BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg497141
Length=1323
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG01250.1 | Symbols: NDHB.2 | NADH-Ubiquinone/plastoquinone (... 929 0.0
ATCG00890.1 | Symbols: NDHB.1 | NADH-Ubiquinone/plastoquinone (... 929 0.0
AT1G21945.1 | Symbols: | transposable element gene | chr1:7717... 84.2 3e-15
> ATCG01250.1 | Symbols: NDHB.2 | NADH-Ubiquinone/plastoquinone
(complex I) protein | chrC:141854-143708 FORWARD LENGTH=1170
Length=1170
Score = 929 bits (503), Expect = 0.0
Identities = 505/506 (99%), Gaps = 0/506 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 635 TCGTTGCTTTTCTTTCTGTTACTTCGAAAGTAGCTGCTTCAGCTTCAGCCACTCGAATTT 694
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Sbjct 422 TCGTTGCTTTTCTTTCTGTTACTTCGAAAGTAGCTGCTTCAGCTTCAGCCACTCGAATTT 481
Query 695 TCGATATTCCTTTTTATTTCTCATCAAATGAATGGCATCTTCTTCTGGAAATCCTAGCTA 754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 482 TCGATATTCCTTTTTATTTCTCATCAAATGAATGGCATCTTCTTCTGGAAATCCTAGCTA 541
Query 755 TTCTTAGCATGATATTGGGGAATCTCATTGCTATTACTCAAACAAGCATGAAACGTATGC 814
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Sbjct 542 TTCTTAGCATGATATTCGGGAATCTCATTGCTATTACTCAAACAAGCATGAAACGTATGC 601
Query 815 TTGCATATTCGTCCATAGGTCAAATCGGATATGTAATTATTGGAATAATTGTTGGAGACT 874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 TTGCATATTCGTCCATAGGTCAAATCGGATATGTAATTATTGGAATAATTGTTGGAGACT 661
Query 875 CAAATGGTGGATATGCGAGCATGATAACTTATATGCTGTTCTATATCGCCATGAATCTAG 934
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 CAAATGGTGGATATGCGAGCATGATAACTTATATGCTGTTCTATATCGCCATGAATCTAG 721
Query 935 GAACTTTTGCTTGCATTATATTATTTGGTCTACGTACCGGAACTGATAACATTCGAGATT 994
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 GAACTTTTGCTTGCATTATATTATTTGGTCTACGTACCGGAACTGATAACATTCGAGATT 781
Query 995 ATGCAGGATTATACACAAAAGATCCTTTTTTGGCTCTCTCTTTAGCTCTATGTCTCTTAT 1054
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 ATGCAGGATTATACACAAAAGATCCTTTTTTGGCTCTCTCTTTAGCTCTATGTCTCTTAT 841
Query 1055 CCCTAGGAGGTCTTCCTCCACTAGCAGGtttttttGGAAAACTCCATTTATTCTGGTGTG 1114
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 CCCTAGGAGGTCTTCCTCCACTAGCAGGTTTTTTTGGAAAACTCCATTTATTCTGGTGTG 901
Query 1115 GATGGCAGGCAGGCCTATATTTCTTG 1140
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 GATGGCAGGCAGGCCTATATTTCTTG 927
Score = 749 bits (405), Expect = 0.0
Identities = 407/408 (99%), Gaps = 0/408 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTATAACAGAGTTTCTGTTATTCATATTAACAGCTACTCTAGGAGGAATGTTTTTA 60
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Sbjct 1 ATGGCTATAACAGAGTTTCTGTTATTCATATTAACAGCTACTCTAGGAGGAATGTTTTTA 60
Query 61 TGTGGTGCTAACGATTTAATAACTATCTTTGTAGCTCCAGAATGTTTCAGTTTATGCTCC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TGTGGTGCTAACGATTTAATAACTATCTTTGTAGCTCCAGAATGTTTCAGTTTATGCTCC 120
Query 121 TACCTATTATCTGGATATACCAAGAAAGATGTACGATCTAATGAGGCTACTATGAAATAT 180
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Sbjct 121 TACCTATTATCTGGATATACCAAGAAAGATATACGATCTAATGAGGCTACTATGAAATAT 180
Query 181 TTACTCATGGGTGGGGCAAGCTCTTCTATTCTGGTTCATGGTTTCTCTTGGCTATATGGT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTACTCATGGGTGGGGCAAGCTCTTCTATTCTGGTTCATGGTTTCTCTTGGCTATATGGT 240
Query 241 TCATCCGGGGGAGAGATTGAGCTTCAAGAAATAGTGAATGGTCTTATCAATACACAAATG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCATCCGGGGGAGAGATTGAGCTTCAAGAAATAGTGAATGGTCTTATCAATACACAAATG 300
Query 301 TATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATCACTGTAGGAATTGGGTTCAAG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATCACTGTAGGAATTGGGTTCAAG 360
Query 361 CTTTCCCTAGCCCCTTCTCATCAATGGACTCCTGACGTATACGAAGGA 408
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTTTCCCTAGCCCCTTCTCATCAATGGACTCCTGACGTATACGAAGGA 408
Score = 318 bits (172), Expect = 7e-86
Identities = 180/184 (98%), Gaps = 0/184 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1140 GTTATTAATGACTGGACGAAACCAAGAAATAACCCCTCACGTGCGAAATTATAGAATATC 1199
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Sbjct 987 GTTATTAATGACTGGACGAAACCAAGAAATAACCCCTCACATGCGAAATTATAGAATATC 1046
Query 1200 CCCTTTAAGATCAAACAATTCCATCGAATTGAGTATGATTGTATGTGTGATAGCATCTAC 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1047 CCCTTTAAGATCAAACAATTCCATCGAATTGAGTATGATTGTATGTGTGATAGCATCTAC 1106
Query 1260 TATACCATTAATATCAATGAACCCGATTATTGCGATTGCTCAGGATACCCTTTTTACCTT 1319
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1107 TATACCAGGAATATCAATGAACCCGATTATTGCGATTGCTCAGGATACCCTTTTTAGCTT 1166
Query 1320 CTAG 1323
||||
Sbjct 1167 CTAG 1170
> ATCG00890.1 | Symbols: NDHB.1 | NADH-Ubiquinone/plastoquinone
(complex I) protein | chrC:94941-96795 REVERSE LENGTH=1170
Length=1170
Score = 929 bits (503), Expect = 0.0
Identities = 505/506 (99%), Gaps = 0/506 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 635 TCGTTGCTTTTCTTTCTGTTACTTCGAAAGTAGCTGCTTCAGCTTCAGCCACTCGAATTT 694
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Sbjct 422 TCGTTGCTTTTCTTTCTGTTACTTCGAAAGTAGCTGCTTCAGCTTCAGCCACTCGAATTT 481
Query 695 TCGATATTCCTTTTTATTTCTCATCAAATGAATGGCATCTTCTTCTGGAAATCCTAGCTA 754
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Sbjct 482 TCGATATTCCTTTTTATTTCTCATCAAATGAATGGCATCTTCTTCTGGAAATCCTAGCTA 541
Query 755 TTCTTAGCATGATATTGGGGAATCTCATTGCTATTACTCAAACAAGCATGAAACGTATGC 814
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Sbjct 542 TTCTTAGCATGATATTCGGGAATCTCATTGCTATTACTCAAACAAGCATGAAACGTATGC 601
Query 815 TTGCATATTCGTCCATAGGTCAAATCGGATATGTAATTATTGGAATAATTGTTGGAGACT 874
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Sbjct 602 TTGCATATTCGTCCATAGGTCAAATCGGATATGTAATTATTGGAATAATTGTTGGAGACT 661
Query 875 CAAATGGTGGATATGCGAGCATGATAACTTATATGCTGTTCTATATCGCCATGAATCTAG 934
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Sbjct 662 CAAATGGTGGATATGCGAGCATGATAACTTATATGCTGTTCTATATCGCCATGAATCTAG 721
Query 935 GAACTTTTGCTTGCATTATATTATTTGGTCTACGTACCGGAACTGATAACATTCGAGATT 994
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Sbjct 722 GAACTTTTGCTTGCATTATATTATTTGGTCTACGTACCGGAACTGATAACATTCGAGATT 781
Query 995 ATGCAGGATTATACACAAAAGATCCTTTTTTGGCTCTCTCTTTAGCTCTATGTCTCTTAT 1054
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Sbjct 782 ATGCAGGATTATACACAAAAGATCCTTTTTTGGCTCTCTCTTTAGCTCTATGTCTCTTAT 841
Query 1055 CCCTAGGAGGTCTTCCTCCACTAGCAGGtttttttGGAAAACTCCATTTATTCTGGTGTG 1114
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Sbjct 842 CCCTAGGAGGTCTTCCTCCACTAGCAGGTTTTTTTGGAAAACTCCATTTATTCTGGTGTG 901
Query 1115 GATGGCAGGCAGGCCTATATTTCTTG 1140
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Sbjct 902 GATGGCAGGCAGGCCTATATTTCTTG 927
Score = 749 bits (405), Expect = 0.0
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Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTATAACAGAGTTTCTGTTATTCATATTAACAGCTACTCTAGGAGGAATGTTTTTA 60
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Sbjct 1 ATGGCTATAACAGAGTTTCTGTTATTCATATTAACAGCTACTCTAGGAGGAATGTTTTTA 60
Query 61 TGTGGTGCTAACGATTTAATAACTATCTTTGTAGCTCCAGAATGTTTCAGTTTATGCTCC 120
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Sbjct 61 TGTGGTGCTAACGATTTAATAACTATCTTTGTAGCTCCAGAATGTTTCAGTTTATGCTCC 120
Query 121 TACCTATTATCTGGATATACCAAGAAAGATGTACGATCTAATGAGGCTACTATGAAATAT 180
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Sbjct 121 TACCTATTATCTGGATATACCAAGAAAGATATACGATCTAATGAGGCTACTATGAAATAT 180
Query 181 TTACTCATGGGTGGGGCAAGCTCTTCTATTCTGGTTCATGGTTTCTCTTGGCTATATGGT 240
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Sbjct 181 TTACTCATGGGTGGGGCAAGCTCTTCTATTCTGGTTCATGGTTTCTCTTGGCTATATGGT 240
Query 241 TCATCCGGGGGAGAGATTGAGCTTCAAGAAATAGTGAATGGTCTTATCAATACACAAATG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCATCCGGGGGAGAGATTGAGCTTCAAGAAATAGTGAATGGTCTTATCAATACACAAATG 300
Query 301 TATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATCACTGTAGGAATTGGGTTCAAG 360
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Sbjct 301 TATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATCACTGTAGGAATTGGGTTCAAG 360
Query 361 CTTTCCCTAGCCCCTTCTCATCAATGGACTCCTGACGTATACGAAGGA 408
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Sbjct 361 CTTTCCCTAGCCCCTTCTCATCAATGGACTCCTGACGTATACGAAGGA 408
Score = 318 bits (172), Expect = 7e-86
Identities = 180/184 (98%), Gaps = 0/184 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1140 GTTATTAATGACTGGACGAAACCAAGAAATAACCCCTCACGTGCGAAATTATAGAATATC 1199
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Sbjct 987 GTTATTAATGACTGGACGAAACCAAGAAATAACCCCTCACATGCGAAATTATAGAATATC 1046
Query 1200 CCCTTTAAGATCAAACAATTCCATCGAATTGAGTATGATTGTATGTGTGATAGCATCTAC 1259
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Sbjct 1047 CCCTTTAAGATCAAACAATTCCATCGAATTGAGTATGATTGTATGTGTGATAGCATCTAC 1106
Query 1260 TATACCATTAATATCAATGAACCCGATTATTGCGATTGCTCAGGATACCCTTTTTACCTT 1319
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Sbjct 1107 TATACCAGGAATATCAATGAACCCGATTATTGCGATTGCTCAGGATACCCTTTTTAGCTT 1166
Query 1320 CTAG 1323
||||
Sbjct 1167 CTAG 1170
> AT1G21945.1 | Symbols: | transposable element gene | chr1:7717826-7722120
FORWARD LENGTH=4295
Length=4295
Score = 84.2 bits (45), Expect = 3e-15
Identities = 45/45 (100%), Gaps = 0/45 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 295 CAAATGTATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATC 339
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Sbjct 1655 CAAATGTATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATC 1699
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65110106865
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5