BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg889064
Length=1947
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G30520.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat protein kinase fa... 3192 0.0
> AT4G30520.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat protein kinase
family protein | chr4:14908000-14911307 REVERSE LENGTH=2407
Length=2407
Score = 3192 bits (1728), Expect = 0.0
Identities = 1877/1950 (96%), Gaps = 6/1950 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTAGTAGTAACAAAGAAGACGATGATGATTCAACTTCATCTCCTCTACTTGCTC-TG 59
||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||| |||| | || ||
Sbjct 268 ATGGTAGTAGTAACAAAGAAGACCATGAAGATTCAAATTCATCTCCTTTACTCGTTCTTG 327
Query 60 TTTCCTCTGTTTTTCTACTCCT-ACTCTCTCTTCTGAGCCCAGAAACCCTGAAGTTGAGG 118
||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 328 -TTCCTCTGTTTCTCTACT-CTCACTCTATCTTCTGAGCCCAGAAACCCTGAAGTTGAGG 385
Query 119 CGTTGATAAGTATAAAGAACGATTTGCATGATCCTCATGGAGCTTTGAACAATTGGGACG 178
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 386 CGTTGATAAGTATAAGGAACAATTTGCATGATCCTCATGGAGCTTTGAACAATTGGGACG 445
Query 179 AGTTTTCAGTTGATCCTTGTAGCTGGGCTATGATCACTTGCTCTCCCGACTACCTCGTCA 238
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 446 AGTTTTCAGTTGATCCTTGTAGCTGGGCTATGATCACTTGCTCTCCCGACAACCTCGTCA 505
Query 239 TTGGACTGGGAGCGCCGAGCCAGTCTCTCTCGGGAAGTTTATCTGGGTCAATCGGAAATC 298
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 506 TTGGACTAGGAGCGCCGAGCCAGTCTCTCTCGGGAGGTTTATCTGAGTCTATCGGAAATC 565
Query 299 TCACTAATCTCCGACAAGTGTCATTGCAAAATAACAACATCTCCGGCAAAATTCCACCGG 358
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 566 TCACAAATCTCCGACAAGTGTCATTGCAAAATAACAACATCTCCGGCAAAATTCCACCGG 625
Query 359 AGATTGCTTTTCTACCCAAATTACAAACCTTGGATCTTTCCAACAACCGATTCTCCGGTG 418
|| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 626 AGCTCGGTTTTCTACCCAAATTACAAACCTTGGATCTTTCCAACAACCGATTCTCCGGTG 685
Query 419 ACATCCCTGTTTCCGTTGAGCAGCTAAGCAGCCTTCAATATCTGAGACTCAACAACAACT 478
|||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 686 ACATCCCTGTTTCCATCGACCAGCTAAGCAGCCTTCAATATCTGAGACTCAACAACAACT 745
Query 479 CTCTGTCTGGGCCCTTCCCTGCTTCTTTGTCCCAAATCCCTCACCTCTCCTTCTTGGACT 538
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 746 CTTTGTCTGGGCCCTTCCCTGCTTCTTTGTCCCAAATTCCTCACCTCTCCTTCTTGGACT 805
Query 539 TGTCTTACAACAATCTCAGTGGCCCTGTTCCTAAATTCCCAGCCAGGACTTTCAATGTTG 598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 806 TGTCTTACAACAATCTCAGTGGCCCTGTTCCTAAATTCCCAGCAAGGACTTTCAACGTTG 865
Query 599 CTGGTAATCCTTTGATTTGTAGAAACAGTCCACCTGAGATTTGTTCTGGATCAATCAATG 658
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 866 CTGGTAATCCTTTGATTTGTAGAAGCAACCCACCTGAGATTTGTTCTGGATCAATCAATG 925
Query 659 CAAGTCCTCTTTCTGTTTCTTTGAGCTCTTCATCAGGACGCAGGTCTAATAGATTGGCGA 718
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 926 CAAGTCCACTTTCTGTTTCTTTGAGCTCTTCATCAGGACGCAGGTCTAATAGATTGGCAA 985
Query 719 TAGCTCTTGGTGTAAGCCTTGGCTTTGTTGTTATACTACTCCTTGCTCTCGGGTCCTTTC 778
|||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 986 TAGCTCTTAGTGTAAGCCTTGGCTCTGTTGTTATACTAGTCCTTGCTCTCGGGTCCTTT- 1044
Query 779 T-TTGGTACCGAAAGAAACAAAGAAGGCTACTGATCCTTAACTTAAACGATAAACAAGAG 837
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1045 TGTTGGTACCGAAAGAAACAAAGAAGGCTACTGATCCTTAACTTAAACGATAAACAAGAG 1104
Query 838 GAAGGGCTTCAAGGACTTGGGAATCTAAGAAGCTTCACATTCAGAGAACTCCATGTTTCT 897
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1105 GAAGGGCTTCAAGGACTTGGGAATCTAAGAAGCTTCACATTCAGAGAACTCCATGTTTAT 1164
Query 898 ACAGATGGTTTCAGTTCCAAGAACATTCTCGGCGCTGGAGGATTCGGTAATGTGTACAGA 957
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1165 ACAGATGGTTTCAGTTCCAAGAACATTCTCGGCGCTGGTGGATTCGGTAATGTGTACAGA 1224
Query 958 GGAAAGCTTGGAGACGGGACAATGGTGGCAGTGAAACGGTTGAAGGATATTAACGGAACC 1017
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1225 GGCAAGCTTGGAGATGGGACAATGGTGGCAGTGAAACGGTTGAAGGATATTAATGGAACC 1284
Query 1018 TCAGGGGATTCACAGTTTCGTATGGAGCTAGAGATGATTAGCTTAGCTGTTCATAAGAAT 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1285 TCAGGGGATTCACAGTTTCGTATGGAGCTAGAGATGATTAGCTTAGCTGTTCATAAGAAT 1344
Query 1078 CTGCTTCGGTTAATTGGTTATTGCGCAACTTCTGGTGAAAGACTTCTTGTTTACCCTTAC 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1345 CTGCTTCGGTTAATTGGTTATTGCGCAACTTCTGGTGAAAGGCTTCTTGTTTACCCTTAC 1404
Query 1138 ATGCCTAATGGAAGCGTCGCCTCTAAGCTTAAATCTAAACCGGCATTGGACTGGAACATG 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405 ATGCCTAATGGAAGCGTCGCCTCTAAGCTTAAATCTAAACCGGCATTGGACTGGAACATG 1464
Query 1198 AGGAAGAGGATAGCAATTGGTGCAGCCAGAGGTTTGTTGTATCTACATGAGCAATGTGAT 1257
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1465 AGGAAGAGGATAGCAATTGGTGCAGCGAGAGGTTTGTTGTATCTACATGAGCAATGTGAT 1524
Query 1258 CCCAAGATCATTCACAGAGATGTAAAGGCAGCTAATATTCTCTTAGACGAGTGCTTTGAA 1317
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1525 CCCAAGATCATTCATAGAGATGTAAAGGCAGCTAATATTCTCTTAGACGAGTGCTTTGAA 1584
Query 1318 GCTGTTGTTGGTGACTTTGGACTCGCAAAGCTCCTTAACCACGCAGATTCTCATGTCACA 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1585 GCTGTTGTTGGTGACTTTGGACTCGCAAAGCTCCTTAACCATGCGGATTCTCATGTCACA 1644
Query 1378 ACGGCAGTTCGTGGTACGGTTGGCCACATTGCACCCGAATATCTCTCCACCGGTCAGTCT 1437
|| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1645 ACTGCGGTCCGTGGTACGGTTGGCCACATTGCACCTGAATATCTCTCCACTGGTCAGTCT 1704
Query 1438 TCTGAGAAAACCGATGTGTTTGGGTTCGGTATACTCTTGCTCGAGCTCATAACTGGAATG 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 1705 TCTGAGAAAACCGATGTGTTTGGGTTCGGTATACTATTGCTCGAGCTCATAACCGGACTG 1764
Query 1498 AGAGCTCTTGAGTTTGGTAAAACCGTTAGCCAGAAAGGAGCTATGCTTGAATGGGTGAGG 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1765 AGAGCTCTTGAGTTTGGTAAAACCGTTAGCCAGAAAGGAGCTATGCTTGAATGGGTGAGG 1824
Query 1558 AAATTGCACGAAGAGATGAAAGTAGAGGAACTGGTGGACCGAGAACTCGGGACAAACTAC 1617
||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||||||
Sbjct 1825 AAATTACATGAAGAGATGAAAGTAGAGGAACTATTGGATCGAGAACTCGGAACTAACTAC 1884
Query 1618 GATAAGATTGAAGTTGGAGAGATGTTGCAAGTGGCTTTGCTATGCACACAATATCTTCCG 1677
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1885 GATAAGATTGAAGTTGGAGAGATGTTGCAAGTGGCTTTGCTATGCACACAATATCTGCCA 1944
Query 1678 GCTCATCGTCCTAAAATGTCTGAAGTGGTTTTGATGCTTGAAGGCGATGGATTAGCGGAG 1737
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1945 GCTCATCGTCCTAAAATGTCTGAAGTTGTTTTGATGCTTGAAGGCGATGGATTAGCCGAG 2004
Query 1738 AGATGGGCTGCTTCGCATAACCATTCACATTTCTACCATGCCAATATCTCTTTCAAGACA 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2005 AGATGGGCTGCTTCGCATAACCATTCACATTTCTACCATGCCAATATCTCTTTCAAGACA 2064
Query 1798 ATATCTTCTCTGTCTACTACTTCTGTCTCAAGGCTTGACGCACATTGCAATGACCCAACT 1857
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2065 ATCTCTTCTCTGTCTACTACTTCTGTCTCAAGGCTTGACGCACATTGCAATGATCCAACT 2124
Query 1858 TATCAAATGTTTGGATCTTCGGCTTTCGATGATGACGATGATCATCAGCCTTTAGATTCA 1917
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2125 TATCAAATGTTTGGATCTTCGGCTTTCGATGATGACGATGATCATCAGCCTTTAGATTCC 2184
Query 1918 TTCGCCATGGAACTATCCGGTCCAAGATAA 1947
|| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2185 TTTGCCATGGAACTATCCGGTCCAAGATAA 2214
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 96435246945
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5