BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg890088
Length=2226
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G21060.1 | Symbols: | Galactosyltransferase family protein ... 3563 0.0
> AT4G21060.1 | Symbols: | Galactosyltransferase family protein
| chr4:11240730-11244860 FORWARD LENGTH=2226
Length=2226
Score = 3563 bits (1929), Expect = 0.0
Identities = 2130/2229 (96%), Gaps = 6/2229 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTACTTCTCGTCTAGCTAGGTTTGTATCAGAGGTTGCTCCACCTCAATTCGTGACG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGGCTACTTCTCGTCTAGCTAGGTTTGTATCAGAGGTTGCTCCACCTCAATTTGTGACG 60
Query 61 GTGATAAGGAGGCATAGAGCAGCGAAGCAGAAGCTAGACACTATCAAAGAAGAAGAGAAC 120
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 61 GTTATGAGGAGGCATAGAGCAGCGAAGCAGAAGCTAGACACAATCAAAGAAGAAGAGAAT 120
Query 121 AAAGAGGATTGTTTCAatgatgggatgatgatgatgatgaAGACATCTCATCATCATACT 180
||||| |||| |||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 121 AAAGAAGATTCTTTCAATGGTGGGATGGTGGTGATGATGAAGACATCTCATCAACATACT 180
Query 181 CGATCGATCTTCAGATCGTGTCGAGATTTAGCTGCTACTGTGGCGTTTAGGGTCCTTCTC 240
| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||
Sbjct 181 CTATTGATCTTCAGATCGTGTCGAGATTTAGCTGCTATTGTGGGGTTTAGAATCCTTCTC 240
Query 241 TTTGCCGGATTCTCAGGGTTTTACTTGGTTTTCTTAGCTTTTAAGTTCCCACATTTCATC 300
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTTACCGGATTCTCAGGGTTTTACTTGGTTTTCTTAGCTTTTAAGTTCCCACATTTCATT 300
Query 301 CAGATGGTTGCTATGTTGAGTGGGGATACTGGTTTGGATGGGGCATTAACTGATACTGGT 360
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 301 GAGATGGTTGCTATGTTGAGTGGTGATACTGGTTTAGATGGGGCATTAAGTGATACTAGT 360
Query 361 TTAGATGTTAGTTTAAGCGGTTCGTTACGTAATGACATGTTGAATCGGAAGCTAGAAGAT 420
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 361 TTAGATGTTAGTTTAAGCGGATCGTTACGTAATGACATGTTGAATAGGAAGCTAGAAGAT 420
Query 421 GAAGAGAATCAAAGTGGGCCTTCTACTACTCAGAAGGTGTCACCAGAAGAGAAGA-TAAG 479
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 421 GAAGATCATCAAAGTGGGCCTTCTACTACTCAGAAGGTGTCACCAGAAGAGAAGATTAA- 479
Query 480 TGGAGCTAAACCGATTCAGCCACTTCAGTTTCGGTATGGTCGAATATCGGGAGAAGTCAT 539
|||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 480 TGGATCTAAACAGATTCAGCCACTTCTGTTTCGGTATGGTCGAATATCAGGAGAGGTCAT 539
Query 540 GAGGCGTAGGAATAGAACTATTCATATGTCACCCTTTGAAAGAATGGCAGATGAGGCTTG 599
||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GAGACGTAGGAATAGGACTATTCATATGTCACCTTTTGAAAGAATGGCAGATGAGGCTTG 599
Query 600 GTTGCTTGGATCCAAGGCTTGGGAAGATGTTGATAAGTTTGAGGTAGATAAGATCGAA-G 658
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |
Sbjct 600 GATACTTGGATCCAAGGCTTGGGAAGATGTTGATAAGTTTGAGGTTGATAAGATC-AACG 658
Query 659 AGAGTTCTTCTATATTCGAAGGGAAGGTCGAATCATGCCCTTCTCAGATCTCAATGAATG 718
||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 AGAGTGCTTCTATATTCGAAGGAAAGGTGGAGTCATGTCCTTCTCAGATCTCAATGAATG 718
Query 719 GAGATGACTTGAATAAAGCCAATAGGATCATGTTGCTTCCCTGTGGTCTTGCTGCTGGAT 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 719 GAGATGACTTGAATAAAGCCAATAGGATCATGTTGCTTCCCTGTGGTCTTGCTGCAGGAT 778
Query 779 CTTCTATTACAATTCTTGGAACTCCACAGTACGCACATAAGGAATCTGTTCCTCAGCGTT 838
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 779 CTTCTATTACAATTCTTGGAACTCCACAGTATGCTCATAAAGAATCTGTTCCTCAGCGTT 838
Query 839 CGAGGTTGACAAG-AGACGATGGAATGGTTATGGTTTCACAATTTATGGTTGAGTTGCAA 897
|||| |||||||| || | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CGAGATTGACAAGAAG-CTATGGAATGGTTTTGGTTTCACAATTTATGGTTGAGTTGCAA 897
Query 898 GGGCTGAAGACAGGGGACGGGGAATACCCCCCAAAGATTCTTCATTTGAACCCTAGAATT 957
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 898 GGGCTGAAGACAGGGGACGGTGAATACCCCCCTAAGATTCTTCATTTGAACCCTAGGATC 957
Query 958 AAAGGTGATTGGAATCACCGGCCAGTCATTGAACACAATACATGTTATAGGATGCAGTGG 1017
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 AAAGGTGATTGGAATCACCGACCAGTCATTGAACACAATACATGTTATAGGATGCAGTGG 1017
Query 1018 GGGGTTGCTCAAAGATGTGATGGTACTCCATCCAAGAAGGACACAGACATGCTTGTTGAT 1077
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1018 GGGGTTGCTCAAAGATGTGATGGTACTCCATCCAAGAAGGACGCAGACGTGCTTGTTGAC 1077
Query 1078 GGATTCCGAAGATGTGAAAAGTGGACGCAGAATGACATAATTGACATGGTGGACTCAAAG 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GGATTCCGAAGATGTGAAAAGTGGACGCAGAATGACATAATTGACATGGTGGACTCAAAG 1137
Query 1138 GAATCGAAGACAACTTCATGGTTCAAACGGTTTATAGGACGTGAACAAAAACCAGAAGTC 1197
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 GAATCAAAGACAACATCATGGTTCAAACGGTTTATAGGACGTGAACAAAAACCAGAAGTC 1197
Query 1198 ACTTGGTCATTCCCTTTTGCGGAAGGCAGGGTCTTTGTCCTAACTTTGCGAGCTGGAATT 1257
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 ACTTGGTCATTCCCTTTTGCGGAAGGCAAGGTCTTTGTCCTAACTTTGCGAGCTGGAATT 1257
Query 1258 GACGGTTTCCATATAAATGTTGGTGGAAGGCATGTGTCTTCATTCCCTTATCGACCGGGA 1317
|| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GATGGTTTCCATATTAATGTTGGTGGAAGACATGTGTCTTCATTCCCTTATCGACCGGGA 1317
Query 1318 TTTACCATAGAAGATGCCACAGGGCTGGCAGTTACAGGAGATGTTGATATTCATTCTGTT 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1318 TTTACCATAGAAGATGCCACAGGGCTGGCAGTTACAGGAGATGTTGATATTCATTCTATT 1377
Query 1378 CATGCTACTTCTCTTTCAACATCCCATCCGAGTTTCTCACCTCAGAAAGCTATAGAGTTT 1437
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1378 CATGCTACTTCTCTTTCAACATCTCATCCGAGTTTCTCACCGCAGAAAGCTATAGAGTTT 1437
Query 1438 TCTTCAGAATGGAAAGCTCCTCCATTGCCTGGCACTCCTTTTCGCCTTTTCATGGGTGTT 1497
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TCTTCAGAATGGAAAGCTCCTCCATTACCTGGCACTCCTTTTCGCCTTTTCATGGGTGTT 1497
Query 1498 CTATCTGCAACTAACCATTTTTCAGAGCGCATGGCAGTGAGAAAGACATGGATGCAACAT 1557
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 CTCTCTGCAACTAACCATTTTTCAGAGCGCATGGCAGTGAGAAAGACATGGATGCAACAT 1557
Query 1558 CCTTCTATTAAATCTTCAGATGTAGTAGCCCGATTCTTTGTTGCACTTAATCCAAGAAAG 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 CCTTCTATTAAATCTTCAGATGTAGTAGCCCGATTCTTTGTTGCACTTAATCCAAGAAAG 1617
Query 1618 GAAGTTAATGCAATGCTGAAGAAAGAGGCTGAATATTTTGGAGATATTGTGATTCTGCCC 1677
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 GAAGTTAATGCAATGCTAAAGAAGGAGGCTGAATATTTTGGAGATATTGTGATTCTGCCC 1677
Query 1678 TTTATGGATCGTTACGAGCTAGTGGTCCTTAAGACAATTGCTATTTGTGAATTTGGGGTC 1737
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1678 TTTATGGATCGATATGAGCTAGTGGTCCTTAAGACAATTGCCATTTGTGAATTTGGGGTC 1737
Query 1738 CAGAATGTGACAGCTCCATATATAATGAAATGTGACGATGACACCTTCATAAGAGTGGAT 1797
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1738 CAGAATGTGACAGCGCCATATATAATGAAGTGTGACGATGATACCTTCATCAGAGTGGAA 1797
Query 1798 TCAATTTTGAAACAAATCGATGGAGTCTCTCCAGAAAAATCACTCTATATGGGAAATCTA 1857
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1798 TCAATTTTGAAACAAATCGATGGAGTCTCTCCAGAAAAATCACTTTATATGGGGAATCTA 1857
Query 1858 AATCTTCGACATCGTCCTCTTAGAACTGGCAAGTGGGCAGTTACATGGGAGGAGTGGCCA 1917
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 AATCTTAGACATCGTCCTCTTAGAACTGGCAAGTGGACAGTTACATGGGAGGAGTGGCCA 1917
Query 1918 GAAGCTGTATATCCTCCTTATGCCAATGGACCCGGATACATAATCTCAAGCAACATTGCT 1977
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 GAAGCTGTGTATCCTCCTTATGCCAATGGACCCGGATACATAATCTCAAGCAACATTGCT 1977
Query 1978 AAATATATTGTTTCTCAGAATTCAAGACATAAGCTTAGGCTGTTCAAGATGGAAGATGTG 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1978 AAATATATTGTTTCTCAGAATTCAAGACATAAGCTTAGGCTATTCAAGATGGAAGATGTG 2037
Query 2038 AGCATGGGACTGTGGGTGGAGAAATTCAACGCCTCGATGCAGCCTGTTGAATACTCACAC 2097
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2038 AGCATGGGATTGTGGGTGGAGCAATTCAACGCCTCTATGCAGCCTGTCGAATACTCACAC 2097
Query 2098 AGCTGGAAATTTTGCCAATACGGATGCACACTGAACTATTATACTGCACATTATCAATCT 2157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2098 AGCTGGAAATTTTGCCAATACGGATGCACACTGAACTATTACACTGCACATTATCAATCT 2157
Query 2158 CCTAGTCAAATGATGTGCCTGTGGGATAATTTGTTGAAAGGTCGAGCACAATGTTGCAAT 2217
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2158 CCGAGTCAAATGATGTGCCTGTGGGATAATTTGTTGAAAGGTCGACCACAATGTTGCAAT 2217
Query 2218 TTCAGATGA 2226
|||||||||
Sbjct 2218 TTCAGATGA 2226
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 110441199000
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5