BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg496925
Length=2568
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G66750.1 | Symbols: DDM1, CHR01, CHR1, CHA1, SOM4, SOM1, ATD... 3988 0.0
> AT5G66750.1 | Symbols: DDM1, CHR01, CHR1, CHA1, SOM4, SOM1, ATDDM1
| chromatin remodeling 1 | chr5:26648951-26653073 FORWARD
LENGTH=2598
Length=2598
Score = 3988 bits (2159), Expect = 0.0
Identities = 2324/2405 (97%), Gaps = 6/2405 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTTGAATTTGCTCTCCAAAAGCGAC-G-GA-GACTGTTCAGCTCGGTGGTTTCTCCCGC 57
||||||||||||||| |||||||||| | || ||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 3 TTTTGAATTTGCTCT-CAAAAGCGACGGAGACGACTGTTTGGCTCGGTGATTTCTCCCGC 61
Query 58 CGTTTGGGTTTTTCTTACCGGAATTTCCTTCTCCTTCGATGGTTAGTCTGCGCTCCAAAA 117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 62 CGTTTGGGTTTTTCTTACCGGAATTTCCTTCTCCTTCGATGGTTAGTCTGCGCTCCAGAA 121
Query 118 AATTTATTCCGGCTTCGGAAATGGTCAGCGACGGGAAAACGGAGAAAGATGCGTCTGGTG 177
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 122 AAGTTATTCCGGCTTCGGAAATGGTCAGCGACGGGAAAACGGAGAAAGATGCGTCTGGTG 181
Query 178 ATTCACCCACTTCTGTTCTCAACGAAGAGGAAAACTGTGAGGAGAAAAGTGTTACTGTTG 237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 ATTCACCCACTTCTGTTCTCAACGAAGAGGAAAACTGTGAGGAGAAAAGTGTTACTGTTG 241
Query 238 TAGAGGAAGAGATACTTTTAGCCAAAAATGGAGATTCATCTCTTATTTCTGAAGCCATGG 297
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 242 TAGAGGAAGAGATACTTCTAGCCAAAAATGGAGATTCTTCTCTTATTTCTGAAGCCATGG 301
Query 298 CTCAGGAGGAAGAGAAGCTGCTCAAAATTCGGGAAGATGAAGAGAAAGCTAACAATGCTG 357
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 302 CTCAGGAGGAAGAGCAGCTGCTCAAACTTCGGGAAGATGAAGAGAAAGCTAACAATGCTG 361
Query 358 GATCTGCTGTTGCTCCTGATCTGAATGAAACTCAGTTTACTAAACTCGATGAGCTCTTGA 417
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 362 GATCTGCTGTTGCTCCTAATCTGAATGAAACTCAGTTTACTAAACTTGATGAGCTCTTGA 421
Query 418 CGCAAACTCAGCTCTACTCTGAGTTTCTCCTTGAGAAAATGGAGGATATCACCATTAATG 477
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 422 CGCAAACTCAGCTCTACTCTGAGTTTCTCCTTGAGAAAATGGAGGATATCACAATTAATG 481
Query 478 GGATAGAAGGTGAGAGCCAAAAAGCTGAGCCTGAGAAGACTGGTCGTGGACGCAAACGAA 537
|||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 482 GGATAGAAAGTGAGAGCCAAAAAGCTGAGCCCGAGAAGACTGGTCGTGGACGCAAAAGAA 541
Query 538 AGGCTGCTTCTCAGTACAACAATACTAAGGCTAAGAGAGCGGTTGCTGCTATGATTTCAA 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 AGGCTGCTTCTCAGTACAACAATACTAAGGCTAAGAGAGCGGTTGCTGCTATGATTTCAA 601
Query 598 GATCTAAAGAAGATGGTGACACCACCAACTCAGATCTGACAGAGGAAGAAAGAGTCATGA 657
||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 602 GATCTAAAGAAGATGGTGAGACCATCAACTCAGATCTGACAGAGGAAGAAACAGTCATCA 661
Query 658 AAGAGCAGGGTGAACTATGTCCTCTTCTCACTGGTGGACAGTTAAAGTCTTATCAGCTTA 717
|| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 AACTGCAGAATGAACTTTGTCCTCTTCTCACTGGTGGACAGTTAAAGTCTTATCAGCTTA 721
Query 718 AAGGTGTCAAATGGCTAATATCATTGTGGCAGAATGGTTTGAATGGAATCTTAGCTGATC 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 722 AAGGTGTCAAATGGCTAATATCATTGTGGCAGAATGGTTTGAATGGAATATTAGCTGATC 781
Query 778 AAATGGGACTTGGAAAGACAATTCAAACGATTGGTTTCTTATCACATCTGAAAGGAAATG 837
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 782 AAATGGGACTTGGAAAGACGATTCAAACGATCGGTTTCTTATCACATCTGAAAGGGAATG 841
Query 838 GGTTGGACGGTCCATATCTAGTCATAGCTCCACTGTCTACACTTTCAAATTGGTTCAATG 897
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 GGTTGGATGGTCCATATCTAGTCATTGCTCCACTGTCTACACTTTCAAATTGGTTCAATG 901
Query 898 AGATTGCTAGGTTCACGCCTTCCATCAATGCAATCATCTACCATGGGGATAAAAAACAAA 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 902 AGATTGCTAGGTTCACGCCTTCCATCAATGCAATCATCTACCATGGGGATAAAAATCAAA 961
Query 958 GGGATGAGCTCAGGAGGAAGCACATGCCCAAAACTGTTGGTCCGAAGTTCCCTATAGTTA 1017
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 962 GGGATGAGCTCAGGAGGAAGCACATGCCTAAAACTGTTGGTCCCAAGTTCCCTATAGTTA 1021
Query 1018 TTACTTCATATGAGGTTGCTATGAATGATGCTAAAAGAAATCTGCGGCACTATCCATGGA 1077
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 TTACTTCTTATGAGGTTGCCATGAATGATGCTAAAAGAATTCTGCGGCACTATCCATGGA 1081
Query 1078 AATATGTTGTTATTGATGAGGGCCACAGGTTGAAAAACCACAAGTGTAAATTGTTGAGGG 1137
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082 AATATGTTGTGATTGATGAGGGCCACAGGTTGAAAAACCACAAGTGTAAATTGTTGAGGG 1141
Query 1138 AACTAAAACACTTGAAGATGGATAACAAACTTCTGCTGACAGGAACACCTCTGCAAAATA 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142 AACTAAAACACTTGAAGATGGATAACAAACTTCTGCTGACAGGAACACCTCTGCAAAATA 1201
Query 1198 AT-TTGTCTGAGCTTTGGTCACTGTTGAATTTTATTCTGCCTGACATCTTTACATCGCAT 1256
|| || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1202 ATCTT-TCTGAGCTTTGGTCTTTGTTAAATTTTATTCTGCCTGACATCTTTACATCACAT 1260
Query 1257 GATGAATTTGAATCATGGTTTGATTTTTCTgaaaagaacaaaaacgaagcaaccaaggaa 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GATGAATTTGAATCATGGTTTGATTTTTCTGAAAAGAACAAAAACGAAGCAACCAAGGAA 1320
Query 1317 gaagaagagaaaagaagaGCTCAAGTTGTTTCCAAACTTCATGGTATACTACGACCATTC 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GAAGAAGAGAAAAGAAGAGCTCAAGTTGTTTCCAAACTTCATGGTATACTACGACCATTC 1380
Query 1377 ATCCTTCGAAGAATGAAATGTGATGTTGAGCTCTCGCTTCCGCGGAAAAAGGAGATTATA 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1381 ATCCTTCGAAGAATGAAATGTGATGTTGAGCTCTCACTTCCACGGAAAAAGGAGATTATA 1440
Query 1437 ATGTATGCTACAATGACTGATCATCAGAAAAAGTTCCAGGAACATCTCGTGAATCACACG 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 1441 ATGTATGCTACAATGACTGATCATCAGAAAAAGTTCCAGGAACATCTGGTGAATAACACG 1500
Query 1497 TTGGAAGCACATCTTGGAGAGAATGCTATCCGAGGTCAAGGCTGGAAGGGAAAGCTTAAC 1556
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TTGGAAGCACATCTTGGAGAGAATGCCATCCGAGGTCAAGGCTGGAAGGGAAAGCTTAAC 1560
Query 1557 AACCTGATGGTTCAACTTCGGAAGAACTGCAACCATCCTGACCTTCTCCAGGGGCAAATA 1616
|||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 AACCTGGTCATTCAACTTCGAAAGAACTGCAACCATCCTGACCTTCTCCAGGGGCAAATA 1620
Query 1617 GATGGTTCATATCTCTACCCTCCTGTTGAAGAAATTGTTGGACAGTGTGGTAAATTCCGC 1676
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GATGGTTCATATCTCTACCCTCCTGTTGAAGAGATTGTTGGACAGTGTGGTAAATTCCGC 1680
Query 1677 TTATTGGAGAGATTACTTGTTCGGTTATTTGCCAATAATCACAAAGTCCTAATCTTCTCC 1736
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1681 TTATTGGAGAGATTACTTGTTCGGTTATTTGCCAATAATCACAAAGTCCTTATCTTCTCC 1740
Query 1737 CAATGGACGAAACTCTTGGACATAATGGATTACTACTTCAGTGAGAAGGGGTTTGAGGTT 1796
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 CAATGGACGAAACTTTTGGACATTATGGATTACTACTTCAGTGAGAAGGGGTTTGAGGTT 1800
Query 1797 TGCAGAATCGATGGCAATGTGAAGCTGGATGAAAGGAGAAGACAGATCAAAGATTTCAGT 1856
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1801 TGCAGAATCGATGGCAGTGTGAAGCTGGATGAAAGGAGAAGACAGATTAAAGATTTCAGT 1860
Query 1857 GATGAGAAGAGCAGCTGTAGTATCTTTCTCCTCAGTACCAGAGCTGGAGGACTCGGAATC 1916
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 GATGAGAAGAGCAGCTGTAGTATATTTCTCCTGAGTACCAGAGCTGGAGGACTCGGAATC 1920
Query 1917 AATCTTACTGCTGCTGATACATGCATCCTCTACGACAGCGACTGGAACCCTCAAATGGAC 1976
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 AATCTTACTGCTGCTGATACATGCATCCTCTATGACAGCGACTGGAACCCTCAAATGGAC 1980
Query 1977 TTGCAAGCCATGGACAGATGCCACAGAATCGGGCAGACGAAACCTGTTCATGTTTATAGG 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 TTGCAAGCCATGGACAGATGCCACAGAATCGGGCAGACGAAACCTGTTCATGTTTATAGG 2040
Query 2037 CTTTCAACGGCTCAGTCGGTAGAGACCCGGGTTCTGAAACGAGCGTACAGCAAGCTCAAG 2096
||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2041 CTTTCCACGGCTCAGTCGATAGAGACCCGGGTTCTGAAACGAGCGTACAGTAAGCTCAAG 2100
Query 2097 CTGGAACATGTGGTTATTGGCAAAGGGCAGTTTCATCAAGAACGTGCCAAGTCTTCAACA 2156
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 CTGGAACATGTGGTTATTGGCCAAGGGCAGTTTCATCAAGAACGTGCCAAGTCTTCAACA 2160
Query 2157 CCTCTAGAGGAAGAGGACATATTGGCGTTGCTTAAGGAAGATGAAACTGCTGAAGATAAA 2216
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 CCTTTAGAGGAAGAGGACATACTGGCGTTGCTTAAGGAAGATGAAACTGCTGAAGATAAG 2220
Query 2217 CTGATACAAACCGATATAAGCGATGAGGATCTGGACAGGTTGCTTGACCGGAGTGACCTG 2276
|||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2221 TTGATACAAACCGATATAAGCGATGCGGATCTTGACAGGTTACTTGACCGGAGTGACCTG 2280
Query 2277 ACAGTTACTGCAACGGGGGAGACACAAGCTGATGAAGCTTTTCCAGTGAAGGGTCCAGGT 2336
||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 ACAATTACTGCACCGGGAGAGACACAAGCTGCTGAAGCTTTTCCAGTGAAGGGTCCAGGT 2340
Query 2337 TGGGAAGTGGTCCTGCCTAGTTCGGGAGGAATGCTGTCTTCCCTGAACAGTTAGGACCCA 2396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2341 TGGGAAGTGGTCCTGCCTAGTTCGGGAGGAATGCTGTCTTCCCTGAACAGTTAGGACACA 2400
Query 2397 TTAAt 2401
|||||
Sbjct 2401 TTAAT 2405
Score = 252 bits (136), Expect = 1e-65
Identities = 158/168 (94%), Gaps = 4/168 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2401 ttttttctttttttCCGGAACATGACTCGGTTACTTTTGGCTGGAAGGATTTGATTATTA 2460
|||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 2435 TTTTTTTTTTTTTTCCGGAACATGA-TCGGTTACTTTTGGCTGGGAGGATTTAATTATTA 2493
Query 2461 GAGGGATCGGAAGTTTTTGTAAGTTAAAGAACTCACTTAATAAAACCCTGAAAACATGAG 2520
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 2494 GAGGGCTCGGAAGTTTTTGTAAGTTAAAGAACTCAC-T--TAAAACCCTGAAAACATGAC 2550
Query 2521 AGTTAATGGTGAATAGCTCTCAATGTGATGAAAACAATTGGCCCTCTG 2568
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2551 AGTTAATGGTGATTAGCTCTCAATGTGATGAAAACAATTGGCCCTCTG 2598
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127474202163
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5