BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg495665
Length=3738
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G55840.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 4896 0.0
> AT5G55840.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr5:22598038-22602566 FORWARD LENGTH=4108
Length=4108
Score = 4896 bits (2651), Expect = 0.0
Identities = 3000/3173 (95%), Gaps = 6/3173 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 46 GGATTTGATATGGAGAAGAGCATATATAACATTCTTACCATTGACCGTTGGGGATCTCTA 105
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 166 GGATTTGATATGGAGAAGAGCATATACAACATTCTTACAATTGACCGTTGGGGATCTCTA 225
Query 106 AATCATATGGACTATAGGCAGGCTCGTCTTAGACCAGTTCATGGGAAGCTGGCTTTGAAG 165
||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 226 AATCATATGGATTATAGGCAGGCTCGTCTTAGACTGGTTCATGGGAAGCTGGCTTTGAAG 285
Query 166 TTTCTTAAATGGGTAGTGAAACAGCCTGGTTTGGATACTGACCATATTGTTCAGTTGTTC 225
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 286 TTTCTTAAATGGGTAGTGAAGCAGCCTGGTTTGGAGACTGACCATATTGTTCAGTTGGTC 345
Query 226 TGTATTACTACACATATACTTGTTAGAGCGAGAATGTATGACCCTGCAAGGCACATCTTA 285
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 346 TGTATTACTACACATATACTAGTTAGAGCTAGAATGTATGACCCAGCAAGACACATCTTA 405
Query 286 AAGGAGTTATCTTTGATGAGTGGTAAATCAAGCTTTGTTTTTGGTGCTTTGATGGCCACT 345
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 406 AAAGAGTTATCTTTGATGAGTGGTAAATCAAGCTTTGTTTTTGGTGCTTTGATGACCACG 465
Query 346 TACCGGCTTTGCAATTCAAACCCTTCGGTTTTCGACATCTTGATTAGAGTATATTTGAGA 405
||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 466 TACCGTCTTTGCAATTCAAACCCTTCTGTTTACGACATCTTGATTAGAGTGTACTTGAGG 525
Query 406 GAAGGAATGATTCAAGATTCTCTGGAAATATTTCGCTTGATGGGTCTTTATGGATTCAAC 465
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 GAAGGAATGATTCAAGATTCTCTGGAAATATTTCGCTTGATGGGTCTTTATGGATTCAAC 585
Query 466 CCGTCTGTATATACTTGTAATGCAATACTAGGTTCCATTGTAAAGAGTTGTGAGGATGTG 525
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 586 CCTTCTGTATATACTTGTAATGCAATACTAGGTTCCGTTGTAAAGAGTGGTGAAGATGTG 645
Query 526 TCAGTCTGGTCTTTCTTGAAGGAAATGCTGAAAAGGAAGATTTGTCCTGATGTGGCTACC 585
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 646 TCAGTCTGGTCTTTCTTGAAGGAAATGCTTAAGAGGAAGATTTGTCCCGATGTGGCTACC 705
Query 586 TTCAATATACTAATTAATGTGCTCTGTGCTGAAGGAAGCTTCAAAAAGTCGTCTTATCTA 645
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 706 TTCAATATACTAATTAATGTGCTCTGTGCTGAAGGAAGCTTTGAAAAGTCGTCTTATCTT 765
Query 646 ATGCAAAAGATGGAGAAGAGTGGTTATGCGCCAACTATAGTTACATACAATACTGTGTTA 705
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 766 ATGCAAAAGATGGAGAAGAGTGGTTATGCGCCAACTATAGTTACATACAATACTGTGTTA 825
Query 706 CATTGGTATTGTAAAAAGGGAAGATTTAAAGCTGCTATTGAGCTTTTAGATCACATGAAT 765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 826 CATTGGTATTGTAAAAAGGGAAGATTTAAAGCTGCTATTGAGCTTCTAGATCACATGAAG 885
Query 766 TTGAA-GGGTGTCAACGCTGATGTCTGTACATATAATATATTTATCCATGATTTGTGCAG 824
| ||| ||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 886 TCGAAAGGG-GTCGACGCTGATGTCTGTACTTATAATATGCTTATCCATGATTTGTGCAG 944
Query 825 AAGCAATAGAAGTGCCAAAGGTTATTTGTTGCTGAGGGATATGAGGAAGAGGATGATTCA 884
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 945 AAGCAATAGAATTGCCAAAGGTTATTTGTTGCTGAGGGATATGAGGAAGAGGATGATTCA 1004
Query 885 CCCCAATGAAGTCACGTACAATACACTTCTTAACGGTTTTTCTAATGAAGGAAAGGTGCT 944
|||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 CCCCAACGAAGTCACGTACAATACACTTATTAACGGGTTTTCTAATGAAGGAAAGGTGCT 1064
Query 945 CATTGCTCGTCAACTTTTGAACGAGATGTTAACCTTTGGACTTTCCCCGAGTCATGTTAC 1004
||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1065 CATTGCTAGTCAACTTTTGAACGAGATGTTAAGCTTTGGACTTTCCCCGAATCATGTTAC 1124
Query 1005 TTTCAATGCTTTGATTGATGGACACATTAGTGAGGGAAACTTTAAAGAGGCTTTGAAGAT 1064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1125 TTTCAATGCTTTGATTGATGGACACATTAGTGAGGGAAACTTTAAAGAGGCTTTGAAGAT 1184
Query 1065 GTTTCATATGATGGAAGCAAAAGGTCTTATAGGTACTGAAGTTAGCTATGGTGTACTTTT 1124
|||| |||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1185 GTTTTATATGATGGAAGCAAAAGGTCTTACACCTTCTGAAGTTAGTTATGGTGTACTTTT 1244
Query 1125 AGATGGGTTGTGCAAGAATGCAGAGTTTGACCTAGCAAGAGGCTTTTACATGAGAATGAA 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1245 AGATGGGTTGTGCAAGAATGCAGAGTTTGACCTAGCAAGAGGCTTTTACATGAGAATGAA 1304
Query 1185 GAGAAATGGGGTCTGTGTTGGGCGAATAACATACACTGGAATGATTGATGGGTTATGCAA 1244
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 GAGAAATGGGGTATGTGTTGGGCGAATAACATACACTGGAATGATTGATGGGTTATGCAA 1364
Query 1245 AAATGGGTTTTTGGATGAAGCAGTTGTTATGCTTAATGAAATGAGCAAAGATGGTATTGA 1304
|||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365 AAATGGGTTTCTGGATGAGGCAGTTGTTCTGCTTAATGAAATGAGCAAAGATGGTATTGA 1424
Query 1305 TCCTGATATTGTCACATACTCTGCTCTTATAAATGGATTTTGCAGGGTGGGGAGGTTGAA 1364
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 1425 TCCTGATATTGTCACATACTCTGCTCTTATAAATGGATTTTGCAAGGTGGGGAGGTTTAA 1484
Query 1365 AACTGCTAAGGAGATAGTATGTAGAATTTACCGAGTTGGTCTTAGTCCAAATGGCATCAT 1424
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485 AACTGCGAAGGAGATAGTATGTAGAATTTACCGAGTTGGTCTTAGTCCAAATGGCATCAT 1544
Query 1425 CTACTCAACCCTGATATACAATTGTTGCAGGATGGGATGCTTAAAGGAAGCAATAAGAAT 1484
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 CTACTCAACCCTGATATACAATTGTTGTAGGATGGGATGCTTAAAGGAAGCAATAAGAAT 1604
Query 1485 TTATGAAGCTATGATCCTTGAGGGCCATACTCCAGACCATTTCACGTTCAATGTACTTGT 1544
|||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605 TTATGAAGCTATGATCCTTGAGGGGCATACTCGAGACCATTTCACGTTCAATGTACTTGT 1664
Query 1545 TACTTCGCTGTGTAAAGCTGGTAAAGTGGCTGAGGCAGAAGAATTTATGCGTTGCATGAC 1604
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1665 TACTTCACTGTGTAAAGCTGGTAAAGTGGCTGAGGCAGAAGAATTTATGCGTTGCATGAC 1724
Query 1605 AAGTGATGGTATTCTTCCTAACGCAGTTAGCTTTGATTGTCTTATCAATGGGTATGGAAG 1664
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1725 AAGTGATGGTATTCTTCCTAACACTGTTAGCTTTGATTGTCTTATCAATGGGTATGGAAA 1784
Query 1665 CTCAGGTGAAGGGCTAAAAGCGTTCTCTGTATTTGATGAGATGACCAAAGTAGGTCATCA 1724
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1785 CTCAGGTGAAGGGCTAAAAGCGTTCTCTGTATTTGATGAGATGACCAAAGTTGGTCATCA 1844
Query 1725 CCCAACGTTCTTCACATATGGTAGCCTGCTCAAGGGATTATGCAAAGGTGGGCATTTGAT 1784
|||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1845 CCCAACATTCTTCACATATGGTAGTCTCCTCAAGGGATTATGCAAAGGTGGGCATTTAAG 1904
Query 1785 AGCCGCAGAGAAGTTTCTGAAAAGCCTCCAAAATGTCCCTGCAGCTGTTGATACTGTAAT 1844
|| |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1905 AGAGGCAGAGAAGTTTTTGAAAAGCCTCCATGCTGTTCCTGCAGCTGTTGATACTGTAAT 1964
Query 1845 GTACAACACACTAATCACTGCTATGTGTAAATCAGGGAACTTGGACAAGGCTGTCTCACT 1904
||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1965 GTACAACACACTACTCACTGCAATGTGTAAATCAGGGAACTTGGCCAAGGCTGTCTCACT 2024
Query 1905 TTTTGGTGAGATGGTGCAGCGAAGCATTCTGCCTGACAGTTTTACTTATACCAGTCTTAT 1964
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||
Sbjct 2025 TTTTGGTGAGATGGTGCAACGAAGCATTCTGCCTGACAGTTATACATATACTAGTCTTAT 2084
Query 1965 ATCTGGGTTATGTAGGAAGGGCAAGACCGTTATTGCCATACTATTTGCTAAGGAAGCTGA 2024
||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2085 TTCTGGATTGTGTAGGAAGGGCAAGACTGTTATTGCCATACTCTTTGCTAAGGAAGCTGA 2144
Query 2025 GGCTCGAGGTAATTTAGTTCCCAACAAGGTGATGTATACCTGTTTTGTGGATGGTATGTT 2084
|||||||||||| || |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145 AGCTCGAGGTAATGTACTTCCGAACAAAGTGATGTATACCTGTTTTGTGGATGGTATGTT 2204
Query 2085 CAAGGCTGGCCAGTGGAAAGCTGGTTTTTACTTTCGGCAGCAAATGGATAAACTTGGCCT 2144
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 2205 CAAGGCTGGCCAGTGGAAAGCTGGTATTTATTTTCGGGAGCAAATGGATAACCTTGGCCA 2264
Query 2145 TACCCGTGATGTTGTCACAACAAATGCAATGATTGACGGTTACTCAAGGATGGGGAAAAT 2204
||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2265 TACCCCTGATATTGTCACAACAAATGCAATGATAGACGGTTACTCAAGGATGGGGAAAAT 2324
Query 2205 AGAGAAGACACATGACCTACTTTTTGAGATGGGGAACCAAAATCAAGGTCCTAATCTAAC 2264
|||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2325 AGAGAAGACAAATGACCTACTTCCCGAAATGGGGAACCAAAATGGGGGTCCTAATCTGAC 2384
Query 2265 TACCTACAATATTCTTTTGCATGGGTATTCAAAGAGGAAAGACGTATCAACAAGCTTTAT 2324
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |
Sbjct 2385 TACCTACAATATTCTCTTGCATGGATATTCAAAGAGGAAAGATGTATCCACAAGCTTTCT 2444
Query 2325 GCTGTATAGATCCATGATACTGAGCGGCATTTTACCTGACAAGCTCACATGCCATTCTAT 2384
||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2445 GCTGTATAGATCCATCATACTGAACGGCATTTTACCTGACAAGCTCACATGCCATTCTCT 2504
Query 2385 TATTCTTGGGATTTGTGAATCCAACATGTTGGAGATTGGTCTTAAAATCTTGAAAGCATT 2444
| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2505 TGTTCTCGGAATTTGTGAATCCAACATGTTGGAGATTGGTCTTAAAATCTTGAAAGCATT 2564
Query 2445 CATATGCCGAGGTGTTGAAGTTGACAGGCATACCTTTAACATGCTAATCTCCAAGTGCTG 2504
|||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2565 CATATGCCGAGGTGTTGAAGTTGACAGGTATACGTTCAACATGCTAATCTCCAAGTGTTG 2624
Query 2505 TGCAAATGGAGAGATCAACTGGGCATTTGATATGGTTAATGTCATGACCTCTCTGGGAAT 2564
|||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 2625 TGCAAATGGAGAAATCAACTGGGCATTTGATTTGGTTAAAGTCATGACCTCTCTCGGAAT 2684
Query 2565 CTCCCTTGACAAAAATACTTGTGACGCCATTGTAAGTGTCCTCAACAGGAACCACAGATT 2624
||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2685 CTCGCTTGACAAAGATACTTGTGACGCCATGGTAAGTGTCCTCAACAGGAACCACAGATT 2744
Query 2625 CCAGGAGTCTCGCATGGTTTTGCACGAAATGTCGAAGCAAGGGATATCTCCCGAGAGTAG 2684
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2745 CCAGGAGTCTCGCATGGTTTTGCACGAAATGTCGAAGCAAGGGATATCTCCCGAGAGTAG 2804
Query 2685 GAAATACATTGGTCTGCTTAACGGTCTCTGTAGAGTGGGAGATATAAAGACTGCGTTTGT 2744
||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2805 GAAGTACATTGGTCTGATTAACGGACTTTGTAGAGTGGGAGATATAAAGACTGCGTTTGT 2864
Query 2745 GGTGAAGGAAGAGATGATAGCACATAAGATATGTCCGCCTAATGTAGCTGAGAGTGCAAT 2804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2865 GGTGAAGGAAGAGATGATAGCACATAAGATATGTCCGCCTAATGTAGCTGAGAGTGCAAT 2924
Query 2805 GGTGAGAGCGCTTGCAAAATGCGGTAAGGCTGACGAAGCTTCGCTACTTCTTCGGTCTAT 2864
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||
Sbjct 2925 GGTAAGAGCGCTTGCAAAATGCGGTAAGGCTGACGAAGCCACGCTGCTTCTTCGGTTTAT 2984
Query 2865 GCTGAAAATGAAGTTGGTTCCGACTATTGCTAGTTTCACTACTCTAATGCACTTGTTTTG 2924
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2985 GCTGAAAATGAAGTTGGTTCCGACTATTGCTAGTTTCACTACTCTAATGCACTTGTGTTG 3044
Query 2925 CAAGAACGGTAATGTTACAGAGGCCCTGGAATTGAGAGTCGTCATGAGCAATTGTGGGCT 2984
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3045 CAAGAACGGTAATGTTATAGAGGCCCTGGAATTGAGAGTCGTCATGAGCAATTGTGGGCT 3104
Query 2985 GAAGCTTGATCTCGTGTCGTACAATGTATTGATTACTGGACTTTGCGCCAAAGGTGATAT 3044
|||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3105 GAAGCTTGATCTTGTGTCATACAATGTTTTGATTACTGGACTTTGCGCCAAAGGTGATAT 3164
Query 3045 GGCAATTGCATTTGAACTCTTTGAAGAGATGAAACGAGATGGATTTTTAGCTAATGTGAC 3104
|||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 3165 GGCACTTGCATTTGAACTCTATGAAGAGATGAAAGGAGATGGATTTTTAGCCAATGCGAC 3224
Query 3105 TACTTACAAAGCTCTCGTC-GGTGGAATACTTTCCCAAGGAACC-GAATTCTCTGGGACT 3162
||| |||||||||||| || || || ||||| ||| |||| | | |||||| ||| ||
Sbjct 3225 TACATACAAAGCTCTCATCAGGGGGT-TACTTGCCCG-GGAAACAGCATTCTCCGGGGCT 3282
Query 3163 GATATCATCTTGAAAGATTTACTGGCAAGAGGATTCATAACAGCCATGAGCTT 3215
||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 3283 GATATTATCTTGAAAGATTTACTTGCAAGAGGATTCATAACATCTATGAGCTT 3335
Score = 359 bits (194), Expect = 1e-97
Identities = 204/209 (98%), Gaps = 0/209 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3530 CAGAGACAAAGCAGGAGGATGAACAAGCTCTTAATAGCTGGAGCTGTGTTGTCATTTCAT 3589
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3833 CAGAGACAAAGCAGGAGGAGGAACAAGCTCTTAATAGCTGGAGCTGTGTTGTCATTTCAT 3892
Query 3590 GTGCTGAATTCACCTGTAATTAATCTGGACTGACCAAAGATAATGGTTCAGGGAAAAATG 3649
|||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3893 GTGCTGAATTCACCTGTAATCAATCTGGACTCACCAAAGATAATGGTTCAGGGAAAAATG 3952
Query 3650 ATGCAGAGCCATGGAAGCaaaaaaaaaaaGCTTCTTCTGTGTCTTTGAAGAATCTTTTTG 3709
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3953 ATGCAGAGCCATGGCAGCAAAAAAAAAAAGCTTCTTCTGTGTCTTTGAAGATTCTTTTTG 4012
Query 3710 ATGAATATGTCGGAACAACGAGAAACTAG 3738
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4013 ATGAATATGTCGGAACAACGAGAAACTAG 4041
Score = 209 bits (113), Expect = 1e-52
Identities = 123/128 (96%), Gaps = 0/128 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3345 CTTGTACTGTTATACAGAACAAGACAAGCAGGACAGTGAAGCTGCAACCTTACTGGCTCC 3404
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3708 CTTGTACTGTTATACAGAACAAGACAAGCAAGACAGTGAAGGTGCAACCTTACTGGCTCC 3767
Query 3405 TTTCTCTGACAAATACAACTCAAAAACTTCACCAAAGGAGACTGTGATTGAATCTCTTAA 3464
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 3768 TTTCTCTGACAAATACAACTCAAAAACTACACCAAAGGAGAGTTTGATTGAATCTCTTAA 3827
Query 3465 ACTTCCAG 3472
||||||||
Sbjct 3828 ACTTCCAG 3835
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 186169525473
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5