BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg894393
Length=1767
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G24830.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 2752 0.0
> AT5G24830.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr5:8530978-8533867 FORWARD LENGTH=2554
Length=2554
Score = 2752 bits (1490), Expect = 0.0
Identities = 1681/1773 (95%), Gaps = 14/1773 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTCTTTTCATTTCTTGTGGGGAAGTTTCATCTTCTCAATTCACTCTACTTCGTTTA 60
||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||| |||
Sbjct 249 ATGGCTCTTTTAATATCTTGTGGGGAAGTTACCTCTTCTCAATTCACTGTATTTCGCTTA 308
Query 61 CTCAACCAAAGCCTTGATTTTGTTAGTGACAATGTCTCTAGAATCTTAGCTCCTATATTC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 309 CTCAACCAAAGCCTTGATTTTGTTAGTGACAATGTCTCTAGGCTCTTAGCTCCTATTTTC 368
Query 121 ACCAACCTAAGGGACTTTGAAATGCGTCTTTCTTGTATCGAACGTCCTTCATCTATTTCT 180
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 369 ACCAACCTCAGGGACTTTGAAATGCGTCTTTCTTGTATCGAACGTCCTCCATCCATTTCT 428
Query 181 GGCAATCATTCTCATTTGTGCACTGAGAAATGGTTTTCTGATC--AAA-A--A-GATCAA 234
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||
Sbjct 429 GGCAATCATTCTCATTTGTGCACTGAGAAATGGTTTTCTGATCAAAAAGATTATGATCAA 488
Query 235 AA-GAGAGACCCGGAAGCTATTTTCAATGTGCTT-GATTATATCTTGAAAAGCAGCTTGG 292
|| || ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 489 AAGGA-AGACCCGGAAGCTATTTTCAATGTG-TTGGATTATATCTTGAAAAGCAGCTTGG 546
Query 293 ATCGCCTGGCTTCGTTGAGGGAGAGTGTATGTCAGACAAAGAGTTTTGAGTACGATGATT 352
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 547 ATCGTCTGGCTTCATTGAGGGAGAGTGTATGTCAGACAAAGAGTTTTGATTACGATGATT 606
Query 353 CG-TTATCTATTCACTCGTCTATAATGAGGGATCTTTGTTTACAAGGGAAGATGGACGCT 411
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||
Sbjct 607 -GTTTATCTATTCACTCGTCTATAATGAGGGATCTTTGTTTGCAAGGGAAGTTGGATGCT 665
Query 412 GCTCTCTGGCTACGGGAAAAAATGTTACGTAGTGGATTTATTCCAGGTTTGATCACGCAC 471
||||||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 666 GCTCTCTGGCTACGGAAAAAAATGATATATAGTGGAGTTATTCCAGGTTTGATCACGCAC 725
Query 472 AATCATCTTTTAAATGGGTTGTGTAAATTAGGTTATATCGAGAAGGCGGATGGACTTGTT 531
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 726 AATCATCTTTTAAATGGGTTGTGTAAAGCAGGTTATATCGAGAAGGCGGATGGGCTTGTT 785
Query 532 AGAGAGATGAGGGAAATGGGTCCTTCGCCCAATTGTGTCTCTTATAACACCTTAATCAAG 591
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 786 AGAGAGATGAGGGAGATGGGTCCTTCGCCTAATTGTGTCTCTTATAACACCTTAATCAAG 845
Query 592 GGTCTGTGCAGTGTTAACAATGTAGATAAAGCTCTGTATCTCTTCAGTACTCTGAATAAA 651
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||
Sbjct 846 GGTCTTTGCAGTGTTAACAATGTAGATAAAGCTCTGTACCTCTTCAATACTATGAATAAA 905
Query 652 TATGGTATTAAGCCAAATAGAGTGACTTGCAACATAATTGTGCATGCACTTTGCCAGAAA 711
|||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 906 TATGGTATTAGGCCAAATAGAGTGACTTGCAATATAATTGTGCATGCACTTTGCCAGAAA 965
Query 712 GGTGTTATAGGAAACAACAACACAAAGCTTCTTGAAGAGATCTTAGATAGTAGCCAGGTG 771
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 966 GGTGTTATAGGAAACAACAACAAAAAGCTTCTTGAAGAGATCTTAGATAGTAGCCAGGCG 1025
Query 772 AACGCACCCTTGGATATAGTCACCTGTACCATTCTGATGGATAGTTGTTTTAAGAACGGA 831
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1026 AACGCACCCTTGGATATAGTCATCTGTACCATTCTGATGGATAGTTGTTTTAAGAATGGA 1085
Query 832 AATGTTGTTCAAGCCCTTGAGGTTTGGAAGGAGATGTCACAGAAAAATGTCCCTACTGAT 891
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1086 AATGTGGTTCAAGCCCTTGAGGTTTGGAAGGAGATGTCACAGAAAAATGTCCCTGCTGAT 1145
Query 892 TCGGTTGTGTACAATGTCATTATTCGTGGGTTGTGTTCGAGTGGAAACATGGTAACTGCT 951
|| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1146 TCAGTTGTGTACAATGTCATTATTCGTGGGTTATGTTCGAGTGGAAACATGGTAGCTGCT 1205
Query 952 TATGGGTTCATGTGTGACATGGTAAAGAGAGGAGTAAATCCTGATGTTTTCACTTACAAC 1011
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1206 TATGGGTTCATGTGTGACATGGTAAAGAGAGGAGTGAATCCTGATGTTTTCACTTACAAC 1265
Query 1012 ACTCTCATAAGCGCATTGTGCAAAGCGGGAAAGTTTGATGTGGCATGTGATCTCCATGGT 1071
|||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1266 ACTCTCATTAGCGCCTTGTGCAAAGAGGGAAAGTTTGATGAGGCATGTGATCTCCATGGT 1325
Query 1072 ACCATGCAAAATGTTGGTGTTGCTCCTGATCAGATCTCATACAAAGTTATCATTCAAGGT 1131
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1326 ACCATGCAAAATGGTGGTGTTGCTCCTGATCAGATCTCATACAAAGTTATTATTCAAGGT 1385
Query 1132 CTATGTATACAGGGAGATGTAG-ACAGGGCGAACGAGTTCCTTCTAAGCATGCTAAAAAG 1190
|||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 TTATGTATACATGGAGATGT-GAACAGGGCGAACGAGTTCCTTCTAAGCATGCTAAAAAG 1444
Query 1191 GTCTCTGCTTCCAGAGGTTCTGCTATGGAATGTGGTTATTGATGGTTATGGAAGATATGG 1250
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1445 TTCTCTGCTTCCAGAGGTTCTGCTATGGAATGTGGTTATTGATGGTTATGGAAGATATGG 1504
Query 1251 TGATACTAGCAGTGCTTTATCTGTTCTAAATTTAATGCTTTCTTACGGTGTTAAACCAAA 1310
||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1505 TGATACTAGCAGTGCTTTATCTGTTCTGAATCTAATGCTTTCGTACGGTGTTAAACCAAA 1564
Query 1311 TGTTTACACAAACAATGCTTTGATTCATGGGTATGTGAAAGGGGGAAGATTAATTGATGC 1370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1565 TGTTTACACAAACAATGCTTTGATTCATGGGTATGTGAAAGGGGGAAGATTAATTGATGC 1624
Query 1371 ATGGTGGGTCAAAAATGAAATGCGATCTACCAAAATCCACCCAGATACAACCACCTATAA 1430
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1625 ATGGTGGGTCAAAAATGAAATGCGATCTACCAAAATCCACCCAGATACTACCACCTATAA 1684
Query 1431 TCTGCTAGTAGGTGCTGCTTGTACATTGGGTCACTTGCGGTTGGCATTTCAGTTGTATGA 1490
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1685 TCTGCTACTAGGTGCTGCTTGTACATTGGGTCACTTGCGGTTGGCATTTCAGTTGTATGA 1744
Query 1491 TGAAATGCTGAAAAGGGGATGTCAACCTGATATCATTACTTATACTGAGCTGGTTAGAGG 1550
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1745 TGAAATGCTGAGAAGGGGATGTCAACCTGATATCATTACGTATACTGAGCTGGTTAGAGG 1804
Query 1551 GCTCTGTTGGAAGGGTCGATTGAAGGAGGCCGAAAGCCTTTTGTCGAGAATGCAAGTATC 1610
||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| |||| | |
Sbjct 1805 GCTCTGTTGGAAGGGTCGATTGAAGAAAGCCGAAAGCCTTCTGTCGAGAATACAAGCAAC 1864
Query 1611 TGGTATAACAATGGATCATGTTCCATTTTTGATACTAGTAAAGAAATATACCAGATTGCA 1670
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1865 TGGTATAACAATAGATCATGTTCCATTTTTGATACTAGCAAAGAAATATACCAGATTGCA 1924
Query 1671 GCGACCAGATGAGGCGTATTTAGTTTACAAAAAGTGGTTAGTGACGAGGAACAGAGGAGT 1730
| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1925 GAGGCCAGGCGAGGCGTATTTAGTTTACAAAAAGTGGTTAGCGACGAGGAACAGAGGAGT 1984
Query 1731 TTCTTGTCCAAGTATCCTAAATCACAAGCCTAC 1763
|||||||||||| || |||||||||| || |||
Sbjct 1985 TTCTTGTCCAAGCATACTAAATCACATGCATAC 2017
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87399148845
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5