BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg496588
Length=3529
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G63960.2 | Symbols: | DNA binding;nucleotide binding;nuclei... 3783 0.0
> AT5G63960.2 | Symbols: | DNA binding;nucleotide binding;nucleic
acid binding;DNA-directed DNA polymerases;DNA-directed DNA
polymerases | chr5:25599514-25606768 FORWARD LENGTH=3518
Length=3518
Score = 3783 bits (2048), Expect = 0.0
Identities = 2186/2253 (97%), Gaps = 7/2253 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1207 GATTTGATTCGTGATGTTGATCCGGATATCATCATTGGTTATAACATCTGCAAATTCGAT 1266
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1269 GATTTGATTCGTGATGTTGATCCTGATATCATCATTGGTTATAACATCTGCAAATTCGAT 1328
Query 1267 TTACCTTATCTGATTGAGAGAGCTGCAACACTGGGAATAGAGGAATTTCCTCTTCTTGGT 1326
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329 TTACCTTATCTGATTGAGAGAGCTGCTACACTGGGAATAGAGGAATTTCCTCTTCTTGGT 1388
Query 1327 CGTGTAAAGAACAGTAGGGTGCGGGTCAGGGACTCAACATTTTCATCAAGACAACAAGGA 1386
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1389 CGTGTAAAGAACAGTAGGGTCCGGGTCAGGGACTCAACATTTTCATCAAGACAACAAGGA 1448
Query 1387 ATAAGGGAAAGTAAAGAGACCACAATTGAAGGACGATTTCAGTTTGACCTTATTCAGGCA 1446
||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449 ATAAGAGAAAGTAAAGAGACCACAATTGAAGGAAGATTTCAGTTTGACCTTATTCAGGCA 1508
Query 1447 ATACACAGAGACCACAAATTAAGTTCTTATTCGCTGAATTCTGTCTCAGCACACTTTCTT 1506
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1509 ATACACAGAGACCACAAATTAAGTTCTTATTCGCTGAATTCTGTCTCAGCTCACTTTCTT 1568
Query 1507 TCCGAGCAGAAATAGGATGTCCACCATTCTATAATAACTGATCTCCAGAATGGGAATGCC 1566
|||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1569 TCCGAGCAGAAAGAAGATGTCCACCATTCTATAATAACTGATCTCCAGAATGGGAATGCG 1628
Query 1567 GAAACCAGGAGGCGTCTTGCTGTTTATTGTCTGAAGGATGCATATCTCCCTCAGAGGCTT 1626
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1629 GAAACCAGGAGGCGTCTTGCTGTTTATTGTTTGAAGGATGCATATCTTCCTCAGAGGCTT 1688
Query 1627 CTGGACAAACTGATGTTTATATATAATTATGTCGAAATGGCTCGTGTAACTGGTGTCCCT 1686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1689 CTGGACAAACTGATGTTTATATATAATTATGTCGAAATGGCTCGTGTAACTGGTGTCCCT 1748
Query 1687 ATTTCCTTTCTTCTTGCTAGAGGACAGAGTATCAAGGTTCTATCTCAGCTTCTTAGGAAA 1746
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1749 ATTTCATTTCTTCTTGCGAGAGGACAGAGTATCAAGGTTTTATCTCAGCTTCTTAGGAAA 1808
Query 1747 -GCTAAACAGAAGAATCTGGTTCTTCCAAATGCTAAACAGTCAGGGTCCGAACAAGGAAC 1805
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1809 GGC-AAACAGAAAAATCTGGTTCTTCCAAATGCTAAACAGTCAGGGTCCGAACAAGGAAC 1867
Query 1806 TTATGAAGGCGCAACTGTTTTAGAAGCAAGAACAGGTTTCTATGAAAAGCCAATTGCAAC 1865
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1868 TTATGAAGGCGCAACTGTTTTAGAAGCAAGAACAGGTTTCTATGAAAAGCCAATTGCAAC 1927
Query 1866 TTTGGATTTTGCTTCACTGTACCCGTCAATTATGATGGCATATAATCTGTGCTACTGCAC 1925
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1928 TTTGGATTTTGCTTCACTGTACCCGTCAATTATGATGGCATATAATCTGTGCTACTGCAC 1987
Query 1926 CTTGGTGACACCTGAAGATGTACGCAAACTGAATCTTCCACCTGAACATGTCACTAGAAC 1985
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1988 CTTGGTGACACCTGAAGATGTACGCAAACTGAATCTTCCACCTGAACATGTCACTAAAAC 2047
Query 1986 TCCATCAGGGGAAACATTTGTTAAGCAAAGTTTGCAAAAGGGTATACTTCCAGAAATTCT 2045
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2048 TCCATCAGGGGAAACATTTGTTAAGCAAACTTTGCAAAAGGGTATACTTCCAGAAATTCT 2107
Query 2046 CGAAGAGCTTCTTACCGCCCGTAAAAGAGCTAAAGCAGATTTAAAGGAGGCTAAGGATCC 2105
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2108 CGAAGAGCTTCTTACTGCCCGTAAGAGAGCTAAAGCAGATTTAAAGGAGGCTAAGGATCC 2167
Query 2106 ACTTGAGAAGGCTGTTTTAGATGGTAGACAGTTGGCGTTGAAGATCAGTGCAAATTCTGT 2165
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2168 CCTTGAGAAGGCTGTTTTAGATGGTAGACAGTTAGCGTTGAAGATCAGTGCAAATTCTGT 2227
Query 2166 CTACGGGTTTACGGGAGCCACTAATGGGCAGTTACCATGCTTAGAAATATCCTCAAGTGT 2225
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2228 CTACGGGTTTACGGGAGCCACTGTTGGGCAGTTACCATGCTTAGAAATATCCTCGAGTGT 2287
Query 2226 AACTAGCTATGGTCGTCAGATGATTGAACAGACGAAGAAACTTGTGGAAGACAAATTCAC 2285
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2288 AACTAGCTATGGTCGTCAGATGATTGAACAAACAAAGAAACTTGTTGAAGACAAATTCAC 2347
Query 2286 AACACTGGGAGGGTATGAATACAATGCAGAGGTCATTTATGGAGACACGGATTCAGTCAT 2345
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2348 AACACTGGGAGGGTATCAATACAATGCAGAGGTCATTTATGGAGACACGGATTCAGTCAT 2407
Query 2346 GGTGCAATTTGGAGTATCGGATGTAGAAGCTGCAATGAACTTGGGGAGGGAAGCTGCAGA 2405
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2408 GGTGCAATTTGGAGTATCGGATGTAGAAGCTGCGATGACCTTGGGGAGGGAAGCTGCAGA 2467
Query 2406 ACATATTAGCGGAACTTTTATCAAACCCATCAAATTGGAGTTTGAAAAAGTCTATTTCCC 2465
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2468 ACACATTAGTGGAACTTTTATCAAACCCATCAAATTGGAGTTTGAAAAGGTCTATTTCCC 2527
Query 2466 ATATCTGCTCATTAACAAGAAGAGATATGCTGGTTTGCTATGGACAAATCCTCAACAGTT 2525
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2528 ATATCTTCTCATTAACAAGAAGAGGTATGCTGGTTTGCTATGGACAAATCCTCAACAGTT 2587
Query 2526 TGACAAAATGGACACCAAAGGAATCGAGACAGTACGAAGGGATAATTGTTTACTGGTTAA 2585
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2588 TGACAAAATGGACACCAAAGGAATCGAGACAGTACGAAGGGATAATTGTTTACTGGTTAA 2647
Query 2586 GAACCTCGTGACTGAGAGTCTTAACAAAATACTTATTGATAGAGATGTTCCAGGCGCAGC 2645
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2648 GAACCTCGTGACTGAGAGTCTTAACAAAATACTTATTGATAGAGATGTTCCAGGGGCAGC 2707
Query 2646 TGAAAATGTTAAGAAAACCATTTCGGATCTTCTCATGAACCGTATTGACTTGTCACTTTT 2705
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2708 TGAAAATGTCAAGAAAACCATTTCGGATCTTCTCATGAACCGTATTGACTTGTCACTTTT 2767
Query 2706 GGTGATTACTAAGGGTCTAACGAAAACAGGAGATGATTATGAAGTTAAATCAGCTCATGG 2765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2768 GGTGATTACTAAGGGTCTAACGAAAACAGGAGATGATTATGAAGTTAAATCAGCTCATGG 2827
Query 2766 TGAACTTGCTGAACGCATGCGTAAGAGGGATGCTGCCACAGCGCCAAATGTTGGAGATCG 2825
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2828 TGAACTTGCTGAACGCATGCGTAAGAGGGATGCTGCTACAGCGCCAAATGTTGGAGATCG 2887
Query 2826 AGTACCGTATGTTATCATAAAAGCTGCTAAAGGTGCCAAGGCTTATGAACGGTCAGAAGA 2885
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2888 AGTACCGTATGTTATCATAAAAGCTGCTAAAGGTGCCAAGGCTTATGAACGATCAGAAGA 2947
Query 2886 TCCGATCTACGTGCTACAGAATAACATCCCTATAGTCCCAAATTACTACTTGGAGAATCA 2945
||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2948 TCCAATCTACGTGCTACAGAATAATATCCCTATAGACCCAAATTACTACTTGGAGAATCA 3007
Query 2946 GATTAGCAAACCACTTCTTAGGATTTTTGAGCCAGTCCTGAAAAATGCTAGCAAGGAGCT 3005
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3008 GATTAGCAAGCCACTTCTTAGGATTTTTGAGCCAGTCCTGAAAAATGCTAGCAAGGAGCT 3067
Query 3006 TCTCCATGGAAGTCACACGAGGTCAATATCAATTACTACTCCTTCAAACAGCGGCATAAT 3065
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3068 TCTCCATGGAAGTCACACGAGGTCAATATCAATCACTACTCCTTCAAACAGCGGTATAAT 3127
Query 3066 GAAATTTGCTAAGAAACAACTGAGCTGTGTTGGCTGCAAAGTTCCGATCAGCAATGGAAC 3125
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3128 GAAGTTTGCTAAAAAACAACTGAGCTGTGTTGGCTGCAAAGTTCCGATCAGCAATGGAAC 3187
Query 3126 TCTGTGCTCAAGTTGCAAGGGAAGAGAAGCCGAGTTATACTGCAAAAACGTGTCTCAAGT 3185
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3188 ACTATGCGCAAGTTGCAAGGGAAGAGAAGCCGAGTTATATTGCAAAAACGTGTCTCAAGT 3247
Query 3186 GGCTGAGCTAGAAGAGGTTTTTGGGAGGCTGTGGACCCAGTGCCAGGAGTGTCAAGGCTC 3245
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3248 GGCTGAGCTTGAAGAGGTTTTTGGGAGGCTGTGGACACAGTGCCAGGAGTGTCAAGGCTC 3307
Query 3246 TCTTCATCAAGATGTCTTGTGCACCAGTCGAGATTGTCCAATATTTTACCGGAGAATGAA 3305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3308 TCTTCATCAAGATGTCTTGTGCACCAGTCGAGATTGTCCAATATTTTACCGGAGAATGAA 3367
Query 3306 AGCACAAAAAGACATGGCTGTAGCCAGGCAACAACTCGACCGTTGGAGCTTTTAATAAGT 3365
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3368 AGCACAAAAAGACATGGCTGTAGCCAGGCAACAACTCGACCGTTGGAGCTTCTAATAAGT 3427
Query 3366 ATTTA-GGTTGTTTTTAGCTCTCttttttttACATTGGTTTC-TCCGCTATTA-ACTTTT 3422
||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| || | ||| ||| |||||
Sbjct 3428 ATTTAAGGTTGTTTTTAGCTCTCTCTTTTTTCCATTGGTATCGTT-GCTGTTACACTTT- 3485
Query 3423 CCGTTTGATTTAGAACTTGTAGGTCTCTTTGGA 3455
||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3486 CCGCTTGATTTAGAACTTGTAGGTCTCTTTGGA 3518
Score = 1925 bits (1042), Expect = 0.0
Identities = 1165/1223 (95%), Gaps = 14/1223 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TAGTCTCACTTTCTACTTCTCTCAGACCTCCACGAGCTCACAAAAT--CACACATTGTCT 58
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1 TAGTCTCACTTTCTACTTCTCTCAGACCTCCACGAGCTCACAAAATCACACACATTCTCT 60
Query 59 TCTTTTCCCGCTCGCCCAAAGCCATGAATAGAGCCGGTAATTCCAAAAAGCGACCGCCTC 118
||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCTTTTCCCGCTCACCCAAAGCCATGAATAGATCCGGTATTTCCAAAAAGCGACCGCCTC 120
Query 119 CTTCGAATA--CC-CCACCGGC-GGTGAAGCATCGAGCCACTGGTAATTCAACACCATCT 174
||||||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 121 CTTCGAATACCCCACCACCGGCGGGT-AAGCATCGAGCCACTGGTGATTCAACACCATCT 179
Query 175 CCGGCCATCGGAACCCTAGATGATGAATTTATGGTGGACGAGGACGTGTTTCTCGACGAA 234
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 180 CCGGCCATCGGAACCCTAGATGATGAATTTATGATGGAAGAGGACGTGTTTCTGGACGAA 239
Query 235 GCTCTCTTGTACGGCGACGAAGATGAGGAATCCCTAATTCTCCGGGACATTGAGGAGCGT 294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 240 ACTCTCTTGTACGGCGACGAAGATGAGGAATCCCTAATCCTCCGTGACATTGAGGAGCGT 299
Query 295 GAATCGCGTTCGTCGGCTTTGGCTCGACCTCCGCTCTCACCCGCTTATCTCTCGAATTC- 353
||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 300 GAATCGCGTTCCTCGGCTTGGGCTCGACCTCCGCTCTCCCCCGCGTATCTCTCGAATTCA 359
Query 354 C-CAG----ATTTTCCAACAATTGGAGATTGACTCTATAATTTCGGAGAGTCATAAGGAG 408
| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 360 CAGAGTATCATTTTCCAACAATTGGAGATTGACTCTATAATCGCGGAGAGTCATAAGGAG 419
Query 409 CTGTTACCGGGTTCCTCAGGGCAAGCTCCAATCATTAGGATGTTTGGGGTTACCAGAGAA 468
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 CTGTTACCGGGTTCCTCAGGGCAAGCTCCAATCATTAGGATGTTTGGGGTTACCAGAGAA 479
Query 469 GGTAACAGTGTGTGTTGCTTTGTTCATGGATTCGAGCCCTACTTTTACATTGCTTGCCCT 528
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GGTAACAGTGTGTGTTGCTTTGTTCATGGATTTGAGCCATACTTTTACATTGCTTGCCCT 539
Query 529 CCTGGAATGGGGCCAGACGATATTTCTAATTTCCATCAGATTCTTGAGGGAAGGATGAGG 588
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 540 CCTGGAATGGGGCCAGACGATATTTCTAATTTCCATCAGAGTCTTGAGGGAAGGATGAGG 599
Query 589 GAATCCAATAAAAATGCCAAGGTCCCGAAATTTGTTCGGCGTATCGAAATGGTGCAAAAA 648
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||
Sbjct 600 GAATCCAATAAAAATGCCAAGGTCCCGAAATTTGTTAAACGTATAGAAATGGTGCAGAAA 659
Query 649 AGAAGTATTATGTATTACCAACAGCAAGAATCACAAACTTTTCTGAAGATTACAGTTGCA 708
||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 AGAAGCATTATGTATTACCAACAGCAAAAATCCCAAACTTTTCTGAAGATTACAGTTGCA 719
Query 709 TTGCCAACTATGGTGGCAAGTTGTCGCGGCATCCTTGATAGAGGCTTACAAATTGATGGA 768
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 720 TTGCCGACTATGGTGGCAAGCTGTCGCGGCATCCTTGATAGAGGCCTACAAATTGATGGA 779
Query 769 TTTGGTATGAAGAGCTTCCAAACATATGAGAGCAATATTATTTTCGTTCTCCGTTTCATG 828
|| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TTGGGTATGAAGAGCTTCCAGACATATGAAAGCAATATTCTTTTCGTTCTCCGTTTCATG 839
Query 829 GTTGACTGCGATATTGTCGGAGGAAATTGGATTGAAGTACCTACTGGGAAATATAAGAAG 888
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 840 GTTGATTGTGATATTGTCGGAGGAAATTGGATTGAAGTACCTACTGGGAAGTATAAGAAA 899
Query 889 AATGCAAGAACTTTGTCATACTGCCAATTGGAGTTCCATTGCCTGTACTCAGATCTAATC 948
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 AATGCAAGAACTTTGTCATACTGCCAATTGGAGTTCCATTGCCTGTACTCAGATCTAATC 959
Query 949 AGTCATGCTGCAGAAGGTGAATACTCAAAAATGGCTCCATTCCGTGTACTAAGTTTCGAT 1008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 AGTCATGCTGCAGAAGGTGAATACTCAAAAATGGCTCCATTCCGTGTACTAAGTTTCGAT 1019
Query 1009 ATTGAGTGCGCAGGTCGTAAAGGGCACTTTCCGGAGGCTAAGCATGATCCTGTAATCCAG 1068
|||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 ATTGAGTGTGCAGGTCGTAAAGGACATTTTCCGGAAGCTAAGCATGATCCTGTAATCCAG 1079
Query 1069 ATAGCGAACCTTGTTACTCTTCAGGGAGAGGATCACCCATTTGTACGCAATGTCATGACT 1128
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 ATAGCGAACCTTGTTACTCTTCAGGGAGAGGATCACCCATTTGTACGCAATGTCATGACT 1139
Query 1129 CTTAAGTCATGTGCTCCAATCGTAGGCGTAGATGTCATGTCTTTTGAAACAGAAAGAGAG 1188
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 CTTAAGTCATGTGCTCCAATCGTAGGCGTAGATGTCATGTCTTTTGAAACAGAAAGAGAG 1199
Query 1189 GTCTTACTAGCTTGGAGGG-ATT 1210
||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1200 GTCTTACTAGCTTGGAGGGTATT 1222
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 175684634386
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5