BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg496587
Length=3568
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G63950.1 | Symbols: CHR24 | chromatin remodeling 24 | chr5:2... 5722 0.0
> AT5G63950.1 | Symbols: CHR24 | chromatin remodeling 24 | chr5:25591956-25598505
REVERSE LENGTH=3577
Length=3577
Score = 5722 bits (3098), Expect = 0.0
Identities = 3427/3581 (96%), Gaps = 41/3581 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACAttctc-t--tcatcttcttcttc-tctcagtcttctctcCATTTATTACAACCGATC 56
|||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 1 ACATTCTCTTCATCATCTTCTTCTTCTTCTCACTCTTCTCTCCATTTATCACAATCGATC 60
Query 57 CTCGCGAATCACAAACTCATCTCCAGAAAACAGTGTAACAATGGCGGAAAATACGGCAAG 116
||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 61 ATCGGGAAACACAAACTCATCTCCAGAAAACGGTGTAGCAATGGCGGAAAATACGGCCAG 120
Query 117 CCATAGAAGAAAACCTCAGAGCTTGAACGATCGACACTACAGTATCCTCCAGGATCTTTC 176
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CCATAGAAGAAAACCTCGGAGCTTGAACGATCGTCACTACAGTATCCTCCAGGATCTTTC 180
Query 177 TGCGCCTCCTAAACAGCCTCCCTCTTCTTCCCATGGAGAAGATGACGAGACGAAGAAGTC 236
||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 181 TGCGCCTCCTAGACAGCCTCCCTCTTCTTCTCATGGAGAAGATGAAGAGACGAAGAAGTC 240
Query 237 CATGATTAAGCTTGCTGGACGACGTCGTCTTTGCAAGGCCTTGCCAAAGGAAGACGTTGA 296
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 241 CATGATTAAGCTTGCTGGACGACGTCGTCTTTGCAAGGCCTTGCCAAAGGAAGACGAAGC 300
Query 297 AGATGGATATGACGATCCTGATTTGGTTGATTTCGATTCCCCAGTTAAAGGAGATACATC 356
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 301 TGATGGATATGACGATCCTGATTTGGTTGATTTCTATTCCCCAGTTAAAGGAGAGACATC 360
Query 357 AGTAGAGAGCGCTGGAGCTGGGAACAAATTCACATCTTGGGATCAATCAAAGGAAGCTAA 416
| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 361 ACTAGACAGCGCTGGAATTGGGAACAAATTCACATCTTGGGATGAATCAAAGGAAGCTAA 420
Query 417 CACAGAGTTGGCTGGCGAGCCTAACTTTTCGATAATCACAGACTTTAGCTCGCCCTCACC 476
||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 421 CACTGAGCTGGCTGGCGAGCCTAACTTTTCGATAATCACAGACTTTTGTTCGCCCTCACC 480
Query 477 TCAGTTGAAGCAAAACGAGGAAATGCAAGGTGATGGAGGAAGGAACGAGATCATGGATAT 536
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 481 TCAGTTGAAGCAAAAAGAGGAAATGCAAGGTGATGGAGGAAGGAACGAGATCATGGGTAT 540
Query 537 TTTGGATGATTTGACCTCCAAGCTTGGGACAATGTCGATTCAGAAGAAGAAAGATAACCA 596
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 541 TTTGGATGATTTGACCTCTAAGCTTGGGACAATGTCGATTCAGAAGAAGAAGGATAGCCA 600
Query 597 AAGCAATGATTTTGATG-GTGGTGGAGTGAAGAGCC-GTGTTGATAAATTTGATTTTGAG 654
||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AAGCAATGATTTTGATGCAT-GTGGAGTGAAGAGCCAG-GTTGATAAATTTGATTTTGAG 658
Query 655 GATGCCAAATCCTCATTTTCCTTGATTTCGGATCTATCTGAGTCCTCACCAGATGTGGGA 714
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 659 GATGCCAAATCCTCATTTTCCTTGCTATCGGATCTATCTAAGTCCTCACCAGATGTGGTT 718
Query 715 ACCACATGTAGTGCTGGCGTTAATAGTCTCAAGGACAAGCAAGGCAACGCTGGTTTTGCC 774
||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 719 ACCACATATAATGCTGGCGTTAATAGTATCAAGGACAAGCAAGGCAAATCTGGTTTTGCC 778
Query 775 ATCCGGGAAGAGAAAACTAGTAATGAGA-TTTCAAGGGAATGGGAAGAAAGAATTTCGGA 833
|||||||||||| |||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 779 ATCCGGGAAGAGCAAACTAGTAAGGA-ATTTTCAAGGGAATGGGAAGAAAGAATTTCGAA 837
Query 834 TGTTGGAAAGCAAAACTCATATTCTGGTCGGCACTTTGATGATAACTCTGAAGATAATAG 893
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 838 TGTTGGAAAGCAAAACTCATATTCTGGTCGGCACTTTGACGATAACTCTGAAGATAATAG 897
Query 894 GCAGGGATACAATCTTGACCGTGGGAAGAGCCAACGCAAGGAAGAGAAAACTATGGGCCA 953
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | || | | |||
Sbjct 898 GCAGGGATACAATCTTGACCGTGGGAAGAGCCAATGCAAGG-A-AG-------TCGACCA 948
Query 954 AAGTCTGAAGACGACTAGACACATAGAGGTAAGTGAGAAGCTAAGAACAGTCGGAAGGTC 1013
|||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 949 AAGTATGAAGACGACCAGGCACATAGAGGTAAGTGAGAAGATAAGAACAGTCGGAAGGTC 1008
Query 1014 TAATGCCGCCAAGCTAAGAGACTTAGAC-A--AGGATGATGATGATGACTGTGTCATTTT 1070
|||||| ||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1009 TAATGCTGCCAAGCTAAGAGACTTAGACGAGGATGATGATGATGATGACTGTCTCATTTT 1068
Query 1071 GTCCGGGAAAAAGGCGGCTGAAATGAAAATTCATCATGAAAAGCCTAAAAAGCCAGCTCG 1130
||||||||||||||||||||||||| ||| || | || | |||||||||||
Sbjct 1069 GTCCGGGAAAAAGGCGGCTGAAATG-AAA---AT--T---AA---T---AAGCCAGCTCG 1113
Query 1131 GTCTTACAATACCGAAAGACATGGTTATGATGAGAGATCGTTGGAGGATGAAGGGTCTAT 1190
|||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1114 GTCTTATAACGCCAAAAGACATGGTTATGATGAGAGATCGTTGGAAGATGAAGGGTCTAT 1173
Query 1191 CACTTTAACTGGCCTCAAATTGTCTTACACATTACCTGGAAAGATTGCAACAATGTTATA 1250
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1174 CACTTTAACTGGCCTCAATTTGTCTTACACATTGCCTGGAAAGATTGCAACAATGTTATA 1233
Query 1251 TCCACATCAGAGGGATGGGTTGAAGTGGCTTTGGTCATTGCATACCCAAGGGAAAGGTGG 1310
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1234 TCCACATCAGAGGGAAGGGTTGAATTGGCTTTGGTCATTGCATACCCAAGGGAAAGGTGG 1293
Query 1311 AATACTTGGAGATGATATGGGTTTAGGTAAAACTATGCAGATTTGTAGTTTTCTTGCTGG 1370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1294 AATACTTGGAGATGATATGGGTTTAGGTAAAACTATGCAGATTTGTAGTTTTCTTGCTGG 1353
Query 1371 TTTGTTCCACTCCAAATTGATCAAGCGTGCTCTGGTAGTGGCCCCAAAAACCTTGCTGCC 1430
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1354 TTTATTCCACTCCAAATTGATCAAGCGTGCTCTGGTAGTGGCCCCAAAAACCTTGCTGCC 1413
Query 1431 TCACTGGATGAAAGAATTAGCTACCGTGGGACTTTCAAAAATGACTAGGGAATACTACGG 1490
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1414 TCACTGGATGAAAGAATTAGCTACCGTGGGACTTTCACAAATGACTAGGGAATACTACGG 1473
Query 1491 TACTTCTACGAAAGCCCGGGAATATGATCTCCACCACATTCTGCAGGGTAAAGGTGTCCT 1550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1474 TACTTCTACGAAAGCCCGGGAATATGATCTCCACCACATTCTGCAGGGTAAAGGTATTCT 1533
Query 1551 TCTAACAACCTATGATATTGTGCGGAACAATACAAAGGCTTTGCAAGGTGACGACCATTA 1610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1534 TCTAACAACCTATGATATTGTGCGGAACAATACAAAGGCTTTGCAAGGTGACGACCATTA 1593
Query 1611 TACTGATGAGGATGATGAAGATGGAATCAAATGGGACTACATGATTCTGGACGAGGGACA 1670
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1594 TACTGATGAGGATGATGAAGATGGAAACAAATGGGACTACATGATTCTGGACGAGGGACA 1653
Query 1671 TCTTATTAAGAACCCCAACACACAAAGGGCCAAGAGTTTGCTTGAGATCCCAAGTTCTCA 1730
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1654 TCTTATTAAGAACCCCAACACACAAAGGGCGAAGAGTTTGCTTGAGATCCCAAGTTCTCA 1713
Query 1731 CCGTATTATAATAAGTGGTACACCAATCCAGAACAATCTCAAGGAACTGTGGGCTCTCTT 1790
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1714 CCGTATTATAATAAGTGGTACACCAATCCAGAACAATCTCAAGGAACTGTGGGCTCTCTT 1773
Query 1791 CAACTTCAGCTGCCCTGGGCTACTCGGTGACAAGAATTGGTTTAAGCAGAATTATGAGCA 1850
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1774 CAACTTCAGCTGCCCTGGGTTACTCGGTGACAAGAATTGGTTTAAGCAGAATTATGAGCA 1833
Query 1851 TTACATTCTTCGTGGAACTGACAAAAATGCTACTGATAGAGAACAGAGGATAGGCTCAAC 1910
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1834 TTACATTCTTCGTGGAACTGACAAAAATGCTACTGATAGAGAACAGAGGATAGGCTCAAC 1893
Query 1911 AGTAGCAAAGAACTTGAGGGAGCATATTCAACCTTTCTTCTTGCGGCGCCTTAAGAGTGA 1970
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1894 AGTAGCAAAGAACTTGAGGGAGCATATTCAACCTTTCTTCTTGCGGCGCCTTAAGAGTGA 1953
Query 1971 AGTCTTCGGTGATGATGGTGCAACCTCCAAACTTTCAAAGAAGGACGAAATTGTTGTATG 2030
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1954 AGTCTTCGGTGATGATGGTGCAACCTCCAAACTTTCGAAGAAGGACGAAATTGTTGTATG 2013
Query 2031 GTTACGGTTAACAGCTTGCCAGAGGCAATTATATGAAGCTTTCTTAAACAGTGAAATTGT 2090
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2014 GTTACGGTTAACAGCTTGCCAGAGGCAATTATATGAAGCTTTCTTAAACAGTGAAATTGT 2073
Query 2091 TCTGTCAGCTTTTGATGGTTCACCTCTAGCAGCTCTAACGATTCTGAAGAAAATATGTGA 2150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2074 TCTGTCAGCTTTTGATGGTTCACCTCTAGCAGCTCTAACGATTCTGAAGAAAATATGTGA 2133
Query 2151 CCACCCGCTTCTCTTAACTAAGAGGGCTGCTGAGGATGTCCTCGAAGGAATGGATTCAAC 2210
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2134 CCACCCGCTTCTCTTAACTAAGAGGGCTGCTGAGGATGTCCTTGAAGGAATGGATTCAAC 2193
Query 2211 ATTAACACCAGAAGAAGCAGGCGTGGCTGAGAGATTGGCTATGCATATAGCGGACAATGT 2270
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2194 ATTAACACAAGAAGAAGCAGGCGTGGCTGAGAGATTGGCTATGCATATAGCGGACAATGT 2253
Query 2271 GGATACAGATGATTTTCAGACCAAGAATGACAGTATCTCTTGCAAATTGTCATTTATCAT 2330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2254 GGATACAGATGATTTTCAGACCAAGAATGACAGTATCTCTTGCAAATTGTCATTTATCAT 2313
Query 2331 GTCGCTACTGGACAATTTAATTCCAGAGGGGCACCGTGTTCTAATCTTCTCCCAGACACG 2390
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2314 GTCGCTACTGGAAAATTTAATTCCAGAGGGGCACCGTGTTCTAATCTTCTCCCAGACACG 2373
Query 2391 CAAGATGCTTAATCTCATTCAGGATTCTCTTACCTCCAACGGTTATAGTTTCTTGCGAAT 2450
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2374 CAAGATGCTTAATCTCATTCAGGATTCTCTTACCTCCAACGGTTATAGTTTCTTGCGAAT 2433
Query 2451 TGATGGTACAACAAAAGCCCCTGACAGATTGAAGACTGTTGAAGAATTTCAAGAAGGTCA 2510
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2434 TGATGGTACAACAAAAGCCCCTGACAGATTGAAGACTGTTGAAGAATTTCAAGAAGGTCA 2493
Query 2511 TGTGGCTCCTATATTTCTCTTGACATCTCAAGTTGGTGGTCTCGGCCTTACTCTGACTAA 2570
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2494 TGTGGCTCCTATATTTCTCTTGACTTCTCAAGTTGGTGGTCTCGGCCTTACTCTGACTAA 2553
Query 2571 GGCAGACCGTGTGATTGTGGTGGACCCTGCCTGGAATCCAAGCACGGACAACCAGAGTGT 2630
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2554 GGCAGACCGTGTGATTGTGGTGGACCCTGCCTGGAATCCAAGCACGGACAACCAGAGTGT 2613
Query 2631 TGATCGAGCATATAGAATTGGGCAGACGAAGGATGTCATTGTGTATAGGTTAATGACCTC 2690
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2614 TGATCGAGCATATAGAATTGGGCAGACAAAGGATGTCATCGTATATAGGTTAATGACCTC 2673
Query 2691 AGCAACTGTTGAAGAAAAGATATACAGAAAGCAGGTATACAAGGGAGGATTGTTTAAAAC 2750
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2674 AGCAACTGTTGAAGAAAAGATATACAGAAAGCAGGTATACAAGGGAGGATTGTTTAAAAC 2733
Query 2751 TGCAACTGAGCATAAAGAACAAATCCGCTACTTCAGCCAGCAGGACCTTCGAGAACTTTT 2810
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2734 TGCAACTGAGCATAAAGAACAAATCCGCTACTTCAGCCAGCAGGACCTTCGAGAACTTTT 2793
Query 2811 TAGTCTTCCCAAGGGAGGCTTCGATGTATCACCTACACAACAGCAACTATATGAAGAGCA 2870
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2794 TAGTCTTCCCAAGGGAGGCTTTGATGTTTCACCTACACAACAGCAACTATACGAAGAGCA 2853
Query 2871 CTATAACCAGATCAAACTAGATGAAAAACTGGAATCCCATGTAAAGTTTCTTGAAACCCT 2930
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2854 CTATAACCAAATCAAACTAGATGAAAAACTGGAATCCCATGTAAAGTTTCTCGAAACCCT 2913
Query 2931 TGGTATAGCTGGAGTTAGCCACCATAGCTTACTTTTCTCCAAGACAGCTCCTATCCAAGC 2990
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2914 TGGTATAGCTGGAGTTAGCCACCATAGCTTACTTTTCTCCAAGACAGCTCCTATTCAAGC 2973
Query 2991 GATACAAAAAGATGAAGAAGAAGAAATAAGGAGAGAAACAGCATTGTTCTCGGGACGCCC 3050
|||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |
Sbjct 2974 GATACAGAAAGATGAAGAAGAACAAATAAGGAGAGAAACAGCATTGCTCTTGGGACGCGC 3033
Query 3051 ATCAGCAAGTATTTCACAAGACACCGTCATCAATGGGGCTGACTATGCTTTCAAGCCAAA 3110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3034 ATCAGCAAGTATTTCACAAGACACCGTCATCAATGGGGCTGACTATGCTTTCAAGCCAAA 3093
Query 3111 GGATGTGAATTTGGACAAGAAAATCAACATTTCCCCAATCGATGACAAGGAATTGTCGGA 3170
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3094 GGATGTGAATTTGGACAAGAGAATCAACATTTCCCCAGTCGATGACAAGGAATTGTCAGA 3153
Query 3171 AAGCGAAATTAAAGCAAGACTCAATCGTTTGACGATGTTATTACAAAACAAGGATACGGT 3230
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3154 AAGCGTAATTAAAGCAAGACTCAATCGTTTGACGATGCTATTACAAAACAAGGGTACGGT 3213
Query 3231 CTCAAGGCTACCTGATGGAGGAGCAAAAATCCAGAAGCAGATTGCTGAATTGACTCGAGA 3290
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3214 CTCAAGGCTACCTGATGGAGGGGCAAAAATCCAGAAGCAGATTGCTGAATTGACTCGAGA 3273
Query 3291 ACTGAAAGACTTGAAAGCAGCAGAAAGGATCAATATGCCTCAAGTTATTGACTTGGAGGA 3350
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3274 ACTGAAAGACATGAAAGCAGCAGAAAGGATCAACATGCCTCAAGTTATTGACTTGGAGGA 3333
Query 3351 GGATATAAGTCAGAAGATGCACAAAGGATTGAATCTGTAGAGTAAGATACAAGTCAAGGT 3410
||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3334 GGATATAAGTCGGAAGATGCAAAAAGGATTGAATCTGTAGAGTAAGATACAAGTCAAGAT 3393
Query 3411 GCAAGAAAAGCAAACGACCATCATTGCAACACTTGTGGttttttt--GTTCCTTAATCTA 3468
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 3394 GCAAGAAATGCAAACGACCATCATTGCAACACTTGTGGTTTTTTTTTGTTCCTTA-TCTA 3452
Query 3469 ATTTGGTTTTGTTGAATTGATAAGTCAATTACCATATGACTTGCTGCAAAGAAGTATGCC 3528
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 3453 ATTTGGTTTGGTTGAATTGGTAAGTCAATTACCATATGACTTGCTGCAAAGGAGTGTGCG 3512
Query 3529 AAGCCAGATTTCATCTTTT-TCAAACCCAAACTTTAATCCG 3568
||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3513 AAGCCAGATTTTATCTTTTCTCAAACCCAAACTTTAATCCG 3553
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 177641145163
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5