BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg888770
Length=2973
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G33210.1 | Symbols: SLOMO | F-box family protein | chr4:1601... 4964 0.0
> AT4G33210.1 | Symbols: SLOMO | F-box family protein | chr4:16015730-16020829
REVERSE LENGTH=3346
Length=3346
Score = 4964 bits (2688), Expect = 0.0
Identities = 2882/2977 (97%), Gaps = 8/2977 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGGATTTGGTGTTTTTCTTGCTTCACCGACGAAGACGAAGACGAGGAAGACGAAAAC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 133 ATGAGGATTTGGTGTTTTTCTTGCTTCACCGACGAAGACGAAGACGAGGAAGACGATAAC 192
Query 61 GGCGGCAGAGTGAAGAAACAGTCTTTAGCAACAGCTATGGAGAACAATAACGGCGATGGT 120
|||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 193 GGCGGCAGAGTGAAGAAACAATCTTTAGCAACGGCCATGGATAACAGTAACGGCGATGGT 252
Query 121 GATTTTGTAAATTTCGGTGAAAACGAGAGGGCACCAAGAGTCCCACGTTGGAGGCTCAGG 180
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 253 GATTTTGTTAATTTCGGTGAAAACGAGAGGGCACCAAGAGTCCCACGTTGGAGGCTGAGG 312
Query 181 CTGTGTGCGGAGGAAGGTGAAGCAGCTGGGGCTGAATTGGAGCG-TTTATGGACCTCTGA 239
|||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||| || ||| |||||||||||
Sbjct 313 CTGTGTGCCGAGGAAAGTGAAGCCGCTTGGGCTGAATTGGATCGCTTT-TGGACCTCTGA 371
Query 240 GATTCGCTTGCATCAGTTGGTTCAGGGT--GAG-AGTAGCAATGCCGTGGCAGCAGCTGA 296
||||| |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||| ||| |
Sbjct 372 GATTCCCTTGAATCAGTTGGTTCAGGGTGAGAGTAGTAGCAATGTGGTTGCAGAAGC--A 429
Query 297 GGAGGATAGTACGATGGAGGAAGCTGATCATGATTCGTATCACAAGCGTGCCAAAGTCTA 356
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 430 -GAGGATTGTACGATGGAGGAAGCTGATCATGATTCGTATCACAAGCGTGCCAAAGTCTA 488
Query 357 CTCTGGGCTTGCTGAGTGCCGGTCGGTTTCCGGGGTATCTTCAGATGCTGGAAATTCTGT 416
||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 489 CTCTGGGCTTGCTGAGTGCAGGTCAGTTTCGGGGGTATCTTCAGATGCTGGAAATTCTGT 548
Query 417 TTCGTCGGTGGAGAGAAATGTTAGTTTTGGCATTGCTTCTTCTTCCCGGTCGGATACTGA 476
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 549 TTCGTCGGTGGAGAGAACTGTTAGTTTTGGCATTGCCTCTTCTTCCCGGACGGATACTGA 608
Query 477 TATGTTTTGCCAGAATTTCATCTTGAATTATAGTCGGAAAGATGGGAAAAAAGATGATGG 536
|||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 609 TATGTTCTGCCAGAATTTCATCTTGAATTATAATCGGAAAGATGGGAAAAAGGATGATGG 668
Query 537 AGATGATAATGGTTCTTCAGACGCAGAAGATTTTGAAGTTCATATTGATTTGACTGATGA 596
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 669 AGATGATAATGGTTCTTCAGACACAGAAGATTTTGAAGTTCATATTGATTTGACTGATGA 728
Query 597 CCTCTTACATATGGTATTCTCGTTCTTGAATCATGTCGACCTCTGTCGCTCTGCTATGGT 656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 729 CCTCTTACATATGGTATTCTCGTTCTTGAATCATGTCGACCTCTGTCGCTCTGCTATGGT 788
Query 657 ATGTCGGCAGTGGAGAGTAGCTAGTGCTCATGAGGATTTCTGGAAGGTCTTGAACTTTGA 716
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 789 ATGTCGGCAGTGGAGAGTAGCTAGTGCTCATGAGGATTTCTGGAGGGTCTTGAACTTTGA 848
Query 717 AAATATAAGGATTTCTATGGAACAATTTGAAAACATGTGTAGTCGCTATCCAAATGCTAC 776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 849 AAATATAAGGATTTCTATGGAACAATTTGAAAACATGTGTAGTCGCTATCCAAATGCTAC 908
Query 777 TGAAGTGAATGTTTATGGCACTCCTGCTGTTAACGCTCTGGCTATGAAAGCCGCTACCAC 836
|||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 909 TGAAGTTAATGTTTATGGCGCTCCTGCTGTTAATGCTCTGGCTATGAAAGCCGCTACCAC 968
Query 837 TTTGAGGAATCTTGAGGTCTTAACTATAGGAAAGGCTCATATCAGTGAAAGCTTTTTCCA 896
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 969 TTTGAGGAATCTTGAGGTCTTAACAATAGGAAAGGGTCATATCAGTGAAAGCTTTTTCCA 1028
Query 897 GGCATTGGGGGAGTGTAATATGTTAAGGAGTGTGACTGTAAGTGACGCTATTCTGGGAAC 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1029 GGCATTGGGGGAGTGTAATATGTTAAGGAGTGTGACTGTAAGTGATGCTATTCTGGGAAA 1088
Query 957 TGGTGCTCAGGAAATACACCTGAGTCATGATAGGCTACGCGAACTTAAAATTACAAAATG 1016
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1089 TGGAGCGCAGGAAATACACCTGAGTCATGATAGGCTACGCGAACTTAAAATTACAAAATG 1148
Query 1017 TCGTGTTATGCGTTTGTCTATCAGGTGTCCGCAGCTCAGGTCTCTATCATTAAAAAGAAG 1076
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1149 TCGCGTTATGCGTTTGTCTATCAGGTGTCCGCAGCTCAGGTCTCTATCATTAAAAAGAAG 1208
Query 1077 CAACATGTCACAGGCGATGCTTAACTGTCCACTCCTCCAACTTCTTGATATAGCCTCGTG 1136
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1209 CAACATGTCACAGGCGATGCTGAACTGTCCACTCCTCCAACTTCTTGATATAGCCTCGTG 1268
Query 1137 CCATAAGCTCTTGGATGCTGCTATCCGTTCAGCAGCCACTTCGTGTCCTCAATTAGAGTC 1196
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1269 CCATAAGCTCTTGGATGCTGCTATCCGTTCAGCAGCCATTTCGTGTCCTCAATTAGAGTC 1328
Query 1197 GCTAGACGTTTCTAACTGTTCCTGTGTCAGTGATGAAACTTTGCGTGAAATAGCCCAGGC 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329 GCTAGACGTTTCTAACTGTTCCTGTGTCAGTGATGAAACTTTGCGTGAAATAGCCCAGGC 1388
Query 1257 TTGTGCTAATCTCCATATTCTTAATGCTTCATACTGCCCCAATATATCTCTTGAGTCAGT 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1389 TTGTGCTAATCTCCATATTCTTAATGCTTCATACTGCCCCAATATATCTCTTGAGTCAGT 1448
Query 1317 ACATCTTCCCATGTTGACAGTTCTCAAGCTTCATAGCTGTGAGGGTATAACATCCGCGTC 1376
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449 ACACCTTCCCATGTTGACAGTTCTCAAACTTCATAGCTGTGAGGGTATAACATCCGCGTC 1508
Query 1377 TATGACTTGGATTGCTAATAGCCCTGCACTAGAGGTTTTAGAGCTTGATAATTGCAACCT 1436
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1509 TATGACTTGGATTGCCAATAGCCCTGCACTAGAGGTTTTGGAGCTTGATAATTGCAATCT 1568
Query 1437 GTTGACATCTGTATCTCTGCATCTCTCGCGTTTGCAGAGTATAAGCCTAGTCCATTGTCG 1496
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1569 GTTGACAACTGTATCTTTGCATCTCTCGCGTTTGCAGAGTATAAGCCTAGTCCATTGTCG 1628
Query 1497 CAAATTCACAGAACTGAACTTGCAAAGCACCATGCTTTCGTCGATCACTGTTTCAAACTG 1556
|||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 CAAATTTACAGATCTGAACTTGCAAAGCATCATGCTTTCGTCGATCACTGTTTCAAACTG 1688
Query 1557 TCCAGCGCTTCGCCGTATCACAATCACTTCCAACTCCCTTCGACGATTAGCTCTGCAGAA 1616
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 1689 TCCAGCGCTTCGCCGTATCACAATCACTTCCAACGCCCTTCGAAGATTAGCCCTGCAGAA 1748
Query 1617 ACAGGAGAATTTGACCACATTAGTTCTACAATGCCATTCCTTGCAAGAAGTGGATCTCTC 1676
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1749 ACAGGAGAATTTGACGACATTAGTTCTACAATGCCATTCCTTGCAAGAAGTGGATCTCTC 1808
Query 1677 TGATTGTGAATCATTGTCTAACAGTGTTTGCAAAATATTTAGTGATGATGGTGGATGCCC 1736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1809 TGATTGTGAATCATTGTCTAACAGTGTTTGCAAAATATTTAGTGATGATGGTGGATGCCC 1868
Query 1737 AATGCTGAAGTCATTGATTCTTGACAACTGTGAGAGTTTAACAGCAGTGCGGTTCTGCAA 1796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1869 AATGCTGAAGTCATTGATTCTTGACAACTGTGAGAGTTTAACAGCAGTGCGGTTCTGCAA 1928
Query 1797 TTCATCGCTAGCAAGTCTTTCCCTTGTTGGCTGTCGTGCTGTTACTTCTCTTGAGTTGAA 1856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1929 TTCATCGCTAGCAAGTCTTTCCCTTGTTGGCTGTCGTGCTGTTACTTCTCTTGAGTTGAA 1988
Query 1857 GTGCCCTCGCATAGAGCAGATCTGTTTGGATGGATGTGATCATCTTGAAACTGCATTCTT 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1989 GTGCCCTCGCATAGAGCAGATCTGTTTGGATGGATGTGATCATCTTGAAACTGCATTCTT 2048
Query 1917 CCAACCTGTCGCTCTGCGGTCTCTAAATTTAGGAATATGCCCAAAATTGAGTGTGCTAAA 1976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2049 CCAACCTGTCGCTCTGCGGTCTCTAAATTTAGGAATATGCCCAAAATTGAGTGTGCTCAA 2108
Query 1977 TATCGAAGCACCTTATATGGTGTCCCTTGAATTGAAAGGTTGTGGTGTACTGTCTGAAGC 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2109 TATCGAAGCACCTTATATGGTGTCCCTTGAATTGAAAGGTTGTGGTGTACTGTCTGAAGC 2168
Query 2037 ATCCATTTTTTGTCCTCTATTAACATCTTTAGATGCGTCTTTCTGCAGTCAACTGAGGGA 2096
||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2169 ATCCATTATGTGTCCTTTATTAACATCTTTAGATGCGTCTTTCTGCAGTCAACTGAGGGA 2228
Query 2097 TGACTGTCTGTCTGCAACCACTGCTTCTTGCCCACTCATTGAGTCACTGGTGCTAATGTC 2156
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2229 TGACTGTCTGTCTGCAACCACTGCTTCTTGCCCACTCATTGAGTCATTGGTGCTAATGTC 2288
Query 2157 ATGCCCTTCTATTGGCTCCGATGGCTTGTCTTCCTTGAACGGGCTCCCAAATTTGACTGT 2216
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2289 ATGCCCGTCTATTGGCTCTGATGGCTTGTCTTCCTTGAACGGGCTCCCAAATTTGACTGT 2348
Query 2217 TCTTGATTTATCATACACTTTCTTGATGAATTTGGAGCCCGTCTTCAAGTCTTGTATTCA 2276
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2349 TCTTGATTTATCGTACACTTTCTTGATGAATTTGGAACCCGTCTTCAAGTCCTGTATTCA 2408
Query 2277 ACTGAAGGTACTCAAATTACAAGCCTGTAAATATCTTACTGACTCATCATTGGAGCCTCT 2336
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2409 ACTTAAGGTACTCAAATTACAAGCCTGTAAGTATCTTACTGACTCATCATTGGAGCCTCT 2468
Query 2337 ATACAAAGAAGGTGCTTTACCGGCACTTGAGGAATTGGACCTGTCATATGGAACTCTCTG 2396
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2469 ATACAAAGAAGGTGCTTTACCGGCACTTGAGGAGTTGGACCTGTCATATGGAACTCTCTG 2528
Query 2397 TCAGACTGCGATAGATGATCTACTTGCGTGCTGCACACACTTGACCCATTTGAGCTTGAA 2456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2529 TCAGACTGCGATAGATGATCTACTTGCGTGCTGCACACACTTGACCCATTTGAGCTTGAA 2588
Query 2457 CGGTTGTGTAAACATGCATGACCTCGATTGGGGTTCAACCAGTGTACATCTATTTGATTA 2516
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2589 CGGATGTGTAAACATGCATGACCTGGATTGGGGTTCAACCAGTGTACATCTTTTTGATTA 2648
Query 2517 CTTTGGGGTCTATAGTTCTAGTGAGACTACCCAGGAACCAGCTGAAACAGCCAATCGGTT 2576
|||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2649 CTTTGGGGTCTACAGTTCTAGTGACAATACCCAGGAACCAGCTGAAACAGCCAATCGGTT 2708
Query 2577 ACTGCAAAACCTAAACTGTGTGGGTTGCCCCAATATTAGAAAAGTGTTGATACCACCTGC 2636
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2709 ACTGCAAAACCTAAACTGTGTGGGTTGCCCCAATATTAGAAAAGTGCTGATACCACCTGC 2768
Query 2637 AGCTCGCTTTTACCATTTATCAACACTGAACCTTTCGTTATCGGTCAATCTGAAGGAGGT 2696
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2769 AGCTCGCTTTTACCATTTATCAACACTGAACCTTTCGTTATCGGTCAATCTGAAGGAGGT 2828
Query 2697 TGATCTCTCCTGTTCCAACCTGGTTTTACTTAATTTAAGCAACTGTTGCTCTCTGGAAGT 2756
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2829 TGATCTCACCTGTTCCAACCTGGTTTTACTTAATTTAAGCAACTGTTGCTCTCTGGAAGT 2888
Query 2757 ATTGAAGCTTGGCTGTCCAAGATTGGCTAGTCTCTTTCTTCAGTCTTGTAACATGGACGA 2816
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2889 ATTGAAGCTCGGCTGTCCAAGATTAGCTAGTCTCTTTCTTCAGTCTTGTAACATGGACGA 2948
Query 2817 AGCAGGAGTTGAAGCGGCTATATCAGGATGCAGTTCACTCGAGACATTGGATCTCCGTTT 2876
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2949 AGCAGGAGTTGAAGCGGCTATATCAGGATGCAGCTCACTCGAGACATTGGATCTTCGTTT 3008
Query 2877 CTGTCCAAAGATATCCTCGGTGAGCATGACAAAGTTTCGAACAGTGTGTCCTAGTTTGAA 2936
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3009 CTGTCCAAAGATATCCTCGGTGAGCATGTCAAAGTTCCGAACAGTGTGCCCTAGTTTGAA 3068
Query 2937 ACGCGTCTTCAGCAGTCCGAATCTCTTGCAAGATTAG 2973
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3069 ACGCGTTTTCAGCAGTCCAAATCTCTTGCAAGATTAG 3105
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147791814078
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5