BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg893517
Length=1608
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G16070.1 | Symbols: | TCP-1/cpn60 chaperonin family protein... 2748 0.0
AT3G02530.1 | Symbols: | TCP-1/cpn60 chaperonin family protein... 1969 0.0
> AT5G16070.1 | Symbols: | TCP-1/cpn60 chaperonin family protein
| chr5:5247354-5251179 REVERSE LENGTH=1932
Length=1932
Score = 2748 bits (1488), Expect = 0.0
Identities = 1568/1608 (98%), Gaps = 0/1608 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCAGTGCGAGTTCTGAATCCTAATGCGGAGGTTCTCAACAAATCGGCGGCGCTTCAT 60
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 130 ATGTCAGTGCGAGTTCTGAATCCTAATGCCGAGGTTCTCAACAAATCTGCGGCGCTTCAT 189
Query 61 ATGACCATCAACGCCGCCAAGGGTTTGCAAGATGTGCTAAAGTCGAACCTCGGGCCTAAA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||
Sbjct 190 ATGACCATCAACGCCGCCAAGGGTTTGCAAGATGTACTCAAGTCGAATCTCGGTCCTAAA 249
Query 121 GGAACAATCAAGATGCTTGTTGGTGGTTCTGGGGATATTAAGCTTACCAAAGATGGGAAC 180
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 250 GGAACAATCAAAATGCTTGTTGGTGGTTCTGGGGATATTAAGCTTACCAAAGATGGGAAC 309
Query 181 ACGCTATTGAAGGAAATGCAAATTCAGAATCCAACCGCCATTATGATTGCGAGGACAGCC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 310 ACGCTATTGAAGGAAATGCAAATTCAGAATCCAACAGCCATTATGATTGCGAGGACAGCT 369
Query 241 GTTGCACAGGATGACATAAGTGGTGATGGTACTACTTCCACTGTCATCTTCATTGGTGAG 300
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 370 GTTGCACAGGATGATATAAGTGGTGATGGTACTACTTCCACTGTTATCTTCATTGGTGAG 429
Query 301 CTTATGAAACAGTCTGAACGCTGCATCGATGAAGGTATGCATCCACGTGTCCTAGTTGAT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 430 CTTATGAAACAGTCTGAACGCTGCATCGATGAAGGTATGCATCCACGAGTCCTAGTTGAT 489
Query 361 GGTTTCGAGATTGCTAAGAGAGCTACTCTTCAATTTCTTGACAACTTCAAGACCCCTGTG 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 490 GGTTTCGAGATTGCTAAGAGAGCTACTCTTCAATTTCTTGACAACTTCAAGACCCCTGTT 549
Query 421 GTTATGGGTGATGAAGTTGATAAAGAGATCCTAAAAATGGTTGCAAGAACGACACTAAGA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 550 GTTATGGGTGATGAAGTTGATAAAGAGATCCTAAAAATGGTTGCAAGAACGACACTAAGA 609
Query 481 ACAAAATTGTACGAAGGCTTAGCTGATCAACTGACTGACATTGTCGTTAATTCGGTTCTC 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 610 ACAAAATTGTACGAAGGCTTAGCTGATCAACTGACTGACATTGTCGTCAATTCGGTTCTT 669
Query 541 TGCATCCGAAAGCCTGAAGAAGCTATTGATCTGTTTATGGTGGAAATAATGCACATGCGT 600
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 670 TGCATCCGAAAGCCTGAGGAAGCTATTGATCTGTTTATGGTGGAAATAATGCACATGCGT 729
Query 601 CACAAATTCGATGTTGACACACGATTGGTTGAGGGACTTGTTCTGGATCATGGTTCGAGA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 730 CACAAATTCGATGTTGACACACGATTGGTTGAGGGGCTTGTTCTGGATCATGGTTCGAGA 789
Query 661 CACCCTGACATGAAACGACGCGCAGAAAATTGCCACATCCTAACTTGCAATGTGTCACTG 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 790 CACCCTGACATGAAACGACGCGCAGAAAATTGCCACATCTTAACTTGCAATGTGTCACTA 849
Query 721 GAGTATGAGAAGAGTGAAATCAATGCAGGATTTTTCTACTCTAATGCGGAGCAGAGGGAA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 850 GAGTATGAGAAGAGTGAAATCAATGCAGGATTTTTCTACTCTAATGCGGAGCAGAGGGAA 909
Query 781 GCAATGGTTACCGCAGAGAGGCGATCTGTTGATGAAAGAGTTAAGAAAATCATTGAGCTG 840
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 910 GCCATGGTTACCGCAGAGAGGCGATCTGTTGATGAAAGAGTTAAGAAAATAATTGAGCTG 969
Query 841 AAGAAAAAGGTGTGTGGTGATAATGACAACTTTGTTGTCATAAATCAGAAGGGTATTGAC 900
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 970 AAGAAGAAGGTGTGTGGTGATAATGACAACTTTGTTGTCATAAATCAGAAGGGTATTGAC 1029
Query 901 CCACCATCATTGGATCTTCTTGCTAGAGAAGGGATTATTGGTCTTAGAAGAGCAAAGAGG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030 CCACCATCATTGGATCTTCTTGCTAGAGAAGGGATTATTGGTCTTAGAAGAGCAAAGAGG 1089
Query 961 AGGAATATGGAACGTTTAGTTTTGGCCTGTGGTGGAGAAGCTGTGAATTCTGTTGATGAC 1020
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1090 AGGAACATGGAACGTTTAGTTTTGGCCTGTGGTGGAGAAGCTGTGAATTCTGTTGACGAC 1149
Query 1021 TTGACCCCTGAGTCTCTTGGATGGGCTGGACTTGTCTATGAGCACGTTCTTGGGGAGGAA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1150 TTGACCCCTGAGTCTCTTGGATGGGCTGGACTTGTCTATGAGCACGTTCTTGGGGAGGAA 1209
Query 1081 AAGTACACCTTTGTGGAACAAGTGAAGAATCCTAATTCATGTACCATCCTCATAAAAGGG 1140
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1210 AAGTACACCTTTGTGGAGCAAGTGAAGAATCCTAATTCATGTACCATCCTCATAAAAGGG 1269
Query 1141 CCTAATGATCACACCATTGCTCAAATTAAGGACGCTGTTCGTGATGGTCTAAGATCGGTC 1200
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1270 CCTAATGATCACACTATTGCCCAAATTAAGGACGCTGTTCGTGATGGTCTGAGATCGGTC 1329
Query 1201 AAGAACACCATAGAAGACGAGTGTGTTGTGTTAGGAGCAGGAGCTTTTGAAGTTGCAGCA 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1330 AAGAACACCATAGAAGACGAGTGTGTTGTGTTAGGAGCAGGAGCTTTTGAAGTTGCAGCA 1389
Query 1261 AGGCAACACTTAATCAATGAAGTCAAGAAAACCGTTCAAGGGCGTGCCCAACTTGGCGTT 1320
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1390 AGGCAACACTTACTCAATGAAGTCAAGAAAACCGTTCAAGGGCGTGCCCAACTTGGCGTT 1449
Query 1321 GAAGCTTTTGCTAATGCTCTTCTCGTGGTGCCTAAGACACTTGCAGAAAATGCAGGTCTT 1380
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450 GAAGCTTTTGCTAATGCCCTTCTCGTGGTGCCTAAGACACTTGCAGAAAATGCAGGTCTT 1509
Query 1381 GATACCCAAGATGTGATCATTTCTCTTACGAGCGAGCATGACAAAGGGAACATTGTGGGG 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1510 GATACCCAAGATGTGATCATTTCTCTTACGAGCGAGCATGACAAAGGGAACGTTGTGGGA 1569
Query 1441 CTGGACCTTCAGGACGGTGAACCAATTGACCCGCAACTTGCTGGTATTTTTGATAACTAC 1500
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1570 CTGAACCTTCAGGACGGTGAACCTATTGACCCGCAGCTTGCTGGTATTTTTGATAATTAC 1629
Query 1501 TCAGTGAAACGCCAACTTATCAATTCAGGGCCCGTGATTGCGTCACAATTGCTTTTGGTG 1560
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1630 TCAGTGAAACGCCAACTTATCAATTCAGGGCCAGTGATTGCGTCGCAATTACTTTTGGTG 1689
Query 1561 GACGAAGTGATTCGTGCAGGAAGAAATATGAGGAAGCCTACTGCTTGA 1608
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1690 GACGAAGTGATTCGTGCAGGCAGAAATATGAGGAAGCCTACTGCTTGA 1737
> AT3G02530.1 | Symbols: | TCP-1/cpn60 chaperonin family protein
| chr3:528574-532582 REVERSE LENGTH=1965
Length=1965
Score = 1969 bits (1066), Expect = 0.0
Identities = 1429/1608 (89%), Gaps = 9/1608 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCAGTGCGAGTTCTGAATCCTAATGCGGAGGTTCTCAACAAATCGGCGGCGCTTCAT 60
||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 126 ATGTCTGTGCGTGTACTGAATCCTAATGCTGAGGTGCTCAACAAATCGGCCGCGCTTCAT 185
Query 61 ATGACCATCAACGCCGCCAAGGGTTTGCAAGATGTGCTAAAGTCGAACCTCGGGCCTAAA 120
||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||| ||||| |||||
Sbjct 186 ATGACCATCAACGCCGCTAAGGGTTTACAAGATGTACTCAAGTCGAATCTCGGTCCTAAG 245
Query 121 GGAACAATCAAGATGCTTGTTGGTGGTTCTGGGGATATTAAGCTTACCAAAGATGGGAAC 180
||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||
Sbjct 246 GGAACTATCAAGATGCTTGTTGGTGGTTCCGGAGATATCAAGCTTACCAAGGATGGCAAC 305
Query 181 ACGCTATTGAAGGAAATGCAAATTCAGAATCCAACCGCCATTATGATTGCGAGGACAGCC 240
||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 306 ACGCTTTTGAAGGAAATGCAAATTCAAAATCCAACAGCCATCATGATTGCCAGGACAGCT 365
Query 241 GTTGCACAGGATGACATAAGTGGTGATGGTACTACTTCCACTGTCATCTTCATTGGTGAG 300
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 366 GTTGCTCAGGATGACATAAGTGGTGATGGTACTACTTCTACTGTCATCTTCATTGGTGAG 425
Query 301 CTTATGAAACAGTCTGAACGCTGCATCGATGAAGGTATGCATCCACGTGTCCTAGTTGAT 360
|||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 426 CTTATGAAACAGTCGGAGCGTTGCATCGATGAAGGAATGCATCCACGTGTCTTAGTTGAT 485
Query 361 GGTTTCGAGATTGCTAAGAGAGCTACTCTTCAATTTCTTGACAAC-TTCAAGACCCCTGT 419
|||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||| || |||||||| |||||
Sbjct 486 GGTTTCGAGATTGCAAAAAGAGCCACTCTCCAGTTTCTCGAC-ACTTTCAAGACACCTGT 544
Query 420 GGTTATGGGTGATGAAG-TTGATAAAGAGATCCTAAAAATGGTTGCAAGAACGACACTAA 478
|||||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||||| || || || ||||
Sbjct 545 GGTTATGGGTGATG-AGCCTGATAAAGAGATTCTGAAAATGGTTGCCAGGACAACGCTAA 603
Query 479 GAACAAAATTGTACGAAGGCTTAGCTGATCAACTGACTGACATTGTCGTTAATTCGGTTC 538
|||| || |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 604 GAACTAAGCTGTATGAAGGCTTAGCTGATCAACTGACTGATATTGTTGTTAATTCGGTTC 663
Query 539 TCTGCATCCGAAAGCCTGAAGAAGCTATTGATCTGTTTATGGTGGAAATAATGCACATGC 598
||||||| || |||||| | ||| ||||||||||||||||||| || || ||||||||||
Sbjct 664 TCTGCATTCGGAAGCCTCAGGAACCTATTGATCTGTTTATGGTTGAGATTATGCACATGC 723
Query 599 GTCACAAATTCGATGTTGACACACGATTGGTTGAGGGACTTGTTCTGGATCATGGTTCGA 658
| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 724 GCCATAAATTTGATGTTGACACACGATTGGTTGAGGGGCTTGTTCTTGATCATGGTTCGA 783
Query 659 GACACCCTGACATGAAACGACGCGCAGAAAATTGCCACATCCTAACTTGCAATGTGTCAC 718
|||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 784 GACACCCTGACATGAAGCGACGTGCGGAGAATTGTCACATCCTGACTTGCAATGTGTCAT 843
Query 719 TGGAGTATGAGAAGAGTGAAATCAATGCAGGATTTTTCTACTCTAATGCGGAGCAGAGGG 778
| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 844 TAGAGTACGAGAAGAGTGAAATTAATGCAGGATTCTTCTACTCGAATGCGGAGCAGAGGG 903
Query 779 AAGCAATGGTTACCGCAGAGAGGCGATCTGTTGATGAAAGAGTTAAGAAAATCATTGAGC 838
|||| |||||||| || ||| | || || ||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 904 AAGCCATGGTTACTGCTGAGCGACGTTCCGTTGATGAAAGAGTTCAGAAAATTATTGAGC 963
Query 839 TGAAGAAAAAGG--TGTG-TGGTGATAATGACAACTTTGTTGTCATAAATCAGAAGGGTA 895
||||||| |||| |||| |||| || || ||| ||||||| || ||||||| |||||||
Sbjct 964 TGAAGAACAAGGTTTGTGCTGGTAATGATAACAGCTTTGTTATCCTAAATCAAAAGGGTA 1023
Query 896 TTGA-CCCACCATCATTGGATCTTCTTGCTAGAGAAGGGATTATTGGTCTTAGAAGAGCA 954
|||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||
Sbjct 1024 TTGATCCC-CCGTCATTGGATCTTCTTGCTAGAGAAGGGATAATCGCCCTTAGAAGGGCA 1082
Query 955 AAGAGGAGGAATATGGAACGTTTAGTTTTGGCCTGTGGTGGAGAAGCTGTGAATTCTGTT 1014
||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1083 AAGAGGAGGAACATGGAACGTTTGGTTTTGGCATGTGGTGGAGAAGCTGTGAACTCTGTC 1142
Query 1015 GATGACTTGACCCCTGAGTCTCTTGGATGGGCTGGACTTGTCTATGAGCACGTTCTTGGG 1074
||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1143 GATGACTTGACCCCTGATTGTCTTGGTTGGGCTGGACTTGTATATGAGCACGTTCTTGGA 1202
Query 1075 GAGGAAAAGTACACCTTTGTGGAACAAGTGAAGAATCCTAATTCATGTACCATCCTCATA 1134
||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 1203 GAGGAGAAGTACACATTTGTTGAGCAAGTGAAGAATCCTCATTCATGTACTATCCTCATA 1262
Query 1135 AAAGGGCCTAATGATCACACCATTGCTCAAATTAAGGACGCTGTTCGTGATGGTCTAAGA 1194
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1263 AAAGGGCCTAATGACCACACTATTGCTCAAATTAAGGACGCTGTCCGTGATGGTTTAAGA 1322
Query 1195 TCGGTCAAGAACACCATAGAAGACGAGTGTGTTGTGTTAGGAGCAGGAGCTTTTGAAGTT 1254
|| || ||||| ||| ||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1323 TCAGTTAAGAATACCCTAGAAGATGAGTGTGTCGTATTAGGAGCTGGAGCTTTTGAAGTT 1382
Query 1255 GCAGCAAGGCAACACTTAATCAATGAAGTCAAGAAAACCGTTCAAGGGCGTGCCCAACTT 1314
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1383 GCAGCAAGACAACACTTAATCAATGAAGTCAAGAAAACCGTTCAAGGGCGCGCTCAACTC 1442
Query 1315 GGCGTTGAAGCTTTTGCTAATGCTCTTCTCGTGGTGCCTAAGACACTTGCAGAAAATGCA 1374
|| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1443 GGTGTTGAAGCTTTTGCTAATGCCCTTCTCGTAGTGCCTAAGACGCTTGCTGAAAATGCT 1502
Query 1375 GGTCTTGATACCCAAGATGTGATCATTTCTCTTACGAGCGAGCATGACAAAGGGAACATT 1434
|| ||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1503 GGGCTTGACACTCAAGACGTTATCATTTCTCTAACGAGTGAGCATGACAAAGGAAACATC 1562
Query 1435 GTGGGGCTGGACCTTCAGGACGGTGAACCAATTGACCCGCAACTTGCTGGTATTTTTGAT 1494
||||| || ||||| ||||| || ||||| | ||||| || ||||| || ||||| ||
Sbjct 1563 GTGGGACTAGACCTACAGGATGGAGAACCCGTCGACCCTCAGCTTGCCGGCATTTTCGAC 1622
Query 1495 AACTACTCAGTGAAACGCCAACTTATCAATTCAGGGCCCGTGATTGCGTCACAATTGCTT 1554
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||
Sbjct 1623 AATTACTCGGTGAAACGCCAACTTATCAATTCAGGGCCGGTGATTGCTTCGCAGTTGCTA 1682
Query 1555 TTGGTGGACGAAGTGATTCGTGCAGGAAGAAATATGAGGAAGCCTACT 1602
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1683 TTAGTGGATGAAGTGATTCGTGCAGGAAGAAATATGAGGAAGCCTACT 1730
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 79417262190
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5