BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg496371
Length=2571
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G61980.1 | Symbols: AGD1 | ARF-GAP domain 1 | chr5:24894472-... 3190 0.0
> AT5G61980.1 | Symbols: AGD1 | ARF-GAP domain 1 | chr5:24894472-24899973
FORWARD LENGTH=3282
Length=3282
Score = 3190 bits (1727), Expect = 0.0
Identities = 1834/1885 (97%), Gaps = 9/1885 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 687 GGGATATGAACTACTACATCAAATGGAGCCTTTTATCAATCAGGTGTTGGCTTATGCACA 746
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 612 GGGATATGAACTACTACATCAAATGGAGCCTTTTATTAATCAGGTGTTGGCTTATGCACA 671
Query 747 CCAATCTAGAGAATGTGCAAACTATGAGATGGCATCACTTAATGAAAGGATGCAGGAATA 806
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 672 CCAGTCTAGAGAATGTGCAAACTATGAGATGGCATCACTTAATGAAAGGATGCAGGAATA 731
Query 807 CCAAAGGCAAGTTGATCGTGAAACTAGAAACTCCAGTGGTTCTCCGACAGGGGATGGCAT 866
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 732 CCAAAGGCAAGTTGATCGTGAAACTAGAAACTCCTGTGTTTCTCCAACAGGGGATGGCAT 791
Query 867 GAGACATAACTCAAGAAACTCACAGAAAGTCATCGAGGCCGTCATGCAATCTGCTGCAAA 926
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 792 GAGACATAACTCAAGAAACTCCCAGAAAGTCATCGAGGCCGTGATGCAATCTGCTGCAAA 851
Query 927 AGGAAAGGTTCAGACTATCAGACAAGGGTATCTGTCTAAACGTTCCTCAAACTTGAGAGG 986
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 852 AGGAAAGGTTCAGACTATCAGACAAGGGTATCTGTCTAAACGTTCCTCAAACTTGAGAGG 911
Query 987 TGACTGGAAAAGAAGATTCTTTATCCTTGATAGCCGTGGGATGCTATACTATTACCGCAA 1046
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 912 TGACTGGAAAAGAAGATTCTTTATCCTTGATAGCCGTGGGATGCTATACTATTACCGCAA 971
Query 1047 GCCATGGAATTGGTCTTCAGGAAATGGAAGTCGCTCTGTTGTTCATAGGAATATGACTTC 1106
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 972 GCCATGGAATTGGTCTTCAGGAAATGGAAGTCGCTCTGTTGTTCACAGGAATATGGCTTC 1031
Query 1107 AGACAACAGTCCTGGGCTGCTAAGTCGGTGGTTGTCTTCTCATTATCATGGTGGTGTGCA 1166
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1032 AGAAAACAGTCCTGGGCTGCTAAGTCGGTGGCTGTCTTCTCATTATCATGGTGGTGTGCA 1091
Query 1167 CGATGAAAAACCAGTTGCACGTCACACCGTCAATCTGCTGACCTCAACGATCAAAGTAGA 1226
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1092 CGATGAAAAACCAGTGGCACGTCACACCGTCAATCTGCTGACCTCAACGATCAAAGTTGA 1151
Query 1227 TGCAGATCAGACCGATCTAAGATTCTGCTTTAGAATAATTTCACCAACGAAAGTTTATAC 1286
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1152 TGCAGATCAGACCGATCTAAGATTCTGCTTTAGAATAATTTCACCAACAAAAGTTTATAC 1211
Query 1287 ATTGCAGGCAGAGAACGCACAGGATCAGATGGACTGGATCGAAAAAATAACTGGAGTAAT 1346
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1212 ATTGCAGGCAGAGAATGCACAGGATCAGATGGACTGGATCGAAAAAATAACTGGAGTAAT 1271
Query 1347 TGCTTCTTTGTTGAGTTTCCAAACACCTGAAAGAGCAATCATGCGACTGTCTACTGTGGA 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1272 TGCTTCTTTGTTGAGTTTCCAAACACCTGAAAGAGCAATCATGCGTCTCTCTACTGTGGA 1331
Query 1407 CGGAGGTGATACTTTCTCTGCAAGTGATTCTGGTTCTTTAGCAGATCCTTATGATATCGA 1466
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332 CGGAGGTGATACTTTCTCTGCAAGTGATTCTGGTTCTTTAGCAGATCCTTATGATATCGA 1391
Query 1467 ACAGGCAGAAAGTGGAGAATCCACAGTGGAACATCCCATGACAGGAGGAAACCGTTCGAG 1526
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1392 ACAGGCAGAAAGTGGAGAATCCACAGTGGAACATCCCATGACAGGAGGAAACCGTTCGAG 1451
Query 1527 GTTTTCAGGGTGCTTGCAGCAACATGATATGGTAAAGACTGAAAAGCCAATTGATGTCTT 1586
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1452 GTTCTCAGGGTGCTTGCAGCAACATGATATGGTAAAGACTGAAAAGCCAATTGATGTCTT 1511
Query 1587 GACAAGAGTATTGGGTAATGAGAGATGTGCAGACTGTGGTGCTCCTGAACCTGATTGGGC 1646
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1512 GACAAGGGTATTGGGTAATGAGAGATGTGCAGACTGCGGTGCTCCTGAACCTGATTGGGC 1571
Query 1647 CTCTTTGAACCTCGGTGTCCTTATTTGTATTGAGTGTTCTGGTATCCATCGTAACCTTGG 1706
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1572 CTCTTTGAACCTCGGTGTCCTTATTTGTATCGAGTGTTCTGGTATCCATCGTAACCTTGG 1631
Query 1707 TGTTCATATTTCAAAGGTCAGATCACTCACTCTTGATGTTAAAGTATGGGAACCATCGGT 1766
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1632 TGTTCACATTTCAAAGGTCAGATCGCTCACTCTTGATGTCAAAGTATGGGAACCATCGGT 1691
Query 1767 GTTGACGTTATTCCAATCGTTAGGTAATGTATATGTAAACTCAGTGTGGGAGGAGTTGTT 1826
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1692 CTTGACGTTATTCCAATCGTTAGGTAATGTATATGTAAACTCAGTGTGGGAGGAGCTGTT 1751
Query 1827 GAACTCGGAGAGTAGATCTTCCAGTGCTAGTAGGTCTTCAGGCACTCCCAAGTCAGATCG 1886
|||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1752 GAACTCGGAGAGTAGAACTTCCAGTGCTAGTAGATCTTCGGGCACTCCCAAGTCAGATCG 1811
Query 1887 ACCAAGAAAATTGCTTGTAAGGAAGCCTGGTTTCAATGATCCCATTTCTGTGAAAGAGTT 1946
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1812 ACCAAGAAAGTTGCTTGTAAGGAAGCCTGGTTTCAATGATCCCATTTCGGTGAAAGAGTT 1871
Query 1947 GTTCATTCACGCAAAGTACTCAGAGAGGATTTTTGTCCGCAAAGCAATAGACAGTCAGCA 2006
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1872 GTTCATCCACGCAAAGTACTCAGAGAGGATTTTTGTCCGCAAAGCAATAGACAGTCAGCA 1931
Query 2007 TTTTCAGGCAGTTTTCCAAGAGATATGGGAGAATGTCCGTGCCAACGACAAGAAATCAGT 2066
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1932 TTTTCAGGCAGTTTTCCAAGAGATATGGGAGAATGTCCGTGCCAACGACAAGAAATCAGT 1991
Query 2067 TTACAGGCACATTGTCTGCTCTGAAGCAGATGTGAATGCTCTACGTGGACAAGCATCATA 2126
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1992 TTACAGGCACATTGTCTGCTCTGAAGCAGATGTGAATGCTCTACGTGGTCAAGCATCATA 2051
Query 2127 CACTGTGTCTTTGCCCTTAGCAAAGATGATGCAAATGGAAGCGAAGGAGGAAACCCTTCA 2186
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| | ||||| |
Sbjct 2052 CACTGTGTCTTTGCCCTTATCAAAGATGATGCAAATGGA-G-GAA--A-----CCCTTGA 2102
Query 2187 AGCGAAATTCAAGAGCATTGAAGAGGAGTTTCAAGAGAATCCAGAGGGATATTCTAGCTC 2246
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 2103 AGCGAAATTCAAGAGCATTGAAGAGGAGTTTCAAGAGAATCCAGCGGGATATTCTAACTC 2162
Query 2247 AAGAGGTGAGGGGGAAAGTATGGTCAGAGAAGAAACTTCAAACGACTGTTCTTTGCTTCA 2306
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2163 AAGAGGTGACGGGGAAAGTATGGTCAGAGAAGAAACTTCAAACGACTGTTCTTTGCTTCA 2222
Query 2307 CCTTGCTTGTCTTTGTGCGGATATCGGTATGGTGGAACTATTGCTTCAATATGGCGCAAA 2366
|||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2223 CCTTGCTTGTCTTTCTGCGGATATCGGTATGGTAGAACTATTGCTTCAATATGGCGCAAA 2282
Query 2367 AATAAATGCGACAGATTCAAAAGGTCGGACTCCACTTCATCATTGTATCATCAGCAGGAG 2426
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2283 AATAAATGCAACAGATTCAAAAGGTCGGACTCCACTTCATCATTGTATCATCAGCAGGAG 2342
Query 2427 ATATGCAATTGCAAGGTTGCTACTTATGAGGGGAGGAGATCCAAATGCTGTTGATAAAGA 2486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2343 ATATGCAATTGCAAGGTTGCTACTTATGAGGGGAGGAGATCCAAATGCTGTGGATAAAGA 2402
Query 2487 CAGTAACATACCAGTCAAATATGCTTCACAGACAGACCTCAATGATAGCGAACTGATTGC 2546
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2403 CAGTAACATACCAGTCAAATATGCTTCACAGACAGACCTCAATGATAGCGAACTGATTGC 2462
Query 2547 TTTATTAACAGACTCCAAAAGATGA 2571
|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2463 TTTATTAACAGACTCCAAAAGATGA 2487
Score = 1011 bits (547), Expect = 0.0
Identities = 591/613 (96%), Gaps = 0/613 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCATTTCGCTAAGCTCGATGATTCTCCCATGTTTCGCCAACAGATGCAATCTATGGAA 60
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCATTTCGCCAAGCTCGATGATTCTCCCATGTTTCGCCAACAGATGCAATCTATGGAA 60
Query 61 GAGAGTGCGGAGTTGCTGCGATTGCGTTGCTTAAGGTTCTATAAAGGATGCAGAAAATAC 120
||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 GAGAGTGCGGAGTTGCTCCGACTGCGATGCTTAAGGTTCTATAAAGGTTGCAGAAAATAC 120
Query 121 ACGGAGGGGCTTGGAGAAGGCTATGATGCAGATATTGGCTTTGTAAATGCACTTGAATCT 180
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACGGAGGGGCTTGGAGAAGGGTATGATGCAGATATTGGCTTTGTAAATGCACTTGAATCT 180
Query 181 TTCGGAGGCGGCCATAATGATCCTATTTGTGTTGCTTTTGGAGGTCCTGTAATGACAAAA 240
|||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTCGGAGGAGGCCATAATGATCCTGTTTGTGTTGCTTTTGGAGGTCCTGTAATGACAAAA 240
Query 241 TTCACTATCGCTCTACGAGAAATCGGGACATACAAGGAAGTACTTCGTTCTCAGGTAGAA 300
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTCACTATTGCTCTACGAGAAATCGGGACATACAAGGAAGTACTTCGTTCTCAGGTAGAA 300
Query 301 CACACGTTGAATGACCGGTTGCTTCAATTTGTGAACGGTGATGTCCATGAAGTTAAGGAA 360
|||| | ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 301 CACATGCTGAGTGATCGGTTGCTTCAATTTGTGAATGGTGATGTCCACGAAGTTAAGGAA 360
Query 361 GCTCGTAAACGGTTTGACAAAGCTACCATTACATATGATCAGGCACGAGAGAAATATCTT 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 361 GCTCGTAAACGGTTTGACAAAGCTACCATTACATATGATCAGGCACGAGAAAAATATCTT 420
Query 421 TCATTAAGGAAGAGCACACGACTGGATGTGGCTGCCACAATTGAGGAGGACCTACATAGC 480
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TCATTAAGGAAGAGCACACGATTGGATGTGGCTGCCACAATTGAGGAGGACCTACATAGC 480
Query 481 GCAAGAACGACATTCGAGCAAGCACGGTTCCATCTGGTTAGTGCACTCTCTAATGCGGAG 540
|||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 481 GCAAGAACGACATTTGAGCAAGCCCGGTTTCATCTGGTTAGTGCACTCTCTAATGCAGAG 540
Query 541 GCTAAAAAGAGATTTGAGTTTTTGGAAGCAGTCAGCGGGACTATGGATGCTCATCTCCGT 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TCTAAAAAGAGATTTGAGTTTTTGGAAGCAGTCAGCGGGACTATGGATGCTCATCTCCGT 600
Query 601 TTCTTCAAACAGG 613
|||||||||||||
Sbjct 601 TTCTTCAAACAGG 613
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127624702992
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5