BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg496189
Length=3085
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G60410.2 | Symbols: ATSIZ1, SIZ1 | DNA-binding protein with ... 4630 0.0
> AT5G60410.2 | Symbols: ATSIZ1, SIZ1 | DNA-binding protein with
MIZ/SP-RING zinc finger, PHD-finger and SAP domain | chr5:24294890-24301115
FORWARD LENGTH=3219
Length=3219
Score = 4630 bits (2507), Expect = 0.0
Identities = 2715/2817 (96%), Gaps = 8/2817 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 53 ATC-AGTTTCCGATTTCATGATCGGGTGCTGTATATGGAGACTAATTGCTGGAGTTTAGG 111
||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 127 ATCAAGTATCCGATTTCATGATCGGTTGCTG--TATGGAGACTAATTGCTGGAGTTTAGG 184
Query 112 TTCGTGTGTTTTGAACTGAGCTTTTGGTTCTTG-TT-TGTCTGCTGTTGAAGACATGGAT 169
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 185 TTCGTGTGTTTTGAACTGAGCTTTTGGTTCTTGTTTGTGTCTGGTGTTGAAGACATGGAT 244
Query 170 TTGGAAGCTACTTGTAAGGATAAACTTTCATATTTTCGAATAAAAGAGCTCAAGGATGTG 229
|||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 245 TTGGAAGCTAATTGTAAGGAAAAACTTTCATATTTTCGGATAAAAGAGCTCAAGGATGTG 304
Query 230 CTCACTCAGCTGGGACTTTCGAAACAGGGAAAGAAGCAGGAACTTGTCGACCGGATCTTA 289
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 305 CTCACTCAGCTGGGACTTTCGAAACAGGGAAAGAAGCAGGAACTTGTCGACCGGATCTTG 364
Query 290 ACCCTTCTTTCTGATGAACAAGCTGCCAGGGTGTGGTCTAAAAAGAATACAGTGGCAAAG 349
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 365 ACCCTTCTTTCTGATGAACAAGCTGCCAGGTTGTTGTCTAAAAAGAATACAGTGGCAAAG 424
Query 350 GAAGAAGTTGCAAAATTAGTGGACGATACATATAGGAAAATGCAAGTATCTGGGGCAAGT 409
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 425 GAAGCAGTTGCCAAATTAGTGGACGATACATATAGGAAAATGCAAGTATCTGGGGCAAGT 484
Query 410 GATTTAGCATCAAAAGGACAAGTAAGTTCAGATACCAGTAATCTGAAAGTTAAGGGAGAG 469
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 485 GATTTAGCATCAAAAGGACAAGTGAGTTCAGATACCAGTAATCTGAAAGTTAAGGGAGAG 544
Query 470 CCTGAAGATCCCTTTCAACCAGAAATTAAAGTTCGATGTGTTTGTGGGAATTCACTAGAA 529
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||
Sbjct 545 CCTGAAGACCCCTTCCAACCAGAAATTAAAGTTCGATGTGTTTGTGGAAACTCGCTAGAA 604
Query 530 ACAGACTCAATGATACAGTGTGAGGATCCAAGATGCCATGTTTGGCAGCATGTTGGCTGT 589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 605 ACAGACTCAATGATACAGTGTGAGGATCCAAGATGCCATGTTTGGCAGCATGTTGGCTGT 664
Query 590 GTTATTCTCCCAGATAAGCCAATGGATGGGAATCCACCACTTCCAGAATCATTTTATTGT 649
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 665 GTTATTCTCCCAGATAAGCCTATGGATGGGAATCCACCACTTCCGGAATCATTTTATTGT 724
Query 650 GAAATCTGCCGACTTACTCGAGCTGACCCGTTTTGGGTTACAGTGGCACATCCACTCTCT 709
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 725 GAAATCTGCCGACTTACTCGAGCTGACCCATTTTGGGTTACAGTGGCACATCCACTCTCT 784
Query 710 CCAGTGAGGCTGACTGCGACGACTATCCCAAATGATGGTACAAACACAATGCTGAGTGTG 769
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||
Sbjct 785 CCAGTGAGGCTGACTGCAACGACTATCCCAAATGATGGTGCAAGCACAATGCAGAGTGTG 844
Query 770 GAGAGAACATTTCAAATTACAAGGGCAGACAAGGACCTGCTGGCCAAACAAGAGTACGAT 829
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 845 GAGAGAACATTTCAAATCACAAGGGCAGACAAGGACCTTTTGGCCAAACCAGAGTACGAT 904
Query 830 GTTCAGGCTTGGTGTATGCTCTTGAATGACAAAGTTCTCTTTAGGATGCAGTGGCCTCAG 889
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 905 GTTCAGGCTTGGTGTATGCTCTTGAATGATAAAGTTCTCTTTAGGATGCAGTGGCCTCAG 964
Query 890 TATGCTGATCTGCAGGTCAATGGTTTGCCTGTACGTGCAATTAATCGACCTGGATCACAG 949
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 965 TATGCTGATCTGCAGGTCAATGGTGTGCCTGTACGTGCAATTAATCGACCTGGAGGACAG 1024
Query 950 CTTTTGGGAGTCAACGGCCGCGACGATGGACCTATTATCACACCTTGTATTAGGGATGGA 1009
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1025 CTTTTGGGAGTCAACGGCCGCGACGATGGACCCATTATTACATCTTGTATTAGGGATGGA 1084
Query 1010 GTTAACAGAATATCCTTGAGTGGAGGTGACGTTCGGATTTTTTGTTTTGGAGTTAGACTT 1069
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1085 GTTAACAGAATATCCTTGAGTGGAGGTGACGTTCGGATTTTTTGTTTTGGGGTCAGACTT 1144
Query 1070 GTGAAGCGCAGGACTCTACAACAGGTTCTAAATTTGATTCCAGAAGAAGGTAAAGGGGAG 1129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1145 GTGAAGCGCAGGACTCTACAACAGGTTCTAAATTTGATTCCAGAAGAGGGTAAAGGGGAG 1204
Query 1130 ACTTTTGAAGATGCTCTTGCACGAGTCCGCCGATGCATTGGAGGTGGAGGTGGAGATGAT 1189
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1205 ACTTTTGAAGATGCTCTTGCACGTGTCCGCCGATGCATTGGAGGTGGAGGTGGAGATGAT 1264
Query 1190 AATGCCGACAGTGATAGTGACATTGAAGTTGTTGCTGATTTCTTCGGTGTCAATCTTCGG 1249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1265 AATGCCGACAGTGATAGTGACATTGAAGTTGTTGCTGATTTCTTCGGTGTCAATCTTCGG 1324
Query 1250 TGTCCTATGAGCGGTTCTAGGATAAAAGTTGCTGGGAGATTTTTACCCTGTGTGCACATG 1309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1325 TGTCCTATGAGCGGTTCTAGGATAAAAGTTGCTGGGAGATTTTTACCCTGTGTGCACATG 1384
Query 1310 GGCTGTTTTGACCTTGATGTGTTTGTGGAGTTGAATCAACGTTCCAGAAAGTGGCAGTGC 1369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1385 GGCTGTTTTGACCTTGATGTGTTTGTGGAGTTGAATCAACGTTCCAGAAAGTGGCAGTGC 1444
Query 1370 CCTATTTGTCTGAAGAACTACTCAGTGGAGCATGTAATTGTCGATCCTTATTTTAACCGT 1429
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1445 CCTATTTGTCTGAAGAACTACTCAGTGGAGCATGTAATCGTCGATCCTTATTTTAACCGT 1504
Query 1430 ATCACGTCTAAGATGAAGCATTGTGATGAAGAGGTGACTGAAATTGAAGTGAAACCTGAT 1489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1505 ATCACGTCTAAGATGAAGCATTGTGATGAAGAGGTGACTGAAATTGAAGTGAAACCTGAT 1564
Query 1490 GGTTCTTGGCGTGTAAAGTCCAAAAGAGAGAGTGAGCGAAGGGAACTGGGGGAACTCTCA 1549
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1565 GGTTCTTGGCGTGTAAAGTTCAAAAGAGAGAGTGAGCGAAGGGAACTGGGGGAACTCTCA 1624
Query 1550 CAGTGGCACGCACCAGATGGTAGTCTTTACCCCTCTGCTGTTGATATTAAACGGAAGATG 1609
|||||||| ||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1625 CAGTGGCATGCACCTGATGGTAGCCTTTGCCCCTCTGCTGTTGATATTAAACGGAAGATG 1684
Query 1610 GAAATGTTACCGGTTAAGCAAGAAGGTTTCTCAGATGGCCCGGCGCCTCTAAAACTTGGA 1669
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || || ||||||||||||
Sbjct 1685 GAAATGTTACCGGTTAAGCAAGAAGGTTACTCAGATGGTCCAGCCCCGCTAAAACTTGGA 1744
Query 1670 ATAAGGAAAAATCGTAATGGCATTTGGGAAGTTAGCAAACCTAATACAAATGGATTATCT 1729
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1745 ATAAGGAAGAATCGTAATGGCATTTGGGAAGTTAGCAAACCTAATACAAATGGATTATCT 1804
Query 1730 TCCAATAATAGGCAAGAAAAGGTTGGGTATCAGGAGAAAAATGTTATACCAATGAGTAGT 1789
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1805 TCCAGTAATAGGCAAGAAAAGGTTGGGTATCAGGAGAAGAATATTATACCAATGAGTAGT 1864
Query 1790 AGTGCTACTGGAAGTGGTAGGGATGGTGATGATGCAAGCGTAAACCAGGATGCTATTGGA 1849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1865 AGTGCTACTGGAAGTGGTAGGGATGGTGATGATGCAAGCGTAAACCAGGATGCTATTGGA 1924
Query 1850 ACTTTTGACTTTGTAGCCAACGGCATGGAACTTGATTCCATTTCCATGAATGTTGATTCA 1909
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 ACTTTTGACTTTGTAGCCAACGGCATGGAACTTGATTCCATTTCCATGAATGTTGATTCA 1984
Query 1910 GGTTATAACTTTCCTGACAGAAACCAATCTGGAGAGGGTGGAAATAATGATGTCATCGTT 1969
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1985 GGTTATAACTTTCCTGACAGAAACCAATCTGGCGAGGGTGGAAATAATGAAGTCATCGTT 2044
Query 1970 CTGAGTGATTCTGATGACGAGAATGATGTAGTAATCACTCCAGGGCCTGCATACAGTGGT 2029
||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2045 CTGAGTGATTCTGATGACGAGAATGATTTAGTGATCACTCCAGGGCCTGCATACAGTGGT 2104
Query 2030 TGTCAAACAGATGGTGGGCTTACTTTTCCACTGAACCCTTCTGGAATAATTAACTCATAT 2089
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2105 TGTCAAACAGATGGTGGACTTACTTTTCCACTGAACCCTCCTGGAATAATTAACTCATAT 2164
Query 2090 AATGAGGACCCACACAACATAGCTGGGGGAAGTTCACGCTTAGGTCTTTTCAATGATGAT 2149
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2165 AATGAGGACCCACACAGCATAGCTGGGGGAAGTTCAGGCTTAGGTCTTTTCAATGATGAT 2224
Query 2150 GACGAATTTGATACGCCCCTTTGGTCATTTCCTTCTGAAACTCCAGAAGCCCCTGGGTTC 2209
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2225 GATGAATTTGATACGCCCCTTTGGTCATTTCCTTCTGAAACTCCAGAAGCCCCTGGGTTC 2284
Query 2210 CAGCTATTTAGATCTGATGCTGACGTTTCAGAAGGTTTAGTTGGTTTGCATAATCATGGT 2269
|| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2285 CAACTATTTAGATCTGATGCTGACGTTTCAGGAGGTTTAGTTGGTTTGCATCATCATAGT 2344
Query 2270 CCACTAAACTGTGCTCCTGAAATAAATGGAGGTTACACCATGGCTCCTGAGACATCAATG 2329
|||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2345 CCACTAAACTGTTCTCCTGAAATAAATGGAGGTTATACCATGGCTCCTGAGACATCAATG 2404
Query 2330 GCATCTATTCCTGTGGTTCCTGGCTCGGCTGGACGATCTGAAGCAAACGATGGCCTAGTT 2389
|||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2405 GCATCTGTTCCTGTGGTTCCTGGCTCTACTGGCCGATCTGAAGCAAACGATGGCCTAGTT 2464
Query 2390 GACAATCCTCTTGCATTTGGTAGAGACGATCCCTCACTTCAAATATTTTTGCCAACAAAA 2449
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2465 GACAATCCTCTTGCATTTGGTAGAGACGATCCCTCACTTCAAATATTTTTGCCAACAAAA 2524
Query 2450 CCAGATGCTTCAGCTCAGTCGGGTTTTAAAAACCAAGCTGATATGTCAAATGGTATCCGC 2509
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2525 CCAGATGCTTCAGCTCAGTCGGGTTTTAAAAACCAAGCTGATATGTCAAATGGTCTCCGT 2584
Query 2510 AGTGAAGACTGGATCTCGCTTAGGCTAGGTGATAGCGCTTCTGGGAATCATCGAGTTCCT 2569
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||
Sbjct 2585 AGTGAAGACTGGATCTCGCTTAGGCTAGGCGATAGCGCCTCTGGGAATCATGGAGATCCT 2644
Query 2570 GCAACTGCAAACGGGGTTAACTCAAGCCAGCAGATGTCTCCAAGGGAAGGTTCTTTGGAT 2629
|||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| |||||
Sbjct 2645 GCAACTACAAACGGGATTAACTCAAGCCATCAGATGTCTACGAGGGAAGGTTCTATGGAT 2704
Query 2630 ACTACAACAGACACTGCGTCGTTGCTTCTGGGTATGAATGACAGTAGGCAAGACAAGGCA 2689
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2705 ACTACAACAGAGACTGCGTCGTTGCTTCTGGGTATGAATGACAGTAGACAAGACAAGGCA 2764
Query 2690 AAGAAGCAAAGATCAGATAATCCATTTTCATTTCCTCGGCAGAAGCGTTCTGTAAGACCT 2749
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2765 AAGAAGCAAAGATCAGATAATCCATTTTCATTTCCTCGCCAGAAGCGTTCTGTAAGACCT 2824
Query 2750 CGGATGTTCCTCTCCATTGACTCGGATTCTGAAACAATGAACGGGATCATCAGACAAGAC 2809
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2825 CGGATGTACCTCTCCATTGACTCGGATTCTGAAACAATGAACAGGATCATCAGACAAGAC 2884
Query 2810 ACCGGAGGTTAC-CAAGATTTGCTTGATTCTCTCTGTGCAGGCAAGAATTGAACCGG 2865
||||||| ||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2885 ACCGGAGTTTAAACAAGATTTGCATAATTCTCT--GTGCAGGCAAGAATTGAACCGG 2939
Score = 252 bits (136), Expect = 2e-65
Identities = 187/209 (89%), Gaps = 13/209 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 2864 GGATGTAGTTTGGCAAAAGC-AATGCACTGGCTGATTTAGTTACTCTGATAGGCAGGAAA 2922
||||||| ||| || ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||
Sbjct 3022 GGATGTAATTT-GC-AAAGCGAA-GCACTGGCTGATTTAGTTTCTCTGATAGAAAAGAAA 3078
Query 2923 AGTGGGCACAGTGGGTTCCGGTTTAATTAATTAGTAATTTGTATACTCG-AATAGGtttt 2981
|||||||||||| |||||| | | |||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3079 AGTGGGCACAGT-GGTTCC-G---ATTTAATTAGTAGTTTGTATACTCGAAATAGGTTTT 3133
Query 2982 ttttttGTGGACGATGATAAAATTACTTCGAAGCCAGGAGGAGCTATAGAGAGATATAGC 3041
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3134 TTTTGTGTGGACGATGATAAAATTACTTCGAAGCCAGGAG---CTATAGAGAGATATAGC 3190
Query 3042 AATGTAAATTATGGGCTCCAATTTTTATT 3070
||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3191 AATGTAAATTATGGGCTCCAAATTTTATT 3219
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 153410511694
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5