BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg893964
Length=5082
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G20320.1 | Symbols: DCL4, ATDCL4 | dicer-like 4 | chr5:68592... 8021 0.0
> AT5G20320.1 | Symbols: DCL4, ATDCL4 | dicer-like 4 | chr5:6859218-6869266
REVERSE LENGTH=5660
Length=5660
Score = 8021 bits (4343), Expect = 0.0
Identities = 4871/5121 (95%), Gaps = 56/5121 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCGTGAAGAAGTTGACTTGAGCTTGACCATACCCTCGAAGATTTTGGGAAAGCGAGAC 60
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 199 ATGCGTGACGAAGTTGACTTGAGCTTGACCATTCCCTCGAAGCTTTTGGGGAAGCGAGAC 258
Query 61 AGAG-a-aaaaaaa-ggtaaagaagaaacaaacaaaaacaaaaaagagagagctaaaatg 117
|||| | ||||||| || ||||||||| |||||||||| ||| | | |||||||| |
Sbjct 259 AGAGAACAAAAAAATTGTGAAGAAGAAAAAAACAAAAAC---AAA-A-A-AGCTAAAAAG 312
Query 118 cagcaaaagGACCCAATTCTTC-T--CACTA--G-TGCCACTCACAAGTTTC-T--TCCT 168
|||||||||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 313 CAGCAAAAGGACCCAATTCTTCTTCACACTAGTGCTGCCACTCACAAGTTTCTTCCTCCT 372
Query 169 GCTTTGACCATGCCGTACGGTGAAATCGAAATCGGCGACGATTTTCGCTCTCTCGACTGT 228
||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||| ||||||| |
Sbjct 373 CCTTTGACCATGCCGTAC-----AGT-GAAATCGGCGACGATCTTCGCTCACTCGACTTT 426
Query 229 G---ACGCCGATGTTTCCTCCGACATTCACCtctcttcttcttcctctttttattcgttt 285
| ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 427 GACCACGCCGATGTTTCTTCCGACCTTCACCTCACTTCTTCTTCCTCTGTTTCTTCGTTT 486
Query 286 tcttcttcttcgtcttc----tt-t-----G-T-GTACCGATGATCCTTCACCGAAAATG 333
|| |||||||||||||| || | | | |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 487 TCCTCTTCTTCGTCTTCTTTGTTCTCCGCGGCTGGTACGGATGATCCTTCACCGAAAATG 546
Query 334 GAGAAAGACCCTAGAAAAATCGCCAGGAGGTATCAGGTGGATCTGTGTAAGAAAGCAATG 393
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 547 GAGAAAGACCCTAGAAAAATCGCCAGGAGGTATCAGGTGGAGCTGTGTAAGAAAGCAACG 606
Query 394 GAGGAGAACATTATTGTATATTTGGGTACAGGTTGTGGGAAGACTCACATTGCAGTGATG 453
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 607 GAGGAGAACGTTATTGTATATTTGGGTACAGGTTGTGGGAAGACTCACATTGCAGTGATG 666
Query 454 GTTATATATGAGCTCGGTCATTTGGTTCTTAGTCCCAAGAAAAGTGTTTGTATTTTTCTT 513
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 CTTATATATGAGCTTGGTCATTTGGTTCTTAGTCCCAAGAAAAGTGTTTGTATTTTTCTT 726
Query 514 GCTCCCACCGTGGCTTTGGTTGAACAGCAAGCTAAGGTCATAGCGGACTCTGTCAACTTC 573
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 727 GCTCCCACCGTGGCTTTGGTCGAACAGCAAGCCAAGGTCATAGCGGACTCTGTCAACTTC 786
Query 574 AAAGTTGCAGTACATTGTGGAGGCAAGAGGATTGTGAAGAGCCACTCTGAGTGGGAGAGA 633
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 787 AAAGTTGCAATACATTGTGGAGGCAAGAGGATTGTGAAGAGCCACTCGGAGTGGGAGAGA 846
Query 634 GAGATTTCAGAGAATGAGGTTCTTGTTATGACTCCACAAATACTTCTGCACAACTTACAG 693
|||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 847 GAGATTGCAGCGAATGAGGTTCTTGTTATGACTCCACAAATACTTCTGCATAACTTACAG 906
Query 694 CACTGTTTCATCAGGATGGAGTGTATCTCCCTTCTAATATTTGATGAGTGTCACCATGCT 753
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 907 CACTGTTTCATCAAGATGGAGTGTATCTCCCTTCTAATATTTGATGAGTGTCACCATGCT 966
Query 754 CAACAACAAAGCAACCATCCTTATGCGGAAATCATGAAGGTTTTCTATAAATCAGAAAGT 813
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 967 CAACAACAAAGCAACCATCCTTATGCAGAAATCATGAAGGTTTTCTATAAATCGGAAAGT 1026
Query 814 TTACAACGGCCTCGAATATTTGGAATGACTGCATCTCCAGTTGTTGGCAAAGGATCTTTT 873
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1027 TTACAACGGCCTCGAATATTTGGAATGACTGCATCTCCAGTTGTTGGCAAAGGGTCTTTT 1086
Query 874 CAATCAGAGAATTTATCGAAAAGCATAAATAGCCTTGAAAATTTGCTCAATGCCAAGGTT 933
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087 CAATCAGAGAATTTATCGAAAAGCATTAATAGCCTTGAAAATTTGCTCAATGCCAAGGTT 1146
Query 934 TATTCAGTGGAAAGCAATGTCCAGCTGGATGGTTTTGTTTCATCTCCTTTAGTCAAAGTA 993
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1147 TATTCAGTGGAAAGCAATGTCCAGCTGGATGGTTTTGTTTCATCTCCTTTAGTCAAAGTA 1206
Query 994 TATTATTATCAGTCAGCTATAAGTGATGCATCTCAATCAACCATCAGATATGAAAACATG 1053
|||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1207 TATTATTATCGGTCAGCTTTAAGTGATGCATCTCAATCGACCATCAGATATGAAAACATG 1266
Query 1054 CTGGAGGACATCAAACAGCGGTGCTTGACATCAATTAAGCTGCAGATTGATACCCATCAA 1113
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 1267 CTGGAGGACATCAAACAGCGGTGCTTGGCATCACTTAAGCTGCTGATTGATACTCATCAA 1326
Query 1114 ACACAAACCCTCCTAAATATGAAAAGGCTTCTCaaaaaaaCTCATGATAATCTCATATAT 1173
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1327 ACACAAACCCTCCTAAGTATGAAAAGGCTTCTCAAAAGATCTCATGATAATCTCATATAT 1386
Query 1174 TCTCTGGTGAATCTTGGCCTCTGGGGAGCAATACAGGCTGCTAAAATTCAATTGAATAGT 1233
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1387 ACTCTGCTGAATCTTGGCCTCTGGGGAGCAATACAGGCTGCTAAAATCCAATTGAATAGT 1446
Query 1234 G------ATGTACAAGAAGAGCCTGTGGGCGAGAATCCTAAGTCAAAGATATGTGATACA 1287
| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1447 GACCATAATGTACAAGACGAGCCTGTGGGAAAGAATCCTAAGTCAAAGATATGTGATACA 1506
Query 1288 TATCTTTCTCTGGCTGCTGAGGTCCTCTCTTCTGGTGTTGCTAAAGATGAGAATGCATCT 1347
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507 TATCTTTCTATGGCTGCTGAGGCCCTCTCTTCTGGTGTTGCTAAAGATGAGAATGCATCT 1566
Query 1348 GAACTCCTCAGCTTAGCAGCGTTGAAGGAACCATTATTCTCTAGAAAGCTAGTTCAATTG 1407
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1567 GACCTCCTCAGCTTAGCGGCGTTGAAGGAACCATTATTCTCTAGAAAGCTAGTTCAATTG 1626
Query 1408 ATTAAGATCCTTTCGGCATTCAGGCTAGAGCCACACATGAAGTGTATAATATTTGTCAAT 1467
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1627 ATTAAGATCCTTTCGGTATTCAGGCTAGAGCCACACATGAAATGTATAATATTTGTCAAT 1686
Query 1468 CGGATTGTGACTGCAAGAACATTGTCATGCATACTAAATAACTTGGAACTGCTACGGTCT 1527
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1687 CGGATTGTGACTGCAAGAACATTGTCATGCATACTAAATAACTTGGAACTGCTACGGTCT 1746
Query 1528 TGGAAGTCTGATTTCCTTGTTGGACTTAGTTCTGGACTGAAGAGCATGTCAAGGAGGGGT 1587
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 1747 TGGAAGTCTGATTTCCTTGTTGGACTTAGTTCTGGACTGAAGAGCATGTCAAGAAGGAGT 1806
Query 1588 ATGGAAACAATACTTAAACGGTTCCAATCTAAAGAGCTCAATTTACTGGTTGCCACTAAA 1647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1807 ATGGAAACAATACTTAAACGGTTCCAATCTAAAGAGCTCAATTTACTGGTTGCCACTAAA 1866
Query 1648 GTTGGTGAAGAAGGCCTTGATATTCAGACATGCTGTCTTGTGATCCGTTATGATTTACCA 1707
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1867 GTTGGTGAAGAAGGCCTTGATATTCAGACATGCTGTCTTGTGATCCGTTATGATTTACCA 1926
Query 1708 GAGACTGTTACCAGCTTCATACAGTCCAGAGGTCGTGCTCGAATGCCTCAGTCTGAATAT 1767
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1927 GAGACTGTTACCAGCTTCATACAGTCCAGAGGTCGTGCTCGAATGCCTCAGTCTGAATAT 1986
Query 1768 GCGTTTCTAGTGGACAGCGGAAACGAGAAAGAGATGGATCTTATTGAAAATTTTAGAGTA 1827
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1987 GCGTTTCTAGTGGACAGCGGAAACGAGAAAGAGATGGATCTTATTGAAAATTTTAAAGTA 2046
Query 1828 AATGAAGATCGAATGAATCGGGAAATTACTTCCAGAA-CGTCAGAGGAAACTTGTCCTAT 1886
||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 2047 AATGAAGATCGAATGAATCTAGAAATTACTTACAGAAGC-TCAGAGGAAACTTGTCCTAG 2105
Query 1887 ACTTGATGAGGAGTTATACAAAGTTCATGAGACAGGAGCTTGTATCAGTGGTGGAAGTAG 1946
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2106 ACTTGATGAGGAGTTATACAAAGTTCATGAGACAGGAGCTTGTATCAGTGGTGGAAGCAG 2165
Query 1947 CATCTCCCTTCTCTATAAATATTGTTCTAGGCTTCCACATGATGAATTTTTTCAGCCCAA 2006
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2166 CATCTCCCTTCTCTATAAATATTGTTCTAGGCTTCCACATGATGAATTTTTTCAGCCCAA 2225
Query 2007 GCCAGAGTTTCAATTCAAGCCTGTTAATGAATTTGGTGGAACTATCTGTCGCATAACTTT 2066
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2226 GCCAGAGTTTCAATTCAAGCCTGTTGACGAATTTGGTGGAACTATCTGTCGCATAACTTT 2285
Query 2067 ACCTGCTAATGCTCCTATAAGTGAAATCGTCAGTTCACTACTACCTTCAACTGAAGCTGC 2126
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2286 ACCTGCTAATGCTCCTATAAGTGAAATCGAAAGTTCACTACTACCTTCGACAGAAGCTGC 2345
Query 2127 TAAAAAGGATGCTTGTCTAAAGGCTGTGTATGAGTTGCACAACTTGGGTGTACTTAACGA 2186
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2346 TAAAAAGGATGCTTGTCTAAAGGCTGTGCATGAGTTGCACAACTTGGGTGTACTTAACGA 2405
Query 2187 TTTTCTGTTACCAGATTCAAAGGATGAAATTGAGGACGAGTTGTCAGATGATGAATTTGA 2246
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2406 TTTTCTGTTGCCAGATTCCAAGGATGAAATTGAGGACGAATTGTCAGATGATGAATTTGA 2465
Query 2247 TTTTGATAACATCAAAGGTGAAGGTTGTTCACGAGGTGAACTGTATGAGATG-GTTGTTC 2305
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| || || |
Sbjct 2466 TTTTGATAACATCAAAGGTGAAGGCTGTTCACGAGGTGACCTGTATGAGATGCGT-GTAC 2524
Query 2306 CTGTCTTATTTAAACAAAAGTGGGATTCATCAAGAAGTTGTGTCAGTCTTCATTCTTACT 2365
| ||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2525 CAGTCTTGTTTAAACAAAAGTGGGATCCATCTACAAGTTGTGTCAATCTTCATTCTTACT 2584
Query 2366 ACATAAGGTTTGTGCCTCATCCCGCAGATAGGAGCTACAAAAAGTTTGGTTTCTTCATGA 2425
| |||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2585 ATATAATGTTTGTGCCTCATCCCGCTGATAGGATCTACAAAAAGTTTGGTTTCTTCATGA 2644
Query 2426 AGTCACCTCTTCCCGTTGAGGCTGAGACTATGGATTTCGATCTTCACCTTGCTCATCAAA 2485
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2645 AGTCACCTCTTCCCGTTGAGGCTGAGACTATGGATATCGATCTTCACCTTGCTCATCAAA 2704
Query 2486 GATCTGTAAGTGTAAAGATTTTTCCATCAGGAGTCACAGAATTCGACAACGATGAGATAA 2545
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2705 GATCTGTAAGTGTAAAGATTTTTCCATCAGGGGTCACAGAATTCGACAACGATGAGATAA 2764
Query 2546 GGCTAGCGGAGCTTTTCCAGGAGGTTGCCCTGAAGGTTCTTTTTGAACGGGGGGAGCTGA 2605
| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2765 GACTAGCTGAGCTTTTCCAGGAGATTGCCCTGAAGGTTCTTTTTGAACGGGGGGAGCTGA 2824
Query 2606 TCCCGGAATTTGTGCCCTTAGAACTGCAAGACTCTTCTAGAACAAGCAAATCTACCTTCT 2665
||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2825 TCCCGGACTTTGTTCCCTTGGAACTGCAAGACTCTTCTAGAACAAGCAAATCCACCTTCT 2884
Query 2666 ACCTTCTTCTTCCAATCAGTCTGCATGATGCAGAAAGTGTTATATCTGTAGATTGGGTGA 2725
|||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2885 ACCTTCTTCTTCCACTCTGTCTGCATGATGGAGAAAGTGTTATATCTGTAGATTGGGTGA 2944
Query 2726 CTATCAGAAGCTGCTTGTCATCACCAATCTTTAAGACTCCATCTGTTTTAGTGGAAGATA 2785
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2945 CTATCAGAAACTGCTTGTCATCACCAATCTTTAAGACTCCATCTGTTTTAGTGGAAGATA 3004
Query 2786 TAGTTCCTCCTACGGGATCTTATTTAAATCTAGCAAATGGCTGCTGGAAAATTGATGATG 2845
|| |||||||| |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3005 TATTTCCTCCTTCGGGCTCTCATTTAAAGCTAGCAAATGGCTGCTGGAATATTGATGATG 3064
Query 2846 TGAAGAACAGCTTGGTTTTTATGACCCACAATAAACAGTTTTACTTTGTAGCTGATATCT 2905
||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3065 TGAAGAACAGCTTGGTTTTTACAACCTACAGTAAACAATTTTACTTTGTTGCTGATATCT 3124
Query 2906 GCTACGGAAGAAATGGGTTCAGTCCTGTTAAGGAATCTAGCACCAAAAGCCATATGGAGA 2965
|| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3125 GCCATGGAAGAAATGGTTTCAGTCCTGTTAAGGAATCTAGCACCAAAAGCCATGTGGAGA 3184
Query 2966 ACATATATAAGTTGTATGGCGTGGAACTCAAGCGTCCTGGACAGCCACTCTTGCGTGTGA 3025
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3185 GCATATATAAGTTGTATGGCGTGGAACTCAAGCATCCTGCACAGCCACTCTTGCGTGTGA 3244
Query 3026 AACCACTTTGTCATGTTCGGAACTTGCTTCACAACAGAATGCAGAAGAATTTGGAACCAC 3085
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3245 AACCACTTTGTCATGTTCGGAACTTGCTTCACAACCGAATGCAGACGAATTTGGAACCAC 3304
Query 3086 AAGAACTTGATGAATACTTCATAGAGATTCCTCCCGAGCTTTCTCAGTTAAAGATAAAAG 3145
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 3305 AAGAACTTGACGAATACTTCATAGAGATTCCTCCCGAACTTTCTCACTTAAAGATAAAAG 3364
Query 3146 GATTATCTAAAGACATCGGAAGCTCGTTATCCTTGCTACCATCAATCATGCATCGTGTGG 3205
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3365 GATTATCTAAAGACATCGGAAGCTCGTTATCCTTGTTACCATCAATCATGCATCGTATGG 3424
Query 3206 AGAATTTACTCGTGGCTATTGAACTGAAACATGTGATGTCTGCTTCGATCCCTGAGATAG 3265
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3425 AGAATTTACTCGTGGCTATTGAACTGAAACATGTGCTGTCTGCTTCGATCCCTGAGATAG 3484
Query 3266 CTGAAGTTTCTGGTCACAGAGTACTCGAGGCGCTCACAACAGAGAAATGTCATGAGCGCC 3325
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3485 CTGAAGTTTCTGGTCACAGGGTACTCGAGGCGCTCACAACAGAGAAATGTCATGAGCGCC 3544
Query 3326 TTTCTCTTGAAAGGCTTGAGGTGCTTGGTGATGCATTCCTCAAGTTTGCTGTTAGCAGAC 3385
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3545 TTTCTCTTGAAAGGCTTGAGGTGCTTGGTGATGCATTCCTCAAGTTTGCTGTTAGCCGAC 3604
Query 3386 ACCTTTTTCTACACCATGATAGGCTTGATGAAGGAGAGCTGACTCGGAGACGCTCTAACG 3445
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3605 ACCTTTTTCTACACCATGATAGTCTTGATGAAGGAGAGTTGACTCGGAGACGCTCTAACG 3664
Query 3446 CCGTTAACAATTCCAACTTGTGTAGGCTTGCAATAAAAAGAAATTTGCAGGTCTACATCC 3505
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 3665 TTGTTAACAATTCCAACTTGTGCAGGCTTGCAATAAAAAAAAATCTGCAGGTCTACATCC 3724
Query 3506 GTGATCAAGCATTAGATCCTACTCAGTTCTTTGCATTTGGCCATCCATGCAGAGTAACCT 3565
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3725 GTGATCAAGCATTGGATCCTACTCAGTTCTTTGCATTTGGCCATCCATGCAGAGTAACCT 3784
Query 3566 GTGACGAGGTAACGAGTAAAGAGGTTCATTCCTTGAATAGGGTTCCTGGGCTCTTGGAGT 3625
||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||
Sbjct 3785 GTGACGAGGTAGCCAGTAAAGAGGTTCATTCCTTGAATAGGGATCTTGGGATCTTGGAGT 3844
Query 3626 CAAATA--G-TGAAATCAGATGTAGCAAAGGCCATCATTGGTTGTACAAGAAAACAATTG 3682
|||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3845 CAAATACTGGTGAAATCAGATGTAGCAAAGGCCATCATTGGTTGTACAAGAAAACAATTG 3904
Query 3683 CTGATGTGGTTGAGGCTCTTGTGGGAGCTTTCTTAGTTGACAGTGGCTTCAAAGGTGCTG 3742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3905 CTGATGTGGTTGAGGCTCTTGTGGGAGCTTTCTTAGTTGACAGTGGCTTCAAAGGTGCTG 3964
Query 3743 TGAAATTTCTTA-GCTGGATTGGTGTAAATGTTGATTTTGAATCCTTGCAAGTACAAGAT 3801
|||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3965 TGAAATTTCTGAAG-TGGATTGGTGTAAATGTTGATTTTGAATCCTTGCAAGTACAAGAT 4023
Query 3802 GCTTGTATTGCAAGCAGGCGCTACATACCCCTCACTACTCGCAATAATTTGGAGGCCCTT 3861
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4024 GCTTGTATTGCAAGCAGGCGCTACTTGCCCCTCACTACTCGCAATAATTTGGAGACCCTT 4083
Query 3862 GAAAACCAGCTTGACTATAACTTCCTCCACAAAGGTCTACTTGTACAAGCCTTTATCCAT 3921
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4084 GAAAACCAGCTTGACTATAAGTTCCTCCACAAAGGTCTACTTGTACAAGCCTTTATCCAT 4143
Query 3922 CCATCTTACAACAGGCATGGAGGAGGCTGCTACCAGAGATTGGAGTTTCTTGGGGATGCT 3981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4144 CCATCTTACAACAGGCATGGAGGAGGCTGCTACCAGAGATTGGAGTTTCTTGGGGATGCT 4203
Query 3982 GTTCTGGACTACTTGATGACATCCTATTTTTTCACTGTCTTCCCGAAACTGAAACCTGGT 4041
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4204 GTTCTGGACTACTTGATGACATCCTATTTTTTCACAGTCTTCCCGAAACTGAAACCTGGT 4263
Query 4042 CAACTGACCGATCTAAGATCGCTCTCAGTAAATAATAAGGCGCTAGCAAATGTTGCTGTC 4101
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4264 CAACTGACCGATCTAAGATCTCTCTCAGTAAATAATGAGGCGCTAGCAAATGTTGCTGTC 4323
Query 4102 AGTTTTTCGCTAAAGAGATTTCTATTTTGCGAGTCCGTATATCTCCATGAAGCTATAGAG 4161
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||
Sbjct 4324 AGTTTTTCGCTAAAGAGATTTCTATTTTGCGAGTCCATTTATCTTCATGAAGTTATAGAG 4383
Query 4162 GATTATACCAATTTCCGGGCAGCGTCCCCATTGGCAAGTGGACCATCTGAAGGTCCAAGA 4221
|||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4384 GATTATACCAATTTCCTGGCATCTTCCCCATTGGCAAGTGGACAATCTGAAGGTCCAAGA 4443
Query 4222 TGCCCAAAGGTTCTTGGTGACTTGGTAGAATCCTGTTTGGGGGCTCTTTTCCTCGATTGT 4281
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4444 TGCCCAAAGGTTCTTGGTGACTTGGTAGAATCCTGTTTGGGGGCTCTTTTCCTCGATTGT 4503
Query 4282 GGATTCAACTTGAATCATGTCTGGACTATGATGCTATCATTTCTAGATCCGGTCAAAAAC 4341
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4504 GGGTTCAACTTGAATCATGTCTGGACTATGATGCTATCATTTCTAGATCCGGTCAAAAAC 4563
Query 4342 TTGGCTAACCTGCAGATTAGTCCTATAAAGGAACTGATTGAACTTTGCCAGTCTTACAAG 4401
||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4564 TTGTCTAACCTTCAGATTAGTCCTATAAAAGAACTGATTGAACTTTGCCAGTCTTACAAG 4623
Query 4402 TGGGATCGGGAAATATCAGCGACGAAAAAGGATGGTGGTTTTTCTGTTGAATTAAAAGTG 4461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||
Sbjct 4624 TGGGATCGGGAAATATCAGCGACGAAAAAGGATGGTGCTTTTACTGTTGAACTAAAAGTG 4683
Query 4462 ACCAAGAAAGGTTGTTGCCTTACAGTTTCTGCAACTGGTCGGAACAAAAGAGAGAGCACA 4521
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4684 ACCAAGAATGGTTGTTGCCTTACAGTTTCTGCAACTGGTCGGAACAAAAGAGAGGGCACA 4743
Query 4522 AAAAAGGCCGCACAGCTGATGATTACATCCCTGAAGGCTCATGAGCAA-ATAACAACCTC 4580
|||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 4744 AAAAAGGCTGCACAGCTGATGATTACAAACCTGAAGGCTCATGAG-AACATAACAACCTC 4802
Query 4581 TCATCCGTTGGAGGATGTTCTGAAGAATAGCAACCTTAATGAAGCTAAATTAATTGGCTA 4640
||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4803 CCATCCGTTGGAGGATGTTCTGAAGAATGGCATCCGAAATGAAGCTAAATTAATTGGCTA 4862
Query 4641 CAATGAAGATCCTATAGATGTTGTGAATCTTGTTGGGCTGGACGTTGAAAACCTAAAAAT 4700
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4863 CAATGAAGATCCTATAGATGTTGTGGATCTTGTTGGGCTGGACGTTGAAAACCTAAATAT 4922
Query 4701 CCAAGAAAATCTTGGCGAGAATAGTGAAATAAGCAGCTCATACGTCATCAGACGAGGTCT 4760
|| ||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4923 CCTAGAAACTTTTGGCGGGAATAGTGAAAGAAGCAGCTCATACGTCATCAGACGAGGTCT 4982
Query 4761 CCCCCAGGCACCATCTAAAACAGAAGACAGGCTTCCTCAAAAGACCATCATAGAAGCAGG 4820
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 4983 CCCCCAAGCACCATCTAAAACAGAAGACAGGCTTCCTCAAAAGGCCATCATAAAAGCAGG 5042
Query 4821 TCAACCAAGCAGCAAAACCGCAAAATCCCTCTTGCACGAAACATGTGTTGCTAACTGTTG 4880
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5043 TGGACCAAGCAGCAAAACCGCAAAATCCCTCTTGCACGAAACATGTGTTGCTAACTGTTG 5102
Query 4881 GAAGCCTCCACACTTCGAATGTTGTGAGGAGGAAGGACCAGGCCACCTGAAATCATTCGT 4940
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5103 GAAGCCACCACACTTCGAATGTTGTGAAGAGGAAGGACCAGGCCACCTGAAATCATTCGT 5162
Query 4941 CTATAAGGTAATCCTGGAAGTTGAAGATGCGCCCAATATGACATTGGAGTGTTATGGTGA 5000
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5163 CTACAAGGTAATCCTGGAAGTTGAAGATGCGCCCAATATGACATTGGAATGTTATGGTGA 5222
Query 5001 GGCTAGAGCAACGAAGAAAGGTGCAGCAGAGCACGCTGCCCAAGCTGCTATATGGTGCCT 5060
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5223 GGCTAGAGCAACGAAGAAAGGTGCAGCAGAGCACGCTGCCCAAGCTGCTATATGGTGCCT 5282
Query 5061 CAAGCATTCTGGATTCCTTTG 5081
|||||||||||||||||||||
Sbjct 5283 CAAGCATTCTGGATTCCTTTG 5303
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 253593896865
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5