BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg497314
Length=2379
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G56220.1 | Symbols: | P-loop containing nucleoside triphosp... 2039 0.0
> AT5G56220.1 | Symbols: | P-loop containing nucleoside triphosphate
hydrolases superfamily protein | chr5:22754818-22757920
FORWARD LENGTH=3103
Length=3103
Score = 2039 bits (1104), Expect = 0.0
Identities = 1211/1262 (96%), Gaps = 9/1262 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1126 ACTGAGAGGAAGAAGAAAGAAAGATTACCCGGTGGAGGAGGTTGAGGTCCTCAAGCTTTT 1185
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1823 ACTGAGAGGAAGAAGAAAGAAAGATTACCCGGTGGAGGAGGTGGAGGTCCTCAAGCTTTT 1882
Query 1186 CGATGAGAAATTGGGACGGTTGAGCTATGGTCTTTGGGTGGTTGGATCATTGCTTTCAGA 1245
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1883 CGATGAGAAATTGGGAAGGTTGAGCTATGGTCTTTGGGTGGTTGGATCATTGCTTTCAGA 1942
Query 1246 GCTTGCAATTCCGCCTTCTGCACTCTTTGAAGCTGTAAACAAAATTCAAATCGAAGAACG 1305
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1943 GCTTGCAATTCTGCCTTCTGCTCTCTTTGAAGCTGTAAACAAAGTTCAAATCGAAGAACG 2002
Query 1306 TTCAGCATCGCCTTTTCTAAACGTAATTGATGAACAATACTGCAAGTCCAATCCATTTGT 1365
||| || ||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2003 TTCGGCCTCGCCTTTTCTGAACTTAAATGATGAGCAATACTGCAAGTCCAATCCATTTGT 2062
Query 1366 TGCAAAGGTCTTAGCATTCAGTTTGGCTGTTTTGGAGCAAGCTGAGGGAAACAGAAACCT 1425
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2063 TGCAAAGGTTTTAGCTTTCAGTTTGGCTGTTTTGGAGCAAGCTGAGGGAAACAGAAACCT 2122
Query 1426 TCTCTCATTAAAAATGCTACTCGTGGGAGCTTGGTTTGCTCCTGTCCCTATTCCGGTTAA 1485
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2123 TCTCTCATTGAAAATGCTACTCGTGGGAGCTTGGTTTGCTCCTGTCCCTATACCGGTTAA 2182
Query 1486 CTTGTTAGCTGCAGCTGCTAAGAACATGCCCACAGGTGGCAACCGGTTCAGCAAATGGAA 1545
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2183 CTTATTAGCTGCAGCTGCTAAGAACATGCCCACAGGTGGAAACCGGTTCAGCAAATGGAA 2242
Query 1546 CAAATGTCTGAGTCACACATTTGCTTGGTGTGGTGGTTGTGGTTTAGGACGCAGAAGCGA 1605
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2243 CAAGTGTCTGAGTCACACATTTGCTTGGTGTGGTGGTTGTGGTTTAGGACGCAGAAGCGA 2302
Query 1606 AGAGGATGCTGCATTTTTACTAGTCAGATTAGGACTAGCGAGGATAACAAATAGACAACC 1665
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2303 AGAGGATGCTGCTTTTTTACTAGTCAGATTAGGACTAGCGAGGTTAACAAATAGACAACC 2362
Query 1666 TGGATGTTGGATTCAGTTCCATCCGATAACTCAAACTTTCGCGAGGAGACGAGACTACAT 1725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2363 TGGATGTTGGATTCAGTTCCATCCGATAACTCAAACTTTCGCGAGGAGACGAGACTACAT 2422
Query 1726 ACTTGCACCAAAGGCGACGGTTCAAGGCGTGAGGAAAATCGATAACCCGTTGTTGAATCT 1785
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2423 CCTTGCACCAAAGGCAACAGTTCAAGGCGTGAGGAAAATCGATAACCCGTTGTTGAATCT 2482
Query 1786 CGATCACCTATGGGCTTCAGCTTTCTTAGTATTTGGATTCAAATCAGAACCTCCTTTGGT 1845
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2483 TGATCACCTATGGGCTTCAGCTTTCTTAGTATTCGGATTCAAATCAGAACCTCCTTTGGT 2542
Query 1846 CCAACTACAAGCCATGGATATGGTACTTTACATCAAGAGAACAGCTCTTCCTTTAGCAAT 1905
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2543 TCAACTACAAGCCATGGATATGGTACTTTACATCAAGAGAACAGCTCTTCCTTTAGCAAT 2602
Query 1906 CACAGCTTTCACAACCTTCTCGAGGTGCAACTCCGCGCTGGAGCTCTTAAAAGTATGCAC 1965
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2603 CACAGCTTTCACAACCTTCTCAAGGTGCAACTCCGCGCTGGAGCTCCTAAAAGTATGCAC 2662
Query 1966 CAACGTGTTAGAGGAAGTGGAGAAATCATTTGTGTCTCAGATACAAGATTGGCGCCAAGG 2025
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2663 CAACGTGTTAGAGGAAGTGGAGAAATCATTTGTGTCTCAGATACAAGATTGGCGCCAAGG 2722
Query 2026 CTCGCTCTGTTGGAAGAAGAAGACTAACAAGAAGGTCGATGAATACGTGTGGCAAGATGT 2085
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2723 CTCGCTCTGTTGGAAGAAGAAGACTAACAAGAAAGTCGATGAATACGTGTGGCAGGATGT 2782
Query 2086 TACATTGTTAAAAGCTTTATTGCTGGAGACAAGAGCTAAGCTGCTGCTACGAGGCGGGCA 2145
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2783 TACATTGTTGAAAGCTTTATTGCTGGAGACCAGAGCAAAGCTGCTGCTACGAGGCGGACA 2842
Query 2146 TTTCGATAGTGGAGAGGAACTATGCAGGACTTGTATCAGTATCAGGACAGTGATGCTTGG 2205
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2843 TTTCGATAGTGGAGAGGAACTTTGCAGGACTTGTATCAGTATCAGGACAGTGATGCTTGG 2902
Query 2206 CCATAACCATGATCTCACATTGGCTGCTCAAGAAACACTAGCAAAGTTGGTCAGAATGAG 2265
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2903 CCATAACCATGATCTCACTTTGGCTGCTCAAGAAACACTAGCAAAGTTAGTCAGAATGAG 2962
Query 2266 AAGCAAGATATGA--AA-C-AGACACAAA--CATTTCTCCTGGTTATTATTTCCACATTA 2319
||||||||||||| || | | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2963 AAGCAAGATATGATGAAACCACACACAAAAACATTTCTCCTGGTTATTATTTCCACATTA 3022
Query 2320 CTG-T--AAGCTCAGTTTTGTTGAAGACATCAAATCATGCAATGGCTACTTTAAACCTTT 2376
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||
Sbjct 3023 CTACTCTAAGCTCAGTTTTGTTGAAGACATCAAATCATGTAATGGCTATTTTTAACCTTT 3082
Query 2377 TT 2378
||
Sbjct 3083 TT 3084
Score = 1842 bits (997), Expect = 0.0
Identities = 1085/1125 (96%), Gaps = 16/1125 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAGAGCTTTCATTTGAGTTTAATTTGTGTTTGGTG-AGGAAGTAAAAGGAGTAATGAAGG 59
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAGAGCTTTCATTTGAGTTTAATTTGTGTTTGGTGAAAGAAGTAAAAGGAGTAATGAAGG 60
Query 60 GAATAGAAGAAGAAGCAGAAGCAAGTTTAGTTGGATTAACCATAAGAACTTCATCACCAG 119
|||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GAAT---AGAAG-A--AGAAGCAAGTTTAGTTGGTTTAACCATAAGAACTTCATCACCAG 114
Query 120 CAAGCTCTTCAAGTAAGAAAGGT--A-AAGATCTTCTTCAAACACATAACAATGCTTCAG 176
||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| || |||| ||||||||||
Sbjct 115 CAAGCTCTTCAAGTAAGAAAGGTAAAGAAGATCTTCTTCAAGCAAATAATAATGCTTCAG 174
Query 177 ATTCATCTCCAAGTATCAAAAACTCTCCTTTCAATTCACCTTCTCTTGTGTCCCCACCAT 236
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 175 ATTCATCTCCAAGTATCAAAAACTCTCCTTTCTATTCACCTTCTCTTGTGTCCCCACCAT 234
Query 237 CTTCTGCTTTTGTTTCCGCTTTGCAATCTCCTTATATATCCCCAAGAGCTACTACA--C- 293
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 235 CTTCTGCTTTTGTTTCCGCTTTGCAATCTCCTTATATATCCCCAAGAGCTACAACACCCT 294
Query 294 CCATTACCACTCACAAGCCATCACCGCCTCTCTCTTACAAAGGCTCACAATCTGAAGATG 353
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 295 CCATTACCACTCACAAGCCATCACCGCCTCTTTCTTACAAAGGCTCACAATCTGATGATG 354
Query 354 TACCTAGCAGCTCCTACACTCCTCCCTCTGACCAGTACGAGTTTTCTGATGAACAACCAT 413
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 TACCAAGCAGCTCCTACACTCCTCCTTCTGACCAGTACGAGTTTTCTGATGAACAACCAT 414
Query 414 CAGATCGGAAGCTCAAGTTATCAG---CTTGTACTCCAGATCCTGCTCCTCCAAGGATCT 470
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 CAGATCGGAAGCTCAAGTTATCAGCATCTTGTACTCCAGATCCTGCTCCTCCAAGGATCT 474
Query 471 CTTTCTCTTTCCCTGTTCCTAGGGTTTCTTTGGCTAAAGTTTCTGTTTCTTCACCTGCAA 530
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 475 CTTTCTCTTTCCCTGTTCCTAGGGTTTCTTTGGCTAAAGTCTCTGTTTCTTCACCTGCAA 534
Query 531 CTAACACCAAGCTCAGGAGCTCTGATGTCTTCATTGGGTTTCATGGACAAAACCCAAACT 590
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 CTAACACCAAGCTCAGGAGCTCTGATGTCTTCATAGGGTTTCATGGACAAAACCCAAACT 594
Query 591 TGGTGAGATTCTGCAAATGGTTAAAGTCAGAGCTTGAGCTTCAGGGAATCGCTTGTTTCG 650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 TGGTGAGATTCTGCAAATGGTTAAAGTCAGAGCTTGAGCTTCAGGGAATCGCTTGTTTCG 654
Query 651 TTGCTGACAGAGCTAATTATTCGGACACACAGAGTCATGAGATCGCCGACAGAGTTATCT 710
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 TTGCTGACAGAGCTAAGTATTCGGACACACAGAGTCATGAGATCGCCGACAGAGTTATCT 714
Query 711 GTTCTGTTACTTATGGGATTGTGGTTGTCTCTTGTTCCAGCTTGCTCAACTACCTTAGCT 770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 GTTCTGTTACTTATGGGATTGTGGTTGTCTCTTGTTCCAGCTTGCTCAACTACCTTAGCT 774
Query 771 TGGAGGAGGTTAGGTTCTTTGCTCAAAAGAAGAACTTGATTCCAATTTTCTATGGAACTG 830
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 775 TGGAGGAAGTTAGGTTCTTTGCTCAAAAGAAGAACTTGATTCCTATTTTCTATGGAACTG 834
Query 831 GTCCTTCTGAGATAATGGGTCTTCTCAACTGCAATGCCATAGATAAAGAGTGTAAAGAAG 890
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 GTCCTTCTGAGATTATGGGTCTTCTCAACTGCAATGCCATAGATAAAGAGTGTAAAGAAG 894
Query 891 CCATTGATGGGTTGATTAAGTCACATGAGTTTAAACTTGAAGCTAATGAGAGTAACTGGA 950
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 CCATTGATGGGTTGATTAAGTCTCATGAGTTTAAACTAGAAGCTAATGAGAGTAACTGGA 954
Query 951 GAAGCTGTGTGGGAAAGACCGCGACGATTCTCAGGGCAAAGCTTGGGAGGAAGAGTGTGG 1010
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 GAAGCTGTGTGGGAAAGACTGCGACGATTCTCAGGGCAAAGCTTGGGAGGAAGAGTGTGG 1014
Query 1011 CTGATAAAGAGATAGTGGAAGGGATTGATGAGCTTCCATTTCCGAGGAACAGATCTTTCC 1070
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1015 CTGATAAAGAGATTGTGGAAGGGATTGATGAGCTTCCATTTCCGAGGAACAGATCTTTTC 1074
Query 1071 TTGGAAGAGAAAAGGAGATAATTGAAATGGAAATGGCTTTATTTG 1115
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1075 TTGGAAGAGAAAAGGAGATCATTGAAATGGAGATGGCTTTATTTG 1119
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 118121882385
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5