BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg496414
Length=2952
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G62370.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 4748 0.0
> AT5G62370.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr5:25041901-25044849 REVERSE LENGTH=2949
Length=2949
Score = 4748 bits (2571), Expect = 0.0
Identities = 2828/2954 (96%), Gaps = 10/2954 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 ATGTTCAAGGCGAAAGCTTTATGTTATCGCTTCGTGAAATCCAGAAAAGCTACAAGTTGT 63
||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1 ATGTTAAAGGCGAAAGCTTTATGTTATCGCTTCTTCAAATCCAGAAAAGCTACAACTTGT 60
Query 64 GCTCTTTCATCGGAACTATCTCCCTCCACTTCCGCCGCCGTCGTCTCCGCCGCTTCTGGT 123
|||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 61 GCTCTTTCTTCGGAACTATTTCCCTCCACTTCCGCCGCCGTCTTCTCCGCCGCTTCTGGT 120
Query 124 GACCACCGGTCTCGATGTTTGTCGTTGATAGTCAAACTTGGTCGGAGAGGTCTCGTAGAC 183
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 121 GACCACCGGTCTCGATGTTTGTCGTTGATAGTCAAACTTGGTCGGAGAGGTCTCTTAGAC 180
Query 184 TCTGCTCGGGAAGTGATTCGCCGTGTTATTGATGGTTGTTCTTCTATTTCAGAGGCAGCT 243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCTGCTCGGGAAGTGATTCGCCGTGTTATTGATGGTTCTTCTTCTATTTCAGAGGCAGCT 240
Query 244 TCAGTTGCTGATTTTGCAGTCAATAATGGAATAGAACTTGATTCGTGTTGCTGCGGTGCA 303
| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 241 TTAGTTGCTGATTTTGCAGTCGATAATGGAATAGAACTTGATTCGTCTTGCTACGGTGCA 300
Query 304 TTGATAAGGAAGCTTACGGAGATGGGTCAACCTGGATTGGCTGAAACTTTCTACAATCAA 363
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTGATAAGGAAGCTTACGGAGATGGGTCAGCCTGGAGTGGCCGAAACTTTCTACAATCAA 360
Query 364 CGTGTAATCGGAAATGGTATTGTTCCTGATTCGTCGGTTTTAGATTCAATGGTTTTTTGT 423
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CGTGTTATCGGAAACGGTATTGTTCCTGATTCGTCGGTTTTAGATTCAATGGTTTTTTGT 420
Query 424 TTGGTTAAGTTAAGGAGATTTGATGAAGCTAGAGCACATTTAGATAGAATTATAGCTTCT 483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTGGTTAAGTTAAGGAGATTTGATGAAGCTAGAGCACATTTAGATAGAATTATAGCTTCT 480
Query 484 GGTTATGCTCCTAGTAGAGACTCCTCTAGCTTAGTAGTTGATGAGCTTTGTAATCAAGAC 543
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GGTTATGCTCCTAGTAGAAACTCCTCTAGCTTAGTAGTTGATGAGCTTTGTAATCAAGAT 540
Query 544 CGGTTTCTCGAGGCGTTTCATTGCTTTGAACAAGTCAAAGAGAGAGGCAGTGGTTTATGG 603
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CGGTTTCTCGAGGCGTTTCATTGCTTTGAACAAGTCAAAGAGAGAGGCAGTGGTTTATGG 600
Query 604 CTTTCGTGTTGTAAGAGATTGTTTAAGGGATTGTGCGGTCACGGTCACTTGGATGAAGCA 663
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 601 CTTTGGTGTTGTAAGAGATTGTTTAAGGGATTGTGCGGTCACGGTCACTTGAATGAAGCA 660
Query 664 ATTGGGATGTTAGATACTCTGTGTGAGATGACAAGAATGCCTCTGCCAGTTAATCTGTAT 723
|||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATTGGGATGTTAGATACTCTATGTGGGATGACAAGAATGCCTCTGCCAGTTAATCTGTAT 720
Query 724 AAGTCTCTCTTTTACTGTTTTTGTACAAGAGGATGTGCTGCTGAAGCAGAGGCTCTGTTT 783
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AAGTCTCTCTTTTACTGTTTTTGTAAAAGAGGATGTGCTGCTGAAGCAGAGGCTCTGTTT 780
Query 784 GATCATATGGAAGTTGACGGTTACTTTGTGGATAAGGTTATGTACACTTGTTTGATGAGA 843
||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 781 GATCATATGGAAGTTGATGGTTACTATGTGGATAAGGTCATGTACACTTGTTTGATGAAA 840
Query 844 GAATATTGCAAGGACAATAATATGACAATGGCAATGCGGCTTTACTTGCGGATGGTCGAG 903
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GAATATTGTAAGGACAATAATATGACGATGGCAATGCGGCTTTACTTGCGGATGGTCGAG 900
Query 904 AGAAGTTGTGAGCTTGATCCTTGTATTTTCAACACTTTGATTCATGGGTTCATGAAGTTG 963
||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 AGAAGTTTTGAGCTTGATCCTTGTATTTTTAACACTTTGATTCATGGGTTCATGAAGTTG 960
Query 964 GGTATGCTTGATAAAGGAAGGGTAATGTTTAGTCAAATGATAAAAAGGGGTGTACAGTCG 1023
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 961 GGTATGCTTGATAAAGGAAGGGTAATGTTTAGTCAAATGATAAAAAAGGGTGTGCAGTCG 1020
Query 1024 AATGTTTTCACATACCATATAATGATCGGAAGCTACTGCAAGGAAGGGAATGTAGATTAT 1083
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AATGTTTTCACTTACCATATAATGATCGGAAGCTACTGCAAGGAAGGGAATGTAGATTAT 1080
Query 1084 GCTTTGAGGCTTTTTGAGAACAACACAGGG-GTCGAAGATATATCCCGCAACGTGCATTG 1142
|||||||||||||| | ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GCTTTGAGGCTTTTCGTGAACAACACAGGGAGT-GAAGATATATCCCGCAACGTGCATTG 1139
Query 1143 TTATACAACTCTTATATCCGGGTTTTACAAGAAGGGCGGAATGGATAAAGCTGTTGACTT 1202
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TTATACAAATCTTATATTCGGGTTTTACAAGAAGGGAGGAATGGATAAAGCTGTTGACTT 1199
Query 1203 GTTGATGAGGATGTTAGACAATGGAATTGTCCCAGACCATATTACTTACTTTGTTCTCTT 1262
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GTTAATGAGGATGTTAGACAATGGAATTGTCCCAGACCATATTACTTACTTTGTTCTCTT 1259
Query 1263 GAAGATGCTCCCAAAATGCCACGAGCTTAAGTATGCGATGGTGATCTTACAATCAATTTT 1322
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GAAGATGCTCCCAAAATGCCACGAGCTTAAGTATGCTATGGTGATCTTACAATCAATTTT 1319
Query 1323 AGATAACGGATGTGGGATTGATCCACCAGTTATTGATGATCTTGGAAATATTGAGGTAAA 1382
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 AGATAACGGATGTGGGATTAATCCACCAGTTATTGATGATCTTGGAAATATTGAGGTAAA 1379
Query 1383 GGTTGAGTCTTTGCTTGAGGAGATTGCTAGAAAAGATGCGAACCTAGCTGCTGTGGGACT 1442
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GGTTGAGTCTTTGCTTGGGGAGATTGCTAGAAAAGATGCGAACCTAGCTGCTGTGGGACT 1439
Query 1443 TGCTGTTGTCACAACTGCTTTGTGTTCGCAAAGAAATTATATCGCAGCTTTATCTCGTAT 1502
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TGCTGTTGTCACAACTGCGTTGTGTTCGCAAAGAAATTATATCGCAGCTTTATCTCGTAT 1499
Query 1503 CGAAAAAATGGTTAATCTGGGATGCACACCCTTACCCTTTTCATACAATTCAGTGATCAA 1562
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 AGAAAAAATGGTCAATCTGGGATGCACACCCTTACCCTTTTCATACAATTCAGTGATCAA 1559
Query 1563 ATGTCTATTTCAGGAAAATATCATCGAAGATTTGGGGTCTTTAGTCAATCTTATCCAAGA 1622
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1560 ATGTCTATTTCAGGAAAATATCATTGAAGATTTGGCGTCTTTAGTCAATATTATCCAAGA 1619
Query 1623 ATTGGACTTTGTCCCGGATGTTGATACGTATTTGATAGTGGTGAATGAGTTATGCAAGAA 1682
|| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 GTTAGACTTTGTTCCGGATGTTGATACTTATTTGATAGTGGTGAATGAGTTATGCAAGAA 1679
Query 1683 TAATGACAGAGACGCTGCACTTGCTGTTATAGATGTAATGGAAGAGCTTGGATTGAGACC 1742
||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1680 GAATGACAGAGATGCTGCATTTGCTATTATAGATGCAATGGAGGAGCTTGGATTGAGACC 1739
Query 1743 TACTGTCGCTATTTACAGTTCAATTATTGGTTCTCTTGGCAAACAGGGAAGGGTTGTTGA 1802
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 TACTGTAGCTATTTACAGTTCAATTATTGGTTCTCTTGGCAAACAGGGAAGGGTTGTTGA 1799
Query 1803 AGCAGAAGAGACGTTTGCCAAGATGCTTGAGTCTGGGATTCAACCTGATGAAATTGCGTA 1862
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1800 AGCAGAAGAGACTTTTGCTAAGATGCTTGAGTCTGGGATTCAACCTGATGAGATTGCTTA 1859
Query 1863 CATGATTATGATCAATGCTTATGCGAGAAACGGAAGAATTGACGAAGCAAATGAGTTAGT 1922
|||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 CATGATTATGATCAATACTTACGCGAGAAACGGAAGAATTGACGAAGCAAATGAGTTAGT 1919
Query 1923 TGAAGAAGTCGTCAAACATTT-CGTTCGGCCTAGCTCTTTTACTTACACGGTATTGATCA 1981
||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1920 TGAAGAAGTCGTCAAACATTTTC-TTCGACCTAGCTCTTTTACTTACACTGTATTGATCA 1978
Query 1982 GCGGGTTTGTGAAGATGGGTATGATGGAGAAAGGATGTCAGTATCTCGATAAGATGCTTG 2041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 GCGGGTTTGTGAAGATGGGTATGATGGAGAAAGGATGTCAGTATCTCGATAAGATGCTTG 2038
Query 2042 AAGACGGATTATCTCCAAACGCGGTGCTGTATACTTCGCTCATCGGTCATTTCCTTAAGA 2101
|||| || ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 AAGATGGGTTATCACCAAACGTAGTTCTGTATACTGCGCTCATCGGTCATTTCCTTAAGA 2098
Query 2102 AGGGAGATTTTAAGTTTTCTTTTACATTGTTTGGTTTAATGGGCGAAAATGGGATTAAAC 2161
|||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2099 AGGGAGATTTCAAGTTTTCTTTTACATTGTTCGGGTTAATGGGCGAAAATGATATCAAAC 2158
Query 2162 ACGATCACATAGCTTACATCACACTACTTAGCGGTTTATGGAGAGCTATGGCACGAAAGA 2221
| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 ATGATCACATCGCTTACATTACACTACTTAGCGGTTTATGGAGAGCTATGGCACGAAAGA 2218
Query 2222 AGAAGAGGCAGGTTATTGTTGAGCCAGGAAAAGAAAAGCTTCTTCAACGTCTTC-TTCAC 2280
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |
Sbjct 2219 AGAAGAGGCAGGTTATTGTTGAGCCAGGGAAAGAAAAGCTTCTTCAACGTCT-CATTCGC 2277
Query 2281 ACAAAGCCTATAGTATCAATCTCCTCTTCTTTATGCAACTACGGATCAAAAAGCTTCGCA 2340
||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2278 ACAAAGCCTTTAGTATCAATCCCCTCTTCTTTAGGCAACTACGGATCAAAAAGCTTTGCA 2337
Query 2341 ATGGAAGTAATTGGGAAAGTGAAAAAGTCTATAATCCCCAATTTATACCTCCACAACACG 2400
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 ATGGAAGTGATTGGGAAAGTGAAAAAGTCTATAATCCCCAATTTATACCTCCACAACACA 2397
Query 2401 ATTATAACCGGATATTGCGCTGCAGGAAGACTTGACGAAGCATATAACCATCTGGAATCA 2460
|||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2398 ATTATAACCGGATACTGCGCTGCAGGAAGGCTAGACGAAGCATATAACCATCTCGAATCG 2457
Query 2461 ATGCAAAAGGAAGGCATTGTTCCAAATC-AGGTAACTTACACTATTCTGATGAAGTCTCA 2519
|||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2458 ATGCAAAAGGAAGGCATTGTTCCAAATCTAG-TAACTTACACTATTCTGATGAAATCTCA 2516
Query 2520 TATCGAAGCAGGTGATATCGAGTCTGCTATAGATTTGTTTGAGGAAACAAAATGCGAGCC 2579
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 2517 TATTGAAGCAGGTGATATCGAGTCTGCTATAGATTTGTTTGAGGGAACAAATTGCGAGCC 2576
Query 2580 GGATCAAGTTATGTGCAGTACTCTGCTTAAGGGCCTATGTGAATCTGAAAGACCTCTTGA 2639
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||
Sbjct 2577 GGATCAAGTTATGTACAGTACTCTGCTTAAGGGCCTATGTGATTTTAAAAGACCTCTTGA 2636
Query 2640 TGCTTTGGCTCTGATGTTAGAAATGCAGAAGAAAGGGATATA-TCCGAATAAAGACTCTT 2698
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||
Sbjct 2637 TGCTTTGGCTCTGATGTTAGAAATGCAGAAGAGTGGGAT-TAATCCTAATAAAGACTCTT 2695
Query 2699 ATGAAAAGCTGCTTCAATGTCTCTGTTACTCTAGATTGACCATGGAAGCGTTTAAGGTGG 2758
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2696 ATGAGAAGCTGCTTCAATGTCTCTGTTACTCTAGATTGACCATGGAAGCGGTTAAGGTGG 2755
Query 2759 TTAAAGACATGGCTGCTCTTGATATCTGGCCTCGTTCGATAAACCACACTTGGTTGATTT 2818
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 TTAAAGACATGGCTGCTCTTGATATCTGGCCTCGTTCAATAAACCACACTTGGTTGATTT 2815
Query 2819 ATATTCTGTGTGAAGAGAAGAAGTTGAGAGAGGCTCGTGCTTTGTTTGCTATTATGGTTC 2878
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2816 ATATTTTGTGTGAAGAGAAGAAGTTGAGAGAGGCTCGTGCTTTGTTTGCTATTATGGTTC 2875
Query 2879 AATCTGGAAGATCTTTATTGAATTGTACTAAACCCGGTTTGTTGAAAATGCTTAACCAGA 2938
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2876 AATCTGGAAGATCTTTGTTGAATTGTACTAAACCTGGTTTGTTGAAAATGCTTAACCAGA 2935
Query 2939 ATCAACAACTTTAG 2952
||||||||||||||
Sbjct 2936 ATCAACAACTTTAG 2949
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 146738308275
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5