BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg496505
Length=2033
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G63200.1 | Symbols: | tetratricopeptide repeat (TPR)-contai... 3267 0.0
> AT5G63200.1 | Symbols: | tetratricopeptide repeat (TPR)-containing
protein | chr5:25349011-25353039 FORWARD LENGTH=2122
Length=2122
Score = 3267 bits (1769), Expect = 0.0
Identities = 1937/2018 (96%), Gaps = 11/2018 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACCATCGATGGACCGGCCGGAGCCGATCGCCGTCAAATACGAACCCATGACCGCAGACTC 60
|||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 26 ACCATCAATGGACCGCCCGGAGACGATCGCCGTCAAATGCGAACCCATGACCGTTGACTC 85
Query 61 TCCTACCACTGCTCGACCTCCT-AAGCTTGTAGTTTTAGCTGACCTCAACTTCAATCCTC 119
|||| | |||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 86 TCCT-----T-CTCGACCT-CTAAAGCTTGTAGTTTTAGCTGACCTTAATTTCAATCCTC 138
Query 120 CTGAGAATGACGATCTTGACTCATCCATTCAAATCCCTGCT-C-CC-CCCATCACTAGGT 176
|||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| || | || |||||||||||||
Sbjct 139 CTGAGACTGATGATCTTGACTCATCCATTCCAATCCCTACTCCTCCTCCCATCACTAGGT 198
Query 177 TGACTAACGAGGAAAGTCATCAAGAGGGAGGTACATTAACATGCAAGGAGGTGGAACCAG 236
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 199 TGAGTAACGAGGAAAGTCATCAAGAGGGAGGTATATTAACATGCAAGGAGGTGGAACCAG 258
Query 237 GAGAAGTAGAAGCCAAAAAGATCAGCAAAGTGGGAAAATGCCGCTCGAGAAGTAAGATTG 296
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 259 GAGAAGTAGAAGCCAAAAAGATCAGCAAGGTGGGAAAATGCCGCTCCAGAAGTAAGATTG 318
Query 297 AGGCTTCCTCTGATTGTGGACTTGATGCAGATGGTGATCAGGGTAATCAAGGGGTCCCTG 356
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 319 AGTCTTCCTCTGATTGTGGAGTTGATGCAGATGGTGATCTGGCTAATCAAGGGGTCCCTG 378
Query 357 CATCCCGGGAAGAAAAAATCAGTAACCTCAAAATGGGTTTGATTCATGTTGCAAGGAAGA 416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 379 CATCCCGGGAAGAAAAAATCAGTAACCTCAAAATGGGTTTGATTCATGTTGCAAGGAAGA 438
Query 417 TGCCTAAAAATGCTCATGCCCATTTTATTCTTGGTCTAATGTTCCAACGATTGGGCCAAC 476
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 439 TGCCCAAAAATGCTCATGCCCATTTTATACTTGGTCTTATGTTTCAACGATTGGGCCAAT 498
Query 477 CTCAAAAGGCGATACCAGAATATGAGAAGGCTGAAGAGATCTTACTGGGTTGTGAGCCAG 536
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 499 CTCAAAAGGCGATACCAGAATATGAGAAAGCTGAAGAGATCTTACTGGGTTGTGAGCCAG 558
Query 537 AAATTGCTCGGCCAGAACTTCTCTTGTTAGTTCAAATTCACCATGGACAGTGTCTTCTTT 596
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 559 AAATTGCTCGGCCAGAACTTCTCTTATTAGTTCAAATTCACCATGGACAGTGTCTTCTTT 618
Query 597 TGGATGGTTTTGGGGATACTGACTCTGTTAAAGAGCTTGAGGGAGAAGAGCTTGAAGAAA 656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 619 TGGATGGTTTTGGGGATACTGACTCTGTTAAAGAGCTTGAGGGAGAAGAGCTTGAAGAAA 678
Query 657 TTCTTTCAAAATTAAAGGATTCTATAAAGTTAGATGTTAGACAGGCAGCCGTGTGGAATA 716
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 679 TTCTTTCAAAATTAAAGGATTCTATAAAGTTAGATGTTAGACAGGCAGCCGTGTGGAATA 738
Query 717 CCCTTGGCTTAATGCTTCTCAAAGCTGGTTGTTTAATGAGTGCCGTATCAGTTTTGTCAT 776
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 739 CCCTTGGTTTAATGCTTCTCAAAGCTGGTTGTTTGATGAGTGCCATATCAGTTTTGTCAT 798
Query 777 CTTTGTTGGCTCTTGTTCCTGACAATTATGATTGCCTTGCAAACCTTGGAGTTGCTTATC 836
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 799 CCTTGTTGGCTCTTGTTCCTGACAATTATGATTGCCTTGCAAACCTTGGAGTTGCTTATC 858
Query 837 TTCAAAGTGGCGATATGGAGCTTTCAGCAAAATGTTTTCAAGATTTGGTACTGAAAGACC 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 859 TTCAAAGTGGCGATATGGAGCTTTCAGCAAAATGTTTTCAAGATTTGGTACTGAAAGACC 918
Query 897 ATAACCATCCTGCCGCTTTAATAAATTATGCTGCCGAGCTTCTCTGCAAACACAGTTCAA 956
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 919 ATAACCATCCTGCCGCTTTGATAAATTATGCTGCCGAGCTTCTCTGCAAACACAGTTCAA 978
Query 957 CTGTCGCTGGTGCCGGGGCTAATGGTGGTGCTGATGCTTCTGAAGATCAGAAGGCACCTA 1016
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 979 CTGTTGCTGGTGCCGGGGCTAATGGTGGTGCTGATGCTTCTGAAGATCAGAAGGCACCTA 1038
Query 1017 TGAATGTCGCAAAGGAATGTCTCTTGGCTGCTCTAAGATCAGATCCAAAGTCTGCCCATG 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1039 TGAATGTCGCAAAGGAATGTCTCTTGGCTGCTCTAAGATCAGATCCAAAGTCTGCCCATG 1098
Query 1077 CGTGGGTGAATCTTGCTAACTCATATTATATGATGGGTGATCACAGAAGCTCTAGCAAAT 1136
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1099 CGTGGGTGAATCTTGCTAATTCATACTATATGATGGGTGATCACAGAAGCTCGAGCAAAT 1158
Query 1137 GTTTGGAGAAGGCAGCCAAGCTTGATCCCAACTGTATGGCTACTAGATTCGCTGTTGCTG 1196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1159 GTTTGGAGAAGGCAGCCAAGCTTGATCCCAACTGTATGGCTACTAGATTTGCTGTTGCTG 1218
Query 1197 TCCAACGAATCAAAGATGCAGAAAGGTCTCAGGATGCAAGCGACCAGCTTTCATGGGCTG 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1219 TCCAACGAATCAAAGATGCAGAAAGGTCTCAGGATGCAAGCGACCAGCTTTCATGGGCTG 1278
Query 1257 GCAACGAGATGGCTTCAGTGATAAGAGAAGGAGAATCTGTTCCAGTTGACCCTCCCATTG 1316
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1279 GCAACGAGATGGCTTCAGTGATAAGAGAAGGAGAATCTGTTCCAATTGACCCTCCCATTG 1338
Query 1317 CTTGGGCAGGGCTTGCCATGGCTCACAAGGCACAGCATGAAATTGCAGCTGCTTTTGTAG 1376
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1339 CTTGGGCAGGGCTTGCCATGGCTCACAAGGCTCAGCATGAAATTGCAGCTGCTTTTGTTG 1398
Query 1377 CCGACCAAAATGAATTGACAGAGATGGAAGAGCGGGCAGTGTACAGCTTAAAGCAGGCAG 1436
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1399 CTGACCGAAATGAATTGACAGAGATGGAAGAGCGGGCTGTGTACAGCTTAAAGCAGGCAG 1458
Query 1437 TAGCAGAGGATCCTGAAGATGCTGTCCGGTGGCATCAGCTCGGTCTTCATAGTCTCTGTT 1496
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1459 TAACAGAGGATCCTGAAGATGCTGTCCGGTGGCATCAGCTCGGTCTTCATAGTCTCTGCT 1518
Query 1497 CTCAACAATATAAACTCTCACAAAAATACCTCAAGGCAGCGGTTGGTCGTTCTAGAGAAT 1556
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1519 CTCAACAATATAAACTCTCCCAAAAATACCTAAAGGCAGCAGTTGGTCGTTCTAGAGAGT 1578
Query 1557 GTAGCTATGCATGGTCAAATCTCGGTATCTCGCTGCAGTTATCAGATGAACATTCAGAAG 1616
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1579 GTAGTTATGCATGGTCAAATCTCGGTATTTCGCTGCAGTTATCAGATGAACATTCAGAAG 1638
Query 1617 CCGAGGAAGTATACAAACGAGCCTTGGCCGTGTCAACAGAGGATCAAGCTCACGCGATAT 1676
| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1639 CTGAGGAAGTATACAAGCGAGCCTTGACCGTGTCAAAAGAGGATCAAGCTCACGCGATAT 1698
Query 1677 TCTCTAACCTCGGGAACCTCTACAGACAGAAAAAGCAGTACGAAGTCTCCAAGGCAATGT 1736
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1699 TGTCTAACCTGGGGAACCTCTACAGACAGAAAAAGCAGTACGAAGTCTCAAAGGCAATGT 1758
Query 1737 TCTCAAAGGCGTTGGAGCTCAAACCGGGTTATGCACCTGCATACAACAACCTTGGACTTG 1796
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1759 TCTCAAAGGCGTTGGAACTCAAACCTGGTTATGCACCCGCATACAACAACCTTGGACTCG 1818
Query 1797 TGTTTGTGGCTGAACGCAGATGGGAAGAAGCTAAGTCCTGTTTCGAGAAATCCCTTGAAG 1856
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1819 TGTTTGTGGCTGAACGCAGATGGGAAGAAGCGAAGTCTTGTTTCGAGAAATCCCTTGAAG 1878
Query 1857 CTGATTCATTGCTAGATGCAGCACAGTCTAACTTGCTTAAAGCCACAACCATGTCAAGGC 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1879 CTGATTCATTGCTAGATGCAGCACAGTCTAACTTGCTTAAAGCCACAACCATGTCAAGGC 1938
Query 1917 TCTGTACTTGCTTCTCTTCTTCAAATGTTGTTCGAGATTCCTGATGCTCTGTAATACTTC 1976
|||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1939 TCTGTACTTGCTTCTCTTCTTCAACTGTTGTCCGAGATTCTTGATGCTCTGTAATACTTC 1998
Query 1977 TTGTTTCGTTTCGTGGGTGCACAACTCTCACATTATGT 2014
||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1999 TTGTTTCGTTTTGTGGTTTCACAACTCTCACATTATGT 2036
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 100752493815
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5