BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg496813
Length=3247
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G65750.1 | Symbols: | 2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 comp... 5132 0.0
> AT5G65750.1 | Symbols: | 2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component
| chr5:26303693-26308189 FORWARD LENGTH=3474
Length=3474
Score = 5132 bits (2779), Expect = 0.0
Identities = 3014/3129 (96%), Gaps = 9/3129 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTGATAGATTTCTTAAGCTATGGTTTGGTTTAGAACT-TGTTCTTCTGTGGCAAAGCTTG 59
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 136 CTGATAGATTACTTAAGCTATGGTTTGGTTTAGAA-TCGGTTCTTCTGTGGCAAAGCTTG 194
Query 60 CCATAAGAAGGACACTGTCTCAGTCTCAG-TGTTGTTCATTTGCCACTAGAACAAGGGTT 118
||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 195 CCATAAGAAGGACACTGTCTCAGTCTC-GTTGTGGTTCATATGCCACTAGAACAAGGGTT 253
Query 119 TTGCCTTCTCAAACCAGATGTTTTCACTCTACAATACTCAAATCAAAGGCAGAGTCTGCT 178
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 254 TTGCCTTGTCAAACCAGATGTTTTCACTCTACAATACTCAAATCAAAGGCAGAGTCTGCT 313
Query 179 GCTCCTGTTCCACGTCCTGTCCCACTTTCTAAGCTAACTGATAGCTTCTTAGATGGAACA 238
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 314 GCACCTGTTCCACGTCCTGTCCCACTTTCTAAGCTAACTGATAGCTTCTTAGATGGAACA 373
Query 239 AGCAGTGTGTATCTCGAGGAGCTACAAAGAGCTTGGGAGGCTGATCCCAACAGTGTTGAT 298
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 374 AGCAGTGTGTATCTAGAGGAGTTACAAAGAGCTTGGGAGGCTGATCCCAACAGTGTTGAT 433
Query 299 GAGTCGTGGGATAACTTTTTTAGGAACTTTGTCGGTCAGGCTGCTACATCTCCTGGTATC 358
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 434 GAGTCGTGGGATAACTTTTTTAGGAATTTTGTGGGTCAGGCTTCTACATCGCCTGGTATC 493
Query 359 TCGGGGCAAACCATTCAAGAAAGCATGCGTTTGTTGTTGCTTGTTAGAGCTTATCAGGTT 418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 494 TCGGGGCAAACCATTCAAGAAAGCATGCGTTTGTTGTTGCTAGTTAGAGCTTACCAGGTT 553
Query 419 AATGGACACATGAAGGCCAAGCTTGATCCTTTGGGTCTAGAGAAGAGAGAGATTCCAGAG 478
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 554 AATGGCCACATGAAGGCCAAGCTTGATCCTTTAGGTCTAGAGAAGAGAGAGATTCCAGAG 613
Query 479 GATCTCACACCAGGTCTTTATGGGTTTACTGAGGCTGATCTTGATCGGGAATTCTTTCTG 538
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 614 GATCTCACGCCAGGTCTTTATGGGTTTACTGAGGCTGATCTTGATCGGGAATTCTTTCTG 673
Query 539 GGTGTATGGAGGATGTCAGGTTTTCTCTCTGAGAACCGTCCGGTTCAAACACTGAGGGCT 598
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 674 GGTGTATGGAGGATGTCGGGTTTTCTCTCTGAGAACCGCCCGGTTCAAACACTGAGGTCG 733
Query 599 ATACTGTCGAGGCTTGAGCAGGCTTACTGTGGGACTATAGGGTATGAGTACATGCACATT 658
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 734 ATACTGTCGAGGCTTGAGCAAGCTTACTGTGGGACTATAGGGTATGAGTACATGCACATT 793
Query 659 GCTGATAGGGATAAATGTAACTGGTTGAGAGACAAGATCGAGACCCCAACACCTCGACAG 718
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 794 GCTGATAGGGATAAATGTAACTGGTTGAGAGACAAGATCGAGACCCCAACTCCTCGACAG 853
Query 719 TACAATAGTGAGCGTCGGATGGTTATTTATGATAGGCTTACCTGGAGCACACAGTTTGAG 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 854 TACAATAGTGAGCGTCGGATGGTTATTTATGATAGGCTTACCTGGAGCACACAGTTTGAG 913
Query 779 AATTTCTTGGCTTCTAAGTGGACCACGGCTAAAAGATTTGGACTCGAAGGTGCTGAGTCT 838
|||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 914 AATTTCTTGGCTACTAAGTGGACCACGGCTAAAAGGTTTGGACTGGAAGGTGCTGAATCT 973
Query 839 TTGATTCCAGGCATGAAGGAGATGTTCGATAGGTCTGCAGATCTCGGGGTAGAGAACATA 898
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 974 TTGATTCCTGGCATGAAGGAGATGTTCGATAGGTCTGCAGATCTCGGGGTAGAGAACATA 1033
Query 899 GTTATCGGAATGCCCCATAGGGGTCGACTTAATGTTTTGGGTAATGTTGTTAGAAAACCT 958
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1034 GTTATCGGTATGCCCCATAGGGGTCGACTTAATGTTTTGGGTAATGTTGTTAGAAAACCT 1093
Query 959 CTACGTCAAATATTCAGCGAGTTTAGTGGTGGTACTAGGCCAGTAGATGAAGTTGGGCTT 1018
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1094 CTACGCCAAATATTCAGCGAGTTTAGCGGTGGTACTAGGCCAGTAGATGAAGTTGGGCTT 1153
Query 1019 TACACCGGAACAGGTGATGTAAAATACCATTTGGGTACATCTTATGATCGCCCAACTAGA 1078
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1154 TACACCGGAACAGGTGATGTGAAATACCACTTGGGTACATCTTATGATCGTCCAACTAGA 1213
Query 1079 GGAGGCAAACATCTCCACTTGTCTTTGGTAGCAAATCCCAGTCACTTGGAAGCAGTAGAT 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1214 GGAGGCAAACATCTCCACTTGTCTTTGGTAGCAAATCCCAGTCACTTGGAAGCAGTAGAT 1273
Query 1139 CCTGTTGTGATTGGTAAAACCAGAGCGAAACAATATTACACAAAAGACAAGAACAGAACA 1198
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1274 CCTGTTGTGATAGGTAAAACCAGAGCGAAACAATATTACACGAAAGACGAGAACAGAACA 1333
Query 1199 AAGAACATGGGTGTTTTGATCCATGGGGATGGTAGCTTTGCCGGACAAGGTGTGGTATAT 1258
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1334 AAGAACATGGGTATTTTGATCCATGGGGATGGTAGCTTTGCCGGACAAGGAGTGGTGTAT 1393
Query 1259 GAAACTCTGCATCTTAGTGCACTTCCTAATTACTGTACCGGTGGAACAGTGCACATTGTG 1318
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1394 GAAACTCTCCATCTTAGTGCACTTCCTAACTACTGTACCGGTGGAACAGTGCACATTGTG 1453
Query 1319 GTCAATAATCAAGTGGCTTTCACAACCGATCCCAGGGAAGGAAGGTCTTCACAGTATTGC 1378
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1454 GTGAATAATCAAGTGGCTTTCACAACCGATCCCAGGGAAGGAAGGTCTTCACAGTATTGC 1513
Query 1379 ACTGATGTTGCAAAGGCTTTGAGTGCCCCAATTTTTCATGTCAATGCAGATGACATTGAA 1438
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1514 ACTGATGTTGCAAAGGCTTTGAGCGCCCCAATTTTCCATGTCAATGCAGATGACATTGAA 1573
Query 1439 GCAGTAGTGCATGTTTGTGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGCCAGACATTCCATTCTGATGTT 1498
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1574 GCAGTAGTGCATGCTTGTGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGCCAGACGTTCCATTCTGATGTT 1633
Query 1499 GTTGTTGATTTAGTATGCTACCGTCGCTTTGGGCATAACGAGATAGACGAACCGTCATTC 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1634 GTTGTTGATTTAGTATGCTACCGTCGCTTTGGGCATAACGAGATAGACGAACCGTCATTC 1693
Query 1559 ACGCAACCAAAAATGTACAAGGTGATACGCAGTCATCCCTCATCGCTTCAAATCTACCAG 1618
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1694 ACACAACCAAAAATGTACAAGGTGATACGCAGTCATCCCTCGTCACTTCAAATCTACCAG 1753
Query 1619 GAGAAGCTCTTGCAATCTGGACAGGTAACAGAAGAAGATATTGATAAGATTCAAAAGAAA 1678
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1754 GAGAAGCTCTTGCAATCTGGACAGGTAACCCAAGAAGATATTGATAAGATTCAAAAGAAA 1813
Query 1679 GTAAGCTCTATCCTAAATGAAGAAT-TTAGGGCAAGTAAAGATTATATTCCACAAAAACG 1737
|||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1814 GTAAGCTCTATCCTCAATGAAGAATATGA-GGCAAGTAAAGATTATATTCCACAAAAACG 1872
Query 1738 TGACTGGCTGGCAAGTCATTGGACTGGATTCAAGTCACCGGAGCAGATTTCTAGGATCCG 1797
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1873 TGACTGGCTGGCAAGTCACTGGACTGGATTCAAGTCTCCGGAGCAGATTTCTAGGATTCG 1932
Query 1798 AAACACTGGTGTGAAGCCAGAGATTTTGAAGAATGTGGGGAAGGCAATCTCAACCTTCCC 1857
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1933 AAACACCGGAGTGAAGCCAGAGATTTTGAAGAATGTGGGAAAGGCAATCTCAACCTTCCC 1992
Query 1858 AGAGAACTTCAAGCCACACAGAGGGGTGAAAAGAGTTTATGAACAACGTGCTCAAATGAT 1917
|||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1993 TGAGAACTTTAAGCCACACAGAGGAGTTAAAAGAGTTTATGAACAACGTGCTCAAATGAT 2052
Query 1918 TGAATCGGGAGAAGGCATTGACTGGGGACTTGGAGAAGCTCTTGCTTTTGCTACACTGGT 1977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2053 TGAATCGGGAGAAGGCATTGACTGGGGACTTGGAGAAGCACTTGCTTTTGCTACACTGGT 2112
Query 1978 TGTTGAAGGCAACCACGTTCGGCTAAGTGGTCAAGATGTTGAAAGAGGAACTTTCAGTCA 2037
||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2113 TGTGGAAGGGAACCATGTTCGGCTAAGTGGTCAAGATGTTGAAAGAGGAACTTTCAGTCA 2172
Query 2038 CAGACACTCAGTGCTTCATGATCAGGAAACTGGCGAGGAGTATTGTCCCTTAGATCACCT 2097
||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| | ||||||||
Sbjct 2173 TAGACACTCAGTGCTTCATGATCAAGAAACCGGGGAGGAATATTGTCCCCTCGATCACCT 2232
Query 2098 GACCATGAACCAAGACCCTGAAATGTTCACTGTCAGCAACAGCTCTCTTTCAGAATTTGG 2157
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2233 AATCAAAAACCAAGACCCTGAAATGTTCACTGTCAGCAACAGCTCCCTTTCAGAATTTGG 2292
Query 2158 TGTTCTCGGATTCGAACTGGGTTATTCGATGGAAAATCCCAATTCTCTGGTGTTATGGGA 2217
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2293 TGTTCTCGGTTTCGAACTGGGTTATTCGATGGAAAATCCCAATTCTCTGGTGATATGGGA 2352
Query 2218 AGCTCAGTTTGGAGACTTTGCTAACGGCGCACAAGTTATGTTTGATCAGTTCATAAGCAG 2277
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2353 AGCTCAGTTTGGAGACTTTGCTAATGGCGCACAAGTTATGTTTGATCAGTTCATAAGCAG 2412
Query 2278 TGGGGAAGCCAAATGGCTCCGTCAAACTGGTCTAGTAGTTCTACTTCCTCATGGATATGA 2337
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2413 TGGGGAAGCCAAATGGCTCCGTCAAACTGGTCTAGTAGTTTTACTTCCTCATGGATATGA 2472
Query 2338 TGGTCAGGGTCCTGAACATTCCAGTGGAAGATTGGAACGTTTCCTTCAGATGAGTGATGA 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2473 TGGTCAGGGTCCTGAACATTCCAGTGGAAGATTGGAACGTTTCCTTCAGATGAGTGATGA 2532
Query 2398 CAATCCTTACGTTATCCCTGAGATGGATCCAACTCTTCGAAAGCAGATTCAAGAATGTAA 2457
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2533 CAATCCTTACGTTATCCCTGAGATGGACCCAACTCTTCGAAAGCAGATTCAAGAATGTAA 2592
Query 2458 TTGGCAAGTTGTTAATGTTACTACACCTGCCAACTATTTCCATGTTCTGCGTCGGCAGAT 2517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2593 TTGGCAAGTTGTTAATGTTACTACACCTGCCAACTATTTCCATGTTCTGCGTCGGCAGAT 2652
Query 2518 ACACAGGGA-TTTCCGCAAGCCCCTTATAGTGATGTCTCCCAAAAACTTGCTTCGTCACA 2576
||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2653 ACACAGGGACTTTC-GCAAGCCTCTTATAGTGATGGCCCCCAAAAACTTGCTTCGTCACA 2711
Query 2577 AACAGTGTGTATCTAATCTCTCGGAATTCGATGATGTTAAAGGACATCCTGGTTTTGACA 2636
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2712 AACAGTGTGTATCTAATCTCTCGGAATTCGATGATGTTAAAGGACATCCTGGATTTGACA 2771
Query 2637 AGCAAGGAACTCGATTTAAACGGTTGATCAAAGATCAAAGTGGTCACTCTGATCTTGAAG 2696
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2772 AGCAAGGAACTCGATTTAAACGGTTGATCAAAGATCAAAGTGGCCACTCTGATCTTGAAG 2831
Query 2697 AAGGTATCAGACGTCTAGTCCTCTGCTCTGGGAAGGTCTACTATGAGCTTGACGAAGAGC 2756
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2832 AAGGTATCAGACGTCTAGTCCTCTGCTCTGGGAAGGTCTACTATGAGCTTGACGAAGAGC 2891
Query 2757 GAAAGAAGTCTGAAACAAACGATGTAGCCATTTGCAGAGTAGAGCAGCTTTGTCCATTCC 2816
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2892 GAAAGAAGTCTGAAACAAAGGATGTAGCCATTTGCAGAGTAGAGCAGCTTTGCCCATTTC 2951
Query 2817 CTTATGATCTCATTCAAAGAGAACTAAAGCGATATCCAAATGCAGAGATCGTGTGGTGTC 2876
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2952 CATATGATCTCATCCAAAGAGAACTAAAGCGATATCCAAATGCAGAGATCGTGTGGTGTC 3011
Query 2877 AAGAAGAGCCCATGAACATGGGAGGATACCAATACATAGCACTAAGGCTTTGTACCGCGA 2936
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 3012 AAGAAGAGCCGATGAACATGGGAGGATACCAATACATAGCCCTAAGGCTTTGCACCGCGA 3071
Query 2937 TGAAAGCACTGCAGAGAGGAAACTTCAACGACATAAAATACGTTGGTCGTCTTCCATCAG 2996
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3072 TGAAAGCACTGCAAAGAGGAAACTTCAACGACATCAAATACGTTGGTCGTCTTCCCTCAG 3131
Query 2997 CTGCTACAGCCACAGGATTTTACCAGCTTCATGTTAAGGAGCAGACTGATCTTGTGAAAA 3056
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3132 CTGCTACAGCCACAGGATTTTACCAGCTTCATGTTAAGGAGCAGACTGATCTTGTGAAGA 3191
Query 3057 AAGCTCTTCAACCTGACCCCATCACCCCCGTCATCCCTTAAATTGG-ACAGCTTGAGAGG 3115
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3192 AAGCTCTTCAACCTGACCCCATCACCCCCGTCATCCCTTAAAAAAACACAGCTTGAGAGG 3251
Query 3116 CTTGAGCCT 3124
|||||||||
Sbjct 3252 CTTGAGCCT 3260
Score = 178 bits (96), Expect = 3e-43
Identities = 104/108 (96%), Gaps = 0/108 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3140 TTTGGTTACCAAATAGTGTCACTGGAAAATAAACAGATGTTTGCTAGACTTACAAATTTA 3199
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3307 TTTGGTTACCAAAGAGTGTCACTGGAAAATAAACAGATGTTTGCTAGACTTACAAATTTA 3366
Query 3200 AGTTTATTCGGTTTGTTTGGTTTGTTATAGGATTTAATCAAGATTAAA 3247
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 3367 AGTTTATTCGATTTGTTTGGTTTGTTATAGGATTTAATCGAGATAAAA 3414
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 161537556460
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5