BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg890115
Length=2283
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G20770.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3169 0.0
> AT4G20770.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr4:11130762-11133086 REVERSE LENGTH=2325
Length=2325
Score = 3169 bits (1716), Expect = 0.0
Identities = 2062/2232 (92%), Gaps = 12/2232 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 58 AGGACGGGATTAAACAGTGATACTTATCTATGTAATCGTTTACTGGATTTGTATATTGAG 117
|||| |||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 100 AGGATGGGAATGAAGAGTGATACTTATCTATGTAATCGTTTACTTGATTTGTATATTGAG 159
Query 118 TGTGGTGATGGAGATTATGCACGGAAGGTGTTTGACGAAATGTCTCTGAGAGATGTTTAT 177
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 160 TGTGGTGATGGGGATTATGCACGGAAGGTGTTTGATGAAATGTCTGTAAGAGATGTTTAT 219
Query 178 TCTTGGAATGCTTTTTTGACGTTTAGATGTAAAGTTGGGGATTTAGGGGAAGCGTGTGAG 237
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 220 TCTTGGAATGCTTTTTTGACGTTTAGATGTAAAGTTGGGGATTTGGGGGAAGCGTGTGAG 279
Query 238 GTGTTTGATGGAATGCCTGAGAGAGATGTTGTGTCGTGGAATAATATGATTAGTGTATTG 297
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 280 GTGTTTGATGGAATGCCTGAGAGAGATGTTGTGTCGTGGAATAATATGATTAGTGTTTTG 339
Query 298 GTGAGGAAGGGGTTTGAGGAGAAGGCTTTGGATGTTTATGGGAGGATGGTTGGTGATGGG 357
|||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 340 GTGAGGAAAGGGTTTGAAGAGAAGGCTTTGGTTGTCTATAAGAGGATGGTTTGTGATGGG 399
Query 358 TTTTTGCCTTCTCGGTTCACGTTAGCTAGTGTTTTGAGCGCGTGTAGCAAGGTTCAGGAT 417
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||
Sbjct 400 TTTTTGCCTTCTCGGTTCACGTTAGCTAGTGTTTTAAGTGCGTGTAGCAAGGTTTTGGAT 459
Query 418 GGTGTTATCGGTATGAGATGTCACGGGGTTGCTGTTAAAATGGGTCTTGATAAGAATATT 477
|||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 460 GGTGTTTTTGGTATGAGGTGTCATGGGGTTGCTGTTAAAACGGGTCTTGATAAGAATATT 519
Query 478 TTTGTTGGCAATGCGTTGTTGTCTATGTATGCAAAGTGCGGGTTTATGGTTGATTATGGT 537
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 520 TTTGTTGGGAATGCGTTGTTGTCTATGTATGCAAAGTGTGGGTTTATTGTTGATTATGGT 579
Query 538 GTTCGAGTGTTTGAATCTCTCTCTGAACCTAATGAAGTCTCTTTTACAACGGTAATCAGC 597
|||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| |||| || ||
Sbjct 580 GTTCGAGTCTTTGAATCTCTCTCTCAGCCTAATGAAGTCTCTTATACAGCGGTGATTGGC 639
Query 598 GGGTTAGCTCGGGAAAATAAAGTGTTGGAGGCAGTTCACATGTTCAGATTGATGTGTGAG 657
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 640 GGGTTAGCTCGGGAAAATAAAGTGTTGGAGGCAGTTCAGATGTTCAGATTGATGTGCGAG 699
Query 658 AAAGGTGTGCAGGTGGATTGTGTTTGCTTATCTAATATTCTCAGCATCTCTGTTCCAAGA 717
||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 700 AAAGGCGTGCAGGTGGATTCTGTTTGCTTATCTAATATTCTTAGCATCTCTGCTCCAAGA 759
Query 718 GAAGGATGTGATAGCCTGAGTGTAATCTATGGCAATGTGCTCGGGAAACAGATCCATAGT 777
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||
Sbjct 760 GAAGGATGTGATAGCCTGAGTGAAATCTATGGCAATGAGCTTGGGAAACAGATTCATTGT 819
Query 778 CTTGCGTTAAGACGTGGGTTCGTAGGAGAACTTCATCTGAACAATTCGTTGCTCGAAATA 837
||||| || |||| |||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 820 CTTGCTTTGAGACTTGGGTTTGGAGGAGATCTTCATCTGAACAATTCGTTGCTTGAAATA 879
Query 838 TATGCAAAGAATAAAGACATGAATGGCGCAGAGCTGATTTTTACTGAGATGCCTGAAGTG 897
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 880 TATGCAAAGAATAAAGACATGAATGGTGCAGAGCTAATTTTTGCTGAGATGCCTGAAGTG 939
Query 898 AATGTTGTCTCTTGGAACATTATGATAGCTGGGTTTGGCCAGGAATATCGAAGTGACAAA 957
|||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 940 AATGTTGTCTCTTGGAACATAATGATAGTTGGGTTTGGTCAGGAGTATCGAAGTGACAAA 999
Query 958 TCCATTGAAAATC-TAAAGAGAATGAGAGATTCTGGTTTTGAACCAAACGAAGTTACTTG 1016
|| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 1000 TCTGTTGAAT-TCCTAACGAGAATGAGAGATTCTGGTTTTCAACCAAATGAAGTTACTTG 1058
Query 1017 CATTAGTATTCTTGGAGCGTGCTTTCGTTCAGGAGATGTTGAAACCGGTAGGAGAATATT 1076
||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1059 CATTAGTGTTCTTGGAGCGTGCTTTCGTTCAGGGGATGTCGAAACCGGAAGGAGAATATT 1118
Query 1077 CAATACCATTCCCCAGCCAAGTGTTAGCGCATGGAATGCTATGCTTTCTGGTTATTCTAA 1136
|| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1119 CAGTAGCATTCCCCAGCCAAGTGTTAGCGCTTGGAATGCTATGCTTTCTGGTTATTCCAA 1178
Query 1137 CTATGAGCACTATGAGGAAGCAATAAACAATTTCAGACAAATGCAGTTTCAGAACCTGAA 1196
|||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 CTATGAACACTATGAGGAAGCAATAAGCAATTTCAGACAAATGCAGTTTCAGAACCTGAA 1238
Query 1197 ACCTGACAGAACCACTTTGAGTGTGATACTAAGTTCGTGTGCGAGATTGAGATTTCTGGA 1256
|||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1239 ACCTGATAAAACCACTTTGAGTGTGATATTAAGTTCGTGTGCGAGATTGAGATTTCTGGA 1298
Query 1257 AGGAGGGAAACAGATCCATGGGGTAGCGATAAGGACCGAGACTTCTGAGGA-CAGTCACA 1315
||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || || ||||||||
Sbjct 1299 AGGAGGGAAGCAGATCCATGGGGTAGTGATAAGGACCGAGATTTC-GAAGAACAGTCACA 1357
Query 1316 TAGTTAGTGGTCTTATTGCAGTGTACTCGGAATGCGAGAAAATGGAGATCTGTGAATGTA 1375
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||
Sbjct 1358 TAGTTAGTGGTCTTATTGCAGTGTACTCCGAATGCGAGAAGATGGAGATATCTGAATGTA 1417
Query 1376 TCTTTGATGATTGTATAAACGAATTGGATATCGCTTGTTGGAACTCGATGATCTCAGGTC 1435
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1418 TCTTTGATGATTGTATAAACGAATTGGATATCGCTTGTTGGAACTCGATGATCTCAGGTT 1477
Query 1436 TTAGACGCAACACACTGGACACAAAAGCTCTAATGCTCTTCAGAAGAATGCATCAGACTA 1495
|||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1478 TTAGACACAACATGCTGGACACAAAAGCTCTAATACTCTTTAGAAGGATGCATCAGACT- 1536
Query 1496 GT-GTGTTGT-TACCTAATGAAACTACATAT-GCTATTGTATTAGGTAGCTGTTCAAGGT 1552
| ||||||| | |||||||||||| ||| | |||| |||| || |||||||||||||||
Sbjct 1537 GCCGTGTTGTGT-CCTAATGAAACTTCAT-TCGCTACTGTACTAAGTAGCTGTTCAAGGT 1594
Query 1553 TATGTAGTTTGGTCCATGGAAGACAGTTTCATGGACAGGTAGTGAAGAGCGGATATGTAA 1612
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1595 TATGTAGTTTGCTCCATGGAAGACAGTTTCATGGACTGGTAGTGAAGAGTGGATATGTAA 1654
Query 1613 GCGATTCCTTTGTTGAAACAGCTGTTACTGATATGTATTGCAAATGCGGTGAAATAGAAT 1672
| ||||||||||||||||| ||| |||| || ||||| ||||| || || |||||||| |
Sbjct 1655 GTGATTCCTTTGTTGAAACCGCTCTTACCGACATGTACTGCAAGTGTGGGGAAATAGATT 1714
Query 1673 CAGCTCGACAGTTCTTTGATACTGTTTCGAGGAAAAACACGGTTATTTGGAATGAGATGA 1732
|||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1715 CAGCTCGACAGTTCTTCGATGCTGTTTTGAGGAAAAACACGGTTATTTGGAATGAGATGA 1774
Query 1733 TACATGGGTATGCTCATAATGGGCGAGGCGATGAAGCTGTTGATCTATACAGAGAGATGA 1792
|||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||
Sbjct 1775 TACATGGGTATGGTCATAATGGACGAGGTGATGAAGCTGTTGGTCTCTACAGAAAGATGA 1834
Query 1793 TATCAGCGGGAGAGAAACCCGACGGGATAACCTTTGTCTCTGTCTTGACTGCTTGCAGCC 1852
| ||| | |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1835 TTTCATCAGGAGAGAAGCCTGATGGGATAACCTTCGTTTCTGTCTTGACTGCTTGTAGCC 1894
Query 1853 ACTCAGGACTGGTGGATACAGGGCTTGAGATACTCAGTTCAATGCAGAGAGAT-CATGGA 1911
|||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||
Sbjct 1895 ACTCAGGACTGGTGGAAACCGGGCTTGAGATACTTAGTTCGATGCAGAGA-ATTCATGGA 1953
Query 1912 ATTGAACCGGAGCTGGATCATTACATCTGTACAGTTGATTGTCTTGGAAGAGCTGGTCGT 1971
||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1954 ATTGAGCCGGAGCTGGATCATTACATCTGTATAGTTGATTGTCTTGGAAGAGCTGGCCGG 2013
Query 1972 CTTGAAGATGCAGAGACGCTTGCAGAAGCTACACCATACAAAAGCAGCTCTGTTCTATGG 2031
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2014 CTTGAAGATGCAGAGAAGCTTGCAGAAGCTACACCATACAAAAGTAGCTCTGTTCTATGG 2073
Query 2032 GAGATTCTACTTAGTTCATGTAGAGTCTATGGCGATGTGAGCTTGGCTAGACGAGTTGCA 2091
||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2074 GAGATTCTACTAAGTTCATGTAGAGTCCATGGAGATGTGAGCTTGGCTAGACGAGTTGCA 2133
Query 2092 GAGAAACTAATGCATCTGGATCCTCAGAACTCAGCAGCATATGTGCTGCTAAGCAACACA 2151
|| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2134 GAAAAACTAATGCGTCTGGATCCTCAGAGCTCAGCAGCATATGTGCTGCTAAGCAACACA 2193
Query 2152 TATAGTTCAGTCAGACAGTGGGATGACGCTGCAGCTCTTCAAGAATTAATGAACAAGAAC 2211
|||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2194 TATAGTTCTTTGAGACAGTGGGATGATTCTGCAGCTCTTCAAGGATTAATGAACAAGAAC 2253
Query 2212 AGAGTTCATAAAACTCCAGGTCATAGCTGGATCACATATGGCAATGATTTGGACTCAGGA 2271
||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2254 AGAGTTCATAAAACTCCAGGTCAAAGCTGGACCACATATGGCAATGATTTGGACTCAGGG 2313
Query 2272 TTTCGAAAATAG 2283
||||||||||||
Sbjct 2314 TTTCGAAAATAG 2325
Score = 95.3 bits (51), Expect = 2e-18
Identities = 57/60 (95%), Gaps = 0/60 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCGTAGTGGAGGCAATAAGTATTTAGCGAGTCTCTTGCGTTGTTACAGAGATGAAAGG 60
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGCGTAGCGGAGGGAATAAGTATTTAGCGAGTCTCTTGCGTTGTTATAGAGATGAAAGG 60
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 113302630065
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5