BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg497210
Length=2529
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G23020.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3873 0.0
> AT3G23020.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr3:8177215-8179743 REVERSE LENGTH=2529
Length=2529
Score = 3873 bits (2097), Expect = 0.0
Identities = 2393/2537 (94%), Gaps = 16/2537 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTGTTGAATCTTCGTTTAGATGGAAGTAGCTTACATGTTCTCTGTTCTACAAAAACC 60
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTTGTTGAATCTTCGTCTAGATGGAAGTAGCTTACATGTTCTCTGTTCTACAAAAACC 60
Query 61 TTACCGA--T-TTCGCCTCTCGATAAATTCCCATCCGTCAAGAAAGTGAAGCAGAATTAC 117
||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 61 TTACCGATTTCTTCGCCTCTCGATAAATTCCCATCTTTCAAGAAATTGAAGCAGAATTAC 120
Query 118 GTACCAGGAACTCACGAGAGTGAAAAAGGACCACAGAGAAGCACCAGAAATGGCGACCGA 177
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 121 GTACCAGGAACTCACGAGAGTGACAAAGGACCACAGAGAAGCACCAGAAATGGCGACAGA 180
Query 178 GGTTGTGGTACTGTTGCTCATGAAGTTGTCGCCGGAAAAAACTTACTTTTTGTAAACCCA 237
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 181 GGTTGTGGTACCGTTGCTCATGAAGTTGTCGCCGGAAAAAACTTACTTTTAGTAAACCCA 240
Query 238 GGTAATGGCAGCGTCGGAAAATCAGGTTTTAGTGATGGGTTTGTTGATAGGAGAAGTAAA 297
||||||| |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 241 AGTAATGGTTGCGTCGGAAAATCAGGGATCATTGATGGGTTTGTTGATAAGAGAAGTAAA 300
Query 298 GATGGCG-GGTTTGGAGGGAATGGTATGGTTGGTAAAGTGCACACCAAGTGTTCGACGAA 356
||| ||| | ||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GAT-GCGAGATTTGGTGGGAATGGTTTGGTTAGTGAAGTGCACACCAAGTGTTCGACGAA 359
Query 357 ACGTCTGAGTTACGGAGGATGTATTCCCGCTATTCTAGAGGCTTTGGATTGTATTGAGGA 416
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| ||
Sbjct 360 ACGTCTGAGTTACGGAGGATGTATTCCCGCTATTTTAGAAGCTTTGGATAGTATTGAAGA 419
Query 417 TGTTGAAGATGCGTTGATTCCGTGGTCAGAGAAGCTGACTGACCCAATGGAGAGGACGAT 476
||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| | | | ||| |||||| |||||
Sbjct 420 TGTTGAAGATGCGTTGAGTCCGTGGGCAGAGAGGCTTAGT-A-ACAA-GGAGAGAACGAT 476
Query 477 TATTTTAAAAGGAGCAGACGCGGTGGGAGAGAGCGGTGGAGAT-TTCGAGTGGTTTAAGA 535
||| || ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 477 TATATT-AAAGGAGCAGATACATTGGGAGAGAGCGGTGGAGATATTCGAATGGTTTAAGA 535
Query 536 GTAAGGGTTGTTATGAATTGAATGTGATTCATTATAATATCATGCTTC-GGATACTTGGG 594
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 536 GTAAAGGTTGCTATGAATTGAATGTGATTCATTATAATATCATGC-TCAGGATACTTGGG 594
Query 595 AAAGCTTGTAAATGGAGGTATGTGCAGAGTTTGTGGGATGAAATGATTAGGAAAGGTATC 654
||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 AAAGCTTGTAAGTGGAGGTATGTACAGAGTTTATGGGATGAAATGATTAGGAAAGGTATC 654
Query 655 AAGCCGATTAATTCGACGTATGGGACTCTCATCGATGTTTATAGCAAAGGCGGGCTTAAA 714
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 AAGCCGATTAATTCGACGTATGGGACTCTCATCGATGTTTATAGCAAAGGCGGGCTTAAA 714
Query 715 GTACATGCGCTTTGTTGGCTAGGGAAGATGAGTAAGATTGGGATGCAGCCTGATGAAGTT 774
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 GTACATGCGCTTTGTTGGTTAGGGAAGATGAGTAAGATTGGGATGCAGCCTGATGAAGTA 774
Query 775 ACGACGGGGATTGTTCTTCAAATGTATAAAAAGGCAAGAGAGTTTCAAAAAGCGGAGGAG 834
|| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 775 ACAACAGGGATTGTTCTTCAAATGTATAAGAAGGCAAGAGAGTTTCAAAAAGCAGAGGAG 834
Query 835 TTTTTCAAGAAATGGTCGTGTGACGAAAACAAGGCGGATTCACATGTTTGCTTGAGCTCT 894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 TTTTTCAAGAAATGGTCGTGTGACGAAAACAAGGCGGATTCACATGTTTGCTTGAGCTCT 894
Query 895 TATACTTACAACACGATGATTGATACGTATGGTAAGTCCGGTCAGATAAAAGAGGCTTCA 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 895 TATACTTACAACACGATGATTGATACGTATGGTAAGTCCGGTCAGATAAAAGAAGCTTCA 954
Query 955 GAGACGTTCAAGAGGATGCTAGAAGAAGGGATTGTTCCAACCACAGTGACTTTTAATACC 1014
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 GAGACGTTTAAGAGGATGCTAGAAGAAGGGATTGTTCCAACCACAGTGACTTTTAATACC 1014
Query 1015 ATGATTCATGTTTATGGCAATAATGGTCAGTTTGGTGAAGTCACTTCTTTGATGAAAACA 1074
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 ATGATTCATATTTATGGCAATAATGGTCAGCTTGGTGAAGTCACTTCTTTGATGAAAACA 1074
Query 1075 ATGAAGTTTCATTGCGCACCTGATACAAGAACATATAACATTCTGATTTCACTTCACACG 1134
|||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 ATGAAGCTTCATTGTGCACCTGATACAAGAACGTATAACATTCTGATTTCACTTCACACG 1134
Query 1135 AAGAACAACGATATAGAAAGGGCAGG-GACCTACTTCAAGGAAATGAAAGGCGCTGGGCT 1193
|||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1135 AAGAACAACGATATAGAAAGGGCAGGAG-CCTACTTCAAGGAAATGAAAGACGATGGGCT 1193
Query 1194 TAAACCGGATCCTGTAAGTTACCGCACTCTCCTCTATGCATTCTCGATTAGACGTATGGT 1253
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1194 TAAACCGGATCCTGTAAGTTACCGCACTCTCCTATATGCATTCTCGATTAGACATATGGT 1253
Query 1254 TAAGGAAGCTGAAGAGCTTATAGCAGAGATGGATGATAATGATGTTGAGATTGATGAGTA 1313
| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| || |||||||||| ||||||||
Sbjct 1254 TGAGGAAGCTGAAGGGCTTATAGCTGAGATGGATGATGATAATGTTGAGATAGATGAGTA 1313
Query 1314 TACACAATCTGCTCTCACTAGAATGTATATAGAAGCAGAGATGCTTGAGAAATCATGGTC 1373
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 TACACAATCTGCTCTCACTAGAATGTATGTAGAAGCAGAGATGCTTGAGAAATCATGGTC 1373
Query 1374 ATGGTTCAGAAGGGTTCATGTTGCGGGTAATATGAGTTCTGAAGGCTATTCAGCCAACAT 1433
|||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 ATGGTTCAAAAGGTTTCATGTTGCGGGTAATATGAGTTCTGAAGGCTATTCAGCCAACAT 1433
Query 1434 TGATGCATATGGTGAGCGTGGATATTTATCAGAAGCCGAGAGGGTATTTATCTGCTGCCA 1493
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1434 CGATGCATATGGTGAGCGTGGATATTTATCAGAAGCTGAGAGAGTGTTTATCTGCTGCCA 1493
Query 1494 AGAAGTAAATAAGAGAACAGTTCTTGAGTACAACGTAATGATCAAAGCTTATGGAATTAG 1553
|||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1494 AGAAGTGAATAAGAGAACAGTTATTGAGTACAATGTAATGATCAAAGCGTATGGAATTAG 1553
Query 1554 TAAAAGCTGTGAAAAGGCGTGTGAGTTATTTGAGAGCATGATGAGTTATGGGGTCACACC 1613
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554 TAAAAGCTGTGAAAAGGCATGTGAGTTATTTGAGAGCATGATGAGTTATGGGGTCACACC 1613
Query 1614 GGATAAGTGTACATATAATACTCTCGTCCAGATCCTTGCGAGCGCCGACATGCCTGATAA 1673
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1614 GGATAAGTGTACATATAATACTCTCGTCCAGATCCTTGCGAGTGCCGACATGCCTCATAA 1673
Query 1674 AGCCAAATGCTACCTGGAAAAAATGAGAGAGACGGGATATGTGAGCGATTGTATACCTTA 1733
|| | ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1674 AGGTAGATGCTACTTGGAGAAAATGAGAGAGACGGGATATGTGAGCGATTGCATACCATA 1733
Query 1734 CTGTGCTGTGATTTCGAGCTTTGTGAAACTGGGTCAGCTCAATATGGCAGAGGAAGTGTA 1793
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 CTGTGCTGTGATATCGAGCTTTGTGAAACTCGGTCAGCTCAATATGGCAGAGGAAGTGTA 1793
Query 1794 TAAAGAGATGGTTGAGTACAATATCGAACCCGATGTTGTTGTATATGGCGTCTTGATCAA 1853
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1794 TAAAGAGATGGTTGAGTACAATATCGAACCTGATGTTGTTGTATATGGAGTCTTGATCAA 1853
Query 1854 TGCTTTTGCGGATACTGGAAACGTTCAGCAAGCTATGAGTTATGTAGAAGCGATGAAAGA 1913
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1854 TGCTTTTGCAGATACTGGAAATGTTCAGCAAGCTATGAGTTACGTAGAAGCGATGAAAGA 1913
Query 1914 AGCTGGAATTCCAGGAAACTCTGTTATATACAATTCTCTGATCAAGCTCTACACTAAAGT 1973
||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1914 AGCTGGAATCCCGGGAAACTCTGTTATATACAATTCTCTGATTAAGCTCTACACCAAAGT 1973
Query 1974 CGGGTACTTAGATGAAGCTGAAGCAATATACAGAAAGCTTCTTCGATCGTGTAACGAGAC 2033
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1974 CGGGTACTTAGATGAAGCTGAAGCAATATACAGAAAGCTTCTTCAATCGTGTAACAAGAC 2033
Query 2034 ACAGTATCCGGATGTATATACCTCACATTGTATGAACAACCTGTGTAGTGAAAGATCGAT 2093
|| ||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 2034 GCAATATCCGGATGTATATACATCAAACTGTATGATCAACCTGTATAGCGAAAGATCGAT 2093
Query 2094 GGTGAGAAAAGCGGAAGCTATATTCGAAAGCATGAAACAGAGAAGAGAAGCAAACGAGTT 2153
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2094 GGTGAGAAAAGCAGAAGCTATATTCGATAGCATGAAACAGAGAGGAGAAGCAAACGAGTT 2153
Query 2154 TACCTTCGCGATGATGTTATGTATGTACAAGAAGAACGGTAGGTTTGAAGAAGCGACTCA 2213
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2154 TACCTTTGCGATGATGTTATGTATGTACAAGAAGAACGGTCGGTTTGAAGAAGCGACTCA 2213
Query 2214 GATAGCAAAACAGATGAGAGAGATGAGGATTCTAACTGATCCGTTGAGTTATAACAGCGT 2273
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2214 GATAGCAAAACAGATGAGAGAGATGAAGATTCTAACTGATCCGTTGAGCTACAACAGCGT 2273
Query 2274 TCTCGGTTTATAT-GCTTTAGACGGAAGATTCAAAGAAGCTGTTGAGACATTCAAAGAGA 2332
|||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2274 TCTCGGCTTAT-TCGCTTTAGACGGGAGATTCAAAGAAGCTGTTGAGACATTCAAAGAGA 2332
Query 2333 TGGTGTCATCTGGAATTCAACCTGATGACTCAACGTTCAAATCACTTGGAACCATTTTGA 2392
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 2333 TGGTGTCATCTGGAATTCAACCTGATGACTCAACGTTCAAATCACTAGGAACCATTCTGA 2392
Query 2393 TAAAACTTGGGATGTCGAAAAAAGCTGTTCGTAAGATCGAAGAAATTAGGAAAAAAGAGA 2452
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 TGAAACTTGGGATGTCGAAAAAAGCTGTTCGTAAGATCGAAGAAATTAGGAAAAAAGAGA 2452
Query 2453 TTAAGCGAGGATTAGAATTATGGATCTCAACTCTCTCATCTCTTGTTGGGATTGAAGATT 2512
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2453 TCAAGCGAGGATTAGAGCTATGGATCTCAACTCTCTCATCTCTTGTTGGGATTGGAGATT 2512
Query 2513 GCGAGGACGAGCTTTAG 2529
| | ||||||||||||
Sbjct 2513 GTGTCGACGAGCTTTAG 2529
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125517691386
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5