BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg495232
Length=4519
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G51660.1 | Symbols: CPSF160, ATCPSF160 | cleavage and polyad... 7396 0.0
> AT5G51660.1 | Symbols: CPSF160, ATCPSF160 | cleavage and polyadenylation
specificity factor 160 | chr5:20980215-20989427
FORWARD LENGTH=4523
Length=4523
Score = 7396 bits (4005), Expect = 0.0
Identities = 4355/4525 (96%), Gaps = 19/4525 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAATCTCTGAATCCCAGATTCCGGTGGAGAAGATGAGTTTCGCGGCCTTTAAGATGATGC 60
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4 GAATCTCTGAATCCCAGATTCCGGTAGAGAAGATGAGTTTCGCGGCCTATAAGATGATGC 63
Query 61 ATTGGCCGACCGGCGTTGAGAACTGTGCTTCCGGCTATATCACCCACTCTCTCTCCGATT 120
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 64 ATTGGCCTACCGGCGTCGAGAACTGTGCTTCCGGCTATATCACCCACTCTCTCTCCGATT 123
Query 121 CAACGCTACAGATTCCAATTGTTTCCG-GCGATGATGATATGGAAGCCGAATGGCCTAAT 179
|||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||| ||||| || |||||||||
Sbjct 124 CAACGCTACAGATTCCGATTGTTTCCGTTC-ATGATGATATTGAAGCTGAGTGGCCTAAT 182
Query 180 CATAAACGAGGTATCGGTCCATTGCCTAACGTCGTTATAACCGCCGGAAATATCCTTGAG 239
| |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 183 CCTAAACGAGGTATTGGTCCTTTGCCCAACGTCGTTATAACCGCCGCAAATATCCTTGAG 242
Query 240 GTGTACATCGTTAGGGCTCAAGAGGAAGGGAATACTCAGGAGTTGAGGATTCCGAAGCTT 299
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 243 GTGTACATCGTTAGGGCTCAAGAGGAAGGGAATACTCAGGAGCTGAGGAATCCGAAGCTT 302
Query 300 GTTAAGCGCGGTGGAGTTATGGATGGTGTCTCTGGTGTTTCTCTCGAGCTTGTGTGCCAT 359
| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 303 GCTAAGCGTGGTGGAGTTATGGATGGTGTCTATGGTGTTTCTCTCGAGCTCGTGTGCCAT 362
Query 360 TATAGGTTGCACGGTAATGTTGAGTCAATTGCGGTTCTACCTATGGGAGGTGGTAATTCT 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 363 TATAGGTTGCACGGTAATGTTGAGTCAATTGCGGTTCTTCCTATGGGAGGTGGTAATTCT 422
Query 420 TCTAAGGGAAGAGATTCGATTATACTGACATTTCGCGACGCCAAAATTTCGGTTCTTGAG 479
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 423 TCTAAGGGAAGAGATTCGATTATATTGACATTTCGCGACGCCAAAATTTCAGTTCTTGAG 482
Query 480 TTTGATGATTCAATTCACAGCCTTAGAATGACTTCGATGCATTGTTTTGAGGGTCCAGAT 539
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 TTTGATGATTCAATTCACAGCCTTAGGATGACTTCGATGCATTGTTTTGAGGGTCCAGAT 542
Query 540 TGGCTTCATCTGAAAAGAGGAAGAGAGTCTTTTCCAAGTGGCCCTTTGGTAAAAGTGGAT 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 543 TGGCTTCATCTGAAAAGAGGAAGAGAGTCTTTTCCAAGAGGCCCTTTGGTAAAAGTGGAT 602
Query 600 CCTCAAGGTAGGTGTGGCGGCGTTCTTGTTTATGGTTTGCAGATGATCATACTCAAGGCT 659
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 603 CCTCAAGGCAGATGTGGCGGCGTTCTTGTTTATGGTTTGCAGATGATCATACTCAAGACT 662
Query 660 TCCCAGGTTGGTTCTGGACTAGTTGGAGATGATGATGCGTTCAGTTCTGGAGGGACAGTT 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 TCCCAGGTTGGTTCTGGACTAGTTGGAGATGATGATGCGTTCAGTTCTGGAGGGACAGTT 722
Query 720 TCTGCTCGAGTTGAATCATCTTACATAATTAACTTGCGTGATCTGGAAATGAAACACGTC 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 TCTGCTCGAGTTGAATCATCTTACATAATTAACTTGCGTGATCTGGAAATGAAACACGTC 782
Query 780 AAAGATTTTGTTTTTCTACATGGTTATATTGAGCCTGTAATTGTCATCCTTCAGGAAGAA 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 783 AAAGATTTTGTTTTTCTACATGGTTATATTGAGCCTGTAATTGTCATCCTTCAGGAAGAA 842
Query 840 GAGCATACTTGGGCTGGGCGAGTTTCATGGAAGCACCATACTTGCGTGCTATCTGCCCTT 899
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 843 GAGCATACTTGGGCTGGGCGAGTTTCATGGAAGCACCATACTTGCGTGCTTTCTGCCCTT 902
Query 900 AGTATCAATACAACATTAAAACAACACCCAGTCATCTGGTCAGCTATTAATCTGCCCCAT 959
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 AGTATCAATTCGACATTAAAACAACACCCAGTCATCTGGTCAGCTATTAATCTGCCCCAT 962
Query 960 GATGCCTACAAACTACTTGCAGTACCATCTCCGATCGGAGGTGTTCTTGTGTTGTGTGCA 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 GATGCCTACAAACTACTTGCAGTACCATCTCCGATCGGAGGTGTTCTTGTGTTGTGTGCA 1022
Query 1020 AATACAATCCATTATCATAGTCAGTCAGCCTCCTGTGCGCTGGCACTGAACAATTATGCC 1079
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 AATACAATCCATTATCATAGTCAGTCAGCCTCCTGTGCTCTGGCACTGAACAATTATGCC 1082
Query 1080 TCCTCAGCTGATAGCAGTCAAGAAATGCCTGCATCAAATTTCAGTGTGGAACTCGATGCT 1139
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1083 TCCTCAGCTGATAGCAGTCAAGAACTGCCTGCATCAAATTTCAGTGTGGAGCTTGATGCT 1142
Query 1140 GCCCATGGAACCTGGATATCGAACGATGTTGCCCTATTGTCAACGAAATCTGGGGAATTG 1199
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1143 GCCCATGGAACCTGGATATCGAACGATGTGGCCCTATTGTCGACAAAATCTGGGGAATTG 1202
Query 1200 TTGCTGCTGACTCTTATATATGATGGGCGTGCTGTACAGAGACTTGATCTTTCCAAATCA 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203 TTGCTGCTGACTCTTATATATGATGGGCGTGCTGTACAGAGACTTGATCTTTCCAAATCA 1262
Query 1260 AAAGCCTCTGTGCTTGCTTCGGACATTACTAGTGTTGGAAATTCCCTTTTCTTTTTAGGT 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263 AAAGCCTCTGTGCTTGCTTCGGACATTACTAGTGTTGGAAATTCCCTTTTCTTTTTAGGT 1322
Query 1320 AGCCGGTTGGGAGACAGTTTACTGGTGCAATTTTCTTGTAGATCTGGGCCTGCAGCATCA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 AGCCGGTTGGGAGACAGTTTACTGGTGCAATTTTCCTGTAGATCTGGGCCTGCAGCATCA 1382
Query 1380 TTACCTGGGTTGAGGGATGAGGATGAAGACATTGAAGGTGAGGGTCATCAAGCAAAACGT 1439
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383 TTACCTGGCTTGAGAGATGAGGATGAAGACATTGAAGGTGAGGGTCATCAAGCAAAACGT 1442
Query 1440 TTGCGGAT-ATCTTCTGACACTTTTCAAGATACAATTGGAAATGAGGAGCTTTCATTGTT 1498
||| |||| | ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1443 TTGAGGATGA-CTTCTGATACTTTCCAAGATACAATTGGAAATGAGGAGCTTTCATTGTT 1501
Query 1499 TGGTTCAACTCCAAATAACTCTGATTCAGCACAGAAATCGTTTTCATTTGCAGTGAGAGA 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1502 TGGTTCAACTCCAAATAACTCTGATTCAGCACAGAAATCGTTTTCATTTGCAGTGAGAGA 1561
Query 1559 TTCACTAGTTAATGTTGGCCCAGTGAAAGATTTTGCGTATGGCTTAAGGATTAATGCTGA 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1562 TTCACTAGTTAATGTTGGCCCAGTGAAAGATTTTGCGTATGGCTTAAGGATTAATGCTGA 1621
Query 1619 TGCAAACGCCACTGGGGTTTCCAAACAGAGCAACTATGAATTGGTGTGCTGTTCTGGTCA 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 TGCAAACGCCACTGGGGTTTCCAAACAGAGCAACTATGAATTGGTGTGCTGTTCTGGTCA 1681
Query 1679 TGGGAAGAATGGTGCTTTATGTGTTCTTCGGCAGTCAATTAGACCGGAAATGATTACTGA 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1682 TGGGAAGAATGGTGCTTTATGTGTTCTTCGGCAGTCAATTAGACCGGAAATGATTACTGA 1741
Query 1739 GGTTGAACTTCCAGGGTGCAAAGGAATATGGACAGTTTATCACAAGAGCTCCCGTGGTCA 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1742 GGTTGAACTTCCAGGGTGCAAAGGAATATGGACAGTTTATCACAAGAGCTCCCGTGGTCA 1801
Query 1799 TAATGCTGATTCTTCTAAAATGGCTGCTGATGAAGATGAATATCATGCCTATTTGATTAT 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1802 TAATGCTGATTCTTCTAAAATGGCTGCTGATGAAGATGAATATCATGCCTATTTGATTAT 1861
Query 1859 AAGTTTGGAGGCTCGCACGATGGTCCTTGAAACTGCTGACCTTCTCACAGAAGTCACTGA 1918
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1862 CAGTTTGGAGGCTCGCACAATGGTACTTGAAACTGCTGACCTTCTCACAGAAGTCACTGA 1921
Query 1919 GAGTGTTGACTATTATGTTCAGGGAAGAACAATTGCTGCTGGAAATCTATTTGGAAGACG 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1922 GAGTGTTGACTATTATGTTCAGGGAAGAACAATTGCTGCTGGAAATCTATTTGGAAGGCG 1981
Query 1979 TCGGGTAATCCAGGTGTTTGAGCATGGCGCCCGTATTCTGGATGGTTCTTTTATGAATCA 2038
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1982 TCGGGTAATCCAGGTGTTTGAGCATGGTGCCCGTATTCTGGATGGTTCTTTTATGAATCA 2041
Query 2039 AGAATTAAGCTTTGGAGC-TCCTAATTCAGAATCCAATTCCGGTTCTGAAAGTTCCACTG 2097
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2042 AGAATTAAGCTTTGGAGCCTC-TAATTCAGAATCCAATTCCGGTTCTGAAAGTTCCACTG 2100
Query 2098 TGTCATCTGTTTCAATCGCTGATCCATATGTTTTACTTAGAATGACAGATGACAGTATTC 2157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 TGTCATCTGTTTCAATCGCTGATCCATATGTTTTACTTAGAATGACAGATGACAGTATTC 2160
Query 2158 GTCTGCTTGTTGGAGATCCTTCGACTTGCACAGTTTCCATAAGTAGTCCATCTGTACTTG 2217
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2161 GTCTGCTTGTTGGAGATCCTTCCACTTGCACAGTTTCCATAAGTAGCCCATCTGTACTTG 2220
Query 2218 AAGGCTCCAAAAAGAA-GATATCAGCGTGTACCTTGTACCATGATAAAGGACCAGAACCA 2276
||||||| |||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 AAGGCTCTAAAA-GAAAGATATCAGCCTGTACTTTGTACCATGATAAAGGACCAGAACCA 2279
Query 2277 TGGCTAAGGAAAGCTAGCACTGATGCATGGCTTTCATCAGGAGTTGGAGAGGCTGTTGAT 2336
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 TGGCTAAGGAAAGCTAGCACTGATGCGTGGCTTTCGTCAGGAGTTGGAGAGGCTGTTGAT 2339
Query 2337 AGTACTGATGGTGGACCTCAAGACCAGGGTGACATATACTGTGTGCTCTGTTACGAAAGT 2396
||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2340 AGTGTTGATGGTGGACCTCAAGATCAGGGTGACATATACTGTGTGGTCTGTTACGAAAGT 2399
Query 2397 GGTGCCCTTGAGATATTTGATGTGCCTAGTTTTAATTGTGTTTTCTCTGTTGATAAATTT 2456
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 GGTGCCCTTGAGATATTTGATGTGCCTAGTTTCAATTGTGTTTTCTCTGTTGATAAATTT 2459
Query 2457 GCGTCTGGAAGACGCCACCTCTCTGATATGCCTACTCATGAGTTAGAGTATGAACTCAAC 2516
|| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2460 GCCTCTGGAAGACGCCACCTCTCTGATATGCCTATTCATGAGCTAGAGTATGAACTCAAC 2519
Query 2517 AAAAACTCCGAGGATAATGCTTCGTCAAGGAATGAAGAGATAAAGAATACAAAGGTCGTT 2576
||||| |||||||||||| ||||||||| || || || |||||||||||| ||| |||
Sbjct 2520 AAAAATTCCGAGGATAATACTTCGTCAA--AA-GA-GA--TAAAGAATACAAGGGTTGTT 2573
Query 2577 GAGCTAGCTATGCAAAGATGGTCTGGGCCTCATACACGCCCATTTCTCTTTGCAGTATTG 2636
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2574 GAGTTAGCTATGCAAAGATGGTCTGGGCATCATACACGCCCATTTCTCTTTGCAGTATTG 2633
Query 2637 GCTGATGGCACAATTCTTTGTTACCATGCTTATCTATTTGAGGGTGTTGATAATACCAAA 2696
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 2634 GCTGATGGGACAATTCTTTGTTACCATGCTTACCTATTTGATGGTGTTGATAGTACCAAA 2693
Query 2697 GCAGAAAATAGTGTATCTTCAGAAAATCCTGCTGCTTTAAATTCCTCTGGTAGTTCTAAG 2756
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2694 GCAGAGAATAGTTTATCTTCAGAAAATCCTGCTGCTTTAAATTCCTCTGGTAGTTCTAAG 2753
Query 2757 CTTAGGAATCTGAAATTTCTACGCATCCCCTTTGACACGTCTACGAGAGAGGGGACTTCA 2816
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2754 CTTAGGAATCTGAAATTTCTACGTATCCCCTTGGACACGTCTACGAGAGAGGGGACTTCA 2813
Query 2817 GATGGAGTTGCATCTCAAAGAATTACCATGTTCAAGAATATTAGTGGTCACCAGGGGTTT 2876
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 2814 GATGGAGTTGCATCTCAAAGAATTACCATGTTCAAGAATATTAGTGGCCACCAGGGATTT 2873
Query 2877 TTTCTTTCTGGCTCAAGGCCGGGTTGGTGTATGTTGTTCAGAGAGCGACTCCGATTTCAT 2936
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2874 TTTCTTTCTGGCTCAAGGCCGGGGTGGTGTATGTTGTTCAGAGAGCGACTACGATTTCAT 2933
Query 2937 TCACAGCTGTGCGATGGATCAATTGCGGCCTTTACTGTTCTTCACAATGTGAATTGCAAT 2996
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2934 TCACAGCTGTGCGACGGATCAATTGCGGCCTTTACTGTTCTTCACAATGTGAATTGCAAT 2993
Query 2997 CACGGGTTCATATATGTCACATCACAGGGAGTTTTGAAGATTTGCCAATTACCTTCAGCA 3056
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2994 CACGGGTTCATATATGTCACAGCACAGGGAGTTTTGAAGATTTGCCAATTACCTTCAGCA 3053
Query 3057 TCAATCTACGATAATTATTGGCCAGTGCAGAAGATTCCTCTGAAGGCCACGCCTCACCAA 3116
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 3054 TCAATCTATGATAATTATTGGCCAGTGCAGAAGATTCCTCTAAAGGCCACACCTCACCAA 3113
Query 3117 GTTACCTACTACGCGGAGAAGAACTTGTACCCGCTGATTGTATCATATCCAGTCAGCAAG 3176
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 3114 GTTACTTACTACGCGGAGAAGAACTTGTACCCGCTGATAGTATCATATCCGGTCAGCAAG 3173
Query 3177 CCGTTAAATCAAGTTCTTTCTTCACTAGTTGATCAAGAAGCTGGCCAGCAGATTGACAAC 3236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3174 CCGTTAAATCAAGTTCTTTCTTCACTAGTTGATCAAGAAGCTGGCCAGCAGCTTGACAAC 3233
Query 3237 CACAATCTGACCTCAGATGATCTCCAACGAACATACACTGTAGAGGAATTTGAAATCCAA 3296
|||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 3234 CACAATATGAGCTCAGATGATCTCCAACGGACATACACCGTAGAGGAATTTGAAATTCAA 3293
Query 3297 ATTTTGGAACCAGAAAGATCTGGTGGCCCCTGGGAAACTAAAGCCACTATCCCAATGCAG 3356
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3294 ATTTTGGAACCAGAAAGATCTGGTGGCCCCTGGGAAACTAAAGCCAAAATCCCAATGCAG 3353
Query 3357 AGCTCAGAACATGCACTGACTGTGCGAGTTGTCACACTTCTTAATGCAAGCACAGGGGAG 3416
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3354 ACCTCAGAACATGCACTGACTGTGCGAGTTGTCACGCTTCTGAATGCAAGCACAGGGGAG 3413
Query 3417 AATGAAACACTTCTTGCTGTTGGAACTGCCTATGTCCAAGGGGAGGATGTTGCTGCAAGG 3476
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3414 AATGAAACACTTCTTGCTGTTGGGACTGCGTATGTCCAAGGGGAGGATGTTGCTGCAAGG 3473
Query 3477 GGCCGTGTGCTTCTTTTCTCTTTTGGAAAAAATGGCGATAATTCTCAAAACGTGGTTACT 3536
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3474 GGCCGTGTGCTTCTTTTCTCTTTTGGAAAAAATGGCGACAATTCTCAAAACGTGGTTACT 3533
Query 3537 GAAGTCTACTCAAGGGAGCTAAAAGGTGCTATATCAGCTGTAGCCTCCATTCAGGGTCAT 3596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3534 GAAGTCTACTCAAGGGAGCTAAAAGGTGCTATATCAGCTGTAGCCTCCATTCAGGGTCAT 3593
Query 3597 CTTCTAATATCATCTGGTCCTAAAATTATCTTGCACAAATGGAATGGCACCGAATTAAAT 3656
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3594 CTTCTAATATCATCTGGTCCTAAAATCATCTTGCACAAATGGAATGGCACCGAATTAAAT 3653
Query 3657 GGTGTTGCCTTCTTTGATGCTCCACCGCTCTATGTAGTCAGCATGAATGTTGTAAAGACT 3716
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 3654 GGTGTTGCCTTCTTTGATGCTCCGCCGCTCTATGTAGTCAGCATGAATGTTGTTAAGAGT 3713
Query 3717 TTCATCCTTCTTGGTGATGTTCACAAAAGCATATACTTTCTTAGCTGGAAGGAACAAGGG 3776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3714 TTCATCCTTCTTGGTGATGTTCACAAAAGCATATACTTTCTTAGCTGGAAGGAACAAGGG 3773
Query 3777 TCCCAACTTAGCTTACTAGCCAAAGATTTTGGATCCCTCGATTGTTTTGCTACAGAGTTC 3836
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3774 TCCCAACTTAGCTTACTAGCCAAAGATTTTGAATCCCTTGATTGTTTTGCTACAGAGTTC 3833
Query 3837 TTGATTGATGGAAGTACACTTAGCCTGGCTGTCTCCGATGAACAAAAGAATATCCAGGTA 3896
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3834 TTGATTGATGGAAGTACGCTTAGCCTGGCTGTCTCCGATGAACAAAAGAATATCCAGGTA 3893
Query 3897 TTCTATTATGCACCAAAGATGGCTGAGAGCTGGAAGGGTCAGAAACTTCTTTCAAGGGCG 3956
|| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3894 TTTTATTATGCACCAAAGATGATTGAGAGCTGGAAGGGTCTGAAACTTCTTTCAAGGGCG 3953
Query 3957 GAATTTCACGTTGGTGCCCATGTGACAAAGTTCCTACGTCTGCAGATGGTTACTTCTGGT 4016
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3954 GAATTTCACGTTGGTGCCCATGTGTCAAAGTTCCTACGTCTGCAGATGGTTTCTTCTGGA 4013
Query 4017 GCGGATAAAACAAATCGATTTGCTTTGTTATTTGGTACTCTAGATGGCAGTTTTGGTTGC 4076
|| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4014 GCAGATAAAATAAATCGATTTGCTTTGTTATTTGGTACTCTAGACGGCAGTTTTGGTTGC 4073
Query 4077 ATTGCTCCACTCGATGAGGTCACATTCCGGAGGTTACAGTCTCTCCAGAAAAAGCTAGTG 4136
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4074 ATTGCTCCACTGGATGAGGTCACATTCCGGAGGTTACAGTCTCTCCAGAAAAAGCTAGTG 4133
Query 4137 GATGCTGTTCCTCATGTTGCGGGTCTGAACCCACACTCTTTCCGTCAGTTCCGCACAAGT 4196
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| || ||| |||||
Sbjct 4134 GATGCTGTTCCTCATGTTGCGGGTCTGAACCCACTCGCTTTCCGTCAATTTCGCTCAAGT 4193
Query 4197 GGGAAGGCTAGACGATCTGGGCCTGACAGCATAATCGACTGCGAGTTACTATGCCATTAC 4256
||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4194 GGGAAGGCTCGACGATCTGGGCCTGACAGCATAGTTGACTGCGAGTTACTATGCCATTAC 4253
Query 4257 GAGATGCTTCCATTGGAGGAACAGCTTGAACTTGCTCACCAGATTGGGACAACCCGGTCT 4316
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 4254 GAGATGCTTCCATTGGAGGAACAGCTTGAACTTGCTCACCAGATTGGGACAACCCGATAT 4313
Query 4317 GTA-ATTCTCTTGAATTTAGTTGAGCTCTCTGTCGGAACCAGCTTCTTGTAAAAGATCAA 4375
| |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4314 -TCGATTCTCAAGGATTTAGTTGATCTCTCTGTCGGAACCAGCTTCTTGTGAAAGATCAA 4372
Query 4376 AGAAAAAGGCAGATTGTAATGCGTTGTTCATCCGA-GAGaaaaaaaaGGCAGAGTTGCTT 4434
|||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||||| | |||||||| ||||
Sbjct 4373 AGAAAAAGGCAGATCGTAATGCGTTGTTCACCCGCCGACAAAAATA-GGCAGAGTCGCTT 4431
Query 4435 AATATGTTGTACAAA-TGCTGTAACAGTACACAATTATATGAAATTTGATGTTCAATGGC 4493
||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| | ||||
Sbjct 4432 AATATGTTGTAAAAAATGCTGTAACAGTAGACAATCGTATGAACTTTGATGTTTAGTGGC 4491
Query 4494 ATTTAGATTATGTTAAGATTCTTCT 4518
|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4492 ATTTAGATTATGTTAAGATTCTTCT 4516
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 225349907956
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5