BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg496440
Length=3225
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G62600.1 | Symbols: | ARM repeat superfamily protein | chr5... 5304 0.0
> AT5G62600.1 | Symbols: | ARM repeat superfamily protein | chr5:25123051-25132676
REVERSE LENGTH=3366
Length=3366
Score = 5304 bits (2872), Expect = 0.0
Identities = 3118/3233 (96%), Gaps = 31/3233 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTCGTGATTTGGTGGCCGTACGAGCAAAAAACGC-TAAAGGATT-ATAGCTATGGAGCAT 58
|||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 154 GTCGTGATTTGGTGACCGTACGAGCGAATAACGCGTAAA-GATTCATAGCTATGGAGCAT 212
Query 59 CAGAACGCGGTCAAAGAAGCCCTAAACGCACTGTATCATCACCCGGATGATACAGTGCGT 118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 213 CAGAACGCGGTCAAAGAAGCCCTAAACGCACTGTATCATCACCCGGATGATACAGTGCGT 272
Query 119 GTGCAAGCTGATCGCTGGCTCCAGACCTTCCAAGGAACTCTCGATGCTTGGCAGGCGATA 178
||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 273 GTGCACGCTGATCGCTGGCTTCAGAACTTCCAAGGAACTCTCGATGCTTGGCA---G--- 326
Query 179 CATGTTGCGGATAATTTACTTCATGATTCTTCTAGCAATTTGGAAACTTTAATATTCTGT 238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 327 ---GTTGCGGATAATTTACTTCATGATTCTTCTAGCAATTTGGAAACTTTGATATTCTGT 383
Query 239 TCTCAGACCCTTCGAAGCAAGGTTCAACGAGATTTTGAAGAACTACCACCTGGGGCTTTT 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 384 TCTCAGACCCTTCGAAGCAAGGTTCAACGAGATTTTGAAGAACTACCACCTGGGGCTTTT 443
Query 299 CAGAAGCTACGGCAATCATTAACGACATTGTTAAAAAAGTTCCACAAAGGCCCCCCAAAA 358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 444 CAGAAGCTACGGCAATCATTAACGACATTGTTAAAAAAGTTCCACAAGGGCCCTCCAAAA 503
Query 359 GTTAGGACCCAGATTAGTATTGCTGTTGCTGCCTTGGCGGTGCATGTTCCTGCGGCAGAT 418
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 504 GTTAGGACCCAGATTAGCATTGCTGTTGCTGCCTTGGCGGTGCATGTTCCTGCGGCAGAC 563
Query 419 TGGGGAGATGGCGGTATAATTAGCTGGCTTAGGGATGAGATGAACATGCATCCTGAATAT 478
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 564 TGGGGAGATGGTGGTATAATTAGCTGGCTTAGGGATGAGATGCATATGCATCCTGAATAT 623
Query 479 GTGCCTGGTTTCTTGGAACTCTTGACAGTTTTGCCCGAGGAAACGTTTAACTACAAAATA 538
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 624 GTGCCTGGTTTCTTGGAACTCTTGACAGTTTTGCCCGAGGAAACATTTAACTACAAAATA 683
Query 539 GCTGCTCGTCCGGATCGACGACGTCAATTCGAAAACGAGCTTACTTCTCAAATGGATGCT 598
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 684 GCTGCTCGTCCGGATCGACGACGTCAATTCGAAAAAGAGCTTACTTCTCAAATGGAAGCT 743
Query 599 GCACTTAGTATCTTAACAGCATGTTTGAATATAACCGAACTTAAGGAACAGGTTCTTGAG 658
||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 744 GCACTTAGTATCTTATCAGCATGTTTGAAAATATCCGAACTTAAGGAACAGGTTCTCGAG 803
Query 659 GCATTTGCTTCTTGGCTCCGTCTTAGGCATGGGATTCCTGGAGCAGTGCTTGCCGGTCAT 718
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 804 GCATTTGCTTCTTGGCTCCGTCTTAGGCATGGGATTCCTGGAACAGTGCTTGCCTGTCAT 863
Query 719 CCATTGGTGCATGCAGCTCTCTCAAGTTTGAACTGTGATCCACTCTCAGAGGCATCTGTG 778
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 864 CCATTGGTGCATGCAGCTCTCTCAAGTTTGAACTGTGATCCACTATCAGAGGCATCTGTT 923
Query 779 AATGTTATCTCTGAATTGATACATCACACAGCATCACCAAGTTCTGGTGGTATTTCTGCA 838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 924 AATGTTATCTCTGAATTGATACATCACACAGCATCACCAAGTTCTGGTGGTATTTCTGCA 983
Query 839 CAAACACCCTTGATTCAAGTTATTGTGCCTCGGATTTTAAGTCTTAAGGCCCATCTAAGA 898
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 984 CAAACACCCTTGATTCAAGTTATTGTGCCTCAGATTTTAAGTCTTCAGGCCCATCTAAGA 1043
Query 899 GATTCTTCAAAGGATGAAGAAGATGTCAAAGCCATTGGTCGATTATTCGCTGACGTAGGC 958
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1044 GATTCTTCAAAGGATGAAGAAGATGTCAAAGCTATTGGTCGATTATTCGCTGACGTAGGC 1103
Query 959 GATTCATATGTTGAACTGATAGCTACTGGTTCAGATGAATCAATGGTTATTGTGCATGCC 1018
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1104 GATTCATATGTTGAACTAATAGCTACTGGTTCAGATGAACCAATGGTTATTGTGCATGCC 1163
Query 1019 CTGCTGGAAGTTACTGCACACCCAGAATTTGATATAGCCTCGATGACCTTCAACTTTTGG 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1164 CTGCTGGAAGTTACTGCACACCCAGAATTTGATATAGCCTCGATGACCTTCAACTTTTGG 1223
Query 1079 CACAGTCTTCAACTTATGTTGACAAAGAGGGATTCTTATAGTTCCTTGGGTAGTGAAGCA 1138
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1224 CACAGTCTTCAACTTATGTTGACAAAGAGGGAATCTTATAGTTCATTGGGTAGTGAAGCA 1283
Query 1139 TCCATTGAAGCTGAGAGAAACCGAAGACTGCATATCTTTCAGCCAGCCTATCAGAGCCTT 1198
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1284 TCCATTGAAGTTGAGAGAAACCGAAGACTGCATATCTTTCAGCCAGCTTATCAGAGCCTT 1343
Query 1199 GTATCTTTGGTTGGCTTCAGAGTTCAGTATCCTGAAGATTATCAAGGCCTCACATATGAG 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1344 GTATCTTTGGTTGGCTTCAGAGTTCAGTATCCTGAAGATTATCAAGGCCTCTCATATGAG 1403
Query 1259 GACCTTAAGGAATTCAAGCAGACTAGATATGCTGTTGCAGATGTATTAATAGATGCAGCG 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1404 GACCTTAAGGAATTCAAGCAGACTAGATATGCTGTTGCAGATGTATTAATAGATGCAGCG 1463
Query 1319 TTAATCCTGGGAGGGGATACTACTCTTAAGATTCTCTATATGAAGCTTCTTGAGGCCAAT 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1464 TTAATCCTGGGAGGGGATACTACTCTTAAGATTCTCTATATGAAGCTTCTTGAGGCCAAT 1523
Query 1379 GCTCAGACAGGAAATGATTTTCAAGATTGGCGTCCAGCAGAAGCTATTTTGTTCTGTATA 1438
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1524 GCCCAGACAGGAAACAATTTTCAAGATTGGCGTCCAGCAGAAGCTATTTTGTTCTGTATA 1583
Query 1439 TGGGCAATATCAAATTATGTTTCGGTTGTTGAAGCTGAAGTGATGCCCCAGGTGATGGCG 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1584 TGGGCAATATCAAATTATGTTTCGGTTGTTGAAGCTGAAGTGATGCCCCAGGTGATGGCG 1643
Query 1499 TTGCTTCAAAATCTTCCGCAGCAAGCGCAACTGCTTCAGACAGCATGCTTACTTGTCGGG 1558
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1644 TTGCTTCAAAATCTTCCTCAGCAAGCGCAACTACTTCAGACAGCATGCTTACTTGTTGGG 1703
Query 1559 GCATATTCAAAATGGCTTAACGCTGCACCAGCCAGTGTTTCAATATTGCCATCGATCATT 1618
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1704 GCATATTCAAAATGGCTTAATGCTGCACCAGCCAGTGTTTCAATATTACCATCAATCATT 1763
Query 1619 AGAATTCTTATGAGTGGAATGGGCACATCTGAAGATTGCGCAGCAGCTGCAGCTTTGGCT 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1764 AGAATTCTTATGAGTGGAATGGGCACATCTGAAGATTGCGCAGCAGCTGCAGCTTTGGCT 1823
Query 1679 TTTAGACATATTTGTGACGATTGCCGAAAAAATCTTTGTGGGTATTTTGAAGATTTGTTT 1738
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1824 TTTAGACATACTTGTGACGATTGCCGAAAAAATCTTTGTGGGTATTTTGAAGATTTGTTT 1883
Query 1739 AATATCTATTGTATGGCGATCAATGGCGGTGGTGGTTATAAAGTCTCTGCTGAGGATTCA 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1884 AATATCTATTGTATGGCGATCAATGGCGGTGGTGGTTATAAAGTCTCTGCTGAGGATTCA 1943
Query 1799 CTAAATCTCGTTGAAGCTTTAGGTATGGTTGTTACCGAACTGCCTTTAGATCAGGCCAAA 1858
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1944 CTAAATCTCGTTGAAGCTTTAGGTATGGTTGTTACCGAACTGCCTTTAGATCAGGCCAAG 2003
Query 1859 GGCGCTCTTGAAAAATTATGCTTTTCAGCCGCCTCTCCTCTAGAGGAAGCGGCGAAAGAA 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2004 GGCGCTCTTGAAAAATTATGCTTTTCAGCCGCCTCTCCTCTAGAGGAAGCGGCGAAAGAA 2063
Query 1919 GATTTGGAAAAGAAGCATGCACGTGAATTAACTGTTCATATTGACCGGTTTGCCTTCCTC 1978
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2064 GATTTGGAGAAGAAGCATGCACGTGAATTAACTGTTCATATTGACCGATTTGCCTTCCTC 2123
Query 1979 TTCAGGTATGTGAACCACCCTGAAGCGGTGGCTGCTGAGATTAATAAGCATTGGGCTATT 2038
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2124 TTCAGGTATGTGAACCACCCTGAAGCGGTGGCTGCTGAGATTAATAAGCATTGGGCAATT 2183
Query 2039 TTCAGAGTTATATTTGATACTCGTCCTTGGGACATGAGGACTATGGAATCTCTATGCAGA 2098
||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2184 TTCCGAGTTATTTTTGATGCTCGTCCTTGGGACATGAGGACTATGGAATCTCTATGCAGG 2243
Query 2099 GCATGCAAATATGCTGTACGTACTTCTGGAAGATACATAATTAATACAATTGGAGAAATG 2158
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2244 GCATGCAAATATGCTGTACGTACTTCTGGAAGATACATAATTGATACAATTGGAGAAATG 2303
Query 2159 CTGGCAAAA-ATTCAATTCCATTATCAGCAGCATCATCAGCCATGCTTTCTATACTTATC 2217
|||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2304 CTGG-AAAAGATTCAATTCCATTATCAGCAGCATCATCAGCCATGCTTTCTATACTTATC 2362
Query 2218 CAGTGAAGTTATAAAGATTTTTGGTTCTGATCCATCGTGTGCGGACTACTTGAAGAACCT 2277
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 2363 CAGTGAAGTTATAAAGATTTTTGGTTCTGATCCATCGTGTGCTGTCTACTTGAAGAACCT 2422
Query 2278 GATTGAAACCCTCTTTGCACATACAACATGTCTTATGACAAGTATCAAGGAAGTCACTGC 2337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2423 GATTGAAACCCTCTTTGCACATACAACATGTCTTATGACAAGTATCAAGGAAGTCACTGC 2482
Query 2338 GAGACCAGATATAGCCGATGACTGCTTTTTGTTGGCGTCTAGATGTCTTCGCTACTGTCC 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2483 GAGACCAGATATAGCCGATGACTGCTTTTTGTTGGCGTCTAGATGTCTTCGCTACTGTCC 2542
Query 2398 ACATTTATTCATTCCGTCTCCTATATTTCCACCTCTTGTAGATTGCGCAATGATTGGAAT 2457
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 2543 ACATTTATTCATTCCGTCTCCTATATTTCCAGCTCTTGTAAACTGCGCAATGATTGGAAT 2602
Query 2458 TACAGTGCAGCACAGAGAAGCCTGCCACTCGATATTGACCTTTTTAACCGACATTTTTGA 2517
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2603 CACAGTGCAGCACAGAGAAGCCTGCCACTCGATATTGACCTTTCTAACCGACATTTTTGA 2662
Query 2518 CCTCGAGAAGTCTGTGAATGAAGAGCAGTTCGTACTAATCAGGGACAATATCATTATTCC 2577
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2663 CCTCGAGAAGTCTGTGAATGAAGAACAGTTCGTACGGATCAGGGACAATATCATTATTCC 2722
Query 2578 TCGGGGAGCTACAATCACAAGAATATTGATAGCCTCATTAGCTGGGGCACTTCCCAGTTC 2637
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2723 TCGGGGAGCTACAATCACCAGAATATTGATAGCCTCATTAGCTGGGGCACTTCCCAGTTC 2782
Query 2638 TCGGCTAGATACGGTAACATATTCGCTGCTAGCTCTGACAAGAACATACAGGTTACAAGC 2697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2783 TCGGCTAGATACGGTAACATATTCGCTGCTAGCTCTGACAAGAACATACAGGTTACAAGC 2842
Query 2698 AGTGGGTTGGGCTAAGGAAAGTGTAAGCCTGATACCTCGAACAGCCTTGACAGAGACCGA 2757
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2843 AGTGAGTTGGGCTAAGGAAAGTGTAAGCCTGATACCTCGAACAGCCTTGACAGAGACCGA 2902
Query 2758 ATCTACCAAGTTCTTACAAGCATTGTCCGATATTGCTTATGGAGCAGATGTGAATTCTCT 2817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2903 ATCTACCAAGTTCTTACAAGCATTGTCCGATATTGCTTATGGAGCAGATGTGAATTCTCT 2962
Query 2818 AATAGGACACGTTGAGGAACTCTCAGATGTTTGTCGCCGTAACCGTACTGTCCAAGAGCT 2877
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2963 GATAGGACAGGTTGAGGAGCTCTCAGATGTTTGTCGACGTAACCGTACTGTTCAAGAGCT 3022
Query 2878 TGTTCAGGCAGCTTTGAAGCCTCTTGAGTTGAATCTGGTTGCTGCTCCTGTATCATAAAG 2937
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3023 TGTTCAGGCAGCTTTGAAGCCTCTTGAGTTGAATCTGGTTACTGCTCCTGTATCATAAAG 3082
Query 2938 ATGATgaaaaacaaagaaagaaagaaaaagaagaaaaagaagaaaagaagagtgagaaga 2997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||
Sbjct 3083 ATGATGAAAAACAAAGAAAGAAAGAAAAAGAAGAAAA-GAAGA---G-----TGAGAAGA 3133
Query 2998 gccatcaaagaagGTCAATTTTTGCATAGACCACtttttgatggtttgagaaaatgagag 3057
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3134 -C-ATCAAAGAAGGTCAATTTTTGCATAGACCACTTTTTGATGGTTTGAGAAACTGAGAG 3191
Query 3058 atttgatgcttttgtgcatttatttttta-ctgttttagctgttgataaagatttttttt 3116
||||||||||||| ||||| | ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3192 ATTTGATGCTTTTCTGCATAT-TTTTTTAACCGTTTTAGCTGTTGATAAAGATTTTTTTT 3250
Query 3117 ---AA-TCTCATCTTTATATCTTCTGGTGTGAGCCGTTGTTCCATTGTTTGGCCGGTTTA 3172
|| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3251 TTTAAATCTTTTCTTTATATCTTCTGGTGTGAACCGTTGTTCCATTGTTTGGCCGGTTTA 3310
Query 3173 TTTCCAGCTTGAAGAACCAAACTCGTCTATTTTAATTTAAACCGGGTGAGATA 3225
|||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3311 TTTCCAGCGGGATGAACCAAAATCTTCTATTTTAATTTAAACCGGGTGAGATA 3363
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 160433883714
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5