BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg896306
Length=2127
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G03380.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3073 0.0
> AT2G03380.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr2:1028292-1030361 FORWARD LENGTH=2070
Length=2070
Score = 3073 bits (1664), Expect = 0.0
Identities = 1903/2021 (94%), Gaps = 6/2021 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 87 GAGATGCTTCACATTTACGACAATCCAAGAATTGAATTTGCCCGAAGACAATGATGAGTC 146
||||||| || | |||||||| ||| ||||||||| |||| | ||||| ||||||| |||
Sbjct 51 GAGATGCGTCTCTTTTACGACTATCAAAGAATTGATTTTGACTGAAGAGAATGATGGGTC 110
Query 147 TTCTTTGAATTACGCCGCTTCGAGACCGTGCTTTCTCCTTCTAAGTAAGTGCACGAACAT 206
|||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 111 TTCTCTGCATTACGCCGCTTCGAGCCCGTGCTTTCTCCTTCTAAGTAAGTGCACGAACAT 170
Query 207 TGATTCTCTAAGGCAAGCTCATGGGGTTTTAACGGGAAATGGACTCATGGGTGATATCTC 266
|||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 171 TGATTCTCTAAGGCAATCTCACGGAGTTTTAACGGGAAATGGACTCATGGGTGATATCTC 230
Query 267 AATTGCCACCAAGCTCGTGAGTCTATACGG-TTCTTTTGGGTATACTAAAGATGCACGCT 325
||||||||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 231 GATTGCCACCAAGCTCGTTAGTCTATATGGTTTC-TTTGGGTATACTAAAGATGCACGCT 289
Query 326 TGGTGTTCGATCAAATTCCTGAACCAGATTTTTATTTATGGAAAGTCATCCTCAGATGTT 385
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 290 TGGTGTTCGATCAAATTCCTGAACCAGATTTTTATTTATGGAAAGTCATGCTCAGATGTT 349
Query 386 ATTGTTTGAACAACGAGAGTTTTGAAGTCATAAAGTTTTATGATTTATTGATGAAGCATG 445
|||| ||||| || |||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 350 ATTGCTTGAATAAAGAGAGTGTAGAAGTCGTAAAGTTGTATGATTTATTGATGAAGCATG 409
Query 446 GATTCGGATATGATGATATTGTTTTCTCGAAAGCTTTGAAAGCGTGTACTGAGGTTCAGG 505
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 410 GATTCAGATATGATGATATTGTTTTCTCGAAAGCTTTGAAAGCGTGTACTGAGCTTCAGG 469
Query 506 ATTTAGACAATGGGAAGAAGATACATTGCCAGATTGTTAAGGTGCCGAGTTTCGATAATG 565
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 470 ATTTAGACAATGGGAAGAAGATACATTGCCAGCTCGTTAAGGTGCCGAGTTTCGATAATG 529
Query 566 TTGTGTTGACAGGTCTTTTAGATATGTATGCTAAGTGTGGAGAAATCAAGAGTTCTTATA 625
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 530 TTGTGTTGACAGGTCTTCTAGATATGTATGCTAAGTGTGGAGAAATCAAGAGTGCTCATA 589
Query 626 AAGTGTTTGAA-GATATTACTTTGAGGAATGTGGTTTGTTGGACTTCGATGATTGCTGGG 684
| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 590 AGGTGTTT-AACGATATTACTTTGAGGAATGTGGTTTGTTGGACTTCGATGATTGCTGGG 648
Query 685 TATGTTAAAAACGACTTGTACGAAGAAGGGTTGGTTCTGTTTAATCGGATGAGGGAAAAC 744
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 649 TATGTTAAGAACGACTTGTGCGAAGAAGGGTTGGTTCTGTTTAATCGGATGAGGGAAAAC 708
Query 745 TCTGTTTTGGGTAATGAATATACTTATGGTACTCTAGTGATGGCTTGCACAAAGCTTCGT 804
|||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||| ||
Sbjct 709 AATGTTTTGGGTAATGAATATACTTACGGTACTCTAATAATGGCTTGTACAAAGCTTAGT 768
Query 805 GCTTTACATCAAGGAAAGTGGTTTCATGGTTGTTTGATTAAGAGTGGTATAGAGCTCAGC 864
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 769 GCTTTACATCAAGGAAAGTGGTTTCATGGTTGTTTGGTTAAGAGTGGTATAGAGCTCAGC 828
Query 865 TCATGCTTGGTGACATCTCTTTTAGATATGTATGTTAAGTGTGGTGACATAAGCAATGCA 924
||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 829 TCATGTTTGGTGACATCTCTTCTCGATATGTATGTTAAGTGTGGTGACATAAGCAATGCA 888
Query 925 CGTCGGGTGTTTAATGAGCATTCTCATGTGGATCTCGTCATGTGGACAGCTATGATTGTG 984
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 CGTCGGGTGTTTAATGAGCATTCTCATGTGGATCTTGTCATGTGGACAGCTATGATTGTG 948
Query 985 GGATACACCCATAACGGAAGTGTGAATGAGGCGCTGAGCTTGTTTCAGAAAATGA-GTGG 1043
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 949 GGGTATACCCATAACGGAAGTGTGAATGAGGCGCTGAGCTTGTTTCAGAAAATGAAG-GG 1007
Query 1044 GGTTGGAATCAAGCCTAATTGTGTTACCATTGCAAGTGTCTTATCGGGGTGCGGTTTGGT 1103
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |
Sbjct 1008 GGTTGAAATCAAGCCTAATTGTGTTACCATTGCAAGTGTCTTATCGGGTTGCGGTCTGAT 1067
Query 1104 TGGGAATCTTGAACTGGGAAGATCAATTCATGGCCTCTCCATCAAAGTTGGTATTTGGGA 1163
|| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068 TGAGAATCTTGAACTGGGAAGATCAGTTCATGGCCTCTCCATCAAAGTTGGTATTTGGGA 1127
Query 1164 CACAAATGTTGCAAATGCTCTGGTTCACATGTACGCCAAGTGTTACCAGAATAGAGATGC 1223
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 TACAAATGTTGCAAATGCTCTGGTTCACATGTACGCCAAGTGTTACCAGAATAGAGATGC 1187
Query 1224 TAAGTATGTGTTTGAAATGGAGTCGGAAAAAGATATTGTTGCTTGGAATTCTATAATTTC 1283
||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1188 TAAATATGTGTTTGAAATGGAGTCAGAGAAAGATATAGTTGCTTGGAATTCTATAATTTC 1247
Query 1284 TGGGTTTTCGCAAAACGGCTCTATCCATGAAGCTTTGTTTCTGTTCCATCGCATGAATAC 1343
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 1248 CGGGTTTTCACAAAACGGCTCTATCCATGAAGCTTTGTTTCTTTTCCATCGCATGAATTC 1307
Query 1344 AGAATCCGTGATGCCTAATGGTGTAACAGTTGCGAGTCTCTTCTCAGCCTGTGCTTCCCT 1403
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1308 AGAATCTGTGACGCCTAATGGTGTAACAGTTGCGAGTCTTTTTTCAGCCTGTGCTTCCCT 1367
Query 1404 TGGGTCTCTAGCCATAGGTTCCTCGCTTCATGCTTATTCCGTGAAATTGGGTTTCTTGGC 1463
|||||||||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1368 TGGGTCTCTAGCTGTAGGTTCATCACTTCATGCCTATTCCGTGAAATTGGGTTTCCTGGC 1427
Query 1464 ATCATCCAGTGTTCATGTTGGTACTGCACTCCTGGACTTCTATGCCAAATGTGGGGATGC 1523
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1428 ATCATCCAGTGTTCATGTTGGTACTGCACTCCTGGACTTCTATGCCAAATGTGGGGATCC 1487
Query 1524 CGAATCTGCTCGTCTCATCTTCGATACCATAGAAGAGAAAAACACAATCACATGGAGTGC 1583
| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 CCAATCTGCCCGTCTCATCTTCGATACTATAGAGGAGAAAAACACAATCACATGGAGTGC 1547
Query 1584 TATGATCGGAGGCTATGGAAAGCAAGGGGACACAAAAGGGTCCCTTGAGCTATTTGAGGA 1643
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1548 TATGATCGGAGGCTATGGAAAGCAAGGGGATACAATAGGGTCCCTTGAGCTATTTGAGGA 1607
Query 1644 GATGCTGAAGAAGCAACAAAAGCCGAATGAATCAACCTTTACATCTGTTTTATCAGCTTG 1703
||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 1608 GATGCTGAAAAAGCAACAAAAACCCAACGAATCAACCTTCACATCTATTTTATCAGCTTG 1667
Query 1704 TAGTCATACAGGGATGGTTAACGAAGGGAAGAAGTACTTCAGCTCAATGTACAAAGATTA 1763
| | || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1668 TGGCCACACAGGGATGGTTAATGAAGGGAAGAAGTACTTCAGCTCAATGTACAAAGATTA 1727
Query 1764 CAACTTCACGCCTTCAACAAAACACTACACATGTATGGTTGATATGCTAGCTCGAGCAGG 1823
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1728 TAACTTCACGCCTTCAACAAAACACTACACATGTATGGTTGATATGTTAGCTCGAGCAGG 1787
Query 1824 TGAGCTTGAACAAGCATTAGACATCATCGAGAAGATGCCGATCCAGCCAGACGTGAGATG 1883
||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1788 TGAGCTTGAGCAAGCCTTAGATATCATCGAAAAGATGCCAATCCAACCAGACGTGAGATG 1847
Query 1884 TTTCGGAGCATTTCTCCACGGATGTGGAATGCATTCAAGATTTGATCTTGGAGAGATTGT 1943
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1848 TTTCGGGGCATTTCTACACGGATGTGGAATGCATTCAAGATTTGATCTTGGGGAGATTGT 1907
Query 1944 GATTAAGAAGATGCTTGATTTACATCCTGATGATGCCTCTTATTATGTCCTTGTATCTAA 2003
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||
Sbjct 1908 GATTAAGAAGATGCTTGATTTACATCCTGATGATGCCTCTTATTATGTTCTCGTCTCTAA 1967
Query 2004 TTTGTATGCATCGGATGGACGATGGAGCCAGGCTAAAGAAGTGAGAAATCTGATGAAGCA 2063
||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1968 TTTGTATGCATCGGATGGACGGTGGAATCAGGCTAAAGAAGTGAGAAATCTGATGAAGCA 2027
Query 2064 AAGAGGCCTGAGCAAGATTGCAGGCCATAGCATAATGGAAT 2104
|||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2028 AAGAGGTCTGAGCAAGATTGCAGGCCATAGCACAATGGAAT 2068
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 105471345045
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5