BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg496584
Length=2849
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G63920.1 | Symbols: TOP3A, AtTOP3alpha | topoisomerase 3alph... 4713 0.0
> AT5G63920.1 | Symbols: TOP3A, AtTOP3alpha | topoisomerase 3alpha
| chr5:25574419-25581377 FORWARD LENGTH=3042
Length=3042
Score = 4713 bits (2552), Expect = 0.0
Identities = 2743/2836 (97%), Gaps = 10/2836 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAAAAATCGAAATTACTAACCGTTAGGGtttt-tttACCGGCGATGTCGCGACGAGGGGG 59
|||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 72 AAAAAAACGTAATTACTAACCGTTAGGGTTTTCTTTACCGGCGATGTCGCGACGAGGCGG 131
Query 60 TGGCCCCGTGACGGTGCTGAACGTGGCGGAGAAGCCGTCCGTGGCGAAGTCAGTGGCGGG 119
|||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 132 TGGCCCCGTGACAGTGTTGAACGTGGCGGAGAAGCCGTCCGTGGCGAAGTCAGTGGCGGG 191
Query 120 GATTCTATCCCGTGGAACTTTCCGGACTCGGGAGGGTAGGTCTCGGTACAACAAAATCTT 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 192 GATTCTATCCCGTGGAACTTTCCGGACTCGGGAGGGTAGGTCTCGGTACAACAAAATCTT 251
Query 180 CGAGTTCGATTACGCCATCAATGGCCAGCCATGTCGTATGCTAATGACCTCCGTCATTGG 239
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 252 CGAGTTCGATTACGCCATCAATGGGCAGCCGTGTCGTATGCTAATGACCTCCGTCATCGG 311
Query 240 CCACCTGATGGAGCTTGAGTTCGCCGATCGTTACCGCAAATGGCACTCCTGCGACCCGGC 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 312 CCACCTGATGGAGCTTGAGTTCGCCGATCGTTACCGCAAATGGCACTCCTGCGACCCGGC 371
Query 300 AGATCTATACCAAGCTCCGGTCATGAAACACGTTCCCGAGGACAAAAAGGATATTAAGAA 359
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 372 AGATCTGTACCAAGCTCCGGTCATGAAACACGTTCCCGAGGACAAAAAGGATATTAAGAA 431
Query 360 GACATTGGAGGAGGAAGCAAGGAAAAGCGACTGGCTTGTGCTGTGGCTTGATTGTGATAG 419
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 432 GACATTGGAGGAGGAGGCAAGGAAAAGCGACTGGCTTGTGCTGTGGCTTGATTGTGATAG 491
Query 420 GGAAGGTGAAAACATTGCATTTGAAGTTGTAGATGTTTGCAGAGCTGTCAAACATAATCT 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 492 GGAAGGTGAAAACATTGCATTTGAAGTTGTAGATGTTTGCAGAGCTGTCAAGCATAATCT 551
Query 480 TTTTATACGCAGGGCTCATTTCTCTGCGTTAATTGACAGGGATATTCATGAAGCAGTTCA 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 552 TTTTATACGCAGGGCTCATTTCTCTGCGTTAATTGACAGGGATATTCATGAAGCAGTTCA 611
Query 540 GAATCTTAGAGATCCTAATCAATTGTTTGCTGAGGCTGTAGATGCTAGACAAGAAATAGA 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 612 GAATCTTAGAGATCCTAATCAATTGTTTGCTGAGGCTGTAGATGCTAGACAAGAAATAGA 671
Query 600 CCTACGCATTGGTGCTTCTTTCACTAGATTTCAGACTATGCTGCTGAGAGATAGGTTTGC 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 672 CCTACGCATTGGTGCTTCTTTCACTAGATTTCAGACTATGCTGCTGAGAGATAGGTTTGC 731
Query 660 TATTGACTCCACGGGTGAGGAGAGGAGTCGTGTTATAAGTTATGGTCCTTGTCAGTTTCC 719
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 732 TATTGACTCTACGGGTGAGGAGAGGAGTCGTGTTATAAGTTATGGTCCGTGTCAGTTTCC 791
Query 720 TACACTTGGCTTTATTGTAGAGCGATACTGGGAGATCCAGGCACATGAACCAGAAGAGTT 779
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 792 TACACTTGGCTTTATTGTCGAGCGATACTGGGAGATCCAGGCACATGAACCAGAAGAGTT 851
Query 780 TTGGACAATCAACTGTTCTCACCAATCAGAAGAAGGCCTTGCCACCTTTAATTGGATGCG 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 852 TTGGACAATCAACTGTTCTCACCAATCAGAAGAAGGCCTTGCCACCTTTAATTGGATGCG 911
Query 840 TGGTCATCTCTTCGATTACGCTTCAGCTGTCATATTATATGAGATGTGCGTTGAGGAACC 899
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 912 TGGTCATCTCTTCGATTATGCTTCAGCTGTCATATTATATGAGATGTGCGTTGAGGAACC 971
Query 900 TACTGCCACTGTAATGAATGTCCCACATCCAAGGGAACGATTGAAATATCCTCCTTATCC 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 972 TACTGCCACTGTAATGAATGTCCCACATCCAAGGGAACGATTCAAGTATCCTCCTTATCC 1031
Query 960 TTTGAACACCATTGAACTTGAAAAACGTGCTTCAAGATACTTCCGCCTGAGTTCAGAGCA 1019
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1032 TTTGAACACGATTGAACTTGAAAAACGTGCTTCAAGATATTTCCGTCTGAGTTCAGAGCA 1091
Query 1020 CACCATGAAGGTGGCAGAAGAATTATACCAGGCTGGTTTCATCAGCTATCCTCGTACAGA 1079
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1092 CACCATGAAGGTGGCAGAAGAATTATATCAGGCTGGTTTCATCAGCTATCCTCGTACGGA 1151
Query 1080 GACTGATTCTTTTTCTAGCAGGACAGATTTATGTGCTATGGTGGAGGAACAAAGAAGACA 1139
||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1152 GACCGATTCTTTTTCGAGCAGGACAGATTTACGTGCTATGGTGGAGGAACAAACAAGACA 1211
Query 1140 TCCTGCCTGGGGTTCATATGCACAAAGACTATTAGAGCCTGAGGGCGGCCTCTGGAGAAA 1199
|||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1212 TCCTGCATGGGGATCATATGCACAAAGATTATTAGAACCTGAGGGGGGCCTCTGGAGAAA 1271
Query 1200 CCCTGGTAATGGTGGTCATGATGACAAGGCTCACCCACCCATTCACCCGACAAAGTTTTC 1259
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1272 CCCTGCTAATGGTGGTCATGATGACAAGGCTCACCCACCCATTCACCCAACAAAGTTTTC 1331
Query 1260 TAGCGGAGAGTCTAACTGGAGCAGAGATCATCTTAATGTATATGAGCTAGTTGTCCGCCA 1319
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332 TAGCGGAGAGTCTAACTGGAGCAGAGATCACCTTAATGTATATGAGCTAGTTGTCCGCCA 1391
Query 1320 TTACCTAGCATGTGTTTCCCAGCCAGCAAAAGCTGCTGAAACTACAGTCGAAATTGATAT 1379
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1392 TTACCTAGCATGTGTTTCCCAGCCAGCAGTTGCTGCTGAAACTACAGTCGAGATTGATAT 1451
Query 1380 TGCTGGTGAACGCTTTTCTGCATCTGGGAGAGCAATATTAGCTAAAAATTACCTTGAGGT 1439
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1452 CGCTGGTGAGCGCTTTTCTGCATCTGGGAGAGCAATATTAGCCAAAAATTACCTTGAGGT 1511
Query 1440 GTACCGCTTTGAATCATGGGGTGGTTCAGTGATTCCCGTGTATGAAAAAGGGCAGCAGTT 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1512 GTACCGCTTTGAATCATGGGGTGGTTCAGTGATTCCCGTGTATGAAAAAGGGCAGCAGTT 1571
Query 1500 TATCCCAACAACTTTGACTCTTGATTCAGCTGTAACGAGGCCACCACCGCTATTGTGTGA 1559
||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1572 TATCCCAACAACTTTGACTCTCGATGCAGCTGTAACAAGGCCACCACCACTATTGTGTGA 1631
Query 1560 AGCTGACTTACTGAGTTGTATGGACAAGGCAGGCATTGGCACCGATGCTACAATGCACGA 1619
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1632 AGCTGACTTACTGAGTTGTATGGACAAGGCAGGCATTGGCACCGATGCGACAATGCACGA 1691
Query 1620 CCACATAAAGAAACTCCTTGATCGGGGTTATGCAACAAAGGATGCTAATACGCGGTTTTC 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1692 CCACATAAAGAAACTCCTTGATCGGGGTTATGCAACAAAGGATGCTAATACACGGTTTTC 1751
Query 1680 TCCAACCAACCTGGGTGAGGCGCTTGTGATGGGATATGATGACATGGGGTATGAACTTTG 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1752 TCCAACCAACCTGGGTGAGGCGCTTGTGATGGGATATGATGACATGGGGTATGAACTTTG 1811
Query 1740 GAAACCAAATCTCAGAGCCCTTATGGAACATGATATGAATGAAGTTAGTGTTGGCAGGAA 1799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1812 GAAACCAAATCTCAGAGCCCTTATGGAACATGATATGAATGAAGTTAGCGTTGGCAGGAA 1871
Query 1800 GACCAAAGCTGAGGTTCTTGAAACATGTTTGCAGCAAATGAAAGCTTGTTTCTTAGATGC 1859
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1872 GACCAAAGCTGAAGTTCTTGAAACATGTTTGCAGCAAATGAAAGCTTGTTTCTTAGATGC 1931
Query 1860 AAGAGTaaaaaaaTCAAAGCTCCTAGAAGCAATGACAATTTTCTTTGAAAGATCTAATAA 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1932 AAGAGTAAAAAAATCAAAGCTCCTAGAAGCAATGACAATTTTCTTTGAAAGATCTAATAA 1991
Query 1920 CACTGATGAAAGTGAAAGTCAGACAGCTGGTGAAGTTATCCGACGATGCAACCTCTGCAA 1979
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1992 CACTGATGAGAGTGAAAGTCAGACAGCTGGTGAAGTTGTCCGACGATGCAATCTCTGCAA 2051
Query 1980 TGAATCAGATATGGCACTCAGGAAGAACCGGGATGGCAATTTCATGGTTGGGTGCATGAA 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2052 TGAATCAGATATGGCACTCAGGAAGAACCGGGATGGCAATTTCATGGTTGGGTGCATGAA 2111
Query 2040 TTATCCTCAGTGTCGAAATGCGGTCTGGCTTCCTGGACCAACATTGGAAGCATCTGTCAC 2099
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2112 TTATCCTCAGTGTCGGAATGCAGTCTGGCTTCCTGGACCGACATTGGAAGCATCTGTCAC 2171
Query 2100 TACTGATGTTTGTCAAACCTGTGGTCCAGGCCTAGTCTACAAGATACTTTTCAAGTTCCG 2159
|||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2172 TACTAATGTTTGTCAATCCTGTGGTCCAGGCCCGGTCTACAAGATACTTTTCAAGTTCCG 2231
Query 2160 TCAAATTGGAATTCCACCAGGCTTTGATGTTAATCACTTAGGTTGCATCGGTGGCTGTGA 2219
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 2232 TCAAATTGGAATTCCACCAGGCTTTGATGTTAATCACTTAGGTTGCGTGGGTGGCTGTGA 2291
Query 2220 TGACATTCTTAAACAGTTGATAGACATATGTGGAACTGGATCCCGTTCTCAAGCAAGGAG 2279
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292 TGACATTCTTAAACAGTTGATAGACATCTGTGGAACTGGATCCCGTTCTCAAGCAAGGAG 2351
Query 2280 AGCTCCAGGTACTGTACCATCAAACAATATCCAAGGAAGCAACACAAGACAGAGTAATGT 2339
| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2352 AACTCCAGGTACTGCACCGTCAAACAATATCCAAGGAAGCAACACAAGACAGAGTAATGT 2411
Query 2340 CTGCATACATTGCCAGCAACGAGGACATGCGTCTGCTAATTGTCCCTCACGGGCTACAGC 2399
|||||||||||| ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||| | ||||
Sbjct 2412 CTGCATACATTGTCAGCAACGAGGACATGCTTCCACGAATTGTCCCTCACGGGTTCCAGC 2471
Query 2400 ATTTCGAAATTCTCGTCTTACTGCAACAAATCCGAGAAACGATGAAAGTACAGTTTCATG 2459
|| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2472 ATCTCGAAATTCTCGTCCTACTGCAACAAATCCGAGAAACGATGAAAGTACAGTATCATG 2531
Query 2460 TAACACTTGTGGAACACAATGTGTTCTTCGTACAGCCAACACAGAAGCTAACAGGGGAAG 2519
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2532 TAACACTTGTGGATCACAATGTGTTCTTCGTACAGCCAACACAGAAGCTAACAGGGGAAG 2591
Query 2520 ACAATTCTTCTCATGTCCAACACAAGGCTGCAGTTTCTTTGCATGGGAAGATAGCATTAA 2579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2592 ACAATTCTTCTCATGTCCAACACAAGGCTGCAGTTTCTTTGCATGGGAAGATAGCATAAA 2651
Query 2580 CAACAGTAGTGGGAATGCAACAACTGGGTCTAATAGCGGCGGAAGCGGTAGACGTGG--- 2636
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2652 CAACAGTAGTGGGAATGCAACAACAGGGTCTAATAGCGGCGGGAGCGGTAGACGTGGCAG 2711
Query 2637 ---T---CGTGGCCGTGGAGGTAGAGGCGGCCAAAGTGGTGGAGGACGACGCGGCTCTGG 2690
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2712 CCGTGGTCGTGGCCGTGGAGGTAGAGGCGGCCAAAGCAGTGGAGGACGACGCGGCTCTGG 2771
Query 2691 AACAAGCTTTGTCTCTGCAACTGGAGAGCCAGTGAGTGGTATAAGGTGCTTCTCATGTGG 2750
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2772 AACAAGCTTTGTCTCTGCAACTGGAGAGCCAGTGAGTGGTATAAGGTGCTTCTCATGTGG 2831
Query 2751 TGATCCTTCACATTTTGCTAACGCTTGTCCTAATCGTAATAACTCTAACGGTAACTATTA 2810
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2832 CGATCCTTCACATTTTGCTAACGCTTGTCCTAATCGTAATAACTCTAACGGTAACTATTT 2891
Query 2811 CTAAGTCTACTTACTA 2826
||||||||||||||||
Sbjct 2892 CTAAGTCTACTTACTA 2907
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 141571113146
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5