BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg496324
Length=1818
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G61580.1 | Symbols: PFK4 | phosphofructokinase 4 | chr5:2476... 2948 0.0
> AT5G61580.1 | Symbols: PFK4 | phosphofructokinase 4 | chr5:24761079-24764012
FORWARD LENGTH=1849
Length=1849
Score = 2948 bits (1596), Expect = 0.0
Identities = 1754/1829 (96%), Gaps = 16/1829 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATTCTAAAAATCTTTCAATCCCACAAATTCGGATTTGTTCTCCATAAC-AATGGAAGCTT 59
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| || ||||||||||
Sbjct 23 ATTCTAAAAATCTTTCAATCCCACAGATTCGGATTTGTACTCCAT-ACTCATGGAAGCTT 81
Query 60 CGATTTCGTTACTTGGGTCAACAAAACCCAGTCTTTCCTCACTTATCCCTTCTTCCAACG 119
|||||||||| || |||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||| ||||
Sbjct 82 CGATTTCGTTTCTGGGGTCAACAAAACCCAATATTTCCTTGTTTAACCCTTCTTCAAACG 141
Query 120 TCCTTCATCGTCGAGACTTCCCTCTTCCTGCTTTGAAATTGAAGAAAGTTTCAGTGTTGC 179
|||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 142 TCCTTCCTCGTAGAGATTTCCCTCTTCCTGCTTTGAAATTGAAGAAAGTTTCAGTGCTGC 201
Query 180 CTCGAATCTTGCAACAGAAACGACTCATCAGAGCTCAGTGCTCTGATGGATTCAAACCAG 239
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 202 CTCGAATCTTGCACCAGAAACGACTCATCAGAGCTCAGTGCTCTGATGGATTCAAACCAG 261
Query 240 AGGAAGACGATGGGTTTGTGCTAGAAGACGTCCCTCACTTGACCAAATTTCTCCCCGATT 299
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 262 AGGAAGACGATGGGTTTGTCCTAGAAGACGTTCCTCACTTGACCAAATTTCTCCCTGATT 321
Query 300 TACCGTCGTATCCAAATCCATTGAAAGAAAGCCAAGCATATGCCATTGTTAAGCGAACCT 359
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 322 TACCGTCATATCCAAATCCATTGAAAGAAAGCCAAGCATATGCCATTGTTAAGCGAACTT 381
Query 360 TTGTCAGTTCCGAAGATGTGGTTGCACAAAATATTGTAGTCCAGAAGGGAAGTAAGCGAG 419
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 382 TTGTCAGTTCCGAAGATGTGGTTGCGCAAAATATTGTAGTCCAGAAGGGAAGTAAGCGAG 441
Query 420 GAGTACACTTTAGGCGAGCAGGGCCTCGAGAAAGGGTGTACTTCAGATCAGATGAAGTAA 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 442 GAGTACACTTTAGGCGAGCAGGGCCTCGAGAAAGAGTGTACTTCAGATCAGATGAAGTAA 501
Query 480 AAGCTTGCATAGTGACTTGTGGGGGCTTGTGCCCAGGAATCAATACAGTTATACGGGAAA 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 502 AAGCTTGCATAGTGACTTGTGGGGGCTTGTGCCCTGGAATCAATACTGTTATACGGGAAA 561
Query 540 TTGTATGTGGATTGAACAATATGTATGGTGTCAATAACATTCTTGGTATTCAGGGAGGAT 599
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 562 TTGTATGTGGATTGAACAATATGTATGGTGTTAATAACATTCTCGGCATTCAGGGAGGAT 621
Query 600 ATAGAGGCTTTTACTCCAAAAACACTATGACCCTGACACCTAAAGTAGTTAATGATATTC 659
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 622 ATAGAGGCTTTTACTCCAAAAACACTATGAACCTGACACCTAAAGTAGTTAACGATATTC 681
Query 660 ATAAACGCGGTGGCACGTTTCTTCAAACCTCAAGAGGAGGACATGATACAGTGAAGATTG 719
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 682 ATAAACGCGGTGGCACTTTTCTTCAAACCTCAAGAGGAGGACATGATACAGCGAAGATTG 741
Query 720 TTGATAACATTCAAGATAGAGGAATAAACCAGGTGTATATTATTGGAGGTGATGGGACGC 779
||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 742 TTGATAATATTCAAGATAGAGGAATAAATCAGGTATATATTATTGGAGGTGGTGGGACGC 801
Query 780 AAAAGGGTGCAGAGAAAATATACCAGGAAGTTGAGAGGCGTGGTCTTCAAGTGGCGGTTT 839
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 802 AAAAGGGTGCAGAGAAGATATACGAGGAAGTTGAGAGGCGTGGTCTTCAAGTGGCGGTTT 861
Query 840 CTGGCATTCCCAAGACAATTGATAATGATATTGCTGTGATTGACAAATCATTTGGCTTTG 899
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 862 CTGGCATTCCTAAGACAATTGATAATGATATTGCTGTGATTGACAAATCATTTGGCTTTG 921
Query 900 ATACCGCGGTTGAGGAAGCACAACGAGCTATTAATGCTGCACATGTAGAGGTCGAGAGCG 959
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 ATACGGCGGTTGAGGAAGCACAACGAGCTATTAATGCTGCACATGTAGAGGTCGAGAGCG 981
Query 960 TGGAAAATGGAGTTGGTATCGTTAAACTCATGGGCAGATACAGTGGTTTTATTGCCATGA 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 982 TGGAAAATGGAGTTGGTATCGTTAAACTCATGGGCAGATACAGTGGTTTTATTGCCATGA 1041
Query 1020 TTGCAACTTTAGCGAACCGTGATGTGGATTGTTGCTTGATTCCAGAGTCTCCATTTTTTC 1079
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042 TTGCAACTTTAGCGAATCGTGATGTGGATTGTTGCTTGATTCCAGAGTCTCCATTTTTTC 1101
Query 1080 TTGAAGGAAAGGGTGGGCTCTTTGAGTTTATTGAACAACGACTCAAAGAGAACAGGCACA 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1102 TTGAAGGAAAGGGTGGGCTCTTTGAGTTTATTGAAGAACGACTCAAAGAGAATAGGCACA 1161
Query 1140 TGGTTATTGTGATAGCCGAAGGAGCTGGACAGGATTATGTTGCTCAAAGCATGCGTGTAT 1199
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1162 TGGTTATTGTGATAGCTGAAGGAGCTGGACAGGATTATGTTGCTCAAAGCATGCGTGCAT 1221
Query 1200 CTGAAACCAAAGACGCCTCAGGAAATAGACTCTTGCTTGATGTTGGTCTATGGTTGACTC 1259
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1222 CTGAAACTAAAGACGCCTCAGGAAATAGACTCTTGCTTGATGTTGGTCTATGGTTGACTC 1281
Query 1260 AACAGATAAAGGATCACTTTACAAATGTTCGGAAAATGATGATAAATATGAAGTACATAG 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1282 AACAGATAAAGGATCACTTTACAAATGTTCGGAAAATGATGATAAATATGAAGTACATAG 1341
Query 1320 ACCCGACGTATATGATAAGAGCAATACCGAGTAACGCATCAGACAATGTCTATTGCACTC 1379
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1342 ACCCAACGTATATGATAAGAGCAATACCGAGTAACGCATCAGACAATGTCTATTGCACTC 1401
Query 1380 TTCTTGCCCAAAGTGCAGTTCATGGAGCAATGGCTGGGTATTCAGGTTTCACTGTAGGAC 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1402 TTCTTGCCCAAAGTGCAGTTCATGGAGCAATGGCTGGGTACTCAGGTTTCACTGTAGGAC 1461
Query 1440 CAGTTAATAGTAGACATGCTTACATCCCAATTTCTC-GCGTGACTGAAATGACAAATACG 1498
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1462 CAGTTAACAGTAGACATGCTTACATCCCAATTTCTCAG-GTGACGGAAGTGACAAATACG 1520
Query 1499 GTGAAGTTAACTGATAGGATGTGGGCTAGACTCCTTGCATCGACAAATCAACCGAGTTTC 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1521 GTGAAGTTAACTGATAGGATGTGGGCTAGACTCCTTGCATCGACAAATCAACCGAGTTTC 1580
Query 1559 TTGACTGGTGAAAGAGCATTGCAGAATGTGATCGACATGGAAACTCAAGAAAAGATCGAT 1618
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1581 TTGACTGGTGAAGGAGCATTGCAGAATGTGATCGACATGGAAACTCAAGAAAAGATCGAT 1640
Query 1619 AACATGAAGATCTCTTCTATCTAAGAAAC-GGTCAGTTGATATTCATCAACTGTTCCAAA 1677
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1641 AACATGAAGATCTCTTCTATCTAAGAAACAGGTCAGTTGATATTCATCAACTGTTCCAAA 1700
Query 1678 TGTATACTAGACATATATGCATAGAAGATATATTTATCATAAAACCATGAAGTA-TTTCA 1736
||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1701 TGTATACTAGATATATATGCATAGGAGATATCTTTATCAAAAAACCATGAAGTAATTTCA 1760
Query 1737 TTGGT-TA--T-A-A-GAATTCTTTGGTTT-AGTTATTCCTAATAATAATAATACTCAAC 1789
||| | || | | | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 1761 TTGTTATAACTTATAAGAATTCTTTGGTTTTAGTTATTCCTAATAATAATAAT-C--AAC 1817
Query 1790 ATCCATCTCAACGATGAGATTGAGATGTT 1818
|||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1818 ATCCATCTCAACGATGAGGTTGAGATGTT 1846
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 89959376640
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5