BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg495356
Length=1920
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G52920.1 | Symbols: PKP1, PKP-BETA1, PKP2 | plastidic pyruva... 3040 0.0
> AT5G52920.1 | Symbols: PKP1, PKP-BETA1, PKP2 | plastidic pyruvate
kinase beta subunit 1 | chr5:21463538-21466880 FORWARD
LENGTH=2150
Length=2150
Score = 3040 bits (1646), Expect = 0.0
Identities = 1853/1948 (95%), Gaps = 33/1948 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCCTTCTCTTCAAAAACAGAAATGGCTCAAGTGGTTGCTACCAGGTCAATTCAAGGCTCG 60
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 122 TCCTTCTCTTCAAAATCAGAAATGGCTCAAGTGGTTGCTACCAGGTCAATTCAAGGCTCG 181
Query 61 ATGTTGTGTCCCAACGGTGGATCTGTGTCTACAAGATCCGAGAAGCTATT-AAAGCCAGC 119
||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 182 ATGTTATCTCCCAACGGTGGATCTGTGTCTACAAGATCCGAGAAGCTATTGAAA-CCAGC 240
Query 120 GAGTTTTGCAGTGAAGGTTCTTGGAAACGAAGCAAAGAGAAGTGGACGAGTCTCTGTTAG 179
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 241 GAGTTTTGCAGTGAAGGTTCTTGGCAACGAAGCAAAGAGAAGTGGAAGAGTCTCTGTAAG 300
Query 180 AAACAGAAGAGTGGTTGATACTACAGTGAGATCTGCTCGTGTTGAGACTGAAGTGATTCC 239
|| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 301 AAGCAGAAGAGTGGTTGATACTACTGTGAGATCCGCTCGTGTTGAGACTGAAGTCATTCC 360
Query 240 AGTTTCTCCTGAAGATGTACCTAACAGAGAGGAGCAGCTTGAGAGGTTGTTGGAGATGCA 299
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 361 TGTTTCTCCTGAAGATGTGCCTAACAGAGAGGAGCAGCTTGAGAGGTTGTTGGAAATGCA 420
Query 300 GCAGTTTGGTGATACATCGGTAGGGATGTGGTCGAAACCGACAGTGCGGAGGAAGACAAA 359
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 421 GCAGTTTGGTGATACATCGGTAGGGATGTGGTCGAAGCCGACAGTGAGGAGGAAGACAAA 480
Query 360 GATCGTATGCACCGTTGGTCCGTCGACGAACACACGAGAAATGATATGGAAATTGGCTGA 419
||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GATTGTTTGCACCGTTGGTCCGTCGACCAACACACGAGAAATGATATGGAAATTGGCTGA 540
Query 420 AGCTGGGATGAATGTTGCTAGGATGAACATGTCTCATGGAGATCATGCTTCACATAAGAA 479
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 AGCTGGGATGAATGTTGCTAGGATGAATATGTCTCATGGAGATCATGCTTCACATAAGAA 600
Query 480 GGTTATTGATTTGGTTAAAGAGTACAATGCACAAACTAAAGACAACACCATTGCTATCAT 539
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 601 GGTTATTGATTTGGTTAAAGAATACAATGCACAAACTAAAGACAACACTATTGCTATCAT 660
Query 540 GCTTGACACCAAGGGTCCGGAAGTTAGGAGTGGAGATTTACCCCAACCAATTATGTTAGA 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 661 GCTTGACACCAAGGGTCCGGAAGTTAGGAGTGGAGATTTACCTCAGCCAATTATGTTAGA 720
Query 600 TCCAGGTCAAGAGTTTACTTTTACAATTGAGAGAGGAGTCAGCACACCAAGTTGTGTCAG 659
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TCCTGGTCAAGAGTTTACCTTTACAATTGAGAGAGGAGTCAGCACACCAAGTTGTGTCAG 780
Query 660 TGTTAACTATGATGATTTCGTCAATGACGTGGAAGCGGGTGACATGCTTCTTGTTGATGG 719
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TGTTAACTATGATGATTTCGTTAATGACGTGGAAGCGGGTGACATGCTTCTTGTTGATGG 840
Query 720 TGGTATGATGTCGTTTATGGTGAAGTCTAAGACCAAAGACTCTGTCAAATGTGAAGTTGT 779
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TGGTATGATGTCGTTTATGGTGAAGTCAAAGACCAAAGACTCTGTCAAATGTGAAGTTGT 900
Query 780 TGATGGTGGAGAACTTAAGTCAAGGAGACATTTGAATGTCCGAGGAAAGAGTGCAACATT 839
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 901 TGATGGTGGAGAACTTAAGTCAAGGAGACACCTGAATGTCCGAGGAAAGAGTGCAACTTT 960
Query 840 ACCTTCAATCACTGAGAAGGATTGGGAAGATATTAAATTTGGAGTGGAGAACAAAGTTGA 899
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 ACCTTCAATCACTGAGAAGGACTGGGAGGATATTAAATTTGGAGTGGAGAACAAAGTTGA 1020
Query 900 CTTTTATGCAGTTTCCTTTGTCAAAGATGCTCAAGTGGTACACGAATTGAAGAAATACCT 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1021 CTTTTATGCAGTTTCCTTTGTCAAAGATGCTCAAGTTGTACACGAGTTGAAGAAATACCT 1080
Query 960 TCAAAATTCTGGTGCTGATATACATGTGATAGTGAAAATTGAAAGTGCAGACTCCATACC 1019
||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1081 TCAAAATAGTGGTGCTGATATACACGTGATAGTGAAAATTGAGAGTGCAGACTCCATACC 1140
Query 1020 TAACTTGCACTCCATTATCACAGCATCAGATGGGGCAATGGTTGCAAGAGGTGATCTTGG 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TAACTTGCACTCCATTATCACAGCATCAGATGGGGCAATGGTTGCAAGAGGTGATCTTGG 1200
Query 1080 TGCAGAGCTTCCAATTGAAGAAGTCCCCATTCTTCAGGAGGAGATCATTAACCTATGCCG 1139
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1201 TGCAGAGCTTCCAATTGAAGAAGTCCCCATTCTTCAGGAGGAGATCATTAACCTGTGCCG 1260
Query 1140 TAGCATGGGAAAAGCTGTTATTGTTGCGACTAACATGCTTGAGAGTATGATAGTTCATCC 1199
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TAGTATGGGAAAAGCTGTTATTGTTGCGACTAACATGCTTGAGAGTATGATAGTTCATCC 1320
Query 1200 AACTCCAACCCGGGCAGAGGTCTCAGACATTGCTATCGCTGTTAGAGAAGGTGCTGATGC 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 AACTCCAACCCGGGCAGAGGTCTCAGACATTGCTATCGCTGTTAGAGAAGGTGCTGATGC 1380
Query 1260 AGTTATGCTTTCAGGAGAAACTGCTCACGGAAAGTTCCCATTGAAAGCTGCTGGGGTGAT 1319
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1381 GGTAATGCTTTCAGGAGAAACTGCTCACGGAAAGTTCCCATTGAAAGCTGCTGGAGTGAT 1440
Query 1320 GCACACGGTTGCATTGCGAACAGAAGCCACCATTGCTAGCGGTGAAATGCCACCTAATCT 1379
|||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GCACACTGTTGCATTGCGAACAGAAGCAACCATTACTAGCGGTGAAATGCCACCTAATCT 1500
Query 1380 TGGTCAAGCCTTCAAGAACCATATGAGCGAGATGTTTGCATACCATGCAACCATGATGTC 1439
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TGGTCAAGCCTTCAAGAACCATATGAGTGAGATGTTTGCATACCATGCAACCATGATGTC 1560
Query 1440 AAACACACTTGGAACTTCAACTGTTGTCTTCACCAGAACTGGTTTCATGGCCAT-TCTGC 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||
Sbjct 1561 AAACACACTTGGAACTTCAACTGTTGTCTTCACCAGAACCGGTTTCATGGCCATAT-TGT 1619
Query 1499 TAAGTCACTATCGTCCTTCCGGCACAATCTATGCCTTCACAAATGAGaaaaaaaTACAAC 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TAAGTCACTATCGTCCTTCCGGCACAATCTATGCCTTCACAAATGAGAAAAAAATACAAC 1679
Query 1559 AAAGATTAGCATTGTATCAAGGTGTATGCCCCATATATATGGAGTTTTCAGATGATGCAG 1618
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1680 AAAGATTAGCTTTGTATCAAGGTGTATGCCCCATATATATGGAGTTCACAGATGATGCAG 1739
Query 1619 AAGAGACTTTTGCTAATGCTTTGGCTACATTACTGAAACAAGGAATGGTGAAGAAGGGAG 1678
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 AAGAAACTTTTGCTAATGCTTTGGCTACATTACTGAAACAAGGAATGGTGAAGAAGGGAG 1799
Query 1679 AGGAAATAGCGATCGTACAGAGCGGTACACAGCCAATCTGGCGATCTCAATCGACGCATA 1738
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1800 AGGAAATAGCAATCGTACAGAGCGGTACACAGCCAATCTGGCGATCTCAATCGACACATA 1859
Query 1739 ACATCCAAGTCCGCAAGGTTTAAAGCTT-TT----G-T-------CTTTAATATGTAGAA 1785
|||||||||||||||||||||||||||| || | | |||||||||||||||
Sbjct 1860 ACATCCAAGTCCGCAAGGTTTAAAGCTTCTTTTAAGATGGGATGTCTTTAATATGTAGAA 1919
Query 1786 CCGTGGTTTT-GGTTA-A-TTTTCGTTGCATGT-T-TCTT-----GTACTCTTAAAACTT 1835
|| | ||||| ||||| | |||||||||||||| | |||| ||||| || | ||||
Sbjct 1920 CC-TCGTTTTTGGTTATAATTTTCGTTGCATGTCTCTCTTCTCTTGTACTATTCACACTT 1978
Query 1836 GTTGTTTGCTGTATCTTCTTC---AGTTTGCTTTACTACGATTATGTGTTTTTGGAGACA 1892
||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1979 GTTGTTTGCTGTATCTTCTTCTTCAGTTTGCTTTGCTACGATTGTG-GTTTTTGGAGACA 2037
Query 1893 TTATTAGCTCAGTAACTGTTTGTGAGAC 1920
|||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2038 TTAT-AGCTCATTAACTGTTTGTGAGAC 2064
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95079832230
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5