BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg894445
Length=2460
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G25370.1 | Symbols: PLDALPHA3 | phospholipase D alpha 3 | ch... 3764 0.0
> AT5G25370.1 | Symbols: PLDALPHA3 | phospholipase D alpha 3 |
chr5:8804240-8807547 REVERSE LENGTH=2463
Length=2463
Score = 3764 bits (2038), Expect = 0.0
Identities = 2325/2466 (94%), Gaps = 9/2466 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACGGAACAGTTGCTCCTTCATGGAACTCTTGAAGTGAAGATTTATAGGATCGATAAG 60
|||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGACGGAGCAATTGCTGCTTCATGGAACTCTTGAAGTGAAGATTTATAGGATCGATAAG 60
Query 61 TTGCATCAACGTTCAAGATTCAATTTATGCGGCAAGGAGAACAAGGAGCCGACGGGTAAA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||
Sbjct 61 TTGCATCAACGTTCAAGATTCAATTTATGCGGCAAGGGGAACAAGGAGCCAACAGGTAAA 120
Query 121 AAGACTCAATCCCAAATCAAAAGACTAACGGACTCATGCACAAATTTGTTTGGAGGAAAT 180
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 121 AAGACTCAATCTCAAATCAAAAGACTAACGGACTCATGCACAAGTTTGTTTGGAGGACAT 180
Query 181 CTCTATGCAACCATTGACCTAGATAGGTCAAGAGTGGCTCGAACTATGATGAGACGTCAT 240
|| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 181 CTATACGCAACTATTGACCTAGACAGGTCAAGAGTGGCTAGAACCATGATGAGACGTCAT 240
Query 241 CCTAAATGGTTACAATCCTTCCATGTCTACACGGCACATTCAATCTCCAAAATCATATTC 300
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 241 CCTAAATGGTTACAATCCTTCCACGTCTACACCGCACATTCAATCTCTAAAATCATATTC 300
Query 301 ACAGTTAAAGAAGATGAACCGGTCAGTGCTAGTTTGATCGGTCGAGCTTATTTACCTGTC 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 301 ACAGTTAAAGAAGATGAACCGGTCAGTGCTAGTTTGATAGGGCGAGCTTATTTACCTGTA 360
Query 361 ACTGAAGTCATCACCGGACAACCTATAGACCGATGGCTCGATATTTTAGACGAGAATAGG 420
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 361 ACAGAAGTCATCACCGGACAACCTATAGACCGATGGCTCGATATCTTAGACGAGAACAGG 420
Query 421 AGACCAATCCAAGGAGGTTCCAAACTCCATGTTCGTGTCAAGTTCAATCACGTGACACAG 480
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||
Sbjct 421 AGACCAATCCAAGGAGGTTCCAAACTCCATGTACGTGTGAAGTTCACTCATGTGACACAG 480
Query 481 GACGTGAATTGGAACAAAGGAATTATATTACCTTCCTTCAATGGAGTTCCTAACGCTTAT 540
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GACGTGAATTGGAACAAAGGAATAATATTACCTTCCTTCAATGGAGTTCCTAACGCTTAT 540
Query 541 TTCAATCAAAGAGAAGGTTGCAAAGTTACACTTTACCAAGACGCTCACGTTATTCCCGAG 600
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||
Sbjct 541 TTCAACCAAAGAGAAGGTTGCAAAGTTACACTATACCAAGACGCTCACGTTCTTAACGAA 600
Query 601 TACCCTGATATT---CTCGCGGAAGGACAAGTTATTTACAAGCATCATCGGTGTTGGGAA 657
||||||||| || ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TACCCTGATGTTACCCTCACGGGAGGACAAGTTATATACAAGCATCATCGGTGTTGGGAA 660
Query 658 GAGATTTTCGATGCGATATGGGATGCAAAACATTTAATATACATTGCTGGTTGGTCGGTG 717
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 661 GAGATTTTCGATGCGATATGGGAAGCAAAACATTTGATATACATCGCTGGTTGGTCCGTA 720
Query 718 AACACCGGCGTAACATTGA-TCAGGGATCCTAAACGGACGAGACCGGGAGGGGACCTGAA 776
||||||| ||| ||||| | | || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 721 AACACCGACGTGACATT-AGTTAGAGATCCTAAACGGACGAGACCGGGAGGGGACCTCAA 779
Query 777 GTTAGGGGAATTGCTTAAGAAGAAAGCGGAAGAAAACGTGACCGTGTTGATGCTTGTGTG 836
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 780 GTTAGGGGAATTGCTGAAGAAGAAAGCAGAAGAAAACGTGACCGTGCTGATGCTTGTGTG 839
Query 837 GGACGATAGAACGTCTAACGAAATTTTTAAGAGAGACGGTTTGATGATGACTCATGATCA 896
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GGACGATAGAACGTCTCACGAAGTTTTTAAGAGAGACGGTTTGATGATGACTCATGATCA 899
Query 897 AGAAACTTATGATTACTTCAAGAACACGAAAGTGCGTTGTGTTCTCTGTCCGCGGAACCC 956
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 900 AGAAACTTACGATTACTTCAAGAACACGAAAGTGCGTTGCGTTCTCTGTCCGCGGAATCC 959
Query 957 GGATAATGGTGATAGCATTGTACAAGGGTTCGAGGTTGCTACGATGTTTTCTCATCATCA 1016
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 960 GGATAATGGTGATAGCATTGTGCAAGGGTTCGAGGTCGCTACTATGTTTACTCATCATCA 1019
Query 1017 AAAAACGATTGTGGTGGACGGTGAAGTGGACGGGTCAATAACCAAGAGAAGGATAGTGAG 1076
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 AAAAACGATTGTGGTGGACAGTGAAGTGGACGGGTCATTAACCAAGAGAAGGATAGTGAG 1079
Query 1077 TTTTCTTGGAGGTATTGATCTTTGTGATGGGAGATACGACACTG-AGGAGCATCCTCTGT 1135
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||
Sbjct 1080 TTTTCTTGGAGGTATTGATCTTTGTGATGGGAGATACGACACTGTA-GAGCATCCTTTGT 1138
Query 1136 TTGGTACTTTAAATAGTGTTCATGCTAATGACTTTCACCAGCCCAACTTTGATGGCGCGT 1195
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |
Sbjct 1139 TTGGTACTTTGAATAGTGTTCATGCTAATGACTTTCACCAGCCGAACTTTGATGGTGCAT 1198
Query 1196 CGATTAAAAAGGGCGGTCCACGAGAGCCATGGCACGATATTCATTGCAAGCTGGATGGCC 1255
|||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1199 CGATTAAAAAGGGCGGTCCACGTGAACCGTGGCACGATATTCACTGCAAGCTGGATGGTC 1258
Query 1256 CTGCGGCGTGGGATGTTTTATACAATTTTGAGCAGAGGTGGATGAAACAAGGTAGTGGTA 1315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CTGCGGCGTGGGATGTTTTATACAATTTTGAGCAGAGGTGGATGAAACAAGGTAGTGGTA 1318
Query 1316 GAAGGTACCTTAAATCAATGGCACAACTCGCAGAGATCACGGTTCCGCCACTTCCGATTG 1375
|||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1319 GAAGGTACCTTATATCGATGGCACAGCTCGCAGAGATCACGGTCCCGCCACTTCCGATTG 1378
Query 1376 TACAACCAGACAATGAAGAAGGCTGGACGGTTCAAGTCTTCCGGTCGATAGATGATGGTG 1435
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 TACAACCAGACAATGAAGAAGGTTGGACAGTTCAAGTCTTCCGGTCGATAGATGATGGTG 1438
Query 1436 CAGTTGAAGGGTTTCCAGAGGATCCACGTGAAGCTGCAAGCGTAGGACTTATAAGCGGCA 1495
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1439 CAGTTGAAGGGTTCCCAGAGGATCCACGTGAAGCTGCAAGCATAGGACTTATAAGCGGAA 1498
Query 1496 AAGATAACGTGATTGAAAGAAGCATACAAGACGCTTATGTTAATGCCATAAGGAGAGCCA 1555
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 AAGATAACGTGATCGAAAGAAGCATTCAAGACGCTTACGTTAATGCCATAAGGAGAGCCA 1558
Query 1556 AACACTTCATCTACATTGAGAACCAATATTTTCTAGGAAGCTCCTTTGGATGGAACTCTA 1615
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 AAAACTTCATCTACATTGAGAACCAATATTTTCTAGGAAGCTCCTTTGGATGGAACTCTA 1618
Query 1616 GAGACATTGATTTAAATGAGATCAATGCACTACAACTCATTCCCAAAGAGATTTCTCTCA 1675
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1619 GAGACATAAATTTAAATGAGATCAATGCACTACAACTCATTCCTAAAGAGATTTCTCTAA 1678
Query 1676 AAATCGTTAGCAAGATCGAGGCAGGCGAGCGGTTTGCGGTGTATATAGTGATTCCGTTAT 1735
||||||| || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 AAATCGTGAGTAAAATCGAGGCAGGCGAGCGGTTTTCGGTGTATATAGTGATTCCGTTAT 1738
Query 1736 GGCCTGAAGGTAAACCTGGTTCTGCATCGGTTCAAGCAATACTAGACTGGCAAAGGAGAA 1795
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 GGCCTGAAGGTAAACCTGGTTCCGCATCGGTTCAAGCAATACTAGACTGGCAAAGGAGAA 1798
Query 1796 CAATGGAGATGATGTATACTGATATAATCATTGCACTACGTAAGAAAGGTTTAGATGCAA 1855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1799 CAATGGAGATGATGTATACTGATATAATCATTGCACTACGTAAAAAAGGTTTAGATGCAA 1858
Query 1856 ACCCTAGAGACTACCTAACGTTTTTCTGCCTCGGGAATCGGGAAGTTGGCAAGGCGGGTG 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||
Sbjct 1859 ACCCTAGAGACTACCTAACGTTTTTCTGCCTCGGGAACCGGGAAAAGGGCAAGGTGGGTG 1918
Query 1916 AATACTTGCCTCCGGAGAAACCAGAGCCTAATTCTGACTACGCAAGAGCTCAAGAATCTC 1975
|||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 AATACTTGCCTCCGGAAAAACCGGAGGCTAATTCTGATTACGCAAGAGCTCAAGAATCTC 1978
Query 1976 GTCGGTTCATGATCTATGTCCACTCTAAAATGATGATTGTTGATGATGAGTACCTAATAA 2035
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1979 GTCGGTTCATGATCTATGTCCACTCTAAAATGATGATTGTTGATGATGAGTACATAATAA 2038
Query 2036 TAGGATCAGCCAATATAAACCAAAGGTCAATGGATGGAGGTCGAGACACAGAGATCGCGA 2095
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2039 TAGGATCAGCCAATATAAACCAAAGGTCAATGGATGGAGGTCGAGACACAGAGATCGCCA 2098
Query 2096 TGGGAGCATACCAACCTAGCCATCTGATATCTACTCATAACAGGAGGCCGGGGGGCCAAG 2155
|||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| | |||||||| ||||||
Sbjct 2099 TGGGAGCATATCAACCTAGCCATCTCCTATCTACTAATAATATGAGGCCGGTTGGCCAAA 2158
Query 2156 TATTTAACTTCAGGATATCACTATGGCTTGAACATCTACGAAAAACAACCGGT-AAGTTT 2214
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | | |||
Sbjct 2159 TATTTAGCTTCAGGATATCACTATGGCTTGAACACCTACGAGTAACAACCAATGCA-TTT 2217
Query 2215 CAGTACCCCGAAAGAGAAGAGTGTATAAGATTGGTTAATGAAACGGCAGACGAGCTATGG 2274
|||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2218 CAGTGCCCCGAAAGCGAAGAGTGTATAAGAATGGTTAATGCAACGGCAGACGAGCTATGG 2277
Query 2275 GGACTATACTCAGCACAAGAGTATCCTCGAAATGACGATTTACCGGGGCATTTGCTTAGT 2334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 GGACTATACTCAGCACAAGAGTATCCTCGAAATGACGATTTACCGGGGCATTTGCTTAGT 2337
Query 2335 TATCCTATTAACATTGGTAGCAACGGGGAAGTAACAAATCTTGCTGGGACTGAGTTCTTT 2394
||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2338 TATCCGATTAGCATTGGTAGCAATGGGGAAGTAACAAATCTTGCTGGGACTGAATTCTTT 2397
Query 2395 CCTGATACTAACGCAAAGGTTGTAGGCGAAAAATCTAATTATCTTCCTCCAATCCTCACT 2454
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2398 CCTGATACTAACGCAAAGGTTGTAGGCGAAAAATCTAATTATCTTCCTCCAATCCTTACT 2457
Query 2455 TCTTAG 2460
||||||
Sbjct 2458 TCTTAG 2463
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 122056172319
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5