BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg888739
Length=2850
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G33520.2 | Symbols: PAA1, HMA6 | P-type ATP-ase 1 | chr4:161... 4785 0.0
> AT4G33520.2 | Symbols: PAA1, HMA6 | P-type ATP-ase 1 | chr4:16118896-16126151
FORWARD LENGTH=3249
Length=3249
Score = 4785 bits (2591), Expect = 0.0
Identities = 2768/2854 (97%), Gaps = 10/2854 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGTCTAC-CTTGTCAGCTTTCTCAACCGTCACGGCCACAGCGATGGCTCGAACTAG 59
||||||||||| | | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 98 ATGGAGTCTACAC-TCTCAGCTTTCTCAACCGTCAAGGCAACAGCGATGGCTCGAAGTAG 156
Query 60 CGGTGGTCCTTCATTGCCTCTCCTCACTATTTCTAAAGCTCTTAACCGTCACTTCT-CCG 118
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||
Sbjct 157 TGGTGGTCCTTCATTACCTCTCCTCACTATTTCTAAAGCACTTAACCGCCACTT-TACCG 215
Query 119 GCGCCAGACACCTCCATCCCCTATTGCTTGCTCGCTGTTCTCCCGCCGTGCGCCGGCTTG 178
||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||
Sbjct 216 GCGCCAGACACCTCCATCCTTTATTGCTCGCTCGCTGTTCTCCCTCCGTGCGACGTCTTG 275
Query 179 GTGGGTTTCATGGCAGTAGCCTTACTTCGTCGAATTCAGCTTTGAGAAGCTTGGGAGCTG 238
||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 276 GTGGGTTTCATGGCAGTCGATTTACTTCGTCGAATTCAGCTTTGAGAAGCTTGGGAGCTG 335
Query 239 CTGTTTTGCCGGTAATCCGACACCGTTT-GCAGTGTTTGTCCATCTCATCGCCGTCTTTC 297
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 336 CTGTTTTGCCGGTAATCCGACACCGTTTAG-AGTGTTTGTCGAGCTCATCGCCGTCTTTC 394
Query 298 AGGAGTATCTCAAGCGGCGGCGGTGCAGGATTCGGTGGGTATAATGGTGGAAGCGGCGGC 357
|||||||||||||| ||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 395 AGGAGTATCTCAAGTGGCGGCGGTTCTGGATTTGGGGGGTATAATGGTGGAAGCGGCGGT 454
Query 358 GGTGGTGGCGGTGGATCGGAGAGTGGTGATTCCAAGTCAAAATTGGGTGCTGGAA--CAA 415
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||
Sbjct 455 GGTGGTGGCGGAGGATCGGAGAGTGGTGATTCCAAGTCAAAACTGGGTGCT--AATGCAA 512
Query 416 ATGATGGTGTCTCTGTTCCGTCGTCAGATATCATTATTCTCGATGTTGGAGGGATGACAT 475
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 513 GTGATGGTGTCTCTGTTCCGTCGTCAGATATCATTATTCTCGATGTTGGAGGGATGACAT 572
Query 476 GTGGAGGTTGTTCAGCAAGTGTGAAGAAGATACTCGAAAGCCAACCTCAAGTTGCTTCTG 535
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 573 GTGGAGGGTGTTCAGCAAGTGTGAAGAAGATACTGGAAAGCCAACCTCAAGTTGCTTCAG 632
Query 536 CTAGTGTTAATCTCACCACCGAGACAGCAATCGTATGGCCTGTACCGGAAGCTAAAAGTG 595
||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 633 CTAGTGTTAATCTCACCACCGAGACGGCAATTGTGTGGCCTGTACCGGAAGCTAAAAGTG 692
Query 596 TACCTGATTGGCAAAAAAGTTTAGGCGAGACGCTTGCAAACCATCTGACCAATTGCGGGT 655
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 693 TACCTGATTGGCAAAAGAGTTTAGGCGAGACGCTTGCAAACCATCTGACCAATTGCGGGT 752
Query 656 TTCAGTCTACTCCTCGAGATTTGGTGACAGAGAATTTCTTCAAAGTTTTCGAAACAAAGA 715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 753 TTCAGTCTACTCCTCGAGATTTGGTGACAGAGAATTTCTTCAAAGTTTTCGAAACAAAGA 812
Query 716 CAAAAGACAAGCAGGCTCGCTTAAAAGAGAGCGGCCGCGAGCTTGCTGTTTCATGGGCCC 775
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 813 CAAAAGACAAGCAGGCTCGCTTAAAAGAGAGTGGCCGCGAGCTTGCTGTTTCATGGGCCC 872
Query 776 TATGTGCTGTATGCTTGGTTGGCCATTTAACTCACTTTCTAGGTGTTAATGCTCCCTGGA 835
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 873 TATGTGCTGTATGCTTGGTTGGCCATTTAACTCACTTTCTAGGGGTTAATGCTCCCTGGA 932
Query 836 TTCATGCAATCCATTCAACGGGGTTTCATGTGTCCTTATGTTTGATTACGTTACTTGGTC 895
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 933 TTCATGCGATCCATTCAACGGGGTTTCATGTGTCTTTATGTTTGATTACGTTGCTTGGTC 992
Query 896 CGGGACGCAAGCTAGTACTTGATGGTATCAAGAGCCTTTTAAAAGGTTCCCCAAACATGA 955
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 993 CTGGACGCAAGCTAGTACTTGATGGTATCAAGAGTCTTTTAAAAGGTTCCCCAAACATGA 1052
Query 956 ACACGCTAGTTGGTCTTGGGGCTTTGTCATCATTTTCTGTTAGCTCACTGGCAGCCATGA 1015
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1053 ACACGCTAGTTGGTCTTGGTGCTTTGTCATCATTTTCTGTTAGCTCACTGGCAGCCATGA 1112
Query 1016 TTCCAAAATTGGGTTGGAAGACATTTTTTGAGGAACCAGTGATGTTAATAGCTTTTGTAT 1075
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1113 TTCCAAAATTGGGCTGGAAGACATTTTTTGAGGAACCAGTTATGTTAATAGCTTTTGTAT 1172
Query 1076 TGCTGGGAAGGAATCTTGAACAGAGAGCTAAAATAAAAGCCACCAGTGATATGACTGGCC 1135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1173 TGCTGGGAAGGAATCTTGAACAGAGAGCTAAAATAAAAGCCACCAGTGATATGACTGGCC 1232
Query 1136 TTCTCAGTGTTTTGCCTTCAAAAGCTCGCCTTCTGCTTGATGGTGATCTGCAGAATTCAA 1195
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1233 TTCTGAGTGTTTTGCCTTCAAAAGCTCGCCTTCTGCTTGATGGTGATCTGCAGAATTCAA 1292
Query 1196 CTGTTGAGGTTCCTTGTAATAGTCTCTCTGTCGGTGATCTAGTCGTCGTACTACCAGGAG 1255
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1293 CTGTTGAGGTTCCTTGTAATAGTCTCTCTGTTGGTGATCTAGTCGTCATACTACCAGGAG 1352
Query 1256 ATCGAGTTCCAGCAGATGGTGTGGTCAAGTCAGGTAGAAGCACCATTGATGAGTCAAGTT 1315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1353 ATCGAGTTCCAGCAGATGGTGTGGTCAAGTCAGGTAGAAGCACCATTGATGAGTCAAGTT 1412
Query 1316 TCACAGGTGAACCATTGCCAGTGACAAAAGAATCAGGGAGTCAAGTCGCAGCAGGATCTA 1375
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1413 TCACAGGTGAACCATTGCCAGTGACAAAAGAGTCAGGGAGTCAAGTCGCAGCAGGATCTA 1472
Query 1376 TAAACCTGAATGGAACTCTTACTGTCGAAGTGCATAGATCAGGGGGTGAAACTGCAGTTG 1435
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1473 TAAACCTGAACGGAACTCTTACTGTCGAAGTGCATAGATCAGGGGGTGAAACTGCAGTTG 1532
Query 1436 GGGACATTATTCGTCTGGTTGAAGAGGCTCAGAGTAGAGAAGCACCAGTACAGCAGTTGG 1495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1533 GGGACATTATTCGTCTGGTTGAAGAGGCTCAGAGTAGAGAAGCACCAGTACAGCAGTTGG 1592
Query 1496 TTGACAAGGTCGCAGGGCGCTTCACGTATGGAGTGATGGCACTCTCTGCAGCTACATTTA 1555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1593 TTGACAAGGTCGCAGGGCGCTTCACGTATGGAGTGATGGCACTCTCTGCAGCTACATTTA 1652
Query 1556 CATTCTGGAATCTTTTTGGTGCACATGTTCTTCCTTCTGCCTTGCATAATGGGAGCCCAA 1615
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1653 CATTCTGGAATCTATTTGGTGCACATGTTCTTCCTTCTGCCTTGCATAATGGGAGCCCAA 1712
Query 1616 TGTCTTTGGCCCTTCAACTATCTTGCAGCGTTCTGGTTGTGGCTTGTCCTTGCGCCCTTG 1675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1713 TGTCTTTGGCCCTTCAACTATCTTGCAGCGTTCTGGTTGTGGCTTGTCCTTGCGCCCTTG 1772
Query 1676 GGTTGGCTACGCCAACTGCAATGCTGGTTGGTACATCATTAGGAGCAAGAAGAGGATTAC 1735
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1773 GGTTGGCTACTCCAACGGCAATGCTGGTTGGTACATCATTAGGAGCAAGAAGAGGATTAC 1832
Query 1736 TTCTTCGTGGTGGTGATATTCTTGAAAAGTTTTCCTCGGTTGATACTGTTGTCTTCGACA 1795
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1833 TTCTTCGTGGTGGTGATATTCTTGAAAAGTTTTCCTTGGTTGATACTGTTGTCTTCGACA 1892
Query 1796 AAACTGGGACACTGACAAAGGGACACCCTGTTGTGACTGAAGTTATTATTCCTGAAAATC 1855
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1893 AAACTGGGACACTGACGAAGGGACACCCTGTTGTGACTGAAGTTATTATTCCTGAAAATC 1952
Query 1856 CAAGACACAATTTGAATGATACTTGGTCAGAAGTAGAGATTTTGATGTTAGCAGCTGCTG 1915
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1953 CAAGACACAATTTGAATGATACTTGGTCAGAAGTAGAGGTTTTGATGTTAGCAGCTGCTG 2012
Query 1916 TTGAATCAAACACTACTCACCCTGTTGGGAAAGCGATTGTAAAAGCAGCCCGGGCTCGTA 1975
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2013 TTGAGTCAAACACTACTCACCCTGTTGGGAAAGCGATTGTAAAAGCAGCCCGGGCTCGTA 2072
Query 1976 ATTGTCAAACTATGAAGGCAGAGGATGGAACATTTACTGAAGAACCAGGGTCTGGTGCCG 2035
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2073 ATTGTCAAACAATGAAGGCAGAGGATGGAACATTTACTGAAGAACCAGGGTCTGGTGCTG 2132
Query 2036 TTGCTATTGTCAACAACAAAAGGGTTACAGTTGGGACCCTAGAATGGGTCCAGAGACATG 2095
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 2133 TTGCTATTGTCAACAACAAAAGGGTTACAGTTGGGACTCTAGAATGGGTCAAGAGACATG 2192
Query 2096 GAGCCACCGGGAACTCATTACTTGCATTAGAAGATCATGAACTTAACAACCAGTCTGTTG 2155
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2193 GAGCCACCGGGAACTCATTGCTTGCATTAGAAGAGCATGAAATTAACAACCAGTCTGTTG 2252
Query 2156 TGTATATTGGGGTGGATAATACACTTGCTGCAGTCATCCGTTTTGAAGATAAAGTCAGGG 2215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2253 TGTATATTGGGGTGGATAATACACTTGCTGCAGTCATCCGTTTTGAAGATAAAGTCAGGG 2312
Query 2216 AGGATGCTGCTCAAGTTGTTGAGAATTTGACTCGCCAGGGAATTGACGTGTACATGCTGT 2275
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2313 AGGATGCTGCTCAAGTTGTTGAGAATTTGACTCGCCAGGGAATTGATGTGTACATGCTGT 2372
Query 2276 CTGGTGACAAGAGGAATGCTGCCAATTATGTAGCTTCTGTCGTAGGAATTAATCAAGAAC 2335
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2373 CTGGTGACAAGAGGAATGCTGCCAATTATGTAGCTTCTGTCGTAGGAATTAATCATGAAC 2432
Query 2336 GGGTTATAGCCGGAGTTAAACCAGCAGAGAAAAAGAATTTTATCAATGAACTTCaaaaaa 2395
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2433 GGGTTATAGCAGGAGTTAAACCAGCTGAGAAAAAGAATTTTATCAATGAACTTCAAAAAA 2492
Query 2396 aTAAGAAGATTGTTGCAATGGTGGGTGATGGAATAAATGATGCTGCTGCTCTGGCATCAT 2455
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2493 ATAAGAAGATTGTTGCAATGGTGGGGGATGGAATAAACGATGCTGCTGCTCTGGCATCAT 2552
Query 2456 CTGATGTTGGAGTGGCCATGGGTGGTGGTGCAGGAGCGGCCAGTGAGGTGTCTCCCGTTG 2515
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2553 CTAATGTTGGAGTGGCCATGGGTGGTGGTGCAGGAGCGGCCAGTGAGGTGTCTCCTGTTG 2612
Query 2516 TCTTGATGGGCAATCGGTTAACACAGTTGCTTGATGCAATGGAGCTAAGTCGGCAAACCA 2575
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2613 TCTTGATGGGCAATCGGTTAACACAGTTGCTTGATGCGATGGAGCTAAGTCGGCAAACCA 2672
Query 2576 TGAAGACCGTGAAGCAAAACCTTTGGTGGGCGTTCGGATACAACATTGTAGGAATCCCAA 2635
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2673 TGAAGACCGTGAAGCAAAACCTTTGGTGGGCGTTCGGATACAACATTGTAGGAATCCCAA 2732
Query 2636 TTGCGGCTGGAGTGTTGCTACCATTGACTGGAACCATGTTGACTCCATCAATGGCGGGGG 2695
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2733 TTGCGGCTGGAGTGTTGCTACCATTGACTGGAACCATGTTGACTCCATCAATGGCGGGGG 2792
Query 2696 CTCTCATGGGTGTAAGCTCTCTCGGTGTCATGACTAATTCCTTACTTCTAAGGTACAGAT 2755
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2793 CTCTCATGGGTGTAAGCTCTCTCGGTGTCATGACTAATTCCTTACTTCTAAGGTACAGAT 2852
Query 2756 TCTTCTCGAACCGAAACGACAAAAATGTCAAACGGGAACCAAAAGAGGGAACAAAACAGC 2815
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2853 TCTTCTCGAACCGAAACGACAAAAATGTCAAACCGGAACCAAAAGAGGGAACAAAACAGC 2912
Query 2816 CACATGAGAATACAAGATGGAAGGAAAGCTCTTA 2849
|||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2913 CACATGAGAACACAAGATGGAAGCAAAGCTCTTA 2946
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 141621280089
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5