BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg889682
Length=2457
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G24790.1 | Symbols: | AAA-type ATPase family protein | chr4... 3930 0.0
> AT4G24790.1 | Symbols: | AAA-type ATPase family protein | chr4:12777558-12781688
FORWARD LENGTH=3357
Length=3357
Score = 3930 bits (2128), Expect = 0.0
Identities = 2348/2455 (96%), Gaps = 11/2455 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGGGGAGACTAGGAGGCATTCTGTTGATGTTCCCATCACAAGAACCCTTGTGGCTCTT 60
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 441 ATGGGGGAGACTAGGAGGCACTCTGTTGATGTTCCCATCACAAGAACACTTGTTGCTCTT 500
Query 61 AGAAGGGTTAGGTCACTGAGAGATCCATGTACCACTTCTATGAGCAAGTTTGCTTCTTTG 120
||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 501 AGAAGGGTTCGGTCACTGAGAGATCCATGTACTACTTCAATGAGCAAGTTTGCTTCTTTG 560
Query 121 CTCGACAATGTCAAATGGGAAACTGGTTCCAACAATGGGATCTCACTTCAGTTTGTGGAT 180
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 561 CTTGACAATGTCAAATGGGAAACTGGTTCCAACAATGGGATCTCACTTCAGTTTGTGGAA 620
Query 181 CATGGTGATGATGCTTGTAAGGCTGCTGCTGCTGATGCTACTGTGGGTTTGATTCCTTTT 240
|||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 621 CATGCTGATGATGCTTGTAA-G--GCTGCTGCTGATGCTCCTGTGGGTTTGATTCCTTTT 677
Query 241 GGTTCATACTCTATAATGGAGGAGCTAGAGAGTGGTTGTGATCTTCACAAGTTGAGTAGC 300
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 678 GGTTCATACTCTATAATGGAGGAGCTTGAGAGTGGTTGTGATCTTCACAAGTTGAGTAGC 737
Query 301 AAGGTGCTAAATGTTGAAGGAGACGCCTGCTCAAGGAGTAGTCAAAGATCTTGTAATGGT 360
|||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| | ||
Sbjct 738 AAGGTGATAAATGTTGAAGGAGACGCCTGCTCTAGGAGTAGTGAAAGATCTTG-CA--GT 794
Query 361 GATTTATCGGTGAAAGGTAGGGAGTTAGCTTGTAATGTGCCTTCAATTAGTCATGTTGAG 420
||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 795 GATTTATCGGTTAAAGGTAGGGACTTAGCATGTAATGCGCCTTCAATCAGTCATGTTGAG 854
Query 421 GAGGC-GGCTTCAGGGGGAAGATATAGAACTACTCATTATTCCACTAAGTTAGCTAGCTC 479
||||| || |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 855 GAGGCTGG-TTCAGGGGGAAGATATAG-A--ACTCATTATTCCACTAAGTTAGCTAGCTC 910
Query 480 AGTTGGTGAATATGGAAGCCGTTTAGGTAGTCCGATGACCTCAACAAATCATAGTTATTA 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 911 GGTTGGTGAATATGGAAGCCGTTTAGGTAGTCCGATGAACTCAACAAATCATAGTTATTA 970
Query 540 TGGAGATGAAGATTTTGATTTTGATAGTCAATCTAACCGTGGTTGCGGTATAACTTATTG 599
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 971 TGGAGATGAAGATGTTGATTTTGATAGTCAATCTAACCGTGGTTGCGGGATAACGTATTG 1030
Query 600 CTGGTCAAGAACGCCTAGGTACAGAGGATCAAACCAATCCTCAGATGTAGAAGAGTATCC 659
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031 CTGGTCAAGAACGCCGAGGTACAGAGGATCAAACCAATCCTCAGATGTAGAAGAGTATCC 1090
Query 660 TTTATTGCCTGGAAATGGAAATGGTGAGAGTGATGTGGTGACACCGAGTCACGAAGTGTT 719
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1091 TTTACTACCTGGAAATGGAAATGGTGAGAGTGATGTGGTGACACCGAGTCATGAAGTGTT 1150
Query 720 GTCGAGGAGTCTGAGTCAGAAATTCAGGCCGAAATCTTTCGATGAGTTAGTTGGACAAGA 779
|||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 1151 GTCGAGGAGTTTGAGTCAGAAATTCAGGCCAAAATCTTTTGATGAGCTAGTTGGACAAGA 1210
Query 780 AGTCGTGGTGAAATGTCTTTTGAGCACCATATTAAGAGGAAGGATTACTTCTGTGTACCT 839
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1211 AGTTGTGGTGAAATGTCTCTTGAGCACCATATTAAGAGGAAGGATTACTTCTGTATACCT 1270
Query 840 TTTTCACGGTCCTCGTGGGACTGGTAAAACATCAACGTCTAAGATATTTGCTGCTGCTTT 899
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1271 TTTTCATGGTCCTCGTGGGACTGGTAAAACATCAACGTCTAAGATATTTGCTGCTGCTTT 1330
Query 900 AAACTGCCTTTCACAGGCTGCACATAGTAGACCATGTGGCTTGTGTAGTGAATGCAAATC 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1331 AAACTGCCTTTCACAGGCTGCACATAGTAGACCATGTGGCTTGTGTAGTGAATGCAAATC 1390
Query 960 ATACTTCTCGGGAAGAGGCAGGGACATAATGGAAACGGATTCGGGTAAACTAAACCGGCC 1019
||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1391 ATACTTCTCAGGAAGAGGCAGGGACGTAATGGAAACCGATTCGGGTAAACTAAACCGACC 1450
Query 1020 TAGCTACCTCAGATCTCTCATCAAGAATGCCTCTCTTCCTCCGGTTGCATCTAGATTTAA 1079
||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||
Sbjct 1451 TAGCTACCTAAGATCTCTCATCAAGAGTGCATCTCTTCCTCCTGTTTCATCAAGATTTAA 1510
Query 1080 GGTTTTTATTATCGATGAGTGTCAGTTATTATGTCAAGAAACTTGGGGTACTCTCTTGAA 1139
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1511 GGTTTTTATAATCGATGAGTGTCAGTTATTATGTCAAGAAACTTGGGGTACTCTTTTGAA 1570
Query 1140 CAGTTTGGACAACTTCTCTCAGCATTCGGTTTTTATACTAGTTACATCAGAGCTAGAGAA 1199
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1571 CAGTTTGGACAATTTCTCTCAGCATTCGGTTTTTATACTGGTTACATCAGAGCTAGAGAA 1630
Query 1200 GCTACCGCGTAACGTGCTCTCACGTTCTCAGAAATATCATTTCTCTAAAGTATGCGATGC 1259
| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1631 GTTACCGCGTAACGTTCTCTCACGGTCTCAGAAATATCATTTCTCTAAAGTATGTGATGC 1690
Query 1260 GGATATATCAACTAAGCTGGCAAAGATTTGTGTTGAAGAAGGTATTGATTTTGATCAAGG 1319
||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1691 GGATATATCAACTAAGCTGGCTAAGATTTGTATTGAAGAAGGCATTGATTTTGATCAAGG 1750
Query 1320 GGCAGTTGATTTCATTGCTTCTAAATCTGATGGTTCACTTCGGGATGCTGAGATAATGCT 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1751 GGCAGTTGATTTCATTGCTTCTAAATCTGATGGTTCACTTCGGGATGCTGAGATAATGCT 1810
Query 1380 TGATCAGTTAAGTTTGCTCGGTAAAAGAATAACGACATCTTTGGCCTACAAGCTTATTGG 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1811 TGATCAGTTAAGTTTGCTCGGTAAAAGAATAACAACATCTTTGGCCTACAAGCTTATTGG 1870
Query 1440 GGTTGTTTCTGATGATGAATTGCTTGATCTGCTTGATCTTGCCCTGTCTTCTGATACTTC 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1871 GGTTGTTTCTGATGATGAATTGCTTGATCTGCTTGATCTTGCCATGTCTTCTGATACTTC 1930
Query 1500 AAACACGGTTATAAGAGCGAGGGAACTTATGAGATCCAAAATAGATCCAATGCAGCTTAT 1559
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1931 AAACACGGTTATAAGGGCGAGGGAACTTATGAGATCCAAAATAGATCCAATGCAGCTTAT 1990
Query 1560 TTCCCAGCTAGCTAATGTCATTATGGACATCATTGCTGGAAACTCTCAAGAAAGTAGTTC 1619
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1991 TTCACAGCTAGCTAATGTCATTATGGACATCATTGCTGGAAACTCTCAAGAAAGTAGTTC 2050
Query 1620 AGCAACCAGATTTCGGTTTCTTACAAGGCATACATCCGAAGAAGAAATGCAGAAATTGAG 1679
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2051 AGCAACCAGACTTCGGTTTCTTACAAGGCATACATCTGAAGAAGAAATGCAGAAATTGAG 2110
Query 1680 AAATGCATTGAAGATACTATCTGATGCTGAGAAACACTTGAGGGCATCGAAAAACCAGAC 1739
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2111 AAATGCATTGAAGATACTATCTGATGCTGAGAAACACTTGAGAGCATCGAAAAACCAGAC 2170
Query 1740 AACCTGGCTCACTGTGGCACTTTTGCAACTTAGCAATACCGACTCATCTTCTTTTGCAAC 1799
||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2171 AACTTGGCTCACTGTGGCACTTTTGCAACTTAGTAACACCGACTCATCATCTTTTGCAAC 2230
Query 1800 AGATGAAAATGGAAGAAACCAAATAAGCAAAGACGTTGAGCTCTCCAGCACATCATCAGA 1859
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2231 AGATGAAAATGGAAGAAACCAAATAAACAAAGACGTTGAGCTCTCCAGCACATCATCAGG 2290
Query 1860 TTGTCCTGGTGATGTTATTAAATCAGAAACCGAGGAGCGTCAAAAGAAAAACTGTAAAGA 1919
||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||| ||||||||| ||
Sbjct 2291 TTGTCCTGGTGATGTTATTAAATCAGATGCCGAGAAGGGTCAAGAGAGAAACTGTAATGA 2350
Query 1920 AACAGTTGAAACTGTGTGGAAAACGGTTACAGATTTGTGTTGTTCTGATTCACTAAAGAG 1979
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2351 AACAGTTGAATCTGTGTGGAAAACGGTTACAGATTTGTGTTGTTCTGATTCACTAAAGAG 2410
Query 1980 ATTTCTGTGGAAACGAGGAAGGTTGACTTCACTTACTGTTGACAAAGGTGTGGCAAGAGC 2039
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2411 ATTTCTGTGGAAACGAGGAAGGTTGACTTCACTTACTGTTGACAAAGGTGTGGCAATAGC 2470
Query 2040 TGAATTGGAATTCTACACACCTCAACATGTAGCAAGAGCCGAGAAATCATGGAAATTGAT 2099
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2471 TGAGTTAGAATTCTACACACCTCAACATGTAGCAAGAGCCGAGAAATCATGGAAATTGAT 2530
Query 2100 TGCTGACTCGTTCCAATCGGTGTTAGGATGCAACGTTGAGATCCGAATGAATCTTGTTAT 2159
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2531 TGCAGACTCGTTCCAATCTGTGTTAGGATGCAACGTTGAGATCCAAATGAATCTTGTTAT 2590
Query 2160 CTCTGCGTGTTCTCCACCAAAGAGTGCTAAAGCAGCAGCAAGTCTTTTCTTTGGACTTTT 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 CTCTGCGTGTTCTCCACCAAAGAGTGCTAAAGCAGCAGCAAGTCTTTTCTTTGGACTTTT 2650
Query 2220 CAGCTGTTCTCGTAGAATGCTTCACAAGTCGTATTTGACTTCAAGAACAGACTCTGATTG 2279
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||
Sbjct 2651 CAGTTGTTCTCGTAGAATGCTTCACAAGTCGTATTTGACTACAAGAACCGACTCTGACTG 2710
Query 2280 CACATCTGAAAAGCCTGCAGTTACAAATTCTCTGAGAAGTTGCCAAGGAAATGTCTTGAG 2339
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2711 CGCATCTGAAAAGCCTGCAGTTACAAATTCTCTGAGAAGTTGCCAAGGAAATGTCTTGAG 2770
Query 2340 GGCTAGAAGTGTTCGTTCTTCAGCCAATGCATCGTCACGAATGAGCTGTTCCAGTGATCA 2399
|||| |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2771 GGCTCGAAGTGTTCGTTCTTCAGCCAATGCATCATCGCGTATGAGCTGTTCCAGTGATCA 2830
Query 2400 AGGCGATGCAAATTCTGCTATGTGTACTCCACACATGCCTCCGGGTGAAAAAAGG 2454
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2831 AGGCGATGCAACTTCTGCTATGTGTACTCCACACATTCCTCCGGGTGAAAAAAGG 2885
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121905671490
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5