BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg891524
Length=2340
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G41370.1 | Symbols: XPB1, ATXPB1 | homolog of xeroderma pigm... 3731 0.0
AT5G41360.1 | Symbols: XPB2, ATXPB2 | homolog of Xeroderma pigm... 3306 0.0
> AT5G41370.1 | Symbols: XPB1, ATXPB1 | homolog of xeroderma pigmentosum
complementation group B 1 | chr5:16551119-16556003
FORWARD LENGTH=2733
Length=2733
Score = 3731 bits (2020), Expect = 0.0
Identities = 2225/2321 (96%), Gaps = 26/2321 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 CGGTGAAAGAGGAAGACCCAACAAGAAGATCAAGTATGGTGGCAAGGATGATCAAAAGAT 80
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 227 CGGTGAAAGAGGAAGACCTAACAAGAAGATGAAGTATGGTGGCAAGGATGATCAAAAGAT 286
Query 81 GAAGAACATCCAAAACGCTGAAGATTACTATGACGAAGATGATGAAGATTCTCGTGATGG 140
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | |||
Sbjct 287 GAAGAACATCCAAAACGCTGAAGATTACTAT------GATGAT---G-----C-TGA--- 328
Query 141 TGAACTTACTCTCTCGCTGTATGGTGAAGGAGAAGAGAAGAAGAGGGATTTTACTAAACT 200
|||| | |||||| || ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 329 TGAA--GA--CTCTCG-TG-ATGGTGAAGGAGAGGAGAAGAAGAGAGATTTTACTAAATT 382
Query 201 GGAGTTGAAGCCAGATCATGTG-AACAGGCCTTTGTGGGCTTGTGCTGATGGAAGGATTT 259
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 383 GGAGTTGAAGCCAGATCATG-GAAACAGGCCTTTGTGGGCTTGTGCTGATGGAAGGATTT 441
Query 260 TCTTGGAGACTTTTTCTCCTCTTTATAAACAAGCTTATGATTTTCTTATCGCCATTGCTG 319
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 442 TCTTGGAGACATTTTCTCCTCTCTATAAACAAGCTTATGACTTTCTTATCGCCATTGCTG 501
Query 320 AACCTGTTTGCAGGCCTGAGTCAATGCACGAGTATAATTTAACCCCACACTCGTTGTATG 379
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 502 AACCCGTTTGCAGGCCTGAGTCAATGCACGAGTATAATTTAACCCCACACTCGTTGTATG 561
Query 380 CTGCTGTTTCCGTTGGTCTTGAGACAGAAACTATCATTTCTGTTTTGAATAAACTGTCTA 439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 562 CTGCTGTTTCCGTTGGTCTTGAGACAGAAACTATCATTTCTGTTTTGAATAAACTGTCTA 621
Query 440 AGACTAAGCTACCCAAGGAGATGATTGAGTTCATCCATGCTTCTACTGCTAATTATGGGA 499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 622 AGACTAAGCTACCCAAGGAGATGATTGAGTTCATCCATGCTTCTACTGCTAATTATGGGA 681
Query 500 AAGTGAAGCTCGTTTTGAAGAAGAATCGGTATTTTATTGAATCCCCATTCCCAGAGGTAT 559
|||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 682 AAGTAAAGCTGGTTTTGAAGAAGAATCGGTATTTTATTGAGTCCCCATTCCCAGAGGTTT 741
Query 560 TGAAAAGGCTTCTCAGTGACGATGTTATTAACCGAGCTAGATTTTCTTCTGAGCCATATT 619
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 742 TGAAAAGGCTTCTCAGCGACGATGTTATAAACCGAGCTAGATTTTCTTCTGAGCCATATT 801
Query 620 ATGGCGGTGATGGATTCACGATCGGCAAAACAAGCGGTGAACTTGAAGCAGGACCCGGGG 679
||||||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 802 ATGGCGGTGATGGATTCTCGGTCGGCAGAACATGCGGTGAACTTGAAGCAGGACCCGGGG 861
Query 680 AGCTGTTGAATGGAGCAGAATTGGCAGCAGCAGCAGAAGAGAAAGAAACTCACTCATTTG 739
|||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 862 AGCTATTGAATGAAGCGGAATTTGCAGCAGCAGCAGAAGAGAAAGAAACTCACTCATTTG 921
Query 740 AGATAGACCCTGCACAGGTGGAGAATGTGAAGCAGCGTTGCTTACCAAATGCCTTGAATT 799
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 AGATTGACCCTGCACAGGTGGAGAATGTGAAGCAGCGTTGCTTACCAAATGCCTTGAATT 981
Query 800 ACCCTATGTTAGAGGAATATGACTTCAGGAACGACAATGTTAATCCCGATCTTGACATGG 859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 982 ACCCTATGTTAGAGGAATATGACTTCAGGAACGACAATGTTAATCCCGATCTTGACATGG 1041
Query 860 AACTGAAGCCCCATGCACAACCGAGGCCATACCAGGAAAAAAGTTTGAGCAAAATGTTTG 919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042 AACTGAAGCCCCATGCACAACCGAGGCCATACCAGGAAAAAAGTTTGAGCAAAATGTTTG 1101
Query 920 GGAACGGACGAGCAAGATCTGGGATTATAGTGTTGCCTTGTGGTGCTGGTAAATCTCTAG 979
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 GGAACGGGCGAGCAAGATCTGGGATTATAGTGTTGCCTTGTGGTGCTGGTAAATCTCTAG 1161
Query 980 TTGGTGTTTCGGCAGCGGCTCGTATAAAGAAGAGTTGTCTTTGTTTGGCGACGAATGCTG 1039
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1162 TTGGTGTTTCTGCAGCTGCTCGTATAAAGAAGAGTTGTCTTTGTTTGGCGACGAATGCTG 1221
Query 1040 TCTCGGTGGATCAGTGGGCCTTCCAGTTCAAGTTGTGGTCTACTATAAGAGATGACCAAA 1099
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1222 TCTCAGTGGATCAGTGGGCCTTCCAGTTCAAGTTGTGGTCTACTATAAGAGATGACCAAA 1281
Query 1100 TATGCCGTTTCACTTCTGATAGCAAAGAACGATTCCGTGGAAATGCTGGTGTTGTTGTGA 1159
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1282 TATGTCGTTTCACTTCTGATAGTAAAGAACGATTCCGTGGAAATGCTGGTGTTGTTGTGA 1341
Query 1160 CAACCTATAATATGGTTGCCTTTAGTGGTAAACGATCTGAGGAATCAGAGAAGATTATAG 1219
||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1342 CAACCTATAATATGGTTGCCTTTGGTGGTAAACGGTCTGAGGAATCAGAGAAGATTATAG 1401
Query 1220 AAGAAATGAGAAACAGAGAGTGGGGGTTGCTGCTCATGGACGAGGTGCATGTGGTCCCGG 1279
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |
Sbjct 1402 AAGAAATGAGAAACAGAGAGTGGGGGTTACTGCTCATGGATGAGGTGCATGTGGTTCCAG 1461
Query 1280 CCCATATGTTTAGGAAAGTTATCAGTATCACAAAATCTCACTGCAAGCTAGGACTGACAG 1339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1462 CCCATATGTTTAGGAAAGTTATCAGTATCACAAAATCTCACTGCAAGCTAGGACTTACAG 1521
Query 1340 CCACCCTTGTGAGAGAAGACGAAAGGATTACAGATTTGAACTTCCTCATTGGCCCGAAAC 1399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1522 CCACCCTTGTGAGAGAAGACGAAAGGATTACAGATTTGAACTTCCTCATTGGCCCGAAAC 1581
Query 1400 TATATGAAGCCAATTGGCTAGATTTAGTTAAAGGAGGCTTTATTGCAAATGTTCAGTGTG 1459
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1582 TCTATGAAGCCAATTGGCTAGATTTAGTTAAAGGAGGCTTTATTGCAAATGTTCAGTGTG 1641
Query 1460 CTGAAGTATGGTGTCCTATGACTAAAGAGTTTTTTGCAGAATATCTGAAGAAAGAAAACT 1519
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1642 CTGAAGTATGGTGTCCCATGACCAAAGAGTTTTTTGCAGAATATCTAAAGAAAGAGAACT 1701
Query 1520 CCAAGAAAAAACAGGCACTTTATGTCATGAACCCTAACAAGTTCAGAGCCTGTGAGTTTC 1579
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702 CCAAGAAAAAGCAGGCACTTTATGTCATGAACCCTAACAAGTTCAGAGCCTGTGAGTTTC 1761
Query 1580 TGATTCGTTTCCATGAACAACAACGTGGGGATAAAATCATTGTCTTTGCAGACAATCTTT 1639
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1762 TGATTCGTTTCCATGAACAACAACGTGGGGATAAAATCATTGTCTTTGCAGACAATCTTT 1821
Query 1640 TTGCACTTACAGAGTATGCAATGAAACTCCGGAAACCGATGATTTATGGTGCAACCAGCC 1699
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1822 TTGCGCTTACAGAGTATGCGATGAAACTCCGGAAACCAATGATTTATGGTGCAACCAGTC 1881
Query 1700 ATATCGAACGAACCAAAATTCTCGAGGCATTTAAAACCAGTAAAGACGTGAACACTGTCT 1759
|||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1882 ATATCGAAAGGACAAAAATTCTCGAGGCGTTTAAAACCAGTAAAGACGTGAACACTGTCT 1941
Query 1760 TCCTGTCAAAGGTTGGTGATAACTCTATAGATATCCCTGAAGCGAATGTGATTATCCAGA 1819
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1942 TCCTGTCAAAGGTTGGTGATAACTCCATAGATATCCCTGAAGCTAATGTGATTATCCAGA 2001
Query 1820 TTTCGTCACATGCTGGTTCTAGACGTCAAGAGGCTCAGCGTTTGGGTCGTATTCTTAGGG 1879
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2002 TTTCGTCACATGCTGGTTCTAGACGTCAAGAGGCTCAGCGTTTGGGTCGTATTCTTAGGG 2061
Query 1880 CTAAGGGTAAACTTGAAGACAGAATGGCCGGTGGAAAAGAAGAGTACAATGCATTCTTCT 1939
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2062 CTAAGGGTAAACTCGAAGATAGAATGGCCGGTGGAAAAGAAGAGTACAATGCATTCTTCT 2121
Query 1940 ACTCACTTGTTTCGACAGATACACAGGAAATGTATTATTCAACGAAAAGACAACAGTTCC 1999
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2122 ACTCACTTGTTTCGACAGATACACAGGAAATGTATTATTCGACGAAAAGACAACAGTTCT 2181
Query 2000 TGATTGACCAAGGTTACAGCTTTAAGGTTATAACAAGCCTCCCACCTCCGGACGCGGGTT 2059
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2182 TGATAGACCAAGGTTACAGCTTTAAGGTTATAACAAGCCTCCCACCTCCGGACGCGGGTT 2241
Query 2060 CAAGCTTGAGCTACCACAGTCAAGAAGAACAATTATCTCTTCTCGGAAAGGTGTTGAATG 2119
|||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 2242 CAAGCTTGAGCTACCATAGTCAAGAAGAACAGTTGTCTCTTCTTGGAAAGGTGATGAATG 2301
Query 2120 CTGGAGACGATTTGGTCGGTTTAGAGCAACTCGAAGAAGACACAGACGGAATGGCTTTAC 2179
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2302 CTGGAGACGATCTGGTCGGTTTAGAGCAACTCGAAGAAGACACAGACGGAATGGCTCTAC 2361
Query 2180 AAAAGGCGAGACGAAGCATGGGATCGATGAGCTTAATGTCTGGTGCAAAAGGAATGGTCT 2239
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 2362 AAAAGGCGAGACGAAGCATGGGATCGATGAGCGTAATGTCCGGTTCAAAAGGAATGGTCT 2421
Query 2240 ACATGGAATACAACTCAGGCCGTCACAAATCCGGTCAACAATTCAAGAAACCTAAAGACC 2299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2422 ACATGGAATACAACTCAGGCCGTCACAAATCCGGTCAGCAATTCAAGAAACCTAAAGACC 2481
Query 2300 CAACCAAACGACACAATCTCTTCAAAAAACGTTACGTGTGA 2340
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2482 CAACCAAACGACACAATCTCTTCAAAAAACGTTACGTGTGA 2522
> AT5G41360.1 | Symbols: XPB2, ATXPB2 | homolog of Xeroderma pigmentosum
complementation group B 2 | chr5:16544340-16549280
FORWARD LENGTH=2694
Length=2694
Score = 3306 bits (1790), Expect = 0.0
Identities = 2152/2323 (93%), Gaps = 39/2323 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 TGAAAGAGGAA-GACCCAAC-AAGAAGATCAAGTATGGTGGCAAGGATGATCAAAAGATG 81
||||||| || || || || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 246 TGAAAGA-AAACGA-CCTACAAAGAAGATGAAGTACGGTGGGAAGGATGATCAAAAGATG 303
Query 82 AAGAACATCCAAAACGCTGAAGATTACTATGACGAAGATGATGAAGATTCTCGTGATGGT 141
|||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| | | ||| |
Sbjct 304 AAGAACATACAAAACGTTGAAGATTACTAT------GATGAT---G-----C-TGA---T 345
Query 142 GAACTTACTCTCTCGCTGTATGGTGAAGGAGAAGAGAAGAAGAGGGATTTTACTAAACTG 201
| | | | ||||| || ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | ||
Sbjct 346 G-A-GGA-T-TCTCG-TG-ATGGTGAAGGAGAGGAGAAGAGGAGAGATTTTACTGATTTG 399
Query 202 GAGTTGAAGCCAGATCATGTG-AACAGGCCTTTGTGGGCTTGTGCTGATGGAAGGATTTT 260
||||||||||| ||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 400 GAGTTGAAGCCGGATCATG-GAAATAGGCCTTTGTGGGCTTGTGCTGATGGAAAGATTTT 458
Query 261 CTTGGAGACTTTTTCTCCTCTTTATAAACAAGCTTATGATTTTCTTATCGCCATTGCTGA 320
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 459 CTTGGAGACATTTTCTCCTCTCTATAAACAAGCTTATGACTTTCTTATCGCCATTGCTGA 518
Query 321 ACCTGTTTGCAGGCCTGAGTCAATGCACGAGTATAATTTAACCCCACACTCGTTGTATGC 380
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 ACCCGTTTGCAGGCCTGAGTCAATGCACGAGTATAATTTAACCCCACACTCGTTGTATGC 578
Query 381 TGCTGTTTCCGTTGGTCTTGAGACAGAAACTATCATTTCTGTTTTGAATAAACTGTCTAA 440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||
Sbjct 579 TGCTGTTTCCGTTGGTCTTGAGACAGAAACTATCATCTCTGTTTTGAATAAGCTATCTAA 638
Query 441 GACTAAGCTACCCAAGGAGATGATTGAGTTCATCCATGCTTCTACTGCTAATTATGGGAA 500
||| ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 639 GACCAAGCTACCCGGGGAGATCATTGATTTCATCCATGCTTCTACTGCTAATTATGGGAA 698
Query 501 AGTGAAGCTCGTTTTGAAGAAGAATCGGTATTTTATTGAATCCCCATTCCCAGAGGTATT 560
||||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||
Sbjct 699 AGTGAAGTTGGTATTGAAGAAAAATCGGTATTTTATTGAATCACCATTCCCGGAGGTGTT 758
Query 561 GAAAAGGCTTCTCAGTGACGATGTTATTAACCGAGCTAGATTTTCTTCTGAGCCATATTA 620
|||||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 759 GAAAAGGCTTCTCAGTGATGATGTCATAAATCGAGCAAGATTTACTTCTGAGCCATATTA 818
Query 621 TGGCGGTGATGGATTCACGATCGGCAAAACAAGCGGTGAACTTGAAGCAGGACCCGGGGA 680
||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 819 TGGTGGTGATGGATTTACGATCGGCAAAACAAGTGGTGAACTTGAAGCAGGACCTGGGGA 878
Query 681 GCTGTTGAATGGAGCAGAATTGGCAGCAGCAGCAGAAGAGAAAGAAACTCACTCATTTGA 740
| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 879 GTTGTTGAATGAAGCAGAATTGGCAGCAGCAGCAGAAGAGAAAGAAACTCACTCATTTGA 938
Query 741 GATAGACCCTGCACAGGTGGAGAATGTGAAGCAGCGTTGCTTACCAAATGCCTTGAATTA 800
|||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 939 GATAGACCCTGCACTGGTGGAGAATGTTAAGCAGCGTTGCTTGCCAAATGCCTTGAATTA 998
Query 801 CCCTATGTTAGAGGAATATGACTTCAGGAACGACAATGTTAATCCCGATCTTGACATGGA 860
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 999 CCCTATGTTAGAGGAATATGACTTCAGGAACGATAATGTTAATCCTGATCTTGACATGGA 1058
Query 861 ACTGAAGCCCCATGCACAACCGAGGCCATACCAGGAAAAAAGTTTGAGCAAAATGTTTGG 920
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1059 ACTGAAGCCCCATGCACAACCAAGGCCATACCAGGAAAAAAGTTTGAGCAAAATGTTTGG 1118
Query 921 GAACGGACGAGCAAGATCTGGGATTATAGTGTTGCCTTGTGGTGCTGGTAAATCTCTAGT 980
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1119 AAACGGACGAGCAAGATCTGGGATTATAGTGTTACCTTGTGGAGCTGGTAAATCTCTAGT 1178
Query 981 TGGTGTTTCGGCAGCGGCTCGTATAAAGAAGAGTTGTCTTTGTTTGGCGACGAATGCTGT 1040
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1179 TGGTGTTTCTGCAGCGGCTCGTATAAAGAAGAGTTGTCTTTGTTTGGCAACGAATGCTGT 1238
Query 1041 CTCGGTGGATCAGTGGGCCTTCCAGTTCAAGTTGTGGTCTACTATAAGAGATGACCAAAT 1100
|||||||||||| ||||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1239 CTCGGTGGATCAATGGGCCTACCAATTTAAGTTGTGGTCTACTATAAAAGATGACCAAAT 1298
Query 1101 ATGCCGTTTCACTTCTGATAGCAAAGAACGATTCCGTGGAAATGCTGGTGTTGTTGTGAC 1160
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1299 ATGCCGTTTCACTTCTGATAGTAAAGAACGATTCCGTGGAAATGCTGGTGTTGTTGTGAC 1358
Query 1161 AACCTATAATATGGTTGCCTTTAGTGGTAAACGATCTGAGGAATCAGAGAAGATTATAGA 1220
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1359 AACCTATAATATGATTGCCTTTGGTGGTAAACGATCTGAAGAAGCAGAGAAGATTATAGA 1418
Query 1221 AGAAATGAGAAACAGAGAGTGGGGGTTGCTGCTCATGGACGAGGTGCATGTGGTCCCGGC 1280
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1419 AGAAATGAGAAACAGAGAGTGGGGGTTGCTGCTTATGGACGAGGTGCATGTGGTTCCAGC 1478
Query 1281 CCATATGTTTAGGAAAGTTATCAGTATCACAAAATCTCACTGCAAGCTAGGACTGACAGC 1340
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1479 CCATATGTTTAGGAAAGTTATCAGTATTACAAAATCTCACTGCAAGCTAGGACTTACAGC 1538
Query 1341 CACCCTTGTGAGAGAAGACGAAAGGATTACAGATTTGAACTTCCTCATTGGCCCGAAACT 1400
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1539 CACCCTTGTGAGAGAAGACGAAAAAATTACAGATTTAAACTTCCTCATTGGCCCGAAACT 1598
Query 1401 ATATGAAGCCAATTGGCTAGATTTAGTTAAAGGAGGCTTTATTGCAAATGTTCAGTGTGC 1460
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1599 CTATGAAGCCAATTGGCTAGATTTAGTTAAAGGAGGCTTTATTGCAAATGTTCAGTGTGC 1658
Query 1461 TGAAGTATGGTGTCCTATGACTAAAGAGTTTTTTGCAGAATATCTGAAGAAAGAAAACTC 1520
||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1659 TGAAGTATGGTGTCCCATGACCAAAGAGTTTTTTGCAGAATATCTGAAGAAAGAGAACTC 1718
Query 1521 CAAGAAAAAACAGGCACTTTATGTCATGAACCCTAACAAGTTCAGAGCCTGTGAGTTTCT 1580
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1719 GAAAAAAAAACAGGCGCTTTATGTCATGAACCCTAACAAGTTCAGAGCCTGTGAATTTTT 1778
Query 1581 GATTCGTTTCCATGAACAACAACGTGGGGATAAAATCATTGTCTTTGCAGACAATCTTTT 1640
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1779 GATACGTTTCCATGAACAACAACGTGGGGATAAAATCATCGTCTTTGCAGACAATCTTTT 1838
Query 1641 TGCACTTACAGAGTATGCAATGAAACTCCGGAAACCGATGATTTATGGTGCAACCAGCCA 1700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1839 TGCACTTACAGAGTATGCAATGAAACTCCGGAAACCGATGATTTACGGTGCAACCAGCCA 1898
Query 1701 TATCGAACGAACCAAAATTCTCGAGGCATTTAAAACCAGTAAAGAC-GTGAACACTGTCT 1759
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |
Sbjct 1899 TATCGAACGAACAAAAATTCTCGAGGCGTTTAAAACCAGTAAA-ACCGTGAACACTGTAT 1957
Query 1760 TCCTGTCAAAGGTTGGTGATAACTCTATAGATATCCCTGAAGCGAATGTGATTATCCAGA 1819
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1958 TCCTGTCAAAGGTTGGTGATAACTCCATAGATATCCCTGAAGCGAATGTGATCATCCAGA 2017
Query 1820 TTTCGTCACATGCTGGTTCTAGACGTCAAGAGGCTCAGCGTTTGGGTCGTATTCTTAGGG 1879
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 2018 TTTCGTCACATGCTGGTTCTAGACGTCAAGAGGCTCAACGTTTGGGTCGTATCCTTAGGG 2077
Query 1880 CTAAGGGTAAACTTGAAGACAGAATGGCCGGTGGAAAAGAAGAGTACAATGCATTCTTCT 1939
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2078 CTAAGGGTAAACTTGAAGATAGAATGGCTGGTGGAAAAGAAGAGTACAATGCATTCTTCT 2137
Query 1940 ACTCACTTGTTTCGACAGATACACAGGAAATGTATTATTCAACGAAAAGACAACAGTTCC 1999
|||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2138 ACTCGCTTGTTTCTACCGATACACAGGAAATGTATTATTCAACGAAAAGACAGCAGTTTT 2197
Query 2000 TGATTGACCAAGGTTACAGCTTTAAGGTTATAACAAGCCTCCCACCTCCGGACGCGGGTT 2059
|||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2198 TGATCGACCAAGGTTATAGCTTCAAGGTAATAACAAGCCTCCCACCTCCGGACGCGGGTT 2257
Query 2060 CAAGCTTGAGCTACCACAGTCAAGAAGAACAATTATCTCTTCTCGGAAAGGTGTTGAATG 2119
|||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2258 CAAGCTTGGGCTACCACAGTCAAGAAGAACAGTTGTCTCTTCTCGGAAAGGTGTTGAATG 2317
Query 2120 CTGGAGACGATTTGGTCGGTTTAGAGCAACTCGAAGAAGACACAGACGGAATGGCTTTAC 2179
||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |||| ||
Sbjct 2318 CTGGAGACGATATGGTTGGTTTAGAACAACTTGAAGAAGACACAGATGGAAAGGCTCTA- 2376
Query 2180 AAAAGGCGAGACGAAGCATGGGATCGATGAGCTT-AATGTCTGGTGCAAAAGGAATGGTC 2238
|| | |||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||| |||| ||||
Sbjct 2377 AAGACGCGA--CGAAGCATGGGATCGATGAG-TGCAATGTCCGGTGCAAATGGAAGGGTC 2433
Query 2239 TACATGGAATACAACTCAGGCCGTCACAAATCCGGTCAAC-AATTCAAGAAACCTAAAGA 2297
|||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 2434 TACATGGAATACAACTCAGGTCGTCAAAAATCTGGT-AACCAATCCAAGAAACCTAAAGA 2492
Query 2298 CCCAACCAAACGACACAATCTCTTCAAAAAACGTTACGTGTGA 2340
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||
Sbjct 2493 CCCAACCAAACGACACAATATCTTCAAAAAACGTTATGTTTGA 2535
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116164061130
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5