BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg894724
Length=2130
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G24340.1 | Symbols: EMB260, EMB2421 | FAD/NAD(P)-binding oxi... 3507 0.0
> AT1G24340.1 | Symbols: EMB260, EMB2421 | FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase
family protein | chr1:8635209-8638986 FORWARD
LENGTH=2457
Length=2457
Score = 3507 bits (1899), Expect = 0.0
Identities = 2056/2133 (96%), Gaps = 6/2133 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGATTCTAGGGCGGATCACGAGGGTAACACGAATAAGCAG-AAACAATTCGAGGGT 59
|||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| | | |||||||||||||||
Sbjct 208 ATGGCGATTCTAGGGCTTATCAAGAGGGTTACACGAATAA-CCGTAAACAATTCGAGGGT 266
Query 60 CAGAGTGTGCCCAGTGAGGTACTTCCAAAGCAAGGACCTTTCAAATACAAATTC-ATTCA 118
|||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 267 CAGAGTGTACCCAGTGAGGTACTTCCAAAGGAAGGACCTTTCAAGCACAAA-TCTATTCA 325
Query 119 ATGGCGAAGATGCTGCTAAGCTTCCTGTTCTGATCGTCGGCGCTGGACCGGTGGGCCTCG 178
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 326 ATGGTGAAGATGCTGCTAAGCTTCCTGTTCTGATCGTCGGCGCTGGACCGGTGGGACTCG 385
Query 179 TTTTATCCATCCTTCTCACCAAACTAGGAGTGAAATGTGCTGTTGTGGACAAAGCTACAA 238
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 386 TTTTATCCATCCTTCTCACCAAACTAGGAGTGAAATGTGCTGTTGTTGACAAAGCCACAA 445
Query 239 GCTTCTCGAAACACCCACAAGCACATTTTATCAACAACCGATCAATGGAGATCTTCCGTG 298
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 446 GCTTCTCGAAACATCCACAAGCACACTTTATCAACAACCGATCAATGGAGATCTTCCGTG 505
Query 299 CATTGGATGGATTAGCTGAGGAGATTGAAAGATCACAGCCTCCTGTAGATTTGTGGAGAA 358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 506 AATTGGATGGATTAGCTGAGGAGATTGAAAGATCACAGCCTCCTGTAGATTTGTGGAGAA 565
Query 359 AATTTATTTACTGTACATCTCTCTCCGGCTCAACTCTAGGCACAGTGGATCACATGCAGC 418
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 566 AATTTATTTACTGTACATCTCTCTCCGGCTCAACACTAGGCACAGTTGATCACATGCAGC 625
Query 419 CTCAAGATTTTGAGAAAGTTGTCAGCCCGGCTTCCGTTGCTCACTTCTCCCAGTACAAAT 478
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 626 CTCAAGATTTTGAGAAAGTTGTCAGCCCGGCTTCTGTTGCTCACTTCTCCCAGTACAAAT 685
Query 479 TGACAAATTTATTGCTGAAGCGGTTGGGAGACCTCGGCTTTCATGTTCGAGGTTCCAAAG 538
|||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 686 TGACAAATTTATTGCTTAAGCGGTTGGAAGACCTCGGCTTTCATGTTCGTGGTTCCAAAG 745
Query 539 AGTCGGATGGTCTTGAGGTTGACGCTGTGGTTGCGAGGCAAATTCTTATGGGTCATGAGT 598
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 746 AGTCGGATGGTCTTGAGGCTGACTCTGTGGTTGCGAGGCAAATTCTTATGGGTCATGAGT 805
Query 599 GTGTGGCGATTGATGCTAACAAGGACAGTATTACTGCAACTGTTTCTTATCTCAAAGGAG 658
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 806 GTGTGGGGATTGATGCTAACAAGGACAGTATTACTGCAACTGTTTCTTTTCTCAAAGGAG 865
Query 659 GCAAGCATATGAAAAGAAACATCCAATGTAGTATACTGGTTGGTGCTGATGGGGCTGGGA 718
|||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 866 GCAAGCATATGAAAAGAAACATTCAATGTAGTCTACTGGTTGGTGCTGATGGTGCTGGGA 925
Query 719 GTGCAGTAAGAAAGCTCACAGCAATAGAAATGCGAGGGGAAAGGGATCTGCAAAAGCTTG 778
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||
Sbjct 926 GTGCAGTAAGAAAGCTCACAGTAATAGAAATGCGAGGGGAAAGAGATCTACAGAAGCTTG 985
Query 779 TTAGTGTCCACTTCATGAGTAGAGAGCTCGGTGAGTACCTGATCAGTAGA-AGACCAGGG 837
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 986 TTAGTGTCCATTTCATGAGTAGAGAGCTCGGTGAGTACCTGATCAGTA-ACAGACCAGGG 1044
Query 838 ATGTTATTTTTCATTTTTAACACCGATGGTATAGGAGTTCTTGTTGCCCATGATCTTCTA 897
||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1045 ATGCTATTTTTTATTTTTAACACCGATGGTATAGGAGTTCTTGTTGCCCATGATCTTCTA 1104
Query 898 CAAGGAGAATTTGTTTTGCAGATTCCATACTATCCACCTCAACAGAGTCTATCTGATTTT 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105 CAAGGAGAATTTGTTTTGCAGATTCCATACTATCCACCTCAACAGAGTCTATCTGATTTT 1164
Query 958 AGTCCTGAGATGTGCAGGATGCTGATATACAATTTGGTGGGACATGAGCTTTCAGACTTG 1017
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1165 AGTCCTGAGATGTGCAAGATGCTGATATTCAATTTGGTGGGACATGAGCTTTCAGACTTG 1224
Query 1018 GATGTAGCTGATATTAAGCCATGGGTCATGCATGCTGAAGTCGCCGAGAAATTCATGTGC 1077
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1225 GATGTAGCTGATATTAAGCCATGGGTCATGCATGCTGAAGTCGCCGAGAAATTCATGTGT 1284
Query 1078 TGTGAGAACAGAGTGATACTTGCTGGTGATGCTGCTCACCGGTTCCCACCTGCTGGAGGT 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1285 TGTGAGAACAGAGTGATACTTGCTGGTGATGCTGCTCACCGGTTCCCGCCTGCTGGAGGT 1344
Query 1138 TTTGGAATGAACACTGGAATTCAGGATGCTCATAATCTTACATGGAAAATAGCAGCTCTT 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1345 TTTGGAATGAACACTGGAATTCAGGATGCTCATAATCTTGCATGGAAAATAGCAGCTCTT 1404
Query 1198 GTTCAGGGTTCTGCAAAATCTTCGATTCTTAAAACTTATGAAACAGAACGTAGGCCGATT 1257
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405 GTTCAGGGTTCTGCAAACTCTTCAATTCTTAAAACTTATGAAACAGAACGTAGGCCGATT 1464
Query 1258 GCCCTTTCCAATACTTCACTCAGTGTTCAGAACTTCAGAGCAGCTATGTCTGTTCCTTCA 1317
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1465 GCCCTTTCCAATACTTCACTCAGTGTTCAAAACTTCAGAGCAGCTATGTCAGTTCCTTCA 1524
Query 1318 GCGCTAGGCCTTGACCCGACAGTTGCAAACTCAGTGCATAGGTTTATAAACAAAACAGTT 1377
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1525 GCGCTAGGCCTTGACCCAACAGTTGCAAACTCAGTGCATAGGTTTATAAACAAAACAGTT 1584
Query 1378 GGTTCCATCCTTCCAACTGGGCTACAAAAGGCAATCTTGGATAATGTCTTTGCACTAGGT 1437
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1585 GGTTCGATCCTTCCAACTGGGCTGCAAAAGGCAATCTTGGATAATGTCTTTGCACTAGGT 1644
Query 1438 CGTGCACAGCTTTCAGAATCTCTGTTGAATGAGAGCAATCCTCTGGGAAATCAGAGACTT 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1645 CGTGCACAGCTTTCAGAATCTCTGTTGAATGAGAGCAATCCACTGGGAAATCAGAGACTT 1704
Query 1498 AGAAGACTAAAGAGTATCTTCGAACGAGGAAAAAGCCTTCAACTACAGTTTCCTGCAGAA 1557
|| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1705 AGCAGACTAAAGAGTATCTTCGAAGGAGGAAAAAGCCTTCAACTACAGTTTCCTGCAGAA 1764
Query 1558 GATCTTGGTTTCAGGTATTTAGAGGGAGCCATTGTTCCTGATAACGAGTCTGAAGCTGGT 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1765 GATCTTGGTTTCAGGTATTTAGAGGGAGCCATTGTTCCTGATAACGAGTCTGAAGCTGGT 1824
Query 1618 GATCCCGAACTACCGAGTGGTCGTAGAAGAGACTATGTACCTTGTGCTGAACCAGGTTCA 1677
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1825 GATCCCGAAGTACCGAGTGGTCGTAGAAGAGACTATGTCCCTTGTGCTGAACCAGGTTCA 1884
Query 1678 AGACTGCCACATATGTATGTGAAAATACTGTCAGATTCCACAAGAGAGGTTATTGTTTCT 1737
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1885 AGACTGCCTCATATGTATGTGAAAATACTGTCAGATTCCACAAGAGAGGTTATTGTTTCT 1944
Query 1738 ACACTGGATCTTGTTTCGACAGAGAAAGTGGAGTTTCTACTTATAATATCACCATTACAA 1797
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1945 ACACTGGATCTTGTTTCGACAGAGAAAGTGGAGTTTCTACTTATAATATCGCCATTACAA 2004
Query 1798 GAGTCCTATGAGTTAGCTCGTGCTACATTCAAAGTCGCAAAAGAGTTTATGGCTAATGTA 1857
|||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2005 GAGTCCTATGAGCTAGCTCATGCTACATTCAAAGTCGCAAAAGAGTTTATGGCTAGTGTA 2064
Query 1858 AAAGTATGTGTGGTCTGGCCTAGTAGTGATGAAGGTCTTGAAAGGGAGAGCAATTCAGCA 1917
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2065 AAAGTATGCGTGGTCTGGCCTAGTAGTGATGATGGTCTTGAAAGGAAGAGCAATTCAGCA 2124
Query 1918 TTAGCTCCATGGGAAAATTATGTCGATGTTATGGAAGTTATAAGACAAAATGGTGAAGGA 1977
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 2125 TTAGCTCCATGGGAAAATTATGTCGATGTTATGGAAGTTAAAAAACAAAATGGTGAAGGA 2184
Query 1978 ACTTCTTGGTGGAGTATTTGTAAAATGTCGGAGAGAGGATCTATTTTAGTCCGTCCTGAC 2037
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2185 ACTTCGTGGTGGAGTATTTGTAAAATGTCAGAGAGAGGATCTATTTTAGTCCGTCCCGAC 2244
Query 2038 CAACACATTGCTTGGCGAGCAAAGTCTGGTATTACTTTGGATCCTACTCTGCACATGAGA 2097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2245 CAACACATTGCTTGGCGAGCAAAGTCTGGTATTACTTTGGATCCTACTCTGCACATGAGA 2304
Query 2098 GAAGCCTTCTCCATCATACTTGGTAAACAATGA 2130
|| | |||| |||||||||| || |||||||||
Sbjct 2305 GATGTCTTCACCATCATACTAGGGAAACAATGA 2337
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 105621946680
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5