATCAGAGAAAGTAATCCCGGCTTACCGGGCTTTCTT 2050
Query 2028 TGGAAGGAATAGGAGTCAACTAGAAGGTGGTAGGCATGCTGGAAAATACATAAAGTACAC 2087
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2051 CGGAAGGAATAGGAGTCAACTAGAAGGTGGTAGGCATGCTGGAAAGTACATAAAGTACAC 2110
Query 2088 ACCAGATGACCTGGAGAGTTACTTACCAGACCTATTTGAAGGAACTCAATTGGTTATTCA 2147
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2111 ACCAGATGACCTGGAGAGTTACTTACCAGACCTATTTGAAGGAAATCAATTGGTTATTCA 2170
Query 2148 CCACCCGAGAAGGAAAAGTTAAGTCTCTTGCTAGAAGATGATGACGATTGACGACGACTC 2207
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2171 CCACCCGAGAAGGAAAAGTTAAGGCTCTTGCTAGAAGATGATGACGATTGACGAGGACTC 2230
Query 2208 TCTTGCTGGAAGGACAATCTTGTCTGTTTGAAAGATGC-AGAGGCCAGGTAATTTATATA 2266
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||
Sbjct 2231 TCTTGCTTGAAGGACAATCTTGTCTGTTTGAAAGATGATAGTGGCCAGGTAAC--ATATA 2288
Query 2267 AGTCAGGGGTTTAAGTTATATATGTGAAAGTCGGACTTACACCCTTTTATATACTGTGTC 2326
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2289 AGTCAGGGGTTTAAGTTATATATGTGAAAGTCGGGCTTACACCCTTTT-TATACACTGTC 2347
Query 2327 AAAATTCTTATGTACATGTCTTAATACTTATCATGTTATGACCATGGGTTTTATATAATG 2386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2348 AAAATTCTTATGTACATGTCTTAATACTTATCATGTTATGACCATGGGTTTTATATAATG 2407
Query 2387 ACTATGCTCTTGCATCAAATGGTCT 2411
| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2408 ATTATGCTCTTGAATCAAATGGTCT 2432
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119728299825
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5