BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg496142
Length=4569
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G60040.2 | Symbols: NRPC1 | nuclear RNA polymerase C1 | chr5... 6083 0.0
> AT5G60040.2 | Symbols: NRPC1 | nuclear RNA polymerase C1 | chr5:24173259-24183298
FORWARD LENGTH=4428
Length=4428
Score = 6083 bits (3294), Expect = 0.0
Identities = 3666/3841 (95%), Gaps = 43/3841 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 427 CGCTGTTCCAACATGCTTTTAGATGAGAAATTGTATGAAGATCACTTAAGGAAGATGCGG 486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 602 CGCTGTTCCAACATGCTTTTAGATGAGAAATTGTATGAAGATCACTTGAGGAAGATGCGG 661
Query 487 AATCCCAAAATGGAGCCATTGAAGAAGACTGAATTGGCGAAAGCGGTTGTCAAGAAGTGC 546
||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 662 AATCCCAGAATGGAGCCATTGAAGAAGACAGAATTGGCAAAAGCCGTTGTCAAGAAGTGC 721
Query 547 AGTACGATGGCAAGCCAGAGAATTATAACGTGCAAAAAATGTGGCTACCTGAATGGCATG 606
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 722 AGTACGATGGCGAGCCAGAGAATTATAACGTGCAAAAAATGTGGCTACCTGAATGGGATG 781
Query 607 GTAAAAAAGATTGCAGCGCAGATGGGTATAGGCATCAGTCATGACCGATCTAAAATCCAT 666
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 GTAAAAAAGATTGCAGCGCAGTTTGGTATAGGCATCAGTCATGACCGATCTAAAATCCAT 841
Query 667 GGTGGAGAGGTTGATGAATGTAAATCTGCAATATCCCACACAAAGGAGTCTACTAG-AGC 725
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||
Sbjct 842 GGTGGAGAGATTGATGAATGTAAATCTGCAATATCCCACACAAAGCAGTCTACT-GCAGC 900
Query 726 AATAAATCCTCTTACGTATGTTCTTGATCCTAACTTGGTGCTCGGGCTTTTTAAAGGAAT 785
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 901 AATAAATCCTCTTACCTATGTTCTTGATCCTAACTTGGTGCTCGGGCTTTTTAAAAGAAT 960
Query 786 GAGTGACAAGGACTGTGAACTTCTTTATATTGCCCATAGACCTGAGAATCTTATCACAAT 845
||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 961 GAGTGACAAGGACTGCGAACTTCTTTATATTGCCTATAGACCTGAGAATCTTATCATAAC 1020
Query 846 GTGCATGCTTGTGCCACCTTTATCCATCCGACCGTCTGTTATGATTGGTGGTACTCGAAG 905
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1021 GTGCATGCTTGTGCCACCTTTATCCATCCGACCGTCTGTTATGATTGGTGGTATTCAAAG 1080
Query 906 CAATGAAAACGACATAACAGAGCGATTAAAGCTAATCATTCAAAACAATGCTTGTCTTCA 965
||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||
Sbjct 1081 CAATGAAAACGACTTAACAGCGCGATTAAAGCAAATCATTCTAGGCAATGCTTCTCTTCA 1140
Query 966 TAGAATTTTAAGTCAACCTACCACATCGCCCAAAAACATGCAAGTATGGGATACAGTTCA 1025
|| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TAAAATTTTAAGTCAACCTACCTCATCCCCCAAAAACATGCAAGTATGGGATACAGTTCA 1200
Query 1026 AAGCGAGGTTGCAAAATACATTAACAGTGAAGTCCGTGG-TGTACAAAACCAGCCAGAGA 1084
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |
Sbjct 1201 AATCGAGGTTGCAAGATACATTAACAGTGAAGTCCGTGGTTGT-CAAAACCAGCCAGA-A 1258
Query 1085 AAACA-CCACTGAGTGGACTTCTTCAGCGTCTTAAAGGAAAACAGGGACGTTTCCGTGCA 1143
| || |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1259 GAGCATCCACTGTCTGGAATTCTTCAGCGTCTCAAAGGAAAAGGGGGACGTTTCCGTGCA 1318
Query 1144 AACTTGTCGGGGAAGCGTGTCGAGTACACTGGTAGAACTGTTATTTCACCTGATCCCAAT 1203
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1319 AACTTGTCGGGGAAGCGTGTCGAGTTCACTGGTAGAACTGTAATTTCACCTGATCCCAAT 1378
Query 1204 CTGAAAATTACAGAGGTAGGAATTCCCATCCTTATGGCTCGGATCTTAACTTTTCCTGAA 1263
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 1379 CTGAAAATTACAGAGGTAGGAATTCCAATCCTTATGGCTCAGATCCTAACTTTTCCTGAA 1438
Query 1264 TGTGTTTCCCGTCATAATATTGAGAAGTTGAGGCAATGTGTCCGTAATGGCCCTAATAAA 1323
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 TGTGTTTCTCGTCATAATATTGAGAAGTTGAGGCAATGTGTCCGTAATGGCCCTAATAAA 1498
Query 1324 TACCCTGGTGCCAGAAATGTCAGATATCCAGATGGTTCTTCAAGGACTTTGGTTGGTGAT 1383
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TACCCTGGTGCCAGAAATGTCAGATATCCAGATGGTTCTTCAAGGACTTTGGTTGGTGAT 1558
Query 1384 TATCGTAAGCGTATTGCTGATGAACTGACCATTGGCTGCATAGTTGACCGCCATTTAG-A 1442
||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1559 TATCGCAAGCGTATTGCTGATGAACTGGCCATTGGCTGCATAGTTGACCGCCATTT-GCA 1617
Query 1443 AGAAGGGGATGCTGTTCTTTTTAACAGGCAACCGAGTCTGCATCGGATGTCTATCATGTG 1502
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 AGAAGGAGATGTTGTTCTTTTTAACAGGCAACCGAGTCTGCATCGGATGTCTATCATGTG 1677
Query 1503 TCACAGGGCAAGAATAATGCCTTGGAGAACATTGAGGTTCAACGAATCGGTTTGTAACCC 1562
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 TCACAGGGCAAGAATAATGCCTTGGAGAACGTTGAGGTTCAACGAATCGGTTTGTAACCC 1737
Query 1563 ATATAATGCTGATTTTGATGGTGATGAGATGAACATGCACGTACCACAAACAGAGGAGGC 1622
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 ATATAATGCTGATTTTGATGGTGATGAGATGAACATGCACGTACCACAAACAGAGGAGGC 1797
Query 1623 TCGGACAGAGGCTATTACATTGATGGGGGTACAAAACAATTTGTGCACCCCAAAAAATGG 1682
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1798 TCGGACAGAGGCTATTACATTGATGGGGGTACAAAACAATTTATGCACCCCAAAAAATGG 1857
Query 1683 AGAAATTTTAGTAGCATCAACGCAGGACTTTTTGACAACTTCCTTTTTGATAACGAGGAA 1742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1858 AGAAATTTTAGTAGCATCAACGCAGGACTTTTTGACATCTTCTTTTTTGATAACGAGAAA 1917
Query 1743 GGACACATTTTATGACCGTGCAGCCTTTTCACTTATATGTTCTTACATGGGAGATGGCAT 1802
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1918 GGACACATTTTATGACCGTGCAGCCTTTTCACTTATATGTTCTTACATGGGAGATGGGAT 1977
Query 1803 GGATGCCATAGATTTGCCCACACCCACAATCATTAAGCCAATAGAGCTTTGGACTGGTAA 1862
|||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 GGATTCCATAGATTTGCCAACACCCACAATCCTTAAGCCAATAGAGCTTTGGACTGGTAA 2037
Query 1863 ACAGCTTTTTAGTGTTTTGCTGCGTCCAAATGCAAGTGTTAGAGTCTACGTAACTCTTAA 1922
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 ACAGATCTTTAGTGTTTTGCTGCGTCCAAATGCAAGTATTAGAGTCTACGTAACTCTTAA 2097
Query 1923 TGTGAAAGAGAAGAACTTCAAGAAGGGAGAGCATGGTTTCGATGAAACAATGTGCGTAAA 1982
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2098 TGTGAAAGAGAAGAACTTCAAGAAGGGAGAGCATGGTTTCGATGAAACAATGTGCATAAA 2157
Query 1983 TGATGGATGGGTTTATTTTCGAAACAGTGAGCTAATATCAGGACAATTGGGGAAGG---C 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 2158 TGATGGATGGGTTTATTTTCGAAACAGTGAGCTAATATCAGGACAGTTGGGGAAGGCTAC 2217
Query 2040 --T---A--CG----------T-TAGGAAATGGAAACAAGGATGGATTATATTCTATTCT 2081
| | || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 GTTAGCACTCGATATTTTTCCTCTAGGAAATGGAAACAAGGATGGATTATATTCTATTCT 2277
Query 2082 TCTAAGAGATTACAACTCCCATGCTGCTGCAGTCTGCATGAATCGGCTAGCAAAATTGAG 2141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 TCTAAGAGATTACAACTCCCATGCTGCTGCAGTCTGCATGAATCGGCTAGCAAAATTGAG 2337
Query 2142 TGCTCGGTGGATTGGAATCCATGGCTTCTCCATTGGAATTGATGACGTTCAACCTGGTGA 2201
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 TGCTCGGTGGATTGGTATCCATGGCTTCTCTATTGGAATTGATGACGTTCAACCTGGTGA 2397
Query 2202 AGAGTTGAATAAGGAAAGAAAAGATAGCATCCAGTTCGGATATGACCAGTGCCATCGCAA 2261
|||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 AGAGTTGAGTAAGGAAAGAAAAGACAGCATCCAGTTTGGATATGACCAGTGCCATCGCAA 2457
Query 2262 AATTGAAGAATTTAATCGAGGAAATTTGCAACTTAAAGCTGGTCTAGATGGTGCAAAATC 2321
|||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458 AATTGAGGAATTTAATAGAGGAAATTTGCAACTTAAAGCTGGTCTAGATGGTGCAAAATC 2517
Query 2322 ATTAGAAGCTGAAATAACAGGGATTCTCAATACAATTCGAGAAGCCACTGGGAAGGCATG 2381
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2518 CTTAGAAGCTGAAATAACAGGGATTCTCAATACAATTCGAGAAGCCACTGGGAAGGCCTG 2577
Query 2382 TATGAGCGGATTACATTGGAGAAATAGTCCCTTGATCATGTCACAATGTGGTTCCAAAGG 2441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 TATGAGCGGATTACATTGGAGAAATAGTCCCTTGATCATGTCACAATGTGGTTCCAAAGG 2637
Query 2442 ATCTCCTATCAATATCAGTCAGATGGTCGCATGTGTTGGTCAGCAGACAGTTAATGGTCA 2501
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2638 ATCTCCTATCAATATCAGTCAGATGGTCGCATGTGTTGGTCAGCAGACAGTTAATGGTCA 2697
Query 2502 CCGTGCTCCTGATGGATTTATAGATCGAAGTCTTCCTCATTTCCCTAGGATGTCCAAATC 2561
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2698 CCGTGCTCCTGATGGATTTATAGATCGAAGTCTTCCTCATTTCCCTAGGATGTCCAAATC 2757
Query 2562 ACCTGCAGCTAAAGGTTTTGTTGCTAATTCGTTCTACAGTGGTCTTACTGCCACAGAATT 2621
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2758 ACCTGCAGCGAAAGGTTTTGTTGCTAATTCGTTCTACAGTGGTCTTACTGCCACAGAATT 2817
Query 2622 TTTCTTTCACACTATGGGTGGACGAGAAGGTCTAGTTGATACAGCGGTGAAAACTGCAAG 2681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 TTTCTTTCACACTATGGGTGGACGAGAAGGTCTAGTTGATACAGCGGTGAAAACTGCAAG 2877
Query 2682 TACAGGTTACATGTCTCGTAGACTGATGAAAGCTTTGGAGGATCTATTAGTCCATTATGA 2741
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2878 TACAGGTTACATGTCTCGTAGACTGATGAAAGCCTTGGAGGATCTATTAGTCCATTATGA 2937
Query 2742 TAACACAGTGCGAAATGCCAGCGGATGTATACTTCAATTTACTTATGGGGATGATGGAAT 2801
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2938 TAACACAGTGAGAAATGCCAGCGGATGTATACTTCAATTTACTTATGGGGATGATGGAAT 2997
Query 2802 GGACCCAGCACTAATGGAAGGAAAGGATGGAGCTCCTTTAAATTTTGATAGATTATTTCT 2861
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2998 GGACCCAGCACTAATGGAAGGAAAGGATGGAGCTCCTTTAAATTTTAATAGATTATTTCT 3057
Query 2862 GAAAATTCAGGCCACATGTCCTCCTCGATCTCACCACA-ATTATCTTTCCTCAGAAGAGT 2920
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| |
Sbjct 3058 GAAAGTTCAGGCCACATGTCCTCCTCGATCTCACCACACAT-ATCTTTCTTCAGAAGAAT 3116
Query 2921 TGTCGCAAAAGTTTGAAGAGGAATTAGTCAGACATGATAAAAGTCGGGTTTGCACTGACG 2980
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3117 TGTCGCAAAAGTTTGAAGAGGAATTAGTCAGACATGATAAAAGTCGGGTTTGCACTGATG 3176
Query 2981 CCTTTGTGAAATCTCTTCGAGAATTTGTTTCCTTGCTCGGAGTAAAGTCTGCAAGCACGC 3040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 3177 CCTTTGTGAAATCTCTTCGAGAATTTGTTTCCTTGCTCGGAGTGAAGTCTGCAAGCCCGC 3236
Query 3041 CTCAGGTTTTATATAAAGCATCTGGTGTGACTGATAAGCAACTCGAGGTATTTGTAAAAA 3100
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3237 CCCAGGTTTTATATAAAGCATCTGGTGTGACTGATAAGCAACTCGAGGTATTTGTAAAAA 3296
Query 3101 TTTGTGTATCTCGCTATCGGGaaaaaaaaaTTGAGGCTGGGACTGCAATTGGAACAATAG 3160
||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3297 TTTGTGTATTTCGCTACCGGGAAAAAAAAATTGAGGCTGGGACTGCAATTGGGACAATAG 3356
Query 3161 GAGCTCAGAGTATTGGAGAACCTGGGACACAAATGACTCTGAAAACTTTTCACTTTGCTG 3220
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3357 GAGCTCAGAGTATTGGAGAACCTGGGACACAAATGACTTTGAAAACTTTTCACTTTGCTG 3416
Query 3221 GAGTGGCGAGCATGAATATCACACAAGGAGTCCCCCGAATCAATGAAATCATCAATGCTT 3280
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3417 GAGTTGCGAGCATGAATATCACACAAGGAGTCCCCCGAATCAATGAAATCATCAATGCTT 3476
Query 3281 CTAAAAATATAAGCACACCTGTCATCTCTGCAGAACTTGAGAACCCCCTGGAATTGACTA 3340
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3477 CCAAAAATATAAGCACGCCTGTCATCTCTGCAGAACTTGAGAACCCCCTGGAATTGACTA 3536
Query 3341 GTGCGCGATGGGTGAAAGGACGCATTGAAAAAACTACTTTAGGACAGGTTGCTGAGAGTA 3400
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3537 GTGCACGATGGGTGAAAGGACGCATTGAGAAAACTACTTTAGGACAGGTTGCTGAGAGTA 3596
Query 3401 TCGAGGTGCTAATGACTTCAACATCAGCGTCAGTGAGAATAATTCTTGACaaaaaaaTAA 3460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 3597 TCGAGGTGCTAATGACTTCAACATCAGCGTCAGTGAGGATAATTCTTGACAATAAAATAA 3656
Query 3461 TCGAGGAGGCATGTTTGTCTATAAGCCCCTGGTCGGTAAAAAATTCCATCCTAAAGACCC 3520
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3657 TCGAGGAGGCATGTTTATCTATAACCCCCTGGTCGGTAAAAAATTCCATCCTAAAGACCC 3716
Query 3521 CCAGAATCAAACTGAACGATAATGATATTAGGGTTTTAGATACGGGATTGGATATTACTC 3580
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3717 CCAGAATCAAACTCAACGATAATGATATTAGGGTTTTAGATACGGGTTTGGATATTACTC 3776
Query 3581 CTGTGGTGGATAAAAGTAGGACTCATTTCAATCTCCACAATCTGAAGAATGTGCTGCCAA 3640
| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3777 CCGTGGTGGATAAAAGTAGGGCTCATTTCAATCTCCACAATCTGAAGAATGTGCTGCCAA 3836
Query 3641 ATATCATAGTGAATGGGATCAAAACAGTTGAGCGAGTTGTTGTCGCAGAGGATATGGATA 3700
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3837 ATATTATAGTGAATGGGATCAAAACAGTTGAGCGAGTTGTTGTCGCAGAGGATATGGATA 3896
Query 3701 AAAATAAACAGATA-GATGGGAAGACAAGGTGGAAACTGTTTGTGG-AGGGCACAAACCT 3758
||| | || || | || || | | || | ||| | || | | |||||||||
Sbjct 3897 AAA-TGCT-AGCTAAGCTGATAATTCCATGTCCT--C-GTT-G-GGCATG-CACAAACCT 3948
Query 3759 CCTGGCTGTTATGGGGACACCGGGAATCAATGGGAGAACTACTACAAGTAACAATGTTGT 3818
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3949 CCTGGCAGTTATGGGGACACCGGGAATCAATGGGAGAACTACTACAAGTAACAATGTTGT 4008
Query 3819 CGAAGTGAGCAAAACACTTGGAATCGAGGCTGCAAGGACAACAATTATTGATGAAATAGG 3878
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4009 CGAAGTAAGCAAAACACTTGGAATCGAGGCTGCAAGGACAACGATTATTGATGAAATAGG 4068
Query 3879 GACAGTTATGGGAAACCATGGTATGAGTATAGACATCCGTCACATGATGCTTTTGGCTGA 3938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4069 GACAGTTATGGGAAACCATGGTATGAGTATAGACATCCGTCACATGATGCTTTTGGCTGA 4128
Query 3939 TGTCATGACTTACAGGGGGGAGGTTCTCGGGATACAAAGAACTGGGATTCAGAAGATGGA 3998
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4129 TGTCATGACTTACAGGGGGGAGGTTCTCGGAATACAAAGAACCGGGATTCAGAAGATGGA 4188
Query 3999 CAAAAGTGTGCTGATGCAGGCATCTTTTGAGAGGACTGGAGATCATTTATTTAGTGCAGC 4058
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4189 TAAAAGTGTTCTGATGCAGGCATCTTTTGAGAGGACTGGAGATCATTTATTTAGTGCAGC 4248
Query 4059 TAT-TAGCGGAAAGGTTGATAACATAGAGGGAGTTACAGAATGTGTGATTATGGGCATAC 4117
| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4249 -AGCTAGCGGAAAAGTTGATAACATAGAGGGAGTTACAGAATGTGTGATTATGGGCATAC 4307
Query 4118 CAATGAAGCTCGGAACCGGAATACTCAAAGTTCTCCAAAGGACCGATGATCTGCCCAAGT 4177
||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4308 CAATGAAGCTCGGAACCGGGATACTCAAAGTCCTTCAAAGGACCGATGATTTGCCCAAGT 4367
Query 4178 TGAAATATGGAGCTGATCCAATCATCTCTTGAAAAGACAGAAACAAAGTTTCACGTGCCG 4237
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 4368 TGAAATATGGACCTGATCCAATCATCTCTTGAAAAGACAGAAACAAAGGTTCACATGCCG 4427
Query 4238 A 4238
|
Sbjct 4428 A 4428
Score = 582 bits (315), Expect = 8e-165
Identities = 398/435 (91%), Gaps = 17/435 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACTTAGCTCTGCTGCTTCTTCTTAAA-CCTAAACCCACCTT-TTTCACCCTCTTCTTTTT 58
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || || ||||
Sbjct 145 ACTTAGCTCTGCTGCTTCTTCTTAAACCCTAAACCCACCTTCCTTCACCGTCGTC-TTTT 203
Query 59 TGCA-GC-TTTGATTGGAGGAGATGGAGACGAAGATGGAAATCGAATTCACTAAACAA-C 115
| || | |||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || |
Sbjct 204 T-CACCCTTTTGTTTGTA-GAGATGGAGACGAAGATGGAAATTGAATTCACT-AAGAAGC 260
Query 116 CCTACATCGAAGATGTTGGTCCTCTTAAAATAAAAAGCATAAACTTCTCTGTGCTTTCTG 175
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 261 CCTACATCGAAGATGTTGGTCCTCTTAAAATAAAAAGCATAAACTTCTCTGTGCTTTCTG 320
Query 176 ACCTTGAGATCATGAAAGCTGCTGAAGTTCAAGTCTGGAAGAAT--AATTACTACGAGAC 233
| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||| ||| |||
Sbjct 321 ATCTTGAGGTCATGAAAGCCGCTGAAGTTCAAGTCTGGAA-CATCGGTTTA-TAC--GAC 376
Query 234 CA-A-TCTTAAACCCTATGAAAACGGCTTGTTGGATGCTCGAATGGGTCCTCCAAACAAA 291
|| | | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 377 CACAGTTTTAAACCCTATGAAAACGGCTTGTTGGATCCTCGAATGGGTCCTCCAAACAAA 436
Query 292 AAGTCTATATGCACAACCTGTGACGGAAACTTCCAAAATTGTCCGGGACACTATGGATAT 351
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 437 AAGTCTATATGCACAACCTGTGAAGGAAACTTCCAAAATTGTCCGGGACACTATGGATAT 496
Query 352 CTGAAGCTTGACCTCCCAGTTTACAACGTTGGATTCTTCAATTTTATCCTTGACATTTTG 411
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 497 CTGAAGCTTGACCTCCCAGTTTACAACGTTGGATACTTTAATTTTATCCTTGATATTTTG 556
Query 412 AAGTGCATTTGTAAG 426
|||||||||||||||
Sbjct 557 AAGTGCATTTGTAAG 571
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 227858255106
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5