BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg495202
Length=2528
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G51300.1 | Symbols: | splicing factor-related | chr5:208488... 3840 0.0
> AT5G51300.1 | Symbols: | splicing factor-related | chr5:20848897-20852334
REVERSE LENGTH=2857
Length=2857
Score = 3840 bits (2079), Expect = 0.0
Identities = 2348/2473 (95%), Gaps = 38/2473 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GCTATGGAGTCCGTCGAATTGATCAATCCCAATCCCGATTCACAAACCCTAGATCAACCT 60
|||||||||||||||||| || || ||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 37 GCTATGGAGTCCGTCGAA---ATGAA---CAATCCCAATTCGCAAACCCTAGATCAACCT 90
Query 61 CCTCCTTCCTCCAACGGAGACACTGCTCCACTCGCATCGGATCATATGAATCCTCAGAAT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 91 CCTCCTTCCTCCAACGGAGACACTGCTCCACTCGCATTGGATCATATGAATCCTCAGAAT 150
Query 121 TCGGAATCTGTGACTTTAAAC-G-------------------G-TACTAATGGTTCATCA 159
||||| |||||| |||||||| | | ||||||||||||||||
Sbjct 151 TCGGAGTCTGTGGCTTTAAACGGTTCTTCTACTCCTATCCCCGATACTAATGGTTCATCA 210
Query 160 GCAAAGCCTGAGTTCTTGCGTCCTTTGCTATCGGAGAGCGGTGTTAGCAAGACGCTGAGT 219
|||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 211 GCAAAGCCTGAGCTCTTACGTCCTTTGCTATCGGAGAACGGTGTTAGCAAGACGCTGAGT 270
Query 220 GGTAACGATAAGGATCAGTCTGGTGGAGAGGAAGAGACTACAAGCCGGAGGAAGCGTCGG 279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 271 GGTAACGATAAGGATCAGTCTGGTGGAGAGGAAGAGACTACAAGCCGGAGGAAGCGTCGG 330
Query 280 AGCCGGTGGGATCCTCCGCCTTCTGAGTCGGGTAATAACCCTAGCGCTGAAGGGGGTACT 339
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 331 AGTCGGTGGGATCCTCCGCCTTCTGAGTCCATTAATAACCCTAGCGCCGAAGGGGGTACT 390
Query 340 GATTCCGGTACTGGAACTAGGAAGCGTAAGTCGAGATGGGCAGATGATGAGCCCAAGCCG 399
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||
Sbjct 391 GATTCCGGTACTGGGACTAGGAAGCGTAAGTCGAGATGGGCAGATGATGAGCCGAGGACG 450
Query 400 CACATTCAGTTACCTGATTTCATGAAGGATTTCACTGGAGGTATTGAGTTTGATCCTGAG 459
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 451 CAAATTCAGTTACCTGACTTCATGAAGGATTTCACTGGAGGTATTGAGTTTGATCCTGAG 510
Query 460 ATTCAAGCTTTGAATAGTAGGTTACTTGAGATTAGTAGGATGTTGCAGTCTGGTATGCCT 519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 511 ATTCAAGCTTTGAATAGTAGGTTACTTGAGATTAGTAGGATGTTGCAGTCTGGTATGCCT 570
Query 520 TTGGATGATAGACCGGAAGGACAGAGGTCTCCTTCACCAGAGCCTGTGTATGATAACATG 579
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 571 TTGGATGATAGACCAGAAGGACAGAGGTCTCCTTCACCAGAGCCTGTGTATGATAACATG 630
Query 580 GGGATTAGGATTAACACTAGAGAGTATAGAGCAAGGGAGAGGTTGAATAGAGAAAGACAA 639
|| |||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 631 GGAATTAGGATCAACACTAGGGAGTATCGAGCGAGGGAGAGGTTGAATAGAGAAAGACAA 690
Query 640 GAAATTATTGCTCAGATTATCAAAAAGAATCCGGCTTTTAAACCTCCAGCAGATTATAGG 699
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 691 GAAATTATTGCTCAGATTATCAAGAAGAATCCTGCTTTTAAACCTCCGGCAGATTATAGA 750
Query 700 CCTCCTAAGCTCCATAAGAAGCTTTTCATTCCAATGAAGGAGTTTCCTGGTTACAATTTT 759
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 751 CCTCCTAAGCTCCATAAGAAGCTTTTCATTCCAATGAAGGAGTTTCCTGGTTACAATTTT 810
Query 760 ATTGGTCTGATTATTGG-CCCTAGGGGTAATACTCAGAAGAGAATGGAGAGGGAGACAGG 818
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 811 ATTGGTCTGATTATTGGTCCC-AGGGGTAATACTCAGAAGAGAATGGAGAGGGAGACTGG 869
Query 819 TGCTAAAATTGTAATTCGGGGTAAAGGATCGGTTAAAGAAGGTAGGCATCAGCAGAAAAA 878
||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 870 TGCAAAAATTGTAATTCGGGGTAAAGGGTCTGTAAAAGAAGGTAGGCATCAGCAGAAAAA 929
Query 879 GGATTTGAAATATGACCCTTCAGAGAATGAAGACTTGCATGTTTTAGTCGAGGCTGAGAC 938
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 930 GGATTTGAAATATGACCCTTCTGAGAATGAAGACTTGCATGTTTTAGTCGAGGCTGAGAC 989
Query 939 TCAGGATGCTCTTGAAGCTGCTGCTGGTATGGTTGAGAAGCT-TCTGCAACCTGTTGATG 997
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||
Sbjct 990 TCAGGAAGCTCTTGAAGCTGCTGCTGGTATGGTTGAAAAGCTAT-TGCAACCTGTTGATG 1048
Query 998 AAGTGTTGAACGAGCACAAGAGGCAACAGCTCAGGGAACTTGCTACCTTGAATGGGACAA 1057
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1049 AAGTGCTCAACGAGCACAAGAGGCAACAGCTCAGGGAACTTGCAACCTTGAATGGGACAA 1108
Query 1058 TAAGGGATGAAGAATTCTGTAGACTGTGTGGTGAGCCAGGACATAGACAGTATGCATGTC 1117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1109 TAAGGGATGAAGAATTCTGTAGACTGTGTGGTGAGCCAGGACATAGACAGTATGCATGTC 1168
Query 1118 CGTCTCGTACCAATACCTTTAAGAGTGATGTTCTTTGCAAGATTTGTGGTGATGGTGGAC 1177
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1169 CTTCTCGTACGAATACCTTTAAGAGTGATGTTCTTTGCAAGATCTGTGGTGATGGTGGAC 1228
Query 1178 ACCCTACTATTGATTGCCCGGTGAAGGGTACTACTGGGAAGAAAATGGATGATGAATATC 1237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1229 ACCCTACTATTGATTGCCCGGTGAAGGGTACTACTGGGAAGAAAATGGATGATGAATATC 1288
Query 1238 AGAACTTCTTGGCAGAGTTAGGAGGAACTGTACCTGAATCTTCTCTCAAACAGAGTGCTA 1297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1289 AGAACTTCTTGGCAGAGTTAGGAGGAACTGTACCTGAATCTTCTCTCAAACAGAGTGCTA 1348
Query 1298 CGCTG-GCTCTTGGTCCGGGAAGTTCGGGAAGTAATCCTCCATGGGCTAATAATGCAGGG 1356
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1349 C-CTTAGCTCTTGGTCCGGGAAGTTCGGGAAGTAATCCTCCATGGGCTAATAATGCAGGG 1407
Query 1357 AATGGTGCAAGTGCGCATCCTGGCTTAGGGTCAACTCCGACCAAACCCCCCTCCAAAGAA 1416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1408 AATGGTGCAAGTGCGCATCCTGGCTTAGGGTCAACTCCGACTAAACCCCCCTCCAAAGAA 1467
Query 1417 TATGATGAAACAAATCTGTACATTGGGTTCTTACCTCCGATGCTTGAGGACGATGGTTTG 1476
||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1468 TATGACGAAACAAATTTGTACATTGGGTTCTTACCTCCGATGCTGGAGGACGATGGTTTG 1527
Query 1477 ATTAATCTGTTTTCATCCTTTGGTGAAATTGTGATGGCAAAGGTAATCAAGGACCGTGTG 1536
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1528 ATTAATCTCTTTTCATCCTTTGGTGAAATTGTGATGGCAAAGGTAATCAAGGACCGTGTG 1587
Query 1537 ACTGGGCTGAGCAAAGGCTATGGTTTTGTGAAGTACGCTGATGTACAGATGGCCAATACT 1596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1588 ACTGGGCTGAGCAAAGGCTATGGTTTTGTGAAGTACGCTGATGTACAGATGGCTAATACT 1647
Query 1597 GCTGTTCAGGCAATGAATGGCTATCGATTCGAAGGCCGAACACTCGCTGTCAGGATTGCA 1656
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1648 GCTGTTCAGGCAATGAATGGCTATCGTTTCGAAGGCCGAACACTCGCTGTCAGGATTGCA 1707
Query 1657 GGCAAAGT-GCCACCGCCTACTGCACCTCCAGGGCCTCCAGCTCCTCAACCACCAACTCA 1715
|||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1708 GGCAAA-TCGCCACCGCCTATTGCACCTCCAGGACCTCCAGCTCCTCAACCACCAACTCA 1766
Query 1716 AGGTTATCCTCCCTCAAACCAGCCACCAGGTGCCTATCCTTCTCAACAGTATGCCACTGG 1775
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1767 AGGTTATCCTCCCTCAAACCAGCCGCCTGGTGCCTATCCATCTCAACAGTATGCCACTGG 1826
Query 1776 TGGTTATTCAACAGctccagttccttggggtcctcccgttccttcctattctccatatgc 1835
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1827 TGGTTATTCAACAGCTCCAGTTCCTTGGGGTCCTCCTGTTCCTTCCTATTCTCCATATGC 1886
Query 1836 tcctccgcctcctcctcctGGTTCTTACCATCCTATCCATGGTCAACATATGTCACCTTA 1895
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 1887 TCTTCCCCCTCCTCCTCCTGGTTCTTACCATCCTGTCCATGGTCAACATATGCCTCCTTA 1946
Query 1896 TGGAATGCAATACCCACCACCACCACCTCATGTGACACAAGCACCTCCACCTGGCACTAC 1955
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1947 TGGAATGCAATACCCACCACCACCACCTCATGTGACACAAGCACCTCCACCTGGCACTAC 2006
Query 1956 TCAAAACCCAGCTTCTAGTGAACCCCAGCAAAGCTTCCCACCAGGAGTACAAGCTGACAG 2015
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2007 TCAAAACCCATCTTCTAGTGAACCCCAGCAAAGCTTCCCACCAGGAGTACAAGCTGATAG 2066
Query 2016 TGGTTCTGCTACGTC-TGTA--CCACCAAATGTCTATGGTAGCTCAGTCACGGCTATACC 2072
|||| |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2067 TGGTGCTGCTACGTCGTCTATACCACCAAATGTCTATGGTAGCTCAGTCACGGCTATGCC 2126
Query 2073 TGGACAGCCTCCATATATGAGTTATCAGTCTTACTACAATGCTGTTCCCCCTCCACCACC 2132
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2127 TGGACAGCCTCCATATATGAGTTATCCGTCTTACTACAATGCTGTTCCCCCTCCAACACC 2186
Query 2133 TCCAGCACCAGCCTCGTCTACTGATCATTCCCAAAACATGGGTAACATGCCATGGGCCAA 2192
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2187 TCCTGCACCGGCCTCGTCTACTGATCATTCCCAAAACATGGGTAACATGCCATGGGCCAA 2246
Query 2193 CAATCCTCCTGTCTCAACACCTGATCACTCGCAAGGTCCTGGTAATGCACCTTGGGCACC 2252
||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 2247 CAATCCTTCTGTCTCAACACCTGATCACTCACAAGGTCTTGTTAATGCACCTTGGGCACC 2306
Query 2253 TACTCCTCCTATGCCGCCCACTGTTGGGTATTCACAGAGCATGGGGAACGTACCCTGGGC 2312
|| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2307 TAATCCTCCTATGCCACCCACTGTTGGCTATTCACAGAGCATGGGGAACGTACCCTGGGC 2366
Query 2313 TCCCAAACCTCCTGTACAGCCACCTGCAGAGAATCCATCCGCTGTTGGAGATTCTGAGTA 2372
|||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 2367 TCCCAAACCTCCAGTACAGCCTCCTGCAGAGAATCCATCCTCTGTTGGAGAGTCTGAGTA 2426
Query 2373 TGAGAAGTTCATGGCTGAGATGAAGTAGCATGTGTGTTCTGAGGAGAAACTCCTTAGTGG 2432
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2427 TGAGAAGTTCATGGCTGAGATGAAGTAGCATGCGTGTTCTGATGAGAAACTCCTTAGTGG 2486
Query 2433 AGAGGTAAGATGT 2445
|||||| |||||
Sbjct 2487 AGAGGTGTGATGT 2499
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125467524443
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5