BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg495214
Length=2727
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G51430.1 | Symbols: EYE | conserved oligomeric Golgi complex... 4444 0.0
> AT5G51430.1 | Symbols: EYE | conserved oligomeric Golgi complex
component-related / COG complex component-related | chr5:20886838-20890907
REVERSE LENGTH=2829
Length=2829
Score = 4444 bits (2406), Expect = 0.0
Identities = 2618/2721 (96%), Gaps = 11/2721 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTGTCTCTACGAAATCAGAGGATCTTCTTCTCTTCAA-A--ATCATCATCGAAGTTGAAG 57
|||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||| |||||
Sbjct 19 GTGTATCTGCGAAATCAGAGGATCTTCTTCTCTTCAACATCATCATCGTCGAAGCTGAAG 78
Query 58 AGAATCTGAGGTAAATCGGGTGATCTCCGATCAAGGATGATGCTGGATCTAGGTCCATTC 117
||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 79 AGAATCTAAGGTAAATCGGGTGA--TCGGATCAAGGATGATGCTGGATCTAGGTCCATTC 136
Query 118 TCAGATGAGAAGTTCGATGCGAAGCGATGGGTTAACTCGTCGTGCCAAGCGCGTCATCCG 177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 137 TCAGATGAGAAGTTCGATGCGAAGCGATGGGTTAACTCGTCGTGCCAGGCGCGTCACCCA 196
Query 178 CAGGATTCGCTCGAGAAACACCTTGTGGATCTGGAAATGAAGCTTCAGATTGCCTCCGAG 237
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 197 CAGGATTCACTCGAGAAACATCTTGTGGATCTGGAAATGAAGCTTCAGATTGCCTCCGAG 256
Query 238 GAGATCGGAGCTTCTCTTGAAGAGCAGAGCGGTGGTGCTCTTCTCCGTGTTCCTCGTGCC 297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 257 GAGATCGGAGCTTCTCTTGAAGAGCAGAGCGGTGGTGCTCTCCTCCGTGTTCCTCGTGCC 316
Query 298 ACACGTGACGTGTTGCGTCTCCGTGATGATGCGGTGTCTCTACGTGGTTCTGTTGCTGGA 357
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 317 ACACGAGACGTGTTGCGTCTCCGTGATGATGCTGTGTCTCTGCGTGGTTCTGTTGCTGGA 376
Query 358 ATCCTCCAGAAGCTCAAGAAGGCAGAGGGTTCTTCAGCTGATTGTATAGCTGCGCTTGCT 417
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 377 ATCCTCCAGAAGCTCAAGAAGGCAGAGGGTTCTTCAGCAGATTGTATAGCTGCGCTTGCT 436
Query 418 AGAGTGGACAATGTCAAACAGAGAATGGAGGCTGCCTACAAAACACTACAGGATGCTGCT 477
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 437 AGAGTGGACAATGTCAAACAGAGAATGGAGGCTGCCTACAAAACACTACAGGATGCTGCA 496
Query 478 GGGTTAACTCAGTTAAGCTCGACGGTTGAGGATGTATTTGCTAGTGGTGATCTTCCTCGT 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 497 GGGTTAACTCAGTTAAGCTCGACGGTTGAGGATGTATTTGCTAGTGGCGATCTTCCTCGT 556
Query 538 GCGGCAGAAACTCTTGCCAGCATGAGAAATTGCTTGTCTGCTGTTGGAGAGGTTGCAGAA 597
|| |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 557 GCTGCAGAAACTCTTGCTAGCATGCGAAATTGCCTGTCTGCTGTTGGAGAGGTTGCAGAA 616
Query 598 TTTGCTAACGTTAGAAAGCAACTAGAGGTCTTGGAAGATAGGCTGGAGGCCATGGTGCAG 657
|||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 617 TTTGCTAATGTGAGAAAGCAACTAGAGGTATTGGAAGATAGGCTGGAGGCGATGGTGCAG 676
Query 658 CCACGTCTTACTGATGCATTAACATACCACAAGGTTGATGTCGCCCAAGATTTGCGAGGA 717
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 677 CCACGTCTTACTGATGCATTAACATATCACAAGGTTGATGTCGCCCAAGATTTGCGAGTA 736
Query 718 ATTCTCATCCGGATTGGGAGATTCAAGTCTCTGGAGTTGCAATATTCAAAAGTCCGTCTA 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 737 ATTCTCATCCGGATTGGGAGATTCAAGTCTCTGGAGTTGCAATATTCAAAAGTCCGTCTA 796
Query 778 AAGCCGATTAAACAACTATGGGAGGATTTTGACACAAAGCAAAGGGCAAACAAGCTTGCC 837
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 797 AAGCCGATTAAACAACTCTGGGAAGATTTTGACACAAAGCAAAGGGCAAACAAGCTTGCC 856
Query 838 AATGAGAGAAGTGAAAGTCAAAGGTTGTCTAGCGGCGATGAGTTTCGA-TTGACATCATC 896
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||
Sbjct 857 AATGAGAGAAGTGAAAGTCAAAGGTTGTCTAGCGGCGATGAGTTTC-AGTCGACATCATC 915
Query 897 TCAGACATCATTTGCCAGTTGGCTGACAAGCTTTTATGACGAGTTGCTACTCTATCTTGA 956
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 916 TCAGACATCATTTGCCAGTTGGCTGACAAGCTTTTACGACGAGTTGCTACTCTATCTTGA 975
Query 957 GCAAGAGTGGAAATGGTGTATGGTTGCCTTCCCTGATGACTACATGACTCTCGTCCCAAA 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 976 GCAAGAGTGGAAATGGTGTATGGTTGCCTTCCCTGATGACTACATGACTCTCGTCCCAAA 1035
Query 1017 GCTGTTGGTTGAGACCATGGGAGTACTGGGGGCTAGTTTTGTTTCTCGTCTTAACCTTGC 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036 GCTGTTGGTTGAGACCATGGGAGTACTGGGGGCTAGTTTTGTTTCTCGTCTTAACCTTGC 1095
Query 1077 AACAGGAGATGCTGTTCCTGAAACAAAAGCACTCGCCAAAGGTGTGATGGATCTATTATC 1136
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1096 AACTGGAGATGCTGTTCCTGAAACAAAAGCACTCGCCAAAGGTGTGATGGATCTATTATC 1155
Query 1137 CGGAGACTTGCCCAAGGGTATTAATATTCAGACCAAGCATCTTGAGGCTCTGATTGAACT 1196
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1156 TGGAGACTTGCCCAAGGGTATTAATATTCAGACCAAGCATCTTGAGGCTCTGATTGAACT 1215
Query 1197 GCACAACGTAACTGGTTCCTTTGCAAGAAATATTCAGCACCTGTTTGCGGAATCTGAACT 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1216 GCACAACGTAACTGGTTCCTTTGCAAGAAATATTCAGCACCTGTTTGCGGAATCTGAACT 1275
Query 1257 TAGGGTATTAATAGATACGCTGAAGGCCGTGTACTCACCCTTTGAATCATTTAAGCAAAA 1316
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1276 TAGGATCTTAATAGATACGCTGAAGGCCGTGTACTCACCCTTTGAATCGTTTAAGCAAAA 1335
Query 1317 GTATGGAAAGATGGAACGTGCTATTTTATCCTCTGAGATTGCAGTGGTGGATCTGAGAGG 1376
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1336 GTATGGGAAGATGGAACGTGCTATTTTATCCTCTGAGATTGCAGTGGTGGATCTGAGAGG 1395
Query 1377 GGCTGTCACTCGTGGTGTTGGAGCTCAAGGAATTGAACTCAGCGAAACAGTGCGTAGGAT 1436
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1396 GGCTGTTACTCGTGGTGTTGGGGCTCAAGGAATTGAACTCAGTGAAACAGTGCGTAGGAT 1455
Query 1437 GGAAGAGTCTATTCCCCAAGTTGTTGTTCTTCTTGAAGCTGCGGTTGAAAGGTGTATTGG 1496
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1456 GGAAGAGTCTATTCCCCAAGTTGTTGTTCTTCTTGAAGCTGCAGTTGAAAGGTGTATTGG 1515
Query 1497 CTTCACTGGCGGCTCAGAGGCAGACGAGCTGATACTTGCATTAGATGACATAATGTTGCA 1556
||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1516 CTTTACTGGAGGGTCAGAGGCAGACGAGCTGATACTTGCATTAGATGACATAATGTTGCA 1575
Query 1557 GTATATCTCTATGCTTCAAGAAACACTCAAATCTTTGAGAGTTGTGTGTGGAGTGGATGG 1616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1576 GTATATCTCTATGCTTCAAGAAACACTCAAATCTTTGAGAGTTGTGTGTGGAGTGGATGG 1635
Query 1617 TACAGGTGATGGAGTTGGCTCAAAGAAAGATGCAAGTGCAGAGAAAAGGGAGAGCTCTCG 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1636 TACAGGTGATGGAGTTGGCTCAAAGAAAGATGCAAGTGCAGAGAAAAGGGAGAGCTCTCG 1695
Query 1677 CAAGATGGATTTGACTTCAAATGAGGAATGGTCCATTGTTCAGGGAGCACTACAAATTCT 1736
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1696 CAAGATGGATTTGACTTCAAATGAGGAATGGTCCATTGTTCAAGGAGCACTTCAAATTCT 1755
Query 1737 TACTGTAGCTGATTGTCTCACGAGCAGGTCTTCTGTCTTTGAAGCATCTTTGAGAGCCAC 1796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1756 TACTGTAGCTGATTGTCTCACGAGCAGGTCTTCTGTCTTTGAAGCCTCTTTGAGAGCAAC 1815
Query 1797 TCTAGCTAGACTAAACTCCAGCTTGTCTATCTCGTTATTTGGCACAAATTTGGATCACAA 1856
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1816 TCTAGCTAGACTAAACTCCAGCTTGTCTATTTCATTATTTGGCACAAATTTGGATCACAA 1875
Query 1857 CCTATCACATTTGAAAAGTGAACAAACTGCTGGTGATTTGTCTATGGCTGGACGAGCCTC 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1876 CCTATCACATTTGAAAAGTGAACAAACTGCTGGAGATTTGTCTATGGCTGGACGAGCTTC 1935
Query 1917 CCTGGATGTGGCAGCTATTCGGTTGGTTGATGTTCCGGAGAAGGCTCACAAACTGTTAAA 1976
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1936 CATGGATGTGGCAGCTATTCGGTTGGTTGATGTTCCGGAGAAGGCTCACAAACTATTAAA 1995
Query 1977 CCTGTTGGAGCAGTCTAAAGATCCACGGTTCCATGCACTGCCTTTGGCGTCTCAGAGAGT 2036
||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996 CCTATTGGAGCAGTCCAAAGATCCACGATTCCACGCACTGCCTTTGGCGTCTCAGAGAGT 2055
Query 2037 CGCTGCTTTTGCCGACACAGTCAATGAACTTGTCTATGACGTCCTTATATCAAAAGTCAG 2096
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2056 TGCTGCATTTGCCGACACAGTCAATGAACTTGTCTATGACGTCCTTATATCAAAAGTCAG 2115
Query 2097 GCAACGTCTCGGGGAAGTATCTCGCCTACCAATCTGGTCTTCAGTCGAAGAACAAACTGC 2156
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2116 GCAACGTCTAGGGGAAGTATCTCGCCTACCAATCTGGTCTTCCGTCGAGGAACAAACTGC 2175
Query 2157 TTTTCCTCTACCAAACTTCAGCTCATACCCTCAGTCTTATGTTACAAGTGTTGGAGAATA 2216
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2176 TTTTCCTCTACCAAATTTCAGCTCATACCCGCAGTCTTATGTTACAAGTGTTGGAGAATA 2235
Query 2217 TCTCCTTACTTTGCCTCAGCAGCTTGAACCTCTAGCTGAAGGAATCTCAACCAATGGAGA 2276
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 2236 TCTCCTTACTTTGCCGCAGCAGCTTGAGCCTCTAGCTGAAGGCATCTCAACCAACGGCGA 2295
Query 2277 TTCAAACAATGAGGATGCACAATTCTTTGCAACCGAGTGGATGTTCAAGGTAGCAGAAGG 2336
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2296 TTCAAACAACGAGGATGCACAATTCTTTGCAACCGAATGGATGTTCAAGGTAGCAGAAGG 2355
Query 2337 CGCAACCGCTCTGTACATGGACCAACTGAGAGGTATCCAATACATTTCAGACCGAGGAGC 2396
|||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2356 AGCAACCGCTCTGTACATGGACCAATTGAGAGGAATCCAATACATTTCAGACCGAGGAGC 2415
Query 2397 ACAACAACTCTCTGTAGATATTGAGTACTTGAGCAATGTGCTTTCGGCTCTGTCCATGCC 2456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2416 ACAACAACTCTCTGTAGATATTGAGTACTTGAGCAATGTGCTTTCGGCTCTGTCCATGCC 2475
Query 2457 AATTCCGCCAGTTCTTGCAACTTTTCAGACGTGTTTGGCTACACCGAGAGATGAGCTCAA 2516
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2476 AATTCCGCCAGTTCTTGCAACTTTTCAGACGTGTTTGGCTACACCGAGAGGTGAGCTCAA 2535
Query 2517 AGATGTGATGAAATCAGAAGCTGGTAATGAACTCGATTTCCCTACAGCTAATCTTGTTTG 2576
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 2536 AGATGTGATGAAATCAGAAGCTGGTAATGAACTCGACTGCCCTACAGCTAATCTTGTTTG 2595
Query 2577 TAAGATGCGTCGTATCAGTTTCGATTAGTCTCAAATGTACTTGGGGTGTCTATGAGACTT 2636
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || || ||||||
Sbjct 2596 TAAGATGCGTCGTATCAGTTTCGATTAGTCTCAAATCTACTTGGGTT-TCGATAAGACTT 2654
Query 2637 -GCTAACAAATCGGTTCGTCCATTGTCATATTGTATTACTCACATTGTGAAAT-TTTTGG 2694
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |
Sbjct 2655 TGCTAACAAATCGGCTCGTCCATTGTCATATTGTATTACAG-CATTGTCTAATGTTTTAG 2713
Query 2695 TTACGTAGTTTCTTATTGTTT 2715
||||||||||| || |||||
Sbjct 2714 TTACGTAGTTTTTTCGTGTTT 2734
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 135450746100
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5