BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg892406
Length=3483
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G04895.1 | Symbols: | DEA(D/H)-box RNA helicase family prot... 5842 0.0
> AT5G04895.1 | Symbols: | DEA(D/H)-box RNA helicase family protein
| chr5:1428724-1434769 FORWARD LENGTH=3811
Length=3811
Score = 5842 bits (3163), Expect = 0.0
Identities = 3388/3495 (97%), Gaps = 21/3495 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCGTTTCACAAAACGAATAAGCCTCTTCTTGGGGCAGACCACCAAGATTCATCATAGT 60
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||||||
Sbjct 73 ATGCGTTTCACAAAAAGAATAAGCCTCTTCTTGGGGCAGACGACCAGGA-T--TCATAGT 129
Query 61 CGCTCTCTATTGGGAAATCCAACTTTATGCAGGTCTTATATCGTTGGTCCGGTCTCTACT 120
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 130 CGCTCTCTATTGGGAAATCCGACTTTATGCAGGTCTTATATCGTTGGTCCGGTCTCTACT 189
Query 121 AGTTCGCCGGCGTTTCTGATTTCGAGTCGTAATGGTGATGGTGTTACGGGATTGTACTAC 180
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 190 AGTTCTCCGGCGTTTCTGATTTCGAGTCGTAATGGTGATGGTGTTACGGGATTGTACTAC 249
Query 181 CCGATATGTCGTCGTTTCATCGGGCACACTGCGGAACAGTTCTCGGATGATGAGTACGAG 240
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 250 CCGATACGTCGTCGTTTCATCGGGCACACTGCGGAACAGTTCTCGGATGATGAGTACGAG 309
Query 241 TGTGAGTTCGATGAACATAAGGCTTCATCTTCTGTGGCCAATGTTGATGAGTGGAAGTGG 300
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 310 TGTGAATTCGAGGAACATAAGGCTTCATCTTCTGTGGCCAATGTTGATGAGTGGAAGTGG 369
Query 301 AAGTTAGGCATTCTGTTGGCCAATGATAGTGAACAAGAAATTGTTTCCAGAGACAAAAGG 360
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 370 AAGTTAGGAATTTTGTTGGCCAATGATAGTGAACAAGAAATTGTTTCCAGAGACAAAAGG 429
Query 361 GATCGAAGAGATTATGAGCAGATCTCAAATCTTGCTAAGAGGATGGGACTGTACAGTGAA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 430 GATCGAAGAGATTATGAGCAGATCTCAAATCTTGCTAAGAGAATGGGACTTTACAGTGAA 489
Query 421 ATTTACGGAAAAGTGGTTGTTGCAAGCAAGGTTCCTCTTCCTAACTACCGACCAGATTTG 480
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 490 ATTTATGGAAAAGTGGTTGTTGCAAGCAAGGTTCCTCTTCCTAACTACCGACCAGATTTG 549
Query 481 GATGATAAGCGACCACAACGGGAGGTGGTGCTTCCGTTGAGTTTGCAAAGAAGGGTAGAG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 550 GATGATAAGCGACCACAACGGGAGGTGGTGCTTCCGTTGAGTTTGCAAAGAAGGGTAGAG 609
Query 541 GGACTCCTTCAGGAACACCTTGATAGACAGCAGCTAAGCTCAGGAAAGGCTAATGAATGT 600
|||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 610 GGACTCCTCCAGGAACATCTTGATAGTCAGCAGCTAAGCTCAGGAAAGGCTAATGAATGC 669
Query 601 GTAGCTGATTCTCAACCTCCTAAACAGACTGAAGAACTTCCCGATGAAAATTCTGATTCG 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 670 GTAGCTGATTCTCAACCTCCTAAACAGACTGAAGAACTTCCCGATGAAAATTCTGATTCG 729
Query 661 TTTCTCGATGGTTCTGTTATGGAGAAGGTACTTCAGAGGAGGAGTATGCGGATGCGCAAT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 730 TTTCTCGATGGTTCTGTTATGGAGAAGGTACTTCAGAGGAGGAGTATGCGGATGCGCAAT 789
Query 721 ATGCAGAGAGCCTGGCAGGAATCCCCTGAGGGACGGACGATGCTGGAATTCCGGAAATCT 780
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 790 ATGCAGAGAACCTGGCAGGAATCCCCTGAGGGACGGACGATGCTGGAATTCAGGAAAACT 849
Query 781 TTGCCTTCATTCAAGGACAAAGAAAGACTTCTTCAAGCTATTGCTCGGAACCAGGTGATA 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 850 TTGCCTTCATTCAAGGACAAAGAAAGACTTCTTCAAGCTATTGCTCGGAACCAGGTGATA 909
Query 841 GTTGTATCTGGGGAGACTGGATGTGGTAAGACAACTCAGCTTCCGCAATACATTTTGGAA 900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 910 GTTGTATCTGGGGAGACTGGATGTGGTAAGACAACTCAGCTTCCACAATACATTTTGGAA 969
Query 901 TCAGAGATAGAGTCTGGTCGGGGAGCATTCTGCAACATCATTTGTACACAACCTAGGAGA 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 970 TCAGAGATAGAGTCTGGTCGGGGAGCATTCTGCAACATCATTTGTACTCAACCTAGGAGA 1029
Query 961 ATATCTGCCATGGCAGTTTCAGAAAGAGTGTCAGCTGAGAGAGGAGAACCTCTTGGTGAA 1020
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1030 ATATCTGCCATGGCAGTTTCAGAAAGAGTGTCAGCTGAAAGAGGAGAACCTCTTGGTGAA 1089
Query 1021 ACGGTTGGGTTTAAAGTTCGGCTAGAAGGAATGAGAGGAAAGAATACCCATCTTCTATTT 1080
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1090 ACGGTTGGGTTTAAAGTTCGTCTAGAAGGAATGAGAGGAAAGAATACCCACCTTCTATTT 1149
Query 1081 TGTACAAGTGGTATCCTACTCAGACGGCTGCTTAGTGATCGCAATTTGAATGGCGTAACA 1140
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1150 TGTACAAGTGGTATCCTTCTCAGACGGCTGCTTAGTGATCGCAATTTGAATGGAGTTACA 1209
Query 1141 CATGTTTTTGTTGATGAGATTCATGAAAGGGGCATGAATGAAGATTTCTTAATTATAGTG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1210 CATGTTTTTGTTGATGAGATTCATGAAAGGGGCATGAATGAAGATTTCTTAATTATAGTG 1269
Query 1201 TTGAAGGAGCTTCTTCCACGGCGTCCAGATCTGAGATTGATTCTCATGAGTGCCACTTTG 1260
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1270 TTAAAGGAGCTTCTTCCACGGCGTCCAGATCTGAGATTGGTTCTCATGAGTGCCACTTTG 1329
Query 1261 AATGCTGAACTCTTTTCTAATTACTATGGAGGGGCACCTACAATTCACATTCCTGGCTTC 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1330 AATGCTGAACTCTTTTCTAATTACTATGGAGGGGCACCTACCATTCACATTCCTGGCTTC 1389
Query 1321 ACACATCCAGTAAAAGCACATTTTTTGGAGGATGTACTGGAAATAACGGGATATAAGTTG 1380
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1390 ACACATCCAGTGAAAGCACATTTTTTGGAGGATGTACTGGAAATAACGGGATATAAGCTG 1449
Query 1381 ACCTCTTTTAATCAAGTTGATGATTATGGCCAAGAAAAGACATGGAAAACGCAAAAACAG 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1450 ACCTCTTTTAATCAAGTTGATGATTATGGCCAAGAAAAGACGTGGAAAACGCAAAAACAG 1509
Query 1441 TTAATGCCTCGCAAAAGAAAAAACCTGATCACTACTCTTGTTGAGGAAGCTCTCAGCAAG 1500
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510 TTAATGCCTCGCAAAAGAAAAAACCAGATCACTACTCTTGTTGAGGAAGCTCTCAGCAAG 1569
Query 1501 TCAAATTTTGAAAGCTATAACTCTAGGACACGTGATTCACTTTCTTCTTGGATGCCTGAC 1560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1570 TCAAATTTTGAAAGCTATAACTCTAGGACACGTGATTCTCTTTCGTCTTGGATGCCTGAC 1629
Query 1561 TGCATAGGATTTAATCTCATTGAGGCTGTTCTCTGCCACATATGCCGAAAAGAACGTCCA 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1630 TGCATAGGATTTAATCTCATTGAGGCTGTTCTCTGTCACATATGCCGAAAAGAACGTCCA 1689
Query 1621 GGTGCTGTGTTAGTATTTTTAACAGGATGGGATGATATCAGATCCCTGAGCGACCAAATT 1680
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1690 GGTGCTGTATTAGTATTTTTGACAGGATGGGATGATATCAGATCCCTGAGCGACCAAATT 1749
Query 1681 AAAGCCCATCCTCTCTTGGGGGATCCCAATAGGGTCTTGCTATTGATGTGCCACGGTTCA 1740
|||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1750 AAAGCCCATCCTCTCTTGGGAGATCCGAACAGGGTTTTGCTATTAATGTGCCACGGTTCA 1809
Query 1741 ATGGCAACTGCTGAACAGAGACTCATTTTTGAGAGAGCACCTCCAAATATTCGCAAAATT 1800
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1810 ATGGCAACTGCTGAGCAGAGACTCATTTTTGAGAGAGCACCTCCTAATATTCGCAAAATT 1869
Query 1801 GTTCTTGCTACAAACATGGCAGAAGCTAGTATTACAATAAACGATGTAGTTTTTGTGGTT 1860
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1870 GTTCTTGCTACAAACATGGCAGAAGCTAGTATTACAATAAACGATGTAGTGTTTGTGGTT 1929
Query 1861 GACTGTGGAAAGGCAAAAGAGACCACCTATGATGCTTTGAACAATACACCATGTTTGCTA 1920
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1930 GACTGTGGAAAAGCAAAAGAGACCACCTATGATGCTTTGAACAATACACCTTGTCTGCTA 1989
Query 1921 CCTTCCTGGATATCTCAAGCTTCTGCTCGACAGAGAAGGGGAAGAGCTGGGCGTCTGCTT 1980
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1990 CCTTCTTGGATATCTCAAGCTTCTGCGAGACAGAGAAGGGGAAGAGCTGGGCGTCTGTTT 2049
Query 1981 CCGGGAGAATGCTATCACCTATACCCCAAATGCGTCTATGATGCTTTTGCGGAGTATCAA 2040
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2050 CCGGGAGAATGCTATCACCTGTACCCCAAATGCGTCTATGATGCTTTTGCAGAGTATCAA 2109
Query 2041 CTTCCTGAACTTCTGAGAACTCCTTTAAACTCTCTCTGCCTGCAAATTAAAAGTCTTCAG 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2110 CTTCCTGAACTTCTGAGAACTCCTTTAAACTCTCTCTGCCTGCAAATTAAAAGTCTTCAG 2169
Query 2101 GTTGAAAGCATTGCAGAATTCTTGTCAGCTGCACTTCAGGCTCCAGAGTCTTTGGCTGTT 2160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2170 GTTGAAAGCATTGCAGAATTCTTGTCAGCTGCACTTCAGGCTCCAGAGTCTTTGGCTGTT 2229
Query 2161 CAAAATGCTATTGGATTCCTGAAAATGATCGGAGCACTGGATGAGAAGGAAAATCTAACG 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2230 CAAAATGCTATTGGATTCCTGAAAATGATCGGAGCACTGGATGAGAAGGAAAATCTAACG 2289
Query 2221 GATCTTGGAAAACTCTTATCGATTCTCCCTGTTGATCCCAAGCTGGGGAAAATGCTGATA 2280
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2290 GATCTTGGAAAACTCTTATCGATTCTTCCTGTTGATCCCAAGTTGGGGAAAATGCTGATA 2349
Query 2281 ATGGGTGCCATCTTCCGCTGCTTTGATCCGATCCTGACAATTGTATCTGGGCTAAGTGTT 2340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2350 ATGGGTGCCATCTTCCGCTGCTTTGATCCGATCCTGACAATTGTATCAGGGCTAAGTGTC 2409
Query 2341 AGAGATCCTTTCCTTCTACCTCAAGACAAAAAAGACTTAGCTTTATCGGCCAAGTTGAGA 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2410 AGAGATCCTTTCCTTCTACCTCAAGACAAAAAAGACTTAGCTTTATCAGCCAAGTTGAGA 2469
Query 2401 TTCTCAGCCAAAGACTATAGTGACCATATGGCACTGGTTCGTGCCTTTGAAGGGTGGAAA 2460
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2470 TTCTCAGCCAAAGACTACAGTGACCATATGGCACTCGTTCGTGCCTTTGAAGGGTGGAAA 2529
Query 2461 GATGCTGAAAGAGAAGGATCGGCTTATGAGTTCTGTTGGAGGAATTTCCTGTCAGCTCAG 2520
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2530 GATGCTGAAAGAGAAGGATCGGCTTATGAGTTTTGTTGGAGGAATTTCCTGTCAGCTCAG 2589
Query 2521 ACGCTTCAGGCGATACATTCTCTAAGGAAGCAGTTCAACTATATTCTGAAAGAAGCTGGC 2580
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2590 ACGCTTCAGGCGATACATTCTCTGAGGAAGCAGTTCAACTATATTTTGAAAGAAGCTGGC 2649
Query 2581 TTAGTACATGATGATTTAACTCTCAACAACAAGCTAAGTCACAACCAGTCTCTGGTTCGT 2640
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2650 TTAGTTCATGATGATTTAGCTCTCAACAACAAGCTAAGTCACAACCAGTCTCTGGTTCGT 2709
Query 2641 GCTGTCATTTGCTCTGGCCTATTCCCTGGAATAGCATCTGTTGTGCACAGAGAGACTTCC 2700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2710 GCTGTCATTTGCTCTGGCCTATTCCCTGGAATAGCATCTGTTGTGCACAGAGAGACTTCC 2769
Query 2701 ATGTCATTCAAGACAATGGATGATGGCCAAGTATCGCTATACGCGAATTCTGTTAATTCG 2760
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2770 ATGTCATTCAAGACAATGGATGATGGCCAAGTATCACTATACGCGAATTCTGTTAATTCG 2829
Query 2761 CGGTTCCCAACAATTCCATACCCTTGGCTAGTCTTTGGAGAGAAAGTAAAGGTCAATGCA 2820
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2830 CGGTTCCCAACAATTCCATACCCTTGGCTAGTCTTTGGAGAGAAAGTAAAGGTCAATGCG 2889
Query 2821 GTGCTCATACGGGACTCCACTGGTGTCCCTGATTCCAGTTTGATCCTTTTTGGTGGTGCA 2880
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2890 GTACTCATACGGGACTCCACTGGTGTCCCTGATTCCAGTTTGATCCTTTTTGGTGGTTCA 2949
Query 2881 CTGAGCACTGGAGTACAGGTGGGACATCTAAAAATGCTTGACGGGTACATTGATTTCTTC 2940
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2950 TTGAGCACGGGAGTACAGGTGGGACATCTAAAAATGCTTGACGGGTACATTGATTTCTTC 3009
Query 2941 ATGGATCCAAATTTGGCTGATTCCTATGTAAAGCTGAAGGAAGAACTCGATAAGCTTCTT 3000
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3010 ATGGATCCAAATTTGGCTGAGTCCTATGTAAAGCTGAAGGAAGAACTCGATAAGCTTCTT 3069
Query 3001 CaaaaaaaGGCGAGTCTTGAAGATCCAAGCTTGGACATCCACAAAGAAGGCAAGTACCTC 3060
||||||||| | | | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3070 CAAAAAAAG-C---T-T-GAAGATCCAAGCATGGACATCCACAAAGAAGGCAAGTACCTC 3123
Query 3061 ATGCTTGCAGTTCAAGAGCTCGTGGCTGGAGATCAATGCGAAGGCAGATTTGTCTTTGGC 3120
||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3124 ATGCTTGCAGTTCAAGAACTTGTGGCTGGAGACCAATGCGAAGGCAGATTTGTCTTTGGC 3183
Query 3121 CGTGACACAAAGAGGCCAAGCCAACCGCAAATAGGAGAGAACAAACACTCCAAAGACGGG 3180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3184 CGTGACACAAAGAGGCCAAGCCAACCGCAAATAGGAGAGAACAAACACTCCAAAGACGGG 3243
Query 3181 ACAAATCCGAAGAGTCTCCTTCAGACACTTTTGATGAGAGCTGGACACTCACCTCCAAAG 3240
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3244 ACAAACCCGAAGAGTCTCCTTCAGACACTTTTGATGAGAGCTGGACACTCACCTCCAAAG 3303
Query 3241 TACAAGACAAAACATCTCAAGACAAACGAATTTAGAGCACTTGTGGAGTTTAAAGGAATG 3300
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3304 TACAAGACAAAACATCTCAAGACAAACGAATTCAGAGCACTTGTGGAGTTTAAAGGAATG 3363
Query 3301 CAGTTCGTTGGGAAGCCTCAGAGGAATAAAACGCTCGCTGAGAAAGATGCAGCTGTTGAG 3360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3364 CAGTTCGTTGGGAAGCCTCAGAGGAATAAAACGCTCGCTGAGAAAGATGCTGCTGTTGAG 3423
Query 3361 GCCTTGGCTTGGTTGACTCATACCTCTGATAATAGTACTGGCCA------TG------CA 3408
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 3424 GCCTTAGCTTGGTTGACTCATACCTCTGATAATAGTACTGGCCAACACAATGAGGATGCA 3483
Query 3409 GATTCTCGACCTGATGTTACTGATAACATGCTTAAACTCCTTGGAGGACGGCGCAGGCGG 3468
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3484 GATTCTCCACCTGATGTTACTGATAACATGCTTAAACTCCTTGGAGGACGGCGCAGGCGA 3543
Query 3469 TCCAAGGGCAAGTAA 3483
|||||||||||||||
Sbjct 3544 TCCAAGGGCAAGTAA 3558
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 173376955008
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5