BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg495876
Length=2457
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G57800.1 | Symbols: FLP1, YRE, CER3, WAX2 | Fatty acid hydro... 3821 0.0
> AT5G57800.1 | Symbols: FLP1, YRE, CER3, WAX2 | Fatty acid hydroxylase
superfamily | chr5:23420209-23424052 FORWARD LENGTH=2499
Length=2499
Score = 3821 bits (2069), Expect = 0.0
Identities = 2347/2472 (95%), Gaps = 56/2472 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 29 TTTCTGGGG-TTTTAATTCTCTCAACGAAC----TAAAAATCTCAACTAAAATTCTCCAT 83
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 41 TTTCTGGGGTTTTTAATTCTCTCAACGAACAAAAAAAAAAACTCAACTAATATTCTCCAT 100
Query 84 CATCTTTCTTCAAGATTTAAGAGAGAAACCTTATCGTTAAATtctctc-tctctctTCTT 142
| ||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||
Sbjct 101 CCTCTTTCTTC-AGATTT-A-AGAGAAACCTTATCGTTATATTCTCTCTTCTCTTTTCTT 157
Query 143 TTTGACTCCCACAAGAGAAGAAAGCAAATTTCTTTTTCTCAGGATTGCTTGAAAACTGGA 202
|||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 158 TTTGACTCCCAC-A-AGAAGAAAGCAAATTTCTTTTTCTCAGGATTGCTTGAAAACTGTA 215
Query 203 GAAATCTTTAAGG-TTTTTTAGACCAATAAGAG-C-------gagagagagagag--aga 251
||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| |||
Sbjct 216 GAAATCTTTAAGGTTTTTTTACACCAATAAGAGTCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGA 275
Query 252 gagaTCTATTCATAAAAAAGACA-G--A--T-AA-T-C-------T--C--AAATAACAA 292
||||||||||||||||||||||| | | | || | | | | | |||||||
Sbjct 276 GAGATCTATTCATAAAAAAGACAGGTAATCTCAACTCCGAGGAGATAACTGATATAACAA 335
Query 293 TTTGagagaat---aagaagaagaagaagaagaccaagc-agaagaaTGGTTGCTCTTTT 348
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||
Sbjct 336 TTTGAGAGAATAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGACCAAGCTA-AAGAATGGTTGCTTTTTT 394
Query 349 ATCAGCTTGGCCTTGGGAAAACTTTGGCAACCTCAAGTATCTTCTCTACGCTCCATTAGC 408
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 395 ATCAGCTTGGCCTTGGGAAAACTTTGGCAATCTCAAGTATCTTCTCTACGCTCCATTAGC 454
Query 409 TGCACAAGTAGTGTACTCGTGGGTATATGAAGAAGATATCTCAAAGGTTCTTTGGTGTAT 468
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 455 TGCACAAGTAGTGTACTCGTGGGTCTATGAAGAAGATATCTCAAAGGTTCTTTGGTGTAT 514
Query 469 TCATATTCTCATAATCTGTGGACTCAAAGCACTCGTTCATGAACTATGGAGCGTTTTCAA 528
|||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 515 TCATATTCTCATAATCTGCGGTCTCAAAGCACTTGTTCATGAACTATGGAGCGTTTTCAA 574
Query 529 CAACATGCTTTTCGTGACTCGTACTCTAAGGATTAACCCTAAAGGCATCGACTTTAAGCA 588
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 575 CAACATGCTTTTCGTGACTCGTACTCTAAGGATTAACCCTAAAGGGATCGACTTTAAACA 634
Query 589 GATTGATCACGAATGGCACTGGGACAATTACATAATCCTACAAGCAATAATAGTGAGCCT 648
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 635 GATTGATCACGAATGGCACTGGGACAATTACATAATCCTACAAGCAATAATAGTGAGCCT 694
Query 649 GATCTGTTACATGTCACCACCATTGATGATGATGATAAACAGTCTTCCTCTGTGGAACAC 708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 695 GATCTGTTACATGTCACCACCATTGATGATGATGATAAACAGTCTTCCTCTGTGGAACAC 754
Query 709 GAAAGGACTCATCGCATTAATTGTGCTACATGTGACTTTCTCAGAGCCTTTATACTACTT 768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 755 GAAAGGACTCATCGCATTAATTGTGCTACATGTGACTTTCTCAGAGCCTTTATACTACTT 814
Query 769 TCTGCACAGATCTTTCCATCGTAACAACTACTTCTTCACCCATTACCACTCTTTCCACCA 828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 815 TCTGCACAGATCTTTCCATCGTAACAACTACTTCTTCACACATTACCACTCTTTCCACCA 874
Query 829 CTCATCTCCTGTTCCACATCCCATGACTGCTGGAAACGCAACGTTATTAGAAAACCTTAT 888
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 875 CTCATCTCCTGTTCCACATCCCATGACTGCTGGAAACGCAACGTTATTGGAAAACATTAT 934
Query 889 CCTCTGTGTTGTAGCTGGTGTTCCTTTGATTGGATCTTGCTTGTTTGGTGTTGGATCATT 948
||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 935 CCTCTGTGTCGTAGCTGGTGTTCCATTGATTGGATGTTGCTTGTTTGGTGTTGGATCATT 994
Query 949 AAGTGTC-ATCTACGGTTACGCTGTTATGTTTGATTTCATGAGATGTTTAGGACATTGTA 1007
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 995 AAGTG-CGATCTACGGTTACGCTGTTATGTTTGATTTCATGAGGTGTTTAGGACATTGTA 1053
Query 1008 ACGTTGAGATCTTCTCTCACAAGCTGTTCGAGATGCTTCCAATCCTACGATATCTCATCT 1067
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1054 ACGTTGAGATATTCTCTCACAAGCTGTTCGAGATTCTTCCAGTCTTACGATATCTCATCT 1113
Query 1068 ACACTCCAACGTACCATAGTCTGCATCATCAAGAAATGGGGACCAACTTTTGTCTATTTA 1127
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1114 ATACTCCAACGTACCATAGTCTGCATCATCAAGAAATGGGGACCAACTTTTGTCTATTTA 1173
Query 1128 TGCCTATCTTTGATGTTTTGGGCGATACACAAAACCAAAACTCATGGGAACTCCAAAAGA 1187
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1174 TGCCTCTCTTTGATGTTTTGGGCGATACACAAAACCCAAACTCATGGGAACTCCAAAAGA 1233
Query 1188 AGATTCGTTTGAGTGCAGGGGAACGGAAGAGAGTGCCGGAGTTCGTGTTCTTAGCTCACG 1247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1234 AGATTCGTTTGAGTGCAGGGGAACGGAAGAGAGTGCCGGAGTTTGTGTTCTTAGCTCACG 1293
Query 1248 GAGTTGATGTGATGTCGGCGATGCATGCACCGTTCGTGTTCAGATCTTTTGCTTCAATGC 1307
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1294 GAGTTGATGTAATGTCGGCGATGCATGCACCGTTCGTGTTCAGATCTTTTGCTTCAATGC 1353
Query 1308 CATACACTACGAGGATTTTCTTGCTACCGATGTGGCCATTCACGTTCTGTGTTATGTTGG 1367
|||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1354 CATATACCACAAGGATATTCTTGCTACCGATGTGGCCATTCACGTTCTGTGTTATGTTGG 1413
Query 1368 GCATGTGGGCTTGGTCAAAGACTTTTCTTTTCAGCTTTTATACCCTTAGGAACAATCTTT 1427
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1414 GCATGTGGGCTTGGTCAAAGACTTTTCTTTTCAGCTTCTATACCCTCAGGAACAATCTTT 1473
Query 1428 GCCAGACTTGGGGAGTTCCAAGATTCGGATTCCAATACTTCTTACCGTTTGCTACACAAG 1487
| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1474 GTCAGACTTGGGGCGTTCCTAGATTCGGATTCCAATACTTCTTACCGTTTGCTACAAAAG 1533
Query 1488 GCATTAATGATCAGATCGAGGCTGCGATTCTTAGAGCTGATAAGATTGGTGTTAAAGTTA 1547
| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1534 GAATTAATGATCAAATTGAGGCTGCGATTCTTAGAGCTGATAAGATTGGTGTTAAAGTTA 1593
Query 1548 TAAGCTTGGCTGCTCTCAACAAGAACGAAGCTCTAAATGGTGGTGGAACACTGTTTGTCA 1607
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1594 TAAGCTTGGCTGCTCTCAACAAGAACGAAGCTCTAAATGGTGGTGGAACACTGTTTGTCA 1653
Query 1608 ACAAGCATCCTGACCTTAGAGTTCGTGTGGTTCATGGGAACACTTTAACTGCAGCAGTGA 1667
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1654 ACAAGCATCCTGACCTTAGAGTTCGTGTGGTTCATGGGAACACTTTAACTGCAGCAGTGA 1713
Query 1668 TTCTCAATGAAATTCCAAAAGATGTGAAAGAGGTTTTCTTGACTGGAGCCACTTCTAAGC 1727
||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1714 TTCTCTATGAAATTCCAAAAGATGTGAATGAGGTTTTCTTGACTGGAGCCACTTCTAAGC 1773
Query 1728 TGGGAAGAGCTATTGCTCTTTACCTTTGTCGCCGTGGAGTGAGAGTTCTCATGTTGACAT 1787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1774 TGGGAAGAGCTATTGCTCTTTACCTTTGTCGCCGTGGAGTGAGAGTTCTCATGTTGACAT 1833
Query 1788 TATCTGTGGAAAGGTTCCAAAAGATTCAGAAAGAGGCTCCTGTTGAGTTCCAGAACTACC 1847
| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1834 TGTCTATGGAAAGGTTCCAAAAGATTCAGAAAGAGGCTCCTGTTGAGTTCCAGAACAACC 1893
Query 1848 TTGTACAAGTGACCAAATACAATGCTGCTCAACACTGCAAGACTTGGATCGTTGGAAAAT 1907
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1894 TTGTACAAGTGACCAAATACAATGCTGCTCAACACTGCAAGACTTGGATCGTTGGAAAAT 1953
Query 1908 GGTTAACACCAAGAGAGCAGAGCTGGGCTCCTGCAGGGACGCATTTCCATCAGTTTGTGG 1967
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1954 GGTTAACACCAAGAGAGCAGAGCTGGGCTCCTGCAGGGACGCATTTCCATCAGTTTGTGG 2013
Query 1968 TGCCACCGATCCTCAAGTTTAGACGGAACTGCACTTACGGCGATCTAGCAGCTATGAAGC 2027
||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2014 TGCCACCAATCCTTAAGTTTAGAAGGAACTGCACTTACGGTGATCTAGCAGCTATGAAGC 2073
Query 2028 TCCCTAAAGATGTTGAAGGACTCGGAACTTGCGAGTACACGATGGAGAGAGGGGTAGTGC 2087
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2074 TCCCTAAAGATGTTGAAGGACTCGGAACTTGCGAGTACACGATGGAGAGAGGGGTGGTAC 2133
Query 2088 ACGCGTGCCATGCAGGAGGAGTGGTTCATATGCTTGAGGGTTGGAAGCATCATGAGGTTG 2147
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2134 ATGCGTGCCATGCAGGAGGAGTGGTTCATATGCTTGAGGGTTGGAAGCATCATGAGGTTG 2193
Query 2148 GAGCCATTGACGTTGACCGTATCGATTTGGTGTGGGAAGCAGCCATGAAGTATGGTCTTA 2207
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2194 GAGCCATTGATGTTGACCGTATCGATTTGGTGTGGGAAGCAGCCATGAAGTATGGTCTTA 2253
Query 2208 GCGCTGTTTCTTCACTCACAAATTGAGTGAAGAGAGAGACACTTTTCATTGTTGTCTTT- 2266
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2254 GTGCTGTTTCTTCACTCACAAATTGAGTGAAGAGAGAGACACGTTTCATTGTTGTCTTTT 2313
Query 2267 GACTCTCCCAAGATTGGTCATTCTTTGTACAGGTGAAAAG-GACGCAAGCAGGAAAAGAA 2325
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||| ||
Sbjct 2314 GACTCTCCCAAGATTGGTCATTCTTTGTACAGGTGAAAGGAGATGCAAGCAGGAAAA-AA 2372
Query 2326 AAATTAGAATTTCACCTTATGTTATTGTTTTACCTTTTATTAATGATGTATTCCtttttt 2385
|| | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 2373 AAGT-AGAATTTCACCTTATGT-ATTGTTTTATCTTTTATTAATGATGTATTACTTTCTT 2430
Query 2386 ttttAGATTTCCTTAGTATTAATATATATGCACCTAATTTCCAAGAAAATTCAACAAAGC 2445
||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2431 TTT-AGATTTCCTTAATATTAATATAT--GCACCTAATTTCCAAGAAAATTCAACAAAGC 2487
Query 2446 TTTAAATTATCC 2457
||| ||||||||
Sbjct 2488 TTTTAATTATCC 2499
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121905671490
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5