BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg497128
Length=3467
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G12750.1 | Symbols: | Homeodomain-like transcriptional regu... 3190 0.0
> AT4G12750.1 | Symbols: | Homeodomain-like transcriptional regulator
| chr4:7497814-7504716 REVERSE LENGTH=3902
Length=3902
Score = 3190 bits (1727), Expect = 0.0
Identities = 1898/1983 (96%), Gaps = 2/1983 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1395 ACTCATGAAAAAGTATGGTCTTCGTCTTGGAACGTTAAAGGGTGAATTATTTAGAATGCT 1454
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 ACTCATGAAAAAGTATGGCCTTCGTCTTGGAACGTTAAAGGGTGAATTATTTAGAATGCT 1858
Query 1455 TAACGAGAAAGGCAATAATGGCTTGAAAATATCCGAGTTAGCCAATGCTCCAGAGGTTGC 1514
||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1859 TAATGGGCAAGGCAATAATGGCTTGAAAATATCCGAGTTAGCCGATGCTCCAGAGGTTGC 1918
Query 1515 TGTGCTGAGTCTTGCAACTGCACCAGAAGAACGAGAGAATTCAATATGTTCAACTCTAGC 1574
|||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 TGTGCTAAATCTTGCAACTGTACCAGAAGAACGAGAGAATTCAATATGTTCAACTCTAGC 1978
Query 1575 AAGTGATATTACATTATTCGAAAAGATATCAGAATCAGCATATCGTGTACGTGTTAATTG 1634
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 AAGTGATATTACATTATTCGAAAAGATATCAGAATCAACGTATCGTGTACGTGTTAATTG 2038
Query 1635 TTTCTCTGAGGACCCTGACAAGAGCCAGTCTGATTCTGACAACTCTGGGAGTGTTGATGA 1694
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 2039 TTTCTCTGAGGACCCTGACAAGAGCCAGTCTGATTCGGACGACTCCGGGAGTGTTGATGA 2098
Query 1695 TGAATCTGATGATTGCTCAATTAGTTCTGGTGATGAAATTGAACATGTTTCAGAAAATCC 1754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 TGAATCTGATGATTGCTCAATTAGTTCTGGTGATGAAATTGAACATGTTTCAGAAAATCC 2158
Query 1755 TGCACTTCGAAAAGTGAAGTGTAGGAAAAGGCGGAAGCTTAAAAGTAAAACGCAGGAAGT 1814
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||
Sbjct 2159 TGCACTTCGAAAAGTTAAGTGTAGGAAAAGGCGGAAGCATAAAAGTAAAATGCGGGAAGT 2218
Query 1815 ATGTAGTGAGATTGATGAAAGCCATCCCGGAGAACCATGGCTGTTGGGGCTAATGGAAGG 1874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 ATGTAGTGAGATTGATGAAAGCCATCCCGGAGAACCATGGCTGTTGGGGCTAATGGAAGG 2278
Query 1875 GGAATATTCAGACCTAAGCGTTGAAGAGAAGTTAGATGTTTTTGTGGCTTTGATTGATCT 1934
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 CGAATATTCAGACCTAAGCGTTGAAGAGAAGTTAGATGTTTTTGTGGCTTTGATTGATCT 2338
Query 1935 TCTTAGTTCTGGTTCCACTATCAGAATGGAGGATCTACCGAGAACTATGGTTGACTGTGC 1994
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||
Sbjct 2339 TCTTAGTTCTGGTTCCACTATCAGAATGGAGGATCTACCGAGAGCTGTGGCTGACTGTGC 2398
Query 1995 CCCTAGTATCTATAGTCATGGTTTTGGTGGAAAAATTAAGAGATCCTCCTCTAATCAGTA 2054
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2399 CCCTAGTATCTATAGTCATGGTTCTGGTGGAAAAATTAAGCGATCCTCCTCTAATCAGTA 2458
Query 2055 CAGCTATCCACGTGGATCATGGGTCCATGGAGGAGAGCTTCATGGAATGAAAGCGCTATC 2114
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||
Sbjct 2459 CAGCTATCCACGTGGATCATGGGTCCATGGAGGAGAGCTTTATGGAATAAAAGCACTATC 2518
Query 2115 TAAATCGTCTGATCCTCATCCAGTTGATTCTTCATCAATTGTGGTTGCCTTTGCAAAGCT 2174
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2519 TAAATCGTCTGATTCTCATCCAGTTGATTCTTCATCAATTGTGGGGGCATTTGCAAAGCT 2578
Query 2175 GCCTGGAGATAAAGCTAATAATATTCACCCTATGCAATCTGTGTACCTTGGGTCTGATCG 2234
| ||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2579 GGCTGGAAATAGAGCGAATAATGTTCACCCTATGCAATCTGTGTACCTTGGTTCTGATCG 2638
Query 2235 TAGGTTCAACAGGTACTGGCTTTTCTTAGGCCCATGCAATGCAAATGACCCTGGTCATAG 2294
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 AAGGTTCAACAGGTACTGGCTTTTCTTAGGCACATGCAATGCAAATGACCCTGGTCATAG 2698
Query 2295 GTGTGTGTTCTTTGAATCTTCTGAAGATGGTCATTGGGAAGTTATCAACAACAAGGAGGC 2354
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 GTGTGTGTTCTTTGAATCTTCTGAAGATGGTCATTGGGAAGTTATCAACAACAAGGAGGC 2758
Query 2355 TTTGCGGACACTATTGTCAGTTTTGGACGATAGGGGCACACGTGAAGCTCGTCTTATTGA 2414
||||||| | || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 2759 TTTGCGGGCGCTGTTGTCAGTTTTGGACGATAGGGGCAGACGGGAAGCTCGTCTTATTGA 2818
Query 2415 GTCGTTGGAGAAACGAGAAAGTTTTCTTTGTCAAGCCATGTTGAGTAGACAGGTGACCCA 2474
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2819 GTCGTTGGAGAAACGAGAAAGTTTTCTTTGTCAAGCCATGCTGAGTAGACAGGTGACCCA 2878
Query 2475 GTCGGAGACAGCCTATTTCCCAGACATAGTCAGAGAGGACAGTTCTTCACCTGTTTCTGA 2534
||||||||||||| ||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 GTCGGAGACAGCCCATTTCACAGATATAGTTAGAGAGGACAGTTCTTCACCTGTTTCTGA 2938
Query 2535 TATAGACAACAACCTATGTCTTAGTGAAATTGCCAATGATCAATTCTCCTCGCAACATGC 2594
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2939 TATAGACAACAACCTATGTCTGAATGAAATTGCCAATGATCAATTCTCCTCGCAACATGC 2998
Query 2595 GGCAATAGTATTTGAGATTGGAAGTAAGCGGGAGAAAAGCCTATTGTGGAGCCTTCTTCA 2654
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 2999 GGCTATAGTATTTGAGATTGGAAGTAAGCGGGAGAAAAGCTTATTGTGGAGCCTTATTCA 3058
Query 2655 GGAATTTGATGAATGGATATGGGCTAATTTTAATTTTAATCTCAATGCTGTTAAACACCG 2714
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3059 GGAATTTGATGATTGGATATGGGCAAATTTTAATTTTAATCTCAATTCTGTTAAACACCG 3118
Query 2715 CCGAAGATCCTACCTTGATTCACTCACTAGGTGTAAGAGTTGCCATGATTTGTATTGGAG 2774
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3119 CCGAAGATCCTACCTTGATTCACTTACTAGGTGTAAGAGTTGCCATGATTTGTATTGGAG 3178
Query 2775 AGATGAGAAGCACTGTAAGATTTGCCATGCCACGTTTGAGGTTGATATAGATCTTGAAGA 2834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3179 AGATGAGAAGCACTGTAAGATTTGCCATGCCACGTTTGAGGTTGATATAGATCTTGAAGA 3238
Query 2835 AAGATATGCGATTCATACAGCCACATGTA-GTAGGAAAGAAGAGTGTGATACTTTTCCGG 2893
|||||||||||||||| | |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3239 AAGATATGCGATTCATGCGGCCACATGTATG-AGGAAAGAAGAGTGTGATACATTTCCGG 3297
Query 2894 ATCATAAAGTTCTATCTTCCCAGTTGCAATCACTAAAGGCTGCAGTATATGCCATTGAGT 2953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3298 ATCATAAAGTTCTATCTTCCCAGTTGCAATCACTAAAAGCTGCAGTATATGCCATTGAGT 3357
Query 2954 CTGCTATGCCTGAAGATGCCTTGATTGGTGCATGGAGAAAGTCAGCTCATAGGTTATGGG 3013
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3358 CTGCTATGCCTGAAGATGCCTTGATTGGTGCATGGAGAAAGTCAGCTCATAGGTTATGGG 3417
Query 3014 CCAAAAGACTTAGGCGAAGCTCAACTGTGTCTGAAATTATGCAGGTGATTGGTGACTTTG 3073
| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 3418 CGAAAAGACTTCGGCGAAGCTCATCTGTGTCTGAAATTACGCAGGTGATTGGCGACTTTG 3477
Query 3074 TTGGGGCAATCAATGAAGATTGGCTATGGCACTCTAGTGATCAAGGGCAGACTTTAATGG 3133
||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3478 TTGGGGCAATCAATGAAGAATGGCTATGGCACTGTAGTGATCAAGGGCAGACTTTAATGG 3537
Query 3134 GAGAAATCATATGTTGCTTCCCTTCAATGCCTCAAACAACTTCTGCGATTGCTCTCTGGC 3193
||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3538 GAGAAATCATAAATTGCTTCCCTTCGATGCCTCAAACAACTTCTGCGATTGCTCTCTGGT 3597
Query 3194 TGGTAAAATTGGATACATTAATTGCTCCCTATGTGGAAAAAGCTCAACCTGAAAGGAATC 3253
|||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 3598 TGGTAAAATTGGATACCTTGATTGCTCCCTATGTCGAAAAAGCTCCACCTGAAAGGGATC 3657
Query 3254 AACCGTTGTGCAGGACCAGAAATACAAGTAGGCGAGCGTCTAAGCGGTAGTTGTAGCTCT 3313
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3658 AACCGTTGTGCAGGACCAGAAATACAAGTAGACGAGCGTCTAAGCGGTAGTTGTAGCTAT 3717
Query 3314 CATCTGGACATCAAGGACAGCGATAGAATAGAGGAGGAAGATTGTATAGAGGAAGAATGT 3373
||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3718 TATCTGGACATCAAGGACGGCGATAGAATAGGGGAAGAAGATTGTATAGAGGAAGAATGT 3777
Query 3374 TTA 3376
|||
Sbjct 3778 TTA 3780
Score = 1572 bits (851), Expect = 0.0
Identities = 985/1045 (94%), Gaps = 27/1045 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGGACTTGGGAAAGTCTTTAGGGTTAACACTGAAGGAAGTACGTGGATGGTTCAAG 60
|||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 390 ATGGAGGACTTGGGGAAGTCTTTAGGGTTAACATTGAAGGAAGTACGTGGATGGTTCAAG 449
Query 61 AGAAGAAGGACTAGAGGGAAAGGTGTAAAATCCTTGGCGAATGATGGGTTGGGAGCAAAG 120
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 450 AGAAGAAGGAGTAGAGGGAAAGGTGTAAAATCCATGGCGAATGATGGGTTGGGAGCAAAG 509
Query 121 AATCCTCAGTCATACGATAGATCCATCATGAGGAGTTCCACATCTTCTAGATGCGTTGGA 180
|||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 510 AATCCTCAGTTATACGATAGATCCCTCATGAGGAGTTCCACATCTTCCAGATGCGTTGGA 569
Query 181 GCAGCTTTTGAGGAAAGATGTAGTGTGGGAACAAGGAAGGCCACTTGTC-AAACGTTGTT 239
| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||
Sbjct 570 GTAGCTGTTGAGGAAAGATGTATTGTGGGAACAAGGAAGGCCAGTTGTCAAAAC-TTGTT 628
Query 240 GCCTTCATCACACATTTTGGCT-AAGATTTTTCGAAAGGATGGTCCATCGCTTGGTTTTG 298
|||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 629 GCCTTCATCACACATTTTGGCTAAAG-TTTTTCGAAAGGATGGTCCATCGCTTGGTTCTG 687
Query 299 AATTTGATCATCTCCGGTCTGGAGCTCGCAAAGCTTCTTGGCTGGGCACTTCATCTGTCG 358
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 688 AATTTGATCATCTCCCGTCTGGAGCTCGCAAAGCTTCTTGGCTGGGCACTTCTTCTGTCG 747
Query 359 ATCAACAGAAACAGAAAGTGGCAAGAAAGAGAAAGATTTCTGAGCTGATGGAT-AGTACC 417
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 748 GTCAACAGAAACAGAAAGTGGCAAGAAAAAGAAAGATTTCTGAGCTGATGGATCA-TACC 806
Query 418 AGTCAGGATTGCATTAAAGAGAATGCTACTGTGATGAAACATGGTATTGGAAAGGGTTTG 477
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 807 AGTCAGGATTGCATTCAAGAGAATGCTACTGTGATGAAACATGGTATTGGAAAGGGTTTG 866
Query 478 ATGACAGTATGGCGGGTAATGAATCCAAACAGGAGAGATGTATCTCCTTGCGTTGATTTA 537
||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 867 ATGACTGTATGGCGTGTAATGAATCCAAACAGGAGGGATGTATCTCCTTGCGTTGATTTA 926
Query 538 TTAGATGAAAGAGCTACATTACCTCAAAGCTCAGCACGTAATCCCCCACATCAAAAGAAA 597
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 927 TTGGATGAAAGAGCTACATTACCTCAAAGCTCAGCACGTAATCCCCCACATCAAAAGAAA 986
Query 598 AAGCAAAGACAATTAGCATCAATACTGAAGCAGAAACTGTTGCAGAAGAGGTCGACAGAA 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 987 AAGCAAAGACAATTAGCATCAATACTGAAGCAGAAACTGTTGCAGAAGAGGTCGACAGAA 1046
Query 658 AAGAAGAGGCGTTCTATAAATAGAGAGGCGGAATTAAACAAAGATGAAACTCAAAGGGAA 717
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1047 AAGAAGAGGCGTTCTATACATAGAGAGGCGGAATTAAACAAAGATGAAACTCAGAGAGAA 1106
Query 718 TTTAAAGAAAACTGTGAGCTTGCCGCGGACGGGGAGGTATTTAAAGAAACCTGCCAAACA 777
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1107 TTTAAAGAAAACTGTGAGCTTGCCGCGGACGGGGAGGTATTTAAAGAAACCTGCCAGACA 1166
Query 778 ATTTCGACACTAGTGGATGACGAGGAATTAGAGATGCGTGAGCGACAGGAGCGAGGAAAT 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1167 ATTTCGACACTAGTGGATGACGAGGAATTAGAGATGCGTGAGCGACATGAGCGAGGAAAT 1226
Query 838 CCGTTGACATGTTCATGCCATCATCCTAGTATTGGATCTCATGGTTGTTTTCTTTGCAAA 897
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1227 CCGTTGACATGTTCATGCCATCATCCTAGTAGTGGATCTCATGGTTGTTTTCTTTGCAAA 1286
Query 898 GGT---G---t----t--t-t-----tt-tGT-T-GTTTCTAGATTTATTACCCAAGTTT 936
||| | | | | | || | | | ||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 1287 GGTATTGCCATGCGGTCCTCTGACAGTTCTTTATTGTTTCCAGATTTATTGCCCAAGTTT 1346
Query 937 CCCCCAAATTCTGTTCAGATGAGGGTGCCTTTTGGTTTGCATCCATGGAATTCTTCTCCA 996
|||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1347 CCCCCAAACTCTGTTCAGATGAGGATGCCTTTTGGTTTGCATCCATGGAATTCTTCTCCA 1406
Query 997 GAGTCTGTGAAGAAACTGTTTAAGG 1021
|||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1407 GAGTCTGTTAAGAAACTGTTTAAGG 1431
Score = 473 bits (256), Expect = 4e-132
Identities = 270/277 (97%), Gaps = 0/277 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1017 TAAGGATTCCTTGCTCCTTGGTAAAATTCATCTTTCCCTGCTGAAGCTGCTTTTGCTTGA 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1514 TAAGGATTCCTTGCTCCTTGGTAAAATTCATCTTTCCCTGCTGAAGCTGCTTTTGCTTGA 1573
Query 1077 TGTTGAAACCGAGCTGCAAAGGGGATCTTTTTCAAACTTGAGTATATCATGCAAGTTTCT 1136
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1574 TGTTGAAACCGAGCTGGAAAGGGGATCTTTTTCAAACTTGAGTATATCATGCAAGTTTCT 1633
Query 1137 AGCCCTGCTTCAGTCGGTTGAGAGCCAAATTCTTATTCTTGATATGTGGAGGGATTCATT 1196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1634 AGCCCTGCTTCAGTCGGTTGAGAGCCAAATTCTTATTCTTGATATGTGGAGAAATTCATT 1693
Query 1197 AAATTCTCTTACATGGACGGAAATATTGCGGCAGATATTGGTTGCCGCTGGTTATGGTTC 1256
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1694 AAATTCTCTTACATGGACGGAACTATTGCGGCAGATATTGGTTGCCGCTGGTTATGGTTC 1753
Query 1257 AGTGAAGTGTGCTGTTCAATCAGAAGATTTAAGTAAG 1293
| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1754 ATTGAAGTGTGCTGTTCAATCAGAAGAACTAAGTAAG 1790
Score = 143 bits (77), Expect = 1e-32
Identities = 88/93 (95%), Gaps = 2/93 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 3376 ATTGGAAAATTCTACAATCCAAGTGAC-TTGAGATAATATGTACAGACATTTTAGATAGT 3434
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3811 ATTGGAAAATTCTACAATCCAAGTGACTTTGAGATAATATGTACAGACAATTTAGATAGT 3870
Query 3435 AGCAGGGATCCACATTCAGTTTTGAGTTTGATT 3467
|||| ||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3871 AGCATGGATC-ACATTCAGTTTTGGGTTTGATT 3902
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 172574283920
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5