BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg495160
Length=1798
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G50950.1 | Symbols: FUM2 | FUMARASE 2 | chr5:20729612-207335... 2338 0.0
AT2G47510.1 | Symbols: FUM1 | fumarase 1 | chr2:19498368-195022... 1951 0.0
> AT5G50950.1 | Symbols: FUM2 | FUMARASE 2 | chr5:20729612-20733516
FORWARD LENGTH=1648
Length=1648
Score = 2338 bits (1266), Expect = 0.0
Identities = 1419/1493 (95%), Gaps = 10/1493 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATATAATGGATGATGATTATGAGAAAAACTTACACGTTTAAGAGGCCCGAAGTTGCTAT 60
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1 AATAAAATGGATGATGATTATGAGAAAAACTTACACGTTTAATAGGCCCGAAGTTGCTAT 60
Query 61 CTAACAGTTGTAGCCATGGCCGCTTTGATAATGCAGTTTGAAGGAGAGAAGAAAAACTTA 120
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 61 CTAGCAGTTGTAGCCATGGCCGCTTTGACAATGCAGTTTGAAGGAGAGAAGAAAAACGTA 120
Query 121 TCCGAAGTTGCAGACGTAACCCTCAAGCAAGATCAAGATGAACAAC---AACGTAGATCT 177
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 121 TCCGAAGTTGCAGACGTAACCCTCAAGCAAG---AAGATGAACAACAAGAACGTAGATCT 177
Query 178 TATTCGACGTCGTTTAGGGAAGAGAGGGACA-CTTTCGGGCCGATCCAAGTTCCTTCCGA 236
||||||||| |||||||||||||||| |||| |||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 178 TATTCGACGCCGTTTAGGGAAGAGAGAGACACCTTT-GGCCCGATCCAAGTTCCTTCCGA 236
Query 237 TAAATTATGGGGAGCACAGACGCAGAGATCGCTTCAGAACTTCGAGATTGGTGGTGACCG 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 TAAATTATGGGGAGCACAGACGCAGAGATCGCTTCAGAACTTCGAGATTGGTGGTGACCG 296
Query 297 TGAGCGAATGCCGGAACCAATCGTCCGAGCTTTTGGTGTCTTGAAGAAATGTGCTGCCAA 356
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 CGAGCGAATGCCCGAACCAATCGTCCGAGCTTTTGGTGTCTTGAAGAAATGTGCTGCCAA 356
Query 357 GGTTAACATGGAGTATGGTCTTGATCCAATGATTGGGGAAGCTATAATGGAAGCTGCACA 416
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 357 GGTTAACATGGAGTATGGTCTTGATCCAATGATTGGGGAAGCCATAATGGAAGCTGCACA 416
Query 417 AGAAGTAGCAGAAGGAAAGCTCAATGATCATTTTCCTCTTGTTGTATGGCAAACTGGTAG 476
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 AGAAGTAGCAGAAGGAAAGCTCAATGATCATTTCCCTCTTGTTGTATGGCAAACTGGTAG 476
Query 477 TGGCACTCAGAGTAATATGAATGCTAATGAGGTTATTGCTAATAGAGCAGCTGAGATTCT 536
||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 477 TGGGACGCAGAGTAATATGAATGCTAATGAGGTCATTGCCAATAGAGCAGCTGAGATTCT 536
Query 537 TGGTCACAAACGTGGGGAAAAAATTGTGCACCCAAATGACCATGTGAATAGATCACAATC 596
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 537 TGGTCACAAACGTGGTGAAAAAATTGTGCACCCAAATGACCATGTGAACAGATCACAATC 596
Query 597 TTCTAATGACACTTTTCCGACTGTCATGCACATTGCAGTTGCAACCGAGATTACTTCAAG 656
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 597 TTCTAATGACACTTTTCCAACTGTCATGCACATTGCAGCTGCAACCGAGATTACTTCGAG 656
Query 657 GCTGATCCCTAGTTTGAAAAATTTGCATAGCTCTTTGGAGTCTAAGTCCTTCGAGTTCAA 716
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 657 GCTAATCCCTAGTTTGAAAAATTTGCATAGCTCTTTGGAATCTAAGTCCTTCGAGTTTAA 716
Query 717 AGACATTGTGAAAATTGGAAGAACTCACACTCAAGATGCTACACCTTTGACGCTAGGACA 776
||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 717 AGATATAGTGAAAATCGGAAGAACTCATACTCAAGATGCTACACCTTTGACATTAGGACA 776
Query 777 AGAATTTGGCGGCTATGCTACTCAAGTTAAGTATGGACTTAGTAGAGTCGCATGTACTCT 836
||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 777 AGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAAGTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCATGTACTCT 836
Query 837 ACCTCGCATCTATCAGCTTGCACAAGGTGGAACCGCTGTTGGGACCGGATTAAACACTAA 896
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 ACCCCGCATCTATCAGCTTGCACAAGGTGGAACTGCTGTTGGGACCGGATTAAACACTAA 896
Query 897 GAAAGGGTTTGATGTAAAGATAGCTGCTGCAGTAGCCGAAGAAACAAACTTGCCATTCGT 956
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 GAAAGGGTTTGATGTAAAGATCGCTGCTGCAGTAGCTGAAGAAACAAACTTGCCATTCGT 956
Query 957 CACTGCAGAAAACAAGTTTGAAGCTTTGGCTGCACACGATGCTTGTGTTGAAACAAGTGG 1016
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 CACCGCAGAAAACAAGTTTGAAGCTCTGGCTGCACACGATGCTTGTGTTGAAACAAGTGG 1016
Query 1017 ATCTCTTAATACAATCGCCACATCGTTGATGAAAATCGCTAATGATATACGTTTTCTTGG 1076
||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 ATCTCTTAACACAATCGCCACATCATTGATGAAGATTGCCAATGATATACGTTTTCTTGG 1076
Query 1077 AAGTGGTCCAAGATGCGGTCTTGGTGAACTTTCTCTGCCTGAAAATGAACCAGGAAGCAG 1136
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1077 AAGTGGTCCAAGATGTGGTCTTGGTGAACTTTCTCTGCCTGAGAATGAACCAGGAAGCAG 1136
Query 1137 TATCATGCCTGGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCATTGACTATGGTTTGTGCTCA 1196
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TATTATGCCTGGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTTTGTGCTCA 1196
Query 1197 AGCTATGGGAAACCATGTAGCTGTGACAATTGGTGGGTCAAATGGTCATTTTGAATTGAA 1256
|| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 AGTTATGGGAAACCATGTAGCCGTGACAATTGGTGGGTCGAATGGTCATTTTGAATTGAA 1256
Query 1257 TGTATTCAAACCGGTGATCGCAAGCGCTCTGTTACATTCCATTAGATTAATAGCAGATGC 1316
||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1257 TGTATTCAAGCCGGTTATCGCAAGCGCTCTCTTACATTCCATTAGACTAATAGCAGATGC 1316
Query 1317 TTCAGCTTCATTTGACAAAAACTGTGTGAGAGGCAGTGAGGCTAACAGAGAGAGGATCTC 1376
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1317 TTCAGCTTCATTTGAGAAAAACTGTGTTAGAGGCATTGAGGCCAACAGAGAAAGGATCTC 1376
Query 1377 AAAGCTATTGCATGAGTCCCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCTAAAATCGGCTATGA 1436
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1377 AAAGCTATTGCACGAGTCTCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCTAAAATTGGCTATGA 1436
Query 1437 CAATGCTGCAGCAGTTGCCAAGAA-AGCTCACAAAGAAGGATGCACATTAAAG 1488
||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 CAATGCTGCAGCAGTAGCCAA-AAGAGCTCACAAAGAAGGATGCACATTAAAG 1488
> AT2G47510.1 | Symbols: FUM1 | fumarase 1 | chr2:19498368-19502246
FORWARD LENGTH=1850
Length=1850
Score = 1951 bits (1056), Expect = 0.0
Identities = 1313/1439 (91%), Gaps = 10/1439 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 172 AGATCTTATTCGACGTCGTTTAGGGAAGAGAGGGACACTTTCGGGCCGATCCAAGTTCCT 231
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 221 AGATCTTATTCGACCTCGTTTAGGGAGGAGAGGGACACCTTCGGGCCGATTCAAGTTCCT 280
Query 232 TCCGATAAATTATGGGGAGCACAGACGCAGAGATCGCTTCAGAACTTCGAGATTGGTGGT 291
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||
Sbjct 281 TCCGATAAATTGTGGGGAGCCCAGACGCAGAGATCGCTGCAGAACTTCGAAATCGGTGGT 340
Query 292 GACCGTGAGCGAATGCCGGAACCAATCGTCCGAGCTTTTGGTGTCTTGAAGAAATGTGCT 351
|| || ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 341 GAGCGCGAGCGAATGCCTGAACCAATTGTCCGCGCTTTTGGCGTCTTGAAGAAATGCGCT 400
Query 352 GCCAAGGTTAACATGGAGTATGGTCTTGATCCAATGATTGGGGAAGCTATAATGGAAGCT 411
||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||| |||| || ||| |||||
Sbjct 401 GCCAAGGTTAACATGGAATACGGTCTTGATCCGACGATTGGGAAAGCAATTATGCAAGCT 460
Query 412 GCACAAGAAGTAGCAGAAGGAAAGCTCAATGATCATTTTCCTCTTGTTGTATGGCAAACT 471
|| || |||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||
Sbjct 461 GCTCAGGAAGTAGCTGAGGGAAAGCTCAATGATCATTTCCCCCTTGTTGTCTGGCAAACT 520
Query 472 GGTAGTGGCACTCAGAGTAATATGAATGCTAATGAGGTTATTGCTAATAGAGCAGCTGAG 531
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 521 GGTAGTGGGACTCAGAGTAATATGAATGCTAATGAGGTCATTGCTAATAGAGCAGCTGAG 580
Query 532 ATTCTTGGTCACAAACGTGGGGAAAAAAT-TGTGCACCCAAATGACCATGTGAATAGATC 590
|||||||||| ||||||||| | | |||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 581 ATTCTTGGTCGCAAACGTGGTG-AGAAATGTGTGCACCCAAATGACCATGTGAACAGATC 639
Query 591 ACAATCTTCTAATGACACTTTTCCGACTGTCATGCACATTGCAGTTGCAACCGAGATTAC 650
|||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 640 ACAATCTTCTAACGACACTTTTCCTACCGTCATGCACATTGCAGCTGCAACCGAGATTAA 699
Query 651 TTCAAGGCTGATCCCTAGTTTGAAAAA-TTTGCATAGCTCTTTGGAGTCTAAGTCCTTCG 709
||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 700 TTCGAGGCTCATCCCTAGTTT-AAAAACTTTGCATAGCACTTTGGAATCTAAGTCCTTCG 758
Query 710 AGTTCAAAGACATTGTGAAAATTGGAAGAACTCACACTCAAGATGCTACACCTTTGACGC 769
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 759 AGTTCAAAGATATTGTGAAAATTGGAAGAACTCACACTCAAGATGCTACACCTTTGACAC 818
Query 770 TAGGACAAGAATTTGGCGGCTATGCTACTCAAGTTAAGTATGGACTTAGTAGAGTCGCAT 829
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| | |
Sbjct 819 TAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAAGTTAAGTATGGACTAAATAGAGTCACCT 878
Query 830 GTACTCTACCTCGCATCTATCAGCTTGCACAAGGTGGAACCGCTGTTGGGACCGGATTAA 889
| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||
Sbjct 879 GCACTCTTCCTCGCCTCTATCAGCTTGCACAAGGTGGAACTGCGGTTGGGACAGGATTAA 938
Query 890 ACACTAAGAAAGGGTTTGATGTAAAGATAGCTGCTGCAGTAGCCGAAGAAACAAACTTGC 949
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 939 ACACTAAGAAAGGGTTTGATGTAAAGATAGCTGCTGCAGTAGCTGAAGAAACAAACTTGC 998
Query 950 CATTCGTCACTGCAGAAAACAAGTTTGAAGCTTTGGCTGCACACGATGCTTGTGTTGAAA 1009
|||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 999 CATTTGTCACTGCAGAAAACAAGTTTGAAGCTCTGGCTGCACACGATGCTTGTGTTGAAA 1058
Query 1010 CAAGTGGATCTCTTAATACAATCGCCACATCGTTGATGAAAATCGCTAATGATATACGTT 1069
| ||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1059 CCAGTGGGTCACTTAACACAATCGCCACATCGCTGATGAAGATCGCCAATGATATACGTT 1118
Query 1070 TTCTTGGAAGTGGTCCAAGATGCGGTCTTGGTGAACTT-TCTCTGCCTGAAAATGAACCA 1128
||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||| |||
Sbjct 1119 TTCTTGGAAGTGGCCCAAGATGTGGTCTTGGTGAACTTGTA-CTACCTGAAAATGAGCCA 1177
Query 1129 GGAAGCAGTATCATGCCTGGAAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCATTGACTATGGTT 1188
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1178 GGAAGCAGTATCATGCCTGGGAAGGTAAATCCTACACAGTGTGAGGCCTTGACTATGGTT 1237
Query 1189 TGTGCTCAAGCTATGGGAAACCATGTAGCTGTGACAATTGGTGGGTCAAATGGTCATTTT 1248
||||| || | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1238 TGTGCACAGGTTATGGGAAACCATGTAGCTGTGACAGTTGGTGGGTCAAATGGTCATTTC 1297
Query 1249 GAATTGAATGTATTCAAACCGGTGATCGCAAGCGCTCTGTTACATTCCATTAGATTAATA 1308
||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||| | |||||||||
Sbjct 1298 GAATTGAATGTATTCAAGCCGGTGATCGCGAGTGCTCTTTTACATTCCGTCAGATTAATA 1357
Query 1309 GCAGATGCTTCAGCTTCATTTGACAAAAACTGTGTGAGAGGCAGTGAGGCTAACAGAGAG 1368
||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||
Sbjct 1358 GCAGATGCTTCAGCTTCGTTCGAGAAAAACTGTGTGAGGGGCATTGAGGCCAACAGAGAA 1417
Query 1369 AGGATCTCAAAGCTATTGCATGAGTCCCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCTAAAATC 1428
|| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1418 AGAATCTCAAAGCTATTGCACGAGTCTCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCGAAAATC 1477
Query 1429 GGCTATGACAATGCTGCAGCAGTTGCCAAGAAAGCTCACAAAGAAGGATGCACATTAAAG 1488
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1478 GGGTATGACAATGCTGCAGCAGTTGCCAAGAAAGCTCACAAAGAAGGATGTACATTGAAG 1537
Query 1489 CACGCAGCTATGAAGTTAGGTGTTCTTACTTCGGAAGAGTTTGATACTCTTGTTGTTCCT 1548
| || ||| |||| ||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1538 GAAGCGGCTCTGAATTTAGGCGTGCTTACTGCGGAAGAGTTTGATACACTTGTTGTTCCT 1597
Query 1549 GAGAAGATGATTGGTCCCTCTGATTAA-A-TTATAAT-GGAGCCAAAAGCTTCAAATAC 1604
|||||||||||||||||||| |||| | | || | | ||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1598 GAGAAGATGATTGGTCCCTCCGATTGATAGTTGTTTTTGGAGCCAAA-GCTTCAAGTAC 1655
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88955365740
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5