BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg496649
Length=2312
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G64410.1 | Symbols: ATOPT4, OPT4 | oligopeptide transporter ... 3703 0.0
> AT5G64410.1 | Symbols: ATOPT4, OPT4 | oligopeptide transporter
4 | chr5:25750845-25755052 REVERSE LENGTH=2344
Length=2344
Score = 3703 bits (2005), Expect = 0.0
Identities = 2221/2325 (96%), Gaps = 16/2325 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CACATAAAGATTCCTCGTC-T-TACAC--TATCTGTCTCTCT-T-TC--TTTCTCACTCA 52
||||||||||||||| ||| | ||| | | ||| ||||||| | || |||| ||||||
Sbjct 1 CACATAAAGATTCCTAGTCTTATACTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTCACACTCA 60
Query 53 CACACATAAC-AAACCATAATGGCCACCGCCGACGAATTCTCCGATGAAGACACATCGCC 111
|||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||
Sbjct 61 CACACA-AACTAAACCGGAATGGCCACCGCCGACGAATTCTCCGACGAAGATACATCACC 119
Query 112 GATTGAAGAAGTCCGTTTAACGGTAACAAACACCGACGATCCGACACTACCGGTTTGGAC 171
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 120 GATTGAAGAAGTCCGTTTAACGGTAACAAACACCGACGATCCAACACTACCGGTTTGGAC 179
Query 172 ATTCAGGATGTGGTTCTTGGGTCTAATCTCATGCTCTCTCCTCTCCTTCCTTAACCAATT 231
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 180 ATTCAGGATGTGGTTCTTGGGTCTAATCTCATGTTCTCTCCTCTCTTTCCTTAACCAATT 239
Query 232 CTTCTCGTACCGAACCGAACCGCTTGTAATCACTCAAATCACGGTTCAGGTAGCTACACT 291
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 240 CTTCTCGTACCGAACCGAACCGCTCGTAATCACTCAAATCACGGTTCAGGTGGCTACACT 299
Query 292 CCCAATCGGTCATTTCTTGGCCAAGGTGCTTCCCAAAACCCGGTTTGGAATACCCGGCTG 351
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 300 ACCTATCGGTCATTTCTTGGCCAAGGTGCTTCCCAAAACCCGGTTTGGGTTACCCGGTTG 359
Query 352 TGGATCGGCCCGGTTCTCGTTGAACCCGGGTCCGTTTAACATGAAAGAGCATGTTTTGAT 411
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TGGATCGGCCCGGTTCTCGCTGAACCCGGGTCCGTTTAACATGAAAGAGCATGTTTTGAT 419
Query 412 ATCCATATTTGCAAATGCGGGTAGTGCTTTCGGATCCGGGTCAGCTTATGCGGTTGGTAT 471
||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 420 ATCGATATTTGCGAATGCGGGTAGTGCTTTCGGATCCGGGTCGGCTTATGCGGTTGGTAT 479
Query 472 CATCACAATAATAAAAGCTTTTTATGGCCGGAATATCTCTTTTATTGCCGGTTGGCTCCT 531
||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 480 CATCACAATTATTAAAGCTTTTTATGGCCGGAGTATCTCTTTTATTGCCGGCTGGCTCCT 539
Query 532 CATCATCACTACCCAGGTATTGGGATATGGATGGGCCGGTTTACTGAGAAAATATGTGGT 591
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 540 CATCATCACTACACAGGTATTGGGATATGGCTGGGCCGGTTTACTGAGGAAATATGTGGT 599
Query 592 CGAACCGGCTCACATGTGGTGGCCTAGCACTCTGGTTCAAGTGTCACTGTTTCGGGCATT 651
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 600 CGAACCGGCTCATATGTGGTGGCCTAGCACTCTGGTTCAAGTGTCACTGTTTAGGGCATT 659
Query 652 GCATGAGAAGGACGACCAAAGGATGACGAGAGCAAAATTCTTTGTGATAGCATTAATCTG 711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 660 GCATGAGAAGGACGACCAAAGGATGACGAGAGCAAAATTCTTTGTGATAGCATTAGTCTG 719
Query 712 TAGTTTCGGATGGTACATAGTCCCTGGCTATCTCTTCACAACACTCACAAGCATCTCATG 771
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TAGTTTTGGATGGTACATAGTCCCTGGCTATCTCTTCACAACACTCACAAGCATCTCATG 779
Query 772 GGTTTGTTGGGCATTTCCAAGATCAGTCACTGCTCAACAGATCGGTTCGGGAATGAGAGG 831
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 780 GGTTTGTTGGGCATTTCCAAGATCAGTCACTGCTCAACAGATTGGTTCTGGAATGAGAGG 839
Query 832 TCTCGGTCTTGGAGCCTTCACACTCGACTGGACCGCGGTTGCCTCTTTCTTGTTCAGTCC 891
||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 840 TCTTGGTCTTGGAGCCTTTACACTAGACTGGACCGCGGTTGCCTCTTTCTTGTTTAGTCC 899
Query 892 ACTTATCAGCCCCTTCTTCGCCATCGCTAATGTTTTCGTCGGTTATGTTCTTTTGATCTA 951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 ACTTATCAGCCCCTTCTTCGCCATCGCTAATGTTTTCATCGGTTATGTTCTTTTGATCTA 959
Query 952 CCTGGTGTTGCCTTTAGCCTATTGGGGATTTGATTCTTATAACGCTACGAGGTTTCCTAT 1011
| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CTTCGTCTTGCCTTTAGCCTATTGGGGATTTGATTCTTATAACGCTACGAGGTTTCCTAT 1019
Query 1012 ATTTTCGTCCCATCTTTTCACATC-GTTCGGTAAAACTTACGATATTCCTGCGATCGTGA 1070
||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| || || |||||||||||||||||||
Sbjct 1020 ATTTTCGTCGCATCTTTTCACATCGGTT-GGTAATACATATGATATTCCTGCGATCGTGA 1078
Query 1071 ATGATAACTTTGAGCTCGATTTAGCGAAGTATGAACAACAAGGAAGGATTAACTTGAGCA 1130
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 ATGATAACTTTGAGCTCGATTTAGCTAAGTATGAGCAACAAGGAAGGATTAACTTGAGCA 1138
Query 1131 TGTTCTTTGCTCTTTCCTATGGGCTTGGTTTCGCCACCATTGCTTCTACACTCACTCATG 1190
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1139 TGTTCTTTGCTCTTACCTATGGGCTTGGTTTCGCCACCATTGCTTCTACGCTCACTCATG 1198
Query 1191 TAGCTCTCTTCTATGGCAGGGAAATTTCCGAGAGGTTTCGTGTTTCATACAAAGGCAAAG 1250
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1199 TAGCTCTCTTCTATGGCAAGGAAATTTCTGAGAGGTTTCGAGTTTCATACAAAGGCAAGG 1258
Query 1251 AAGATATACACACTAGGTTAATGAAGAGATATAAAGACATACCTTCATGGTGGTTTTACT 1310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AAGATATACACACTAGGTTAATGAAGAGATATAAAGACATACCTTCATGGTGGTTTTACT 1318
Query 1311 CCATGTTGGCTGCTACACTACTTATCTCTCTTGCGTTATGTATTTTCTTGAACGATGAGG 1370
| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1319 CAATGTTGGCTGCGACACTACTTATCTCTCTTGCATTATGTGTTTTCTTGAACGATGAGG 1378
Query 1371 TTCAAATGCCTTGGTGGGGACTTGTGTTCGCAAGTGTGATGGCTTTCGTCTTCACCCTCC 1430
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1379 TTCAAATGCCTTGGTGGGGACTTGTGTTCGCAAGCGCGATGGCTTTCGTCTTCACACTCC 1438
Query 1431 CGATAAGCATCATAACCGCAACAACTAACCAAACACCGGGGTTGAATATAATAACAGAGT 1490
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1439 CGATAAGCATCATAACCGCAACAACTAACCAAACACCGGGATTGAATATAATAACAGAGT 1498
Query 1491 ACGCAATGGGACTCATTTACCCGGGAAGACCTATCGCAAACGTATGCTTCAAAGTCTATG 1550
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 ACGCAATGGGACTCATTTACCCGGGACGACCTATCGCAAACGTATGCTTCAAAGTCTATG 1558
Query 1551 GATATATGAGTATGGCACAAGCTGTCTCTTTCTTAAATGACTTCAAACTTGGTCATTACA 1610
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 GATACATGAGTATGGCACAAGCAGTCTCTTTCTTAAATGACTTCAAACTTGGTCATTACA 1618
Query 1611 TGAAGATCCCACCTAGATCCATGTTCTTGGTTCAATTCATCGGTACAATTCTTGCCGGAA 1670
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TGAAGATCCCACCTAGATCCATGTTCTTGGTTCAATTCATCGGTACAATTCTTGCCGGAA 1678
Query 1671 CAATCAACATAACGGTGGCATGGTGGCAATTAAACTCTATCAAAAACATATGTCAAGAGG 1730
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 CAATCAACATAACGGTCGCATGGTGGCAGTTAAACTCTATCAAAAACATATGTCAAGAGG 1738
Query 1731 AACTTCTACCTCCCAACAGTCCATGGACATGTCCTGGTGACCGTGTTTTCTTCGATGCAT 1790
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 AACTTCTACCTCCCAACAGTCCATGGACATGTCCGGGTGACCGTGTTTTCTTCGATGCAT 1798
Query 1791 CGGTCATTTGGGGATTGGTCGGACCAAAACGGATATTTGGTTCTCAGGGAAACTATGCAG 1850
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1799 CGGTCATTTGGGGATTGGTCGGACCAAAACGGATTTTTGGTTCTCAGGGAAACTATGCGG 1858
Query 1851 CCATGAACTGGTTTTTCCTCGGAGGTGCGTTAGGACCAGTCATAGTGTGGTCATTGCACA 1910
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 CCATGAACTGGTTTTTCCTCGGAGGTGCATTAGGACCAGTCATAGTGTGGTCATTGCACA 1918
Query 1911 AAGCGTTCCCAAAACGTTCTTGGATTCCACTTGTGAATCTCCCTGTTCTTCTAGGAGCAA 1970
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 AAGCGTTCCCAAAACGTTCTTGGATTCCACTTGTAAATCTCCCTGTTCTTCTAGGAGCAA 1978
Query 1971 CCGCAATGATGCCACCTGCAACCGCAGTGAACTACAATTCGTGGATATTGGTCGGGACGA 2030
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1979 CCGCAATGATGCCACCTGCGACCGCGGTGAACTACAACTCGTGGATATTGGTGGGGACGA 2038
Query 2031 TATTCAACTTGTTTGTGTTCCGGTACAGGAAAAGTTGGTGGCAGAGGTATAACTACGTTC 2090
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TATTCAACTTGTTTGTGTTCCGGTACAGGAAAAGTTGGTGGCAGAGGTATAACTACGTTC 2098
Query 2091 TCTCAGCCGCTATGGACGCCGGTGTAGCTTTCATGGCGGTTTTGTTGTACTTCTCGGTGG 2150
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 TCTCAGCCGCTATGGATGCCGGTGTAGCTTTCATGGCGGTTTTGTTGTACTTCTCGGTGG 2158
Query 2151 GGATGGAGGAGAAGAGTTTGGACTGGTGGGGAACAAGAGGTGAGCATTGTGATCTAGC-A 2209
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2159 GGATGGAGGAAAAGAGTTTGGACTGGTGGGGAACAAGAGGTGAACATTGTGATCTAGCTA 2218
Query 2210 AAGTGTCCAACCGCTAGAGGAGTAATTGTTGATGGTTGTCCGGTTAAGTAATCTTA--GG 2267
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 2219 AA-TGTCCAACCGCTAGAGGAGTAATTGTTGATGGTTGTCCGGTTAAATAATCTTAAAGG 2277
Query 2268 CTTTATTGGTGTGTTACAACAATGTATGATACATAAAGTAACTAA 2312
| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2278 ATCCATTGGTGTGTTTCAACAATGTATGATACACAAAGTAACTAA 2322
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114758445870
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5