BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg495647
Length=2287
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G55600.1 | Symbols: | agenet domain-containing protein / br... 3273 0.0
> AT5G55600.1 | Symbols: | agenet domain-containing protein /
bromo-adjacent homology (BAH) domain-containing protein | chr5:22521849-22525645
REVERSE LENGTH=3224
Length=3224
Score = 3273 bits (1772), Expect = 0.0
Identities = 1950/2037 (96%), Gaps = 7/2037 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTGTGAGAATGATCATCATTTTGTCGAGTGGAAAGAGCATTTTGTCTCACAAGAGCGA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 850 ATGTGTGAGAATGATCATCATTTTGTCGAGTGGAAGGAGCATTTTGTCTCCCAAGAGCGA 909
Query 61 GGGAACCGTGTTGTTCATTACTTCCTGAAGGATTCTGCGGGTGAATCCATCCTAGCTGTG 120
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 910 GGGAACCGTGTTGTTCATTACTTCCTCAAGGATTCTGCCGGTGAATCTATCCTAGCTGTC 969
Query 121 GTTGGTACTGAGAGAAGTGTTAGACACATGTTCTATGTTGTCTCTGAGGAGTTTGTGCGT 180
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 970 ATTGGTACTGAGAGAAGTGTTAGGCACATGTTCTATGTTGTCTCTGAGGAGTTTGTGCGC 1029
Query 181 ATTCATGGTTCC-GAGAATTCAATTCATGCGGGCTTTAAATGGAGGTCGAGAAGAGAAGT 239
|||||||| ||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1030 ATTCATGG-TCCTGAGAATTCAATTCATTCTGGCTTCAAATGGAGGTCGAGAAGGGAAGT 1088
Query 240 TGTGGATTGGCTGACTTCAATGCTGTCTAAGCAAAGTACACAAGGAAACTGGTCGAAGTC 299
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1089 TGTGGATTGGCTCACTTCAATGCTGTCTAAGCAGAGTACACAAGGAAACTGGTCGAAGTC 1148
Query 300 ACCAAAATGTGAGTCAGGGGAATCTAATGGATCTCCTGAATTTCCAAGCAATGGATTTGC 359
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1149 ACCAAAATGTGAGTCAGGGGAATCTAATGGATCTCCCGAATTTCCAAGCAATGGATTTAC 1208
Query 360 TGCTCAGCGAGCTCAAGCAAGTGAAGAGGTCCGTCTTCCCATAAACTTAAGTT-TTCACA 418
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||
Sbjct 1209 TGCTCAGCGAGCTCAAGCAAGTGAAGAGGTCCGTCTTCCCATAAACTTGA-TTATTCACA 1267
Query 419 GTTGGGAGATTATGTGGTTAGGAACTCCTTGGATGTGTGGTAAACAGCTCAAACATTACC 478
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1268 GTTGGGAGATTATGTGGTCAGGAGCTCCTTGGATGTGTGGTAAACAGCTCAAACATTACC 1327
Query 479 CATCATTTTGCAGAAATGGGACAACAATAGGGGTTCAATCTTTTGTCTTTGTCATGAGCA 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1328 CATCATTTTGCAGAAATGGGACAACAATAGGGGTTCAATCTTTTGTCTTTGTCTTGAGCA 1387
Query 539 AAGGGGAGGATCGGTACGTTGCATATCTGGAAGATATGTACGAGGACAAGCGTGGCCTAA 598
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1388 AAGGGGAGGATCGGTACGTTGCATATCTGGAAGATATGTATGAGGATAAGCGTGGCCTAA 1447
Query 599 AAAAGGTCAAGGTGAGGTGGTTTCACTACACAAAAGAAGTGAAGGGTGCAGTTGCTCTCA 658
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1448 AAAAGGTCAAAGTGAGGTGGTTTCACTACACAAAAGAAGTGAAGGGTGCAGTTGCTCTCA 1507
Query 659 AAAACCCAAACCCAAAAGAGGTTTTCATCACCCCTCATTCACAGGTCATCAGTGCAGAAT 718
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1508 AGAACCCAAACCCAAAAGAGGTTTTTATCACCCCTCATTCACAGGTCATCAGTGCAGAAT 1567
Query 719 GTGTTGATGGTCCTGCCACTGTCTTGACCCGTGAGCATTATGAGGAGTGTGTGGCTTCCT 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1568 GTGTTGATGGTCCTGCCACTGTCTTGACCCGTGAGCATTATGAGGAGTGTGTGGCTTCCT 1627
Query 779 TTCCTAATTCTTTATTGGCAAAGGTATACATGTGCTATCGGCAACTGAGGAACAGCAAAG 838
|||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1628 TTCCGAATTCTTTATTGGCAAGGGTACACATGTGCTATCGGCAACTCAGGAACAGCAAAG 1687
Query 839 TTAAACCTTTTGACTTGAGTAAATTGCGTGGATATTTGGACCAACCGATTATGTCTTGCT 898
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1688 TTAAACCTTTTGATTTGAGTAAATTGCGTGGATATTTGGACCAACCGATTATGTCTTGCT 1747
Query 899 TAAGTTCTATGGAGGCTGGTCCTGTAGACTGTGCGATGAATATAGAGAAAGATGAAGAAT 958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1748 TAAGTTCTATGGAGGCTGGTCCTGTAGACTGTGCGATGAATATAGAGGAAGATGAAGAAT 1807
Query 959 GTAGTGAGGGTGAGAATGTAATGGTTGGTGCTGACAGGAGCATGAAAAAACGAGCAGGAA 1018
| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||
Sbjct 1808 GGAGTGAGGGTGAGAATGTAATGGTTGGTGCTGAGAGAAGCATGAAAAAACGAGCAAGAA 1867
Query 1019 TTATGTCTGACCATCTGTTAACAACTTATGAATCTTCATGTAAGAGACTCAAACTTAATG 1078
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1868 TTATGTCTGATCATCTGTTAACAACTTACGAATCTTCATGTAAGAGACTAAAACTTAATG 1927
Query 1079 CCTCGGGAAAAAGATTTCCTTCCCCAACTGATGTTCAGAAACATCCTTGTTACAATGGAG 1138
||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1928 CCTCGGGCAAAAGATTTCCTTCACCAACCAATGTTCAGAAACATCCTTGTTACAACGGAG 1987
Query 1139 TGGTTAAGGCTGATGCAAAAATAGAGTTTCTGTGTCAAGATAGTGGTATTAGAGGCTGCT 1198
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1988 TGGTTAAGACTGATGCAAAAATAGAGTTTCTGTGTCAAGATAGCGGTATTAGAGGCTGTT 2047
Query 1199 GGTTTAGATGCACTGTCCTGGAAGTATCAAGGAAACAGGTAAAACTCCAGTATGATGATA 1258
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2048 GGTTTAGATGCACTGTCCTGGACGTATCAAGGAAACAGGTAAAACTCCAGTATGATGATA 2107
Query 1259 TAGAGGACGAGGATGGATATGGAAACCTTGAGGAATGGGTGCCGGCTTTTAAATCTGCTA 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2108 TAGAGGACGAGGATGGATATGGAAACCTTGAGGAATGGGTGCCGGCTTTTAAATCTGCTA 2167
Query 1319 TGCCTGATAAGCTTGGTATAAGGTTGTCCAACCGCCCAACAATCCGGCCTGCTCCTCCAG 1378
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 2168 TGCCTGACAAGCTTGGTATAAGGTTGTCCAACCGCCCAACAATCCGACCTGCTCCTCGAG 2227
Query 1379 ATGCTAAAACATCATACTTTGATTTTACAATTGGTGAAGCTGTTGACGCCTGGTGGAATG 1438
||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2228 ATGTTAAAACAGCATACTTTGATCTTACAATTGGTGAAGCTGTTGATGCATGGTGGAATG 2287
Query 1439 ATGGTTGGTGGGAAGGTGTTGTAGTTGCCACTGGCAAACAGGGTGCTGAGGAATTGAAAA 1498
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | ||||||| |||||||
Sbjct 2288 ATGGTTGGTGGGAAGGTGTTGTAATTGCCACTGGCAAACCGGATACTGAGGACTTGAAAA 2347
Query 1499 TATATATCCCTGGGGAGAACTTATGCTTAACAGTGCTCAGAAAGGATATTCGGATTTCCA 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2348 TATATATCCCTGGGGAGAACTTATGCTTAACAGTGCTCAGAAAGGATATTCGGATTTCCA 2407
Query 1559 GAGACTGGGTGGGAGATAGCTGGGTTGATATCGATCCTAAACCCGAAATACTTGCTATTG 1618
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2408 GAGACTGGGTGGGAGATAGCTGGGTTGATATCGATCCTAAACCCGAAATACTCGCTATTG 2467
Query 1619 TATCTTCTGATATTAGCTCGGAAGCCAAGCTTTCCACGTCGTCCACTCTTGCAAAAGACA 1678
|||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||||||
Sbjct 2468 TATCTTCTGATAGTAGCTCGGAATCCAAGCTTTCCATGTTGTCCACTCTTTCAAAAGACA 2527
Query 1679 CCAAGGCAAAGCCAATTGCTATGCCAGATATTGTTGAGGAGGCAGAACCTGAAGGTGACA 1738
| |||||||| || | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2528 CAAAGGCAAAACCCAGTGCTATGCCAAATATTGTTGAGGAGGCAGAACCTGAAGGTGAGA 2587
Query 1739 AAGCGGACAATTCCCTTTTAGGAGAACAGAACAAAGAGCATAAAGATGATGGGGTTGTTA 1798
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||
Sbjct 2588 AAGCGTACAATTCCCTTTTAGGAGAACAGAACAAAGAGCATAAAGATG-T--GGTAGTTA 2644
Query 1799 AGGAGGATGATGAAAACAAACTTTCAAAAGAAGAGGATAAAGAGGTTGGAAGTAACGAAA 1858
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2645 AGGAAGATGACGAAAACAAACTTTCAAAAGAAGAGGATAAAGAGGTTGGAAGTAACGAAA 2704
Query 1859 CTAATACCTATGTCAACTATGAAAATACCGTGGAGGACCACAAAGAAGATGATGTTACCC 1918
|||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2705 CTAAAACCTATGTCAACCATGAAAATACCGTGGAGGACCACAAAGAAGATGATGTTACCC 2764
Query 1919 TTAATGATGAGAAGGCCCGCAAATCAGAATCAGTCTTCACCCTATCAAAAACTACTACCA 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2765 TTAATGATGAGAAGGCCCGCAAATCAGAATCAGTCTTCACCCTATCAAAAACTACTACCA 2824
Query 1979 CGCTGGTGACAACGTAAAGATGCTTGCTTGAAGTCATATATAATGATGGTAATTCTG 2035
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2825 CGCTGGTGACAACGTAAAGATGCTTGCTTGAAGTCATACATAATGATGGTAATTCTG 2881
Score = 348 bits (188), Expect = 2e-94
Identities = 245/269 (91%), Gaps = 17/269 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 2035 GAAAAAGTGATTCTGGGTTTGACTTGGTTGGTGCTGAGGAGAGAGGAGTAGGTAAAGGTT 2094
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2951 GAAAAAGTGATTCTGGGTTTGACTTGGTTGGTGCTGAGGAGAGAGGAGTAGGTAAAGGTT 3010
Query 2095 GTATAGAAAATTAAAGAGGCATGATTTTGGTGGTTGCATTTGTTTTAACCGATCATCTAA 2154
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3011 GTATAGAAAATTGAAGAGGCATGATTTTGGTGGTTGCATTTGTTTTAACCAATCATCTAA 3070
Query 2155 GCATAGGATT-ATTTAGCACTGGTTGTTTTAGGTTTTATTTA-G----G---A---G-A- 2200
|||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||| | | | | |
Sbjct 3071 GCATAGGATTCATT-AGTACTGGTTGTTTTAGGTTTTATTTATGCAATGTTTATTAGGAG 3129
Query 2201 AAATGAA-ATCCATTTGTATTTTGCCT-ATTGTCACAAAACTCTTTGTAAAACCACTTCG 2258
||| | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3130 AAAAGGATATCCATTTGTATTTTGCCTTATTGTCACAAAACTCCATGTAAAACCACTTCG 3189
Query 2259 TATCAGCTTGTAAGAAATTTAGTTTATCT 2287
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3190 TATCAGCTTGTAAGAAATTTAGTTTATCT 3218
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 113503432245
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5