BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg892794
Length=2499
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G08490.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3282 0.0
> AT5G08490.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr5:2745208-2747757 REVERSE LENGTH=2550
Length=2550
Score = 3282 bits (1777), Expect = 0.0
Identities = 1925/1999 (96%), Gaps = 0/1999 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 CCTTTACGGCAATTTGTTCAGAATTTCAGACTTTTGTCTGGTTTTGGAACTGATCACAGG 66
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7 CCTTTACGGCAATTTGTTCAGAATTTCAGACTTTTGTCTGGTTTTGGAACTGATCACAGG 66
Query 67 GtttttttGGATGTTGTCAAAGCTTGTGCTTCAGTGTCTGAGCTCACATCAGGGAGGGCT 126
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 67 GTTTTTCTGGATGTTGTCAAAGCTTGTGCTTCAGTGTCTGATCTCACATCAGGGAGGGCT 126
Query 127 CTGCACGGTTGCGTGTTCAAGCTTGGTCATATAGCCTGCACTGAGGTCTCGAAGTCAGTT 186
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 127 CTGCACGGTTGCGTGTTCAAGCTTGGTCATATAGCCTGCTCTGAGGTTTCGAAGTCAGTT 186
Query 187 CTTAACATGTATGCGAAATGCAGGAGAATGGATGATTGCCAGAAGATGTTTAGGCAAATG 246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 187 CTTAACATGTATGCGAAATGCAGGAGAATGGATGATTGCCAGAAGATGTTTAGGCAAATG 246
Query 247 GACAGTGTTGATCCTGTTGTTTGGAATATTGTTCTGACTGGACTTTCTGTTTCTTGTGGT 306
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 247 GACAGTCTTGATCCTGTTGTTTGGAATATTGTTCTGACTGGACTTTCTGTTTCTTGCGGT 306
Query 307 CGTGAAACGATGAGGTTTTTCAAAGCAATGCACTTTGCAGATGAACCTAAGCCCAGCTCC 366
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 307 CGTGAAACGATGAGGTTTTTCAAAGCAATGCACTTTGCAGATGAACCTAAGCCGAGCTCT 366
Query 367 GTTACCTTTGCGATTCTTCTTCCTGTGTGTGTTCGCCTTGGGGATTCATACAATGGGAAA 426
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 367 GTTACCTTTGCGATTGTTCTTCCTTTGTGTGTTCGCCTTGGGGATTCATACAATGGGAAG 426
Query 427 AGTATGCATTCTTATATTATTAAAACCGGTTTAGAGAAAGATACACTTGTGGGGAATGCT 486
|||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 427 AGTATGCATTCTTATATTATTAAAGCCGGTTTGGAGAAAGATACACTTGTGGGGAATGCT 486
Query 487 TTGGTTTCCATGTATGCCAAATTTGGGTATATTATTCCTGATGCTTTTACTGCATTTGAT 546
|||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 487 TTGGTTTCCATGTATGCCAAATTTGGTTTTATTTTTCCCGATGCTTATACTGCATTTGAT 546
Query 547 GATATAGCTGACAAAGATGTTGTCTCATGGAATGCGATTATTGCTGGGTTTTCTGAGAAT 606
| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 547 GGTATAGCTGATAAAGATGTTGTCTCTTGGAATGCGATTATTGCTGGGTTTTCTGAGAAT 606
Query 607 AAGATGATGGCTGATGCATTTAGATCGTTTTGTCTAATGCTGAAAGAACCTACAGAGCCA 666
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 607 AATATGATGGCTGATGCATTTAGATCGTTTTGTCTAATGCTGAAGGAACCTACAGAGCCA 666
Query 667 AATTATGCAACAATTGCAAATGTTTTACCAGTTTGCGCTTCCATGGGTAAGAACATTGCA 726
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 667 AATTATGCAACAATTGCAAATGTTTTGCCTGTTTGCGCTTCTATGGACAAGAACATTGCA 726
Query 727 TATCGAAGTGGTAGACAGATTCACAGTTATGTTGTGCAGAGATCTTGGTTGCAAACCCAT 786
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 727 TGTCGAAGTGGTAGACAGATTCACAGTTATGTTGTGCAGAGGTCTTGGCTGCAAACCCAT 786
Query 787 GTTTTTGTATGTAATTCACTTGTGAGTTTCTATTTGAGAGTCGGAAGAATAGAAGAAGCA 846
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 787 GTTTTTGTATGTAATTCACTTGTTAGTTTCTATTTGAGAGTCGGAAGGATAGAAGAAGCA 846
Query 847 GCCTCATTGTTTACGAGGATGGGTTCCAAAGATCTGGTTTCATGGAACGTTGTCATAGCC 906
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 847 GCCTCATTGTTTACCAGGATGGGTTCTAAAGATCTAGTTTCATGGAATGTTGTCATAGCT 906
Query 907 GGTTATGCATCAAATCATGAGTGGCTTAAAGCATTGCAGTTATTTCACAACTTGGTGCAA 966
||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 907 GGTTATGCATCAAATTGTGAGTGGTTTAAAGCATTTCAGTTATTTCACAACTTGGTGCAT 966
Query 967 AAGGGGGATGTTTCTCTTGATCCAGTAACTATTCTCAGCATCCTTCCTGTCTGTGCGCAG 1026
|||||||||||||||| |||| | ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 967 AAGGGGGATGTTTCTCCTGATTCGGTAACTATTATCAGTATCCTTCCTGTCTGTGCGCAA 1026
Query 1027 TTAACTGACTTGACCTGTGGGAAAGAGATCCACAGTTATATTTTGCGCCATTCTTACCTT 1086
|||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1027 TTAACTGACTTGGCCTCTGGGAAAGAGATCCACAGTTATATATTGCGCCATTCTTACCTT 1086
Query 1087 TTGGAGGATACATCAGTTGGTAACGCTCTCATTAGTTTCTATGCAAGATTTGGTGACACG 1146
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087 TTGGAGGATACATCAGTTGGGAATGCTCTCATTAGTTTCTATGCAAGATTTGGTGACACA 1146
Query 1147 AGTGCAGCATATTGGGCCTTTTCACTGATGTCCATGAAGGATATAATATCTTGGAATGCT 1206
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1147 AGTGCAGCATATTGGGCCTTTTCACTGATGTCCACGAAGGATATAATATCTTGGAATGCT 1206
Query 1207 ATACTTGATGCCTTTGCAGACAGTCCAAAGCAGTTTCAATTTTTGAATCTCTTGCACCAC 1266
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1207 ATACTTGATGCCTTTGCAGACAGTCCAAAGCAGTTTCAATTTTTGAATCTCTTGCACCAC 1266
Query 1267 TTATTTAACGAAGCAATCACTCTTGACTCTGTTACTATTTTAAGCCTACTCAAGTTCTGC 1326
||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1267 TTACTTAATGAAGCAATCACTCTTGACTCTGTTACTATTTTAAGCCTACTAAAGTTTTGC 1326
Query 1327 ACAAATGTACAGGGAATTGGTAAAGTAAAAGAAGTTCATGGGTACTCAGTTAAGGCTGGT 1386
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327 ATAAATGTACAGGGAATTGGTAAAGTAAAAGAAGTTCATGGGTACTCAGTTAAGGCTGGT 1386
Query 1387 CTTTTACACAATGAAGAGGAACCCAAGCTTGGTAATGCATTGCTTGATGCATATGCCAAA 1446
||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1387 CTTTTACACGATGAAGAGGAACCCAAGCTTGGCAATGCATTGCTTGATGCATATGCCAAA 1446
Query 1447 TGTGGTAATGTTGAATACGCTCATAAGATTTTTCAGGGTTTATCAGAGAGGAGAACTTTG 1506
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1447 TGTGGTAATGTTGAATACGCTCATAAGATTTTTCTGGGTTTATCAGAGAGGAGAACTTTG 1506
Query 1507 GTTACCTATAACTCATTGTTATCAGGATATGTTAATAGTGGAAGTCATGATGATGCTCAG 1566
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507 GTTTCCTATAACTCATTGTTATCAGGATATGTTAATAGTGGAAGTCATGATGATGCTCAG 1566
Query 1567 ATGCTGTTCAGTGAGATGTCTACTACTGATCTCACCACTTGGAGTTTGATGGTTCGTATC 1626
||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1567 ATGCTCTTCACTGAGATGTCTACTACTGATCTCACCACTTGGAGTTTGATGGTTCGTATC 1626
Query 1627 TATGCTGAAAGTTGTTTCCCTAATGAAGCCATTGGTGTTTTCCGTGAGATTCAAGCTCGA 1686
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627 TATGCTGAAAGTTGTTGCCCTAATGAAGCCATTGGTGTTTTCCGTGAGATTCAAGCTCGA 1686
Query 1687 GGAATGAGGCCTAACACTGTGACTATAATGAATCTCCTTCCTGTTTGTGCGCAGCTAGCC 1746
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1687 GGAATGAGGCCTAACACTGTGACTATCATGAATCTCCTTCCTGTTTGTGCGCAGCTAGCC 1746
Query 1747 TCTCTGCATCTAGTAAGACAATGTCATGGATATATTATTAGAGGCAGACTTGGTGATATC 1806
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1747 TCTCTGCATCTAGTAAGACAATGTCATGGATATATTATTAGAGGCGGACTTGGTGATATC 1806
Query 1807 CGCCTGAAGGGGACTCTACTAGATGTATATGCTAAATGTGGCAGCTTGAAGCATGCATAT 1866
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1807 CGCCTGAAGGGGACTCTACTAGATGTATATGCTAAATGTGGCAGCTTGAAGCATGCATAT 1866
Query 1867 TCTGTCTTCCAGTCAGATGCTCGTAGAGATCTGGTTATGTTCACTGCTATGGTAGCTGGG 1926
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1867 TCTGTCTTCCAGTCAGATGCTCGTAGAGATCTGGTTATGTTCACTGCTATGGTAGCTGGG 1926
Query 1927 TATGCTGTACATGGTAGGGGTAAGGAAGCACTTATGATCTTCTCTCATATGATTGACTCA 1986
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||
Sbjct 1927 TATGCTGTACATGGTAGGGGCAAGGAAGCACTTATGATCTACTCTCATATGACTGAATCA 1986
Query 1987 AACATAAAGCCCGATCATG 2005
|||||||||||||||||||
Sbjct 1987 AACATAAAGCCCGATCATG 2005
Score = 848 bits (459), Expect = 0.0
Identities = 483/495 (98%), Gaps = 0/495 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2005 GATGGATTGCAAATATATGACTCAATAAGGGCAGTTCACGGTATGAAACCTACAATGGAA 2064
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2056 GATGGATTGCAAATATATGACTCAATAAGGACAGTTCACGGTATGAAACCTACAATGGAA 2115
Query 2065 CAATATGCTTGTGCTGTAGATCTACTTGCTCGAGGGGGTCGACTTGATGATGCATATTCT 2124
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2116 CAATATGCTTGTGCTGTAGATCTAATTGCTCGAGGGGGTCGACTTGATGATGCATATTCT 2175
Query 2125 TTCATCACACAGATGCCAGTTGAACCCAATGCAAATATATGGGGAACACTGTTAAGGGCG 2184
|| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2176 TTTGTCACACAGATGCCAGTTGAACCTAATGCAAATATATGGGGAACACTGTTAAGGGCG 2235
Query 2185 TGTACAACCTATAATAGGATGGATCTGGGGCACTCAGTTGCAAATCATCTTTTGCAAGCT 2244
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2236 TGTACAACCTATAATAGGATGGATCTGGGGCACTCAGTTGCAAATCATCTCTTGCAAGCT 2295
Query 2245 GAATCTGACGAGACCGGAAACCATGTTCTAATATCGAATATGTATGCTGCAGATGCTAAA 2304
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2296 GAATCTGACGACACCGGAAACCACGTTCTAATATCGAATATGTATGCTGCAGATGCTAAA 2355
Query 2305 TGGGAAGGCGTGATGGAGTTGAGAAACCTAATGAAGAAAAAGGAAATGAAAAAGCCAGCG 2364
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2356 TGGGAAGGCGTGATGGAGTTGAGAAACCTAATGAAGAAAAAGGAAATGAAAAAGCCAGCG 2415
Query 2365 GGATGTAGCTGGCTAGAAGTGGATGGGAAAAGGGATGTTTTTGTGTCTGGAGATTGTTCT 2424
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2416 GGATGTAGCTGGCTAGAAGTGGATGGGCAAAGGAATGTCTTTGTGTCTGGAGATTGTTCT 2475
Query 2425 CACCCTCGTAGAGACAGTATTTTTGACTTAGTCAATGCTTTATATCTTCAGATGAAAGAG 2484
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2476 CACCCTCGTAGAGACAGTATTTTTGACTTAGTAAATGCTTTATATCTTCAGATGAAAGAG 2535
Query 2485 CCTGTGGTGTTTTAA 2499
|||||||||||||||
Sbjct 2536 CCTGTGGTGTTTTAA 2550
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124012683096
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5