BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg496625
Length=1416
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G64240.2 | Symbols: AtMC3, MC3 | metacaspase 3 | chr5:256956... 2198 0.0
> AT5G64240.2 | Symbols: AtMC3, MC3 | metacaspase 3 | chr5:25695620-25697416
FORWARD LENGTH=1472
Length=1472
Score = 2198 bits (1190), Expect = 0.0
Identities = 1351/1424 (95%), Gaps = 29/1424 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CCGAATTGATTCACATAACAA-A---ATGGAAGCTTAATTACGTGGACAAATCCTCACA- 55
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| | |||
Sbjct 45 CCGAATTGATTCACATAACAACATGCATGGAAGCTTAATAACGTGGACAAAT-C-AACAT 102
Query 56 T--ACATTTTATTCTTTTCATAGATAACAACGAATAATAATATCATTCTCTTTATAAACT 113
| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 103 TCCACATTTTATTCTTTTCGTAGATAAGAACG---AATAATATCATTCTCTTTATAAACT 159
Query 114 CATCACTCAAATGCATTTGTTGCAATTGTaaaaagaaaaaccaaaacaaaGCTCAATCAT 173
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 160 CATCACTCAAATGCATTTGTTGCAATTGCAAAAAG-AAAACCAAAACAAAGCTCAATCAT 218
Query 174 GGCTACTCGGAGAGAAGTACGGTGCCGGTGCGGCAGACGGATGTGGGTTCAACCAGACGT 233
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 219 GGCTAGTCGGAGAGAAGTACGGTGCCGGTGCGGCAGACGGATGTGGGTTCAACCAGACGC 278
Query 234 CCGTACTGTCCAATGCTCAACCTGCCACACCGTCACGCAGCTCTACTCGCTCA-TGGACA 292
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 279 CCGTACCGTCCAATGCTCAACCTGCCACACCGTCACGCAGCTCTACTCGCT-AGTGGACA 337
Query 293 TAGCGCGCGGTGCAAACCGCATAATTCATGGGTTTCAACAGCTACTTAGACAACATCAAC 352
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 338 TAGCTCGCGGTGCAAACCGCATAATTCATGGGTTTCAACAGCTACTTAGACAACACCAAC 397
Query 353 CGCAACATCAATATCATGAACAACAACAACAAATGATGGCTCAACCGCCACCGCGGCTGC 412
||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 398 CGCAACATC---ATGAACAACAACAACAACAAATGATGGCTCAACCGCCACCACGGCTGC 454
Query 413 TTGAGCCCCTTCCCTCGCCGTTTGGGAAGAAGAGAGCAGTTTTATGCGGCTTGAACTATA 472
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 455 TTGAGCCTCTTCCCTCGCCGTTTGGGAAGAAGAGAGCAGTTTTATGCGGCGTGAACTATA 514
Query 473 AGGGAAAAAGTTATAGCTTGAAAGGTTGCATCAGTGATGCTAAATCCATGAGATCTTTCT 532
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 515 AGGGAAAAAGTTATAGCTTGAAAGGTTGCATCAGTGATGCTAAGTCCATGAGATCTTTAT 574
Query 533 TGGTTCAACAAATGGGTTTCCCTATTGACTCTATTCTCATGCTCACAGAAGATGAAGCAA 592
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 575 TGGTTCAACAAATGGGTTTCCCTATTGACTCTATTCTCATGCTCACAGAAGATGAAGCCA 634
Query 593 GCCCGCAGAGAATCCCCACGAAGAGAAACATTAGGAAAGCGATGAGATGGTTAGTTGAAG 652
||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 635 GCCCGCAGAGAATACCGACGAAGAGAAACATTAGGAAGGCGATGAGATGGTTAGTTGAAG 694
Query 653 GGAACAGAGCAATGGACTCACTAGTGTCCCATTTCTCTGGTCATGGATCTCAGCAGAAAG 712
|||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 695 GGAACAGAGCAAGGGACTCACTAGTGTTCCATTTCTCTGGTCATGGATCTCAGCAGAATG 754
Query 713 ACTACAACGGAGACGAGATCGATGGTCAAGATGAAGCCTTGTGCCCTTTAGACCATGAAA 772
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 755 ACTACAACGGAGACGAGATCGATGGTCAAGATGAAGCCTTGTGCCCTTTAGACCATGAAA 814
Query 773 CAGAAGGAAAAATCATTGATGACGAGATTAACCGGATACTCGTGAGGCCTCTCGTCCATG 832
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 CAGAAGGAAAAATCATTGATGACGAGATTAACCGGATACTCGTGAGGCCTCTCGTCCATG 874
Query 833 GAGCTAAGCTTCACGCTGTCATCGACGCCTGTAACAGCGGGACTGTCCTTGATTTACCCT 892
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 875 GAGCTAAGCTTCACGCTGTCATCGACGCCTGTAACAGCGGGACTGTCCTTGATTTACCCT 934
Query 893 TCGTTTGCAGGATGGAGAGGAATGGTTCTTATGAATGGGAAGATCATAGATCAGTCAGAG 952
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 935 TCATTTGCAGGATGGAGAGGAATGGTTCTTATGAATGGGAAGACCATAGATCAGTCAGAG 994
Query 953 CTTACAAAGGAACAGATGGTGGAGCAGCTTTCTGTTTCAGTGCTTGTGACGATGATGAAA 1012
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 995 CTTACAAAGGAACAGATGGTGGAGCAGCTTTCTGTTTCAGTGCTTGTGACGATGATGAAT 1054
Query 1013 CCAGTGGTTACACTCCTGTATTCACGGGGAAGAACACAGGAGCCATGACTTATAGCTTTA 1072
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1055 CCAGTGGTTACACTCCTGTGTTCACGGGGAAGAACACAGGAGCCATGACTTATAGCTTCA 1114
Query 1073 TAAAGGCGGTGAAGACCGCTGGACCAGCCCCCACATATGGCCACCTGCTTAACCTTATGT 1132
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1115 TAAAGGCGGTGAAGACAGCTGGACCAGCACCCACGTATGGCCACCTGCTTAACCTTATGT 1174
Query 1133 GTTCTGCAATACGAGAGGCCCAGTCTCGTCTCGCCTTTAACGGGGACTACACAAGCTCTG 1192
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1175 GTTCTGCAATACGAGAGGCCCAGTCTCGCCTCGCCTTTAACGGGGACTACACAAGCTCTG 1234
Query 1193 ATGCATCCGCGGAGCCACTGCTAACATCATCTGATGAATTCGACTTGTACGCGACAAAGT 1252
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1235 ATGCATCCGCGGAGCCACTGCTAACATCATCTGAGGAATTTGACGTGTACGCGACAAAGT 1294
Query 1253 TTGTACTCTGAAATGCTGTACATATGTATATCGCTTATTCTGCAAATTGCTCGGAAACGT 1312
|||||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 1295 TTGTACTCTGAA-TGCTGTACATATG-AT---GCT------GCAAATAGCTCGGAAACGT 1343
Query 1313 TTCTACCTGTATGTATCATGTAATGATGATGCTGCATAGCCTCTCTCTTCTTACGAGCAA 1372
||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1344 TTCTATGTGTATGTATCATGTAATGATTATGTTGCATAGCCTCTCTCTTCTTACGAGCAA 1403
Query 1373 TAAAGCTATGAAATGATTGATTCGCTAAGAAATTTAATATGAAA 1416
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1404 TAAAGCTATGAAATAATTGATTCGCTAAGAAATTTAAAATGAAA 1447
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69778757550
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5