BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg496634
Length=2191
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G64320.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3398 0.0
> AT5G64320.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr5:25723243-25725451 REVERSE LENGTH=2209
Length=2209
Score = 3398 bits (1840), Expect = 0.0
Identities = 2091/2211 (95%), Gaps = 22/2211 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATGTGGCGTTTATGGTTATGCTAGCGAGATCAAAGCTTGCTCTAGATGTGAGCAGAAGA 60
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AATGTGGGGTTTATGGTTATGCTAGCGAGATCAAAGCTAGCTCTAGATGTGAGCAGAAGA 60
Query 61 TCACATTCTTTGCATAGAATCTCCTATTGCGCGATTAGCTCCTCTGGATTTTGCGGCAGC 120
||||| |||||||| ||||||| ||| | ||| | | ||||||| |||||| |||| ||
Sbjct 61 TCACAGTCTTTGCAAAGAATCTGCTACTACGCAAGTCTCTCCTCTAGATTTTCCGGCGGC 120
Query 121 GGCGGAGATGATGGCGGC-G--GCTCACCGG--A----T--T--C-A-TC--C-AACGAA 162
|||||||||||||||||| | ||||||||| | | | | | || | ||||||
Sbjct 121 GGCGGAGATGATGGCGGCGGCAGCTCACCGGAAATCGGTGGTACCGATTCAGCAAACGAA 180
Query 163 TGGGAGAAGCTTCTTAAACCATTCGATCTCGATTCTCTCAGGAATTCATTTCATAAGATA 222
||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 181 TGGGAGAAGCTCCTTAAACCATTCGATCTGGATTCTCTAAGGAATTCATTTCACAAGATA 240
Query 223 ACTCCTTTTCAGCTCTGTAAGCTACTTGAGTTACCTCTCGATGTTTCTACTTCAATGGAG 282
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||
Sbjct 241 ACTCCCTTTCAGCTCTATAAGCTACTTGAGTTACCTCTCAATGTATCCACTTCAATGGAG 300
Query 283 TTGTTCTCATGGACCGGTTCTCAAAAGGGTTATCGTCACTCCTTCGATGTGTATCAAGTT 342
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTGTTCTCATGGACCGGTTCTCAAAACGGTTATCGTCACTCCTTCGATGTGTATCAAGTT 360
Query 343 CTTATAGGTAAACTTGGTTCGAATGGTGAGTTTAAGACCATTGATAGATTGCTAATGCAG 402
||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 361 CTTATAGGTAAGCTTGGTGCGAATGGTGAGTTTAAAACCATTGATAGATTGTTAATTCAG 420
Query 403 ATGAAAGATGAAGGAATCGTTTTTAAAGAATCTCTTTTCATTTCGATAATGAGAGATTAC 462
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 421 ATGAAAGATGAAGGAATCGTTTTTAAAGAATCTCTTTTCATTTCGATTATGAGAGATTAC 480
Query 463 GACAAAGCTGGGTTTCCTGGACAAACTACGAGGTTGATGTTGGAGATGAGGAATGTGTAT 522
||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 481 GACAAAGCTGGTTTTCCTGGACAGACAACGAGATTGATGTTGGAGATGAGGAATGTCTAT 540
Query 523 TCCTGTGAACCCACTTTCAAATCTTACAATGTTGTCTTGGAGATTTTGGTTTCTGGTAAT 582
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TCCTGTGAACCCACTTTTAAATCTTACAATGTTGTCTTGGAGATTTTGGTTTCTGGTAAT 600
Query 583 TGTCACAAAGTTGCAGCTAATGTGTTCTACGATATGCTTAGCCGAAAAATCCCTCCAACG 642
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 601 TGTCATAAAGTTGCAGCTAATGTGTTCTACGATATGCTTAGCCGAAAGATTCCTCCAACG 660
Query 643 CTTTTCACATTTGGTGTTGTGATGAAAGCTCTTTGTGCGGTTAATGAGGTAGATTCGGCT 702
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 661 CTTTTCACATTTGGTGTTGTGATGAAAGCTTTTTGTGCTGTTAATGAGATAGATTCGGCT 720
Query 703 CTGTCTGTGCTTAGGGACATGACGAAACATGGCTGTGTCCCAAACTCTGTCATTTACCAG 762
|||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 721 CTGTCTCTGCTTAGGGACATGACGAAACATGGATGTGTCCCAAACTCTGTTATTTACCAG 780
Query 763 ACTCTTATACACTCGTTATCTAAGTGTAATAGAGTGAACGAAGCGCTTCAACTTTTAGAG 822
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 781 ACTCTTATACATTCGTTATCGAAGTGTAATAGAGTGAACGAAGCGCTTCAGCTTTTAGAG 840
Query 823 GAGATGTTTCTCATGGGATGTGTTCCTGATGCTGAGACGTTCAACGATGTTATCCTTGGT 882
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GAGATGTTTCTGATGGGATGTGTTCCTGATGCTGAGACTTTCAACGATGTTATCCTTGGT 900
Query 883 CTCTGTAAGTTTGATCGGATTAACGAAGCTGCTAAAATGGTGAACCGGATGCTTATTAGA 942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 901 CTCTGTAAGTTTGATCGGATTAACGAAGCTGCTAAAATGGTGAACCGGATGCTGATTAGA 960
Query 943 GGATTTACTCCTGATGATATTACTTATGGGTATTTGATGAATGGTCTGTGTAAGATTGGC 1002
|| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 961 GGGTTTGCTCCTGATGATATAACTTATGGTTATTTGATGAATGGTCTATGTAAGATAGGC 1020
Query 1003 CGGGTTGATGCTGCAAAGGATCTTTTTTACAGAATTCCGAAACC-GACAAGTGTGATCTT 1061
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||
Sbjct 1021 CGGGTTGATGCTGCAAAAGATCTTTTTTACAGAATTCCGAAGCCGGA-AATTGTGATCTT 1079
Query 1062 CAACACTCTTATTCACGGGTTTGTGACTCATGGAAGACTTGATGATGCTAAAGCTGTCTT 1121
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1080 CAATACTCTTATTCACGGGTTTGTGACTCACGGAAGACTTGATGATGCTAAAGCTGTTTT 1139
Query 1122 ATCAGATATGGTCACGTCTTATGGCATCGTTCCTGATGTCTGCACATATAACTCACTGAT 1181
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 ATCAGATATGGTCACGTCTTATGGCATTGTTCCTGATGTCTGCACATATAACTCACTGAT 1199
Query 1182 CTATGGATATTGGAAGAAGGGTCTTGTTGGTTTAGCTCTGGAAATTCTTCGCGACATGAG 1241
|||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 1200 CTATGGATATTGGAAGGAGGGTCTTGTAGGTTTAGCTCTGGAAGTTCTTCATGACATGAG 1259
Query 1242 GAATAAGGGATGTAAGCCTAACGTCTACTCTTATACTATTTTAGTTGATGGTTTCTGTAA 1301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GAATAAGGGATGTAAGCCTAACGTCTACTCTTATACTATTTTAGTTGATGGTTTCTGTAA 1319
Query 1302 ATTAGGAAAGATAGATGAAGCCTACAATCTTCTGAATGAAATGTCTGCCGATGGACTGAA 1361
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 ATTAGGAAAGATAGATGAAGCCTACAATGTTCTTAATGAAATGTCTGCCGATGGACTGAA 1379
Query 1362 ACCCAACACTGTTGGTTTTAACTGTTTGATATCGGCTTTCTGCAAGGAACACAGAATCCC 1421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 ACCCAACACTGTTGGTTTTAACTGTTTGATATCGGCTTTCTGCAAGGAACACAGAATCCC 1439
Query 1422 CGAGGCCGTAGAGATTTTCAGAGAGATGCCGAGAAAAGGCTGTAAACCCGATGTGTATAC 1481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 CGAGGCCGTAGAGATTTTCAGAGAGATGCCGAGAAAAGGCTGTAAACCCGATGTGTATAC 1499
Query 1482 ATTTAATTCGTTGATATCTGGGCTCTGTGAGGTCGACGAAATAAAGCATGCCTTATGGTT 1541
|||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1500 ATTTAATTCGCTGATATCTGGACTATGTGAGGTCGACGAAATAAAGCATGCCTTGTGGTT 1559
Query 1542 ACTTAGAGACATGATATCAGAAGGTGTTGTTGCCAATACTGTTACTTACAACACGCTGAT 1601
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 ACTTAGAGATATGATATCAGAAGGTGTTGTTGCTAATACTGTTACTTACAACACGCTGAT 1619
Query 1602 CAATGCGTTTCTTAGAAGAGGTGAAATCAAAGAAGCTCGTAAACTAGTAAACGAGATGGT 1661
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 CAACGCGTTTCTTAGAAGAGGTGAAATCAAAGAAGCTCGTAAACTAGTAAACGAGATGGT 1679
Query 1662 TTTCCAGGGATCCCTGCTCGATGAGATAACCTACAATAGTCTGATAAAAGGGCTGTGCAG 1721
|||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TTTCCAGGGATCCCCGCTTGATGAGATAACCTACAACAGTCTGATAAAAGGGCTGTGCAG 1739
Query 1722 GGCTGGGGAGGTAGATAAAGCGAGAAGCTTGTTTGAAAAGATGTTAAGAGACGGGCTTGT 1781
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1740 GGCCGGGGAGGTAGATAAGGCGAGAAGCTTGTTTGAAAAGATGTTAAGAGACGGGCATGC 1799
Query 1782 ACCGAGCAGCATCTCCTGCAACATACTTATAAACGGGCTCTGCAGAAGCGGGATGGTGGA 1841
||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 ACCAAGCAACATCTCCTGCAACATACTTATAAACGGGCTCTGCAGAAGCGGGATGGTGGA 1859
Query 1842 AGAAGCGGTTGAATTTCAGAAAGAGATGGTTCTGAGAGGATCGACACCAGACATTGTGAC 1901
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1860 AGAAGCGGTTGAGTTTCAGAAAGAGATGGTTCTGAGAGGATCGACACCGGACATTGTGAC 1919
Query 1902 ATTTAACAGTCTGATAAACGGTCTGTGTAGGGCCGGTAGGATCGAAGATGGTTTGACAAT 1961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1920 ATTTAACAGTCTGATAAACGGTCTGTGTAGGGCCGGTAGGATCGAAGATGGTTTGACGAT 1979
Query 1962 GTTTAGGAAGCTTCAGGCTGAAGGAATACCTCCTGATACGGTAACGTATAACACTCTGAT 2021
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||
Sbjct 1980 GTTTAGGAAGCTTCAGGCTGAAGGAATACCGCCTGATACGGTGACGTTTAACACTTTGAT 2039
Query 2022 GAGTTGGTTGTGCAAAGGAGGTTTTGTTTATGATGCTTGCTTACTTCTGGATGAAGGTAT 2081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 GAGTTGGTTGTGCAAAGGAGGTTTTGTTTATGATGCTTGCTTACTTCTGGATGAAGGTAT 2099
Query 2082 TGAAGATGGTTTTGTTCCAAATGATAGAACTTGGTCAATTTTGTTACAGAGTCTTGTTCC 2141
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2100 TGAAGATGGTTTTGTTCCAAATCATAGAACTTGGTCAATTTTGTTACAGAGTATTATTCC 2159
Query 2142 CCAAGAAACACTTGATAGACGAACGTTTTATAATGCAG-TTTTCTGAAACT 2191
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 2160 CCAAGAAACACTTGATAGACGAAGGTTTTATAATGCAGCTTTT-TGAAACT 2209
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108684179925
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5