BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg496255
Length=1842
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G61020.1 | Symbols: ECT3 | evolutionarily conserved C-termin... 2791 0.0
> AT5G61020.1 | Symbols: ECT3 | evolutionarily conserved C-terminal
region 3 | chr5:24557201-24559878 REVERSE LENGTH=1870
Length=1870
Score = 2791 bits (1511), Expect = 0.0
Identities = 1719/1818 (95%), Gaps = 20/1818 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 30 tctc-ttctctcCAACAAGTAGTTTCCGCCGCTAAGCCACTCACTACGCAGCCATGGCAA 88
|||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 46 TCTCATTCTCTCCTACAACAAGTTTCCGCCGCTAAGCCACTCACTACGCAGCCATGGCAA 105
Query 89 ATCCTGATCATGTTTCAGATGTGCTCCACAATTTGTCTATTGATTCAGCAACCAAGGTTT 148
||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||| || ||||||||| ||
Sbjct 106 ATCCTGACCATGTTTCAGATGTGCTACATAATTTGTCGATTGATCCAACAACCAAGGCTT 165
Query 149 TAGCTCCTGATTCTGAAACTAAGTTGCAGGGGGCTTTTGGCGGAAACGGTAATGACTTCT 208
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 166 TAGCTCCTGATTCTGAAACAAAGTTGCAGGGGGCTTATGGCGGAAACGGTAATGACTTCT 225
Query 209 TGCTCAATGGTGACTTAGTGGAGGCTACCAAAAATGGTAAACCTAGTCTTTTGTCTAAAG 268
||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 226 TGCTCAATGATGAGTTAGTGGAGGCTACCAAAATTGGTAAACCTAGTCTTTTGTCTAAAG 285
Query 269 ATGGAGGTTTGACCAAAGACAAGGGATCAAACCTGAAGAAACTCGGGTACCAAAGTTCAG 328
|||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 286 ATGGAGGTGTGACCAAAGACAAGGGATCCAACCTTAAGAAACTCGGGTACCAAAGTGCAG 345
Query 329 CTTATAACGCAAAGGGTTCGTATGGGAAGGGTGCCTACT-CTTATGGGTACTATTCCCCA 387
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||
Sbjct 346 CTTATAACGCAAAGGGTTCATATGGGAAGGGTGCCTA-TGCTTATGGGTACTATCCCCCA 404
Query 388 GCATATCAGTACCCAAGATATGGTTACAGTGGGAGCTATGCTTCTGGAAAAACCAATCTT 447
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 405 GCATATCAGTACCCAAGACATGGTTACACTGGGAGCTATGCTTCAGGGAAAACCAATCTT 464
Query 448 CAGTATCAGTACCTGACTCAGCATGGAAGATCAGCTGGTACA-GGTCAATCTTATGGAGG 506
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 465 CAGTATCAGTACCTGACTCAGCAGGGAAGATCAGCTGGTA-ATGGTCAATCTTATGGAGG 523
Query 507 ATACATGGACAACATTTACTCGAATTATGGGATGTGTGGACCTTACACGAATGGCTATGG 566
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 524 ATACATGGACAACATTTACTCCAATTATGGGATGTGTGGACCTTACACGAATGGCTATGG 583
Query 567 GTATGGCTCCTACGGTTATGACTCATGGAAATACATGCCCAACTGGTATGCGGTTAACAA 626
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 584 GTATGGCTCTTACGGTTATGACTCATGGAAATACATGCCCAATTGGTATGCGGTTAACAA 643
Query 627 TACCTACAAGACTAGAAATGGGTTTCATGGATATGGCAAAGAAAACATTGAGGGATTAAA 686
|||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 644 TACCTACAAGCCAAGAAACGGGTATCATGGATATGGCAAAGAAAACATTGAGGGGTTAAA 703
Query 687 TGAGCTGAATAGAGGTCCACGAGCTAAGGGTTTCAGCAGCCAAGATGGTTCCAAGGTGAT 746
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 TGAGATGAATAGAGGTCCACGAGCTAAGGGTTTCAACAGCCAAGATGGTTCCAAGGTGAT 763
Query 747 AACTGTGTCTTCGAAGGAGCAGAGAGTGACTGAGGCTGAGAAACTCAGTGAAGATGTGTC 806
||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 764 GGCTGTGTCTTTGAAGGAGCAGAGAGTGACTGAGACTGAGAAACTCAGTGAAGATGTGTC 823
Query 807 TCTTTTAGATCCCAAGGACTACAACAAGATAGATTTCCCTGAGACCTACTCAGAAGCAAA 866
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 824 TCTTTTAGATCCCAAGGACTACAATAAGATAGATTTCCCTGAGACCTACACAGAAGCAAA 883
Query 867 GTTTTTTGTAATCAAGTCGTACAGTGAAGATGATATTCATAAAAGTATCAAATACAGTGT 926
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 884 GTTTTATGTAATCAAATCGTACAGTGAAGATGATATTCATAAAAGTATCAAATACAGTGT 943
Query 927 TTGGTCCAGCACTCCTAATGGTAACAAGAAGCTGGATGCTTCATATAACGAGGCAAAACA 986
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 944 TTGGTCCAGCACTCCTAATGGTAACAAGAAGCTGGATGCCTCATATAACGAGGCAAAACA 1003
Query 987 GAAGTTAGATGGCTGCCCCGTGTTTCTACTTTTCTCTGTAAACACGAGTGGACAATTTGT 1046
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1004 GAAGTCAGATGGCTGTCCCGTGTTTCTACTTTTCTCTGTAAACACTAGTGGACAATTTGT 1063
Query 1047 TGGTTTAGCCGAGATGGTAGGCCCTGTTGATTTCAATAAGACTGTCGAATACTGGCAACA 1106
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1064 TGGTTTAGCCGAGATGGTAGGCCCTGTTGATTTCAATAAGACTGTTGAATACTGGCAACA 1123
Query 1107 GGACAAATGGATTGGTTGCTTCCCTGTTAAGTGGCATTTCGTTAAAGATATCCCTAATAG 1166
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124 GGACAAATGGATTGGTTGCTTCCCTGTTAAGTGGCATTTCGTTAAAGATATCCCTAATAG 1183
Query 1167 CTCCTTGAGGCATATAACTCTGGAGAACAATGAGAACAAGCCGGTTACAAATAGCAGAGA 1226
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1184 CTCCTTGAGGCATATAACTCTGGAGAACAATGAGAACAAGCCGGTTACTAATAGCAGAGA 1243
Query 1227 CACACAGGAAGTAAAGCTAGAGCAAGGCGTTAAAGTCATCAAGATTTTCAAGGACCATGC 1286
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1244 CACACAGGAAGTAAAGCTCGAGCAAGGCATTAAAGTCATCAAGATTTTCAAGGACCACGC 1303
Query 1287 GAGCAAGGCATGCATCCTCGATGATTTTGTGTTCTATGAGAATCGTCAAAAGATTATCCA 1346
|||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1304 AAGCAAGACATGCATCCTCGATGATTTTGAGTTCTATGAGAATCGTCAAAAGATTATCCA 1363
Query 1347 AGAGAGGAAAAGCAAACACCTGCAGATCAAAAAACAGACGCTGGTGGCCAATGCAGACAA 1406
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1364 AGAAAGGAAAAGCAAACACCTGCAGATCAAAAAACAGACATTGGTGGCCAATGCAGACAA 1423
Query 1407 AAGAGACAACAGTGTAATGCCAAAAATTAATATTGTGAAACCTCAAGAGTCTACTACAGC 1466
| | | ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1424 A-G-G-------TGTAATGTCAAAAATTAATCTTGTGAAACCTCAAGAGTCTACTACAGC 1474
Query 1467 CTCAGAAGATACAGCAGCACTAGGAGTTGCGACTGAAGTGACTAGAGAATCGAAAGTGGT 1526
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1475 CTCAGAAGATGCAGCAGCACTAGGAGTTGCGGCTGAAGTGACTAAAGAATCGAAAGTGGT 1534
Query 1527 GAAAGAAAACGAGTTACCTGTGGAGAAAAATGCTGTTGCTACTGCCTGCTGAACCAACCT 1586
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1535 GAAAGAGACCGAGTTACCTGTGGAGAAAAATGCTGTTGCTACTGCCTGCTGAACCAACCT 1594
Query 1587 TTGGTTGTAAGAGGGGAACTGGGTGGGCTGTTTTAGGCGATTTAGAGTGTTTCCCTAGTT 1646
|||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1595 TTGGTTTTAAGTGGG-AACTGGGTGGGCTGTTTTAGGCTATTTAGAGCGTTTCTCTAGTT 1653
Query 1647 TTGTT-CCATTCCTGAATTTGCAGACtttttgttttgttttgtttgGAACCGAGTTGCA- 1704
||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||| |
Sbjct 1654 TTGTTTCCATTCCTGAATTTGCAGACTTTTTTTTTTTTTTT-TTTGGAACCGAGTTG-AG 1711
Query 1705 AGGGTAGTGGCTTAGTAGATGAAGTTTTGGCATGAGCATTCATCATCTTGCAGTTAATCT 1764
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1712 AGGGTAGTGGCTTAGTAGATGAAGTTTTGGCATGAGCATTCATCATCTTGCAGTTATTCT 1771
Query 1765 CTATCCCTTGGGTAGTGGTCCAATATATGAGGATATGGGTAAAAGATTGATATTGAATCC 1824
||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1772 CTATCCCTTTAGTAATGGTCCAACATATGAGGATATGGGTAAAAGATTGGTATTGAATC- 1830
Query 1825 AGCTTATTCAGTTTTATA 1842
||||||||||||||||||
Sbjct 1831 AGCTTATTCAGTTTTATA 1848
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 91164189720
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5